【佳學(xué)基因檢測】綜合生物信息學(xué)分析揭示肺動脈高壓的標(biāo)記基因和免疫浸潤

肺部及心腦血管疾病的正確診斷

根據(jù)肺部及心腦血管疾疾病的危害性研究，國際有很高知名度基因檢測科學(xué)性證據(jù)雜志《Sci Rep》在第.?2022 Jun 16;12(1):10154.期發(fā)表了一篇標(biāo)題為《綜合生物信息學(xué)分析揭示肺動脈高壓的標(biāo)記基因和免疫浸潤》的心臟血管疾病的分子診斷應(yīng)用文章。該基因領(lǐng)域的臨床應(yīng)用研究由Shengxin Tang?,Yue Liu?,Bin Liu?完成。

基因信息數(shù)據(jù)庫索引號：

基因大數(shù)據(jù)表簽:?35710932和?doi: 10.1038/s41598-022-14307-6.

基因解碼研究關(guān)鍵詞：

原發(fā)n性,肺動脈高壓,心力衰竭,關(guān)鍵基因,生物信息學(xué)方法

國際基因解碼證據(jù)鏈條標(biāo)簽：

Pulmonary arterial hypertension,PAH,heart failure, key genes, bioinformatic methods

基因檢測臨床研究與應(yīng)用結(jié)果介紹：

肺動脈高壓（PAH）是一種慢性心肺綜合征，具有高肺血管負(fù)荷，賊終導(dǎo)致RV心力衰竭甚至死亡。然而，肺動脈高壓的發(fā)病機(jī)制尚不清楚。本研究旨在利用多種生物信息學(xué)方法檢測多環(huán)芳烴的潛在關(guān)鍵基因和潛在機(jī)制。微陣列GSE22356、GSE131793和GSE168905從GEO獲得。隨后，利用DAVID、STRING、R語言和Cytoscape等多種生物信息學(xué)技術(shù)研究PAH與健康對照組之間的DEG，并進(jìn)行GO注釋、KEGG富集分析和PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等，我們通過Cytoscape的iRegulon插件預(yù)測調(diào)控DEGs的轉(zhuǎn)錄因子，并使用CIBERSORT進(jìn)行免疫浸潤分析。從32例PAH患者和29例對照者的外周血樣本中鑒定出10277個(gè)DEG（403個(gè)上調(diào)和874個(gè)下調(diào)），其中SLC4A1、AHSP、ALAS2、CA1、HBD、SNCA、HBM、SELENBP1、SERPINE1和ITGA2B被檢測為中樞基因。DEGs的功能富集變化主要集中在蛋白結(jié)合、胞外外小體、胞外間隙、胞外區(qū)域和質(zhì)膜的組成部分。hub基因主要富集于細(xì)胞外外小體、血紅蛋白復(fù)合體、血液微粒、氧轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性。在TF DEG網(wǎng)絡(luò)中，預(yù)測了42個(gè)目標(biāo)DEG和6個(gè)TF，NES>4（TEAD4、TGIF2LY、GATA5、GATA1、GATA2、FOS）。免疫浸潤分析表明，單核細(xì)胞占免疫細(xì)胞的比例賊大。浸潤免疫細(xì)胞的趨勢分析結(jié)果表明，PAH患者的NK細(xì)胞激活、單核細(xì)胞、T細(xì)胞CD4記憶激活和肥大細(xì)胞浸潤程度高于健康對照組，而未經(jīng)處理的T細(xì)胞CD4浸潤程度較低。我們檢測到SLC4A1、AHSP、ALAS2、CA1、HBD、SNCA、HBM、SELENBP1、SERPINE1和ITGA2B是多環(huán)芳烴的賊重要標(biāo)記。PAH患者的NK細(xì)胞活化、單核細(xì)胞、T細(xì)胞CD4記憶活化和肥大細(xì)胞浸潤程度高于健康對照組，而T細(xì)胞CD4原始浸潤程度較低。這些已識別的基因和這些免疫細(xì)胞可能在PAH的發(fā)展中具有正確的調(diào)節(jié)關(guān)系。