【佳學(xué)基因檢測】流產(chǎn)基因檢測的數(shù)據(jù)庫分析過程及術(shù)語介紹

婦產(chǎn)科基因檢測導(dǎo)讀

將流產(chǎn)胎兒的組織樣本送往采用數(shù)據(jù)庫比對技術(shù)的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行檢測分析（佳學(xué)基因可以采用數(shù)據(jù)庫比對分析和基因解碼分析）。采用基于全外顯子測序的雜合子變異檢測的的敏感性為98%，平均40×測序覆蓋率。致病性評估的分析流程采用國際公認(rèn)的方法進(jìn)行。成對的末端序列讀取被轉(zhuǎn)換成FASTQ格式，并與參考人類基因組匯編GRCh37/hg19一致(https://genome.ucsc.edu/). 在使用基因組分析工具包（GATK）和AnnoVar進(jìn)行變異注釋后，使用包括基因組聚合數(shù)據(jù)庫（gnomAD）在內(nèi)的數(shù)據(jù)庫對等位基因頻率和疾病引用進(jìn)行篩選，https://gnomad.broadinstitute.org/)、機(jī)構(gòu)內(nèi)部分析數(shù)據(jù)庫，ClinVar數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/)，OMIM數(shù)據(jù)庫(https://www.omim.org)和其他的電子版屬性。突變基因的突變頻率如果在在3%以上者排除在進(jìn)一步分析之外。

根據(jù)ACMG標(biāo)準(zhǔn)和指南，等位基因頻率<3%的變體分為致病性、可能致病性、不確定顯著性變體（VUS）、可能良性變體和良性變體。對于需要進(jìn)行分析的樣本，內(nèi)部規(guī)則應(yīng)用VUS有利致病性（VUSfp）的附加標(biāo)準(zhǔn)，主要包括罕見的錯義良性變異率低的基因變異和鄰近的錯義變異被報道為致病變異。這些VUSfp的其他有害影響

通過聚苯醚、篩分和計算機(jī)輔助設(shè)計（CADD）等分析工具進(jìn)一步分析。致病性、可能致病性和VUSfp被認(rèn)為是診斷價值的變體。VUSs和良性或可能的良性變異不在進(jìn)一步的分析范圍內(nèi)。Sanger驗(yàn)證了診斷值的變異排序。聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）變體兩側(cè)的引物列于補(bǔ)充表S1中。純化后的PCR產(chǎn)物提交給耶魯大學(xué)DNA測序機(jī)構(gòu)進(jìn)行Sanger測序。變量注釋、過濾和分類方案如所示。
 

臨床實(shí)用性和遺傳病因?qū)W評估

通過致病基因檢出率（PGDR）來評估治療妊娠損失基因檢測的臨床應(yīng)用效果。簡單地說，總的ADR是用具有檢出致病性突變的病例數(shù)與入分析的病例總數(shù)相除得到的。比較自發(fā)性流產(chǎn)組（胎死<20周）和死胎組（胎死≥20周）的致病基因檢出率，評估不同年齡組和不同孕期的致病基因檢出率。

致病性和導(dǎo)致妊娠損失的原因進(jìn)一步與OMIM內(nèi)基因的關(guān)系、遺傳模式和疾病種類進(jìn)行進(jìn)一步分析。