【佳學(xué)基因檢測】RNAseq科研服務(wù)單細胞測序基因檢測中的基因和外顯子定量分析

佳學(xué)基因單軌分析中使用Megadepth分析STAR輸出的拼接對齊BAM文件。Megadepth生成一個代表每個基因組基礎(chǔ)覆蓋深度的bigWig文件。Megadepth還總結(jié)了提供的BED文件中定義的基因組間隔內(nèi)的測序覆蓋率。佳學(xué)基因通過從一個或多個基因注釋中獲取所有不相交的外顯子間隔來構(gòu)建這個BED文件。這使佳學(xué)基因可以為合作科研提供能夠使用Megadepth對間隔進行量化，然后在聚合步驟中將結(jié)果數(shù)量相加為所有相關(guān)注釋的外顯子和基因水平數(shù)量。

鑒于Megadepth對不相交的外顯子間隔的覆蓋率，Monorail的聚合器使用一個定制工具將這些加總為一整套帶注釋的基因和外顯子。結(jié)果是一個標(biāo)簽分隔值（TSV）文件，包含一組基因注釋中所有基因和外顯子的覆蓋率總和。這是數(shù)據(jù)在重新統(tǒng)計中采用的形式；作為一個TSV文件，它一般與各種編程語言和分析環(huán)境兼容。當(dāng)科研外包研究人員使用R/Bioconductor軟件包獲取此數(shù)據(jù)時，軟件包會將TSV文件轉(zhuǎn)換為RangedSummarizedExperiment對象，其中包含所有相關(guān)的行和列元數(shù)據(jù)。