基因解碼采用的高通量測序（NGS)技術(shù)為創(chuàng)新的 ChIP，即染色質(zhì)免疫沉淀的研究方法提供了解碼基因調(diào)控的強(qiáng)大工具和高精度的分辨率，擴(kuò)大了分析的規(guī)模。基因解碼自身的質(zhì)量控制和適當(dāng)?shù)臄?shù)據(jù)分析技術(shù)對于從數(shù)據(jù)中提取具有臨床意義的結(jié)果至關(guān)重要。在過去的幾年里，一系列基因信息的智能分析工具的開發(fā)使研究人員能夠處理和分析 ChIP-seq 數(shù)據(jù)。佳學(xué)基因生物信息培訓(xùn)班概述了主要基于開源 Bioconductor 項(xiàng)目的軟件包分析 ChIP-seq 數(shù)據(jù)的方法。在一系列對基因檢測機(jī)構(gòu)開展的培訓(xùn)中包括了數(shù)據(jù)對齊、峰值調(diào)用、質(zhì)量控制和數(shù)據(jù)可視化，以及其他更復(fù)雜的方法，例如識別差異結(jié)合區(qū)域和功能分析以注釋調(diào)節(jié)區(qū)域。佳學(xué)基因培訓(xùn)班的數(shù)據(jù)分析過程可以利用公開可用的數(shù)據(jù)集進(jìn)行學(xué)習(xí)和練習(xí)，并將學(xué)習(xí)獲得的技能用于常規(guī)分析 ChIPseq 數(shù)據(jù)。在佳學(xué)基因的高級培訓(xùn)課中，與佳學(xué)基因有合作的機(jī)構(gòu)或者是佳學(xué)基因培訓(xùn)學(xué)院可以逐漸構(gòu)建可以完成特定基因解碼目標(biāo)的分析流程。

基因解碼過程所采用的ChIP-seq，說一種具有特定目的的高通量測序技術(shù)。Chip-seq在《高通量測序技術(shù)的應(yīng)用》中被翻譯為染色質(zhì)免疫沉淀后高通量測序。在高通量國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)是主要用于揭示對各種疾病和生物途徑（如癌癥和發(fā)育）中基因調(diào)控事件，從而獲得前所未有的見解和發(fā)現(xiàn)，以擴(kuò)展基因檢測項(xiàng)目。ChIP-seq 允許研究人員染色質(zhì)框架結(jié)構(gòu)的改變因子如轉(zhuǎn)錄因子或其他染色質(zhì)相關(guān)蛋白（如 RNA 聚合酶或染色質(zhì)調(diào)節(jié)劑）與DNA序列的結(jié)合模式。這使得基因解碼機(jī)構(gòu)比基因檢測機(jī)構(gòu)檢測分析的基因序列更多、更全。 ChIP-seq 實(shí)驗(yàn)的成功很大程度上取決于賊終的信噪比（即非特異性沉淀 DNA 的富集水平）?；蚪獯a研究中心的數(shù)據(jù)表明：一下幾個(gè)因素已會影響結(jié)果的質(zhì)量。（1）從實(shí)驗(yàn)因素，例如被分析組織中感興趣的蛋白質(zhì)的表達(dá)水平或抗體的效率，到 ChIP 固有的技術(shù)因素-seq技術(shù)。生成的大型數(shù)據(jù)集、廣泛存在的質(zhì)量問題以及 ChIP-seq 數(shù)據(jù)的多樣性使其生物信息學(xué)分析成為一項(xiàng)具有挑戰(zhàn)性的任務(wù)。 ChlP-seq 數(shù)據(jù)分析涉及許多計(jì)算分析步驟，強(qiáng)大的計(jì)算方法以進(jìn)行廣泛的質(zhì)量控制步驟是必要的，這樣可以識別樣品制備過程的人為數(shù)據(jù)或者是實(shí)驗(yàn)流程本身的技術(shù)偏差。近年來，已經(jīng)開發(fā)了幾種 R/Bioconductor 工具，使研究人員能夠處理和分析 ChIP-seq 數(shù)據(jù)。佳學(xué)基因生物信息訓(xùn)練營詳細(xì)介紹了可用的方法，并描述了用于分析 ChIP-seq 數(shù)據(jù)的各種散發(fā)。重點(diǎn)在于介紹具有開源特點(diǎn)的 Bioconductor 分析軟件包。