【佳學(xué)基因檢測(cè)】靶向胃癌驅(qū)動(dòng)基因的基因檢測(cè)與治療進(jìn)展

胃癌驅(qū)動(dòng)基因檢測(cè)為什么可以幫助患者？

在2020年，全球范圍內(nèi)新增的胃癌確診病例超過(guò)100萬(wàn)，而死亡病例則約為80萬(wàn)，這使得胃癌在癌癥新發(fā)病例中位列第五，在癌癥相關(guān)死亡人數(shù)中則排名第四。值得注意的是，我國(guó)的情況尤為嚴(yán)峻，胃癌的年發(fā)病率和病死率均顯著高于世界平均水平。具體來(lái)說(shuō)，2022年我國(guó)新增的胃癌確診病例近50萬(wàn)，而死亡病例則高達(dá)約40萬(wàn)。

腫瘤的形成往往伴隨著基因?qū)用娴娘@著變化，如基因突變、擴(kuò)增和缺失等，這些變化會(huì)導(dǎo)致基因編碼的蛋白質(zhì)持續(xù)激活或失活，進(jìn)而引發(fā)細(xì)胞功能的異常和惡性增殖。這些能夠推動(dòng)腫瘤生長(zhǎng)和擴(kuò)散的關(guān)鍵基因被稱為腫瘤驅(qū)動(dòng)基因。因此，對(duì)腫瘤驅(qū)動(dòng)基因的研究和理解，對(duì)于推動(dòng)腫瘤的檢測(cè)和治療具有至關(guān)重要的意義。

靶向治療是一種專門(mén)針對(duì)特定腫瘤驅(qū)動(dòng)基因產(chǎn)物的治療方法，它通過(guò)抑制或阻斷這些異常的信號(hào)通路，從而有效地阻止腫瘤細(xì)胞的增殖和生存。與傳統(tǒng)的放化療相比，靶向治療因其更高的特異性和更少的不良反應(yīng)，在腫瘤治療中扮演著越來(lái)越重要的角色。

胃癌作為一種多因素參與的復(fù)雜疾病，在其發(fā)展過(guò)程中表現(xiàn)出了顯著的基因表達(dá)差異。胃癌具有顯著的時(shí)空異質(zhì)性：在空間上，超過(guò)30%的胃癌患者原發(fā)灶與新形成的轉(zhuǎn)移灶之間的基因表達(dá)譜存在顯著差異；在時(shí)間上，同一患者在接受靶向治療前后的基因表達(dá)譜也存在較大變化。

隨著生物信息學(xué)的發(fā)展和組學(xué)技術(shù)的應(yīng)用，胃癌中的關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因逐漸被揭示。例如，2012年的研究發(fā)現(xiàn)，約40%的胃癌患者存在腫瘤驅(qū)動(dòng)基因的擴(kuò)增，如EGFR、HER2、HER3、FGFR2、JAK2和MET等受體酪氨酸激酶基因的擴(kuò)增，以及KRAS或NRAS基因的擴(kuò)增，還有細(xì)胞周期介質(zhì)和VEGF基因的擴(kuò)增。

此外，作為癌癥基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas）計(jì)劃的一部分，研究利用六種分子平臺(tái)對(duì)全球295例胃癌患者的腫瘤標(biāo)本數(shù)據(jù)進(jìn)行了無(wú)監(jiān)督聚類分析，鑒定出了EBV感染型、微衛(wèi)星不穩(wěn)定型、染色體不穩(wěn)定型和基因組穩(wěn)定型等四種胃癌亞型［6］。隨后的研究，如亞洲癌癥研究小組對(duì)韓國(guó)300份標(biāo)本的分析，也得出了類似的結(jié)論。

具體來(lái)說(shuō)，EBV感染型胃癌通常與DNA甲基化的改變、PIK3CA突變、EBV編碼的潛伏膜蛋白1的表達(dá)相關(guān)；微衛(wèi)星不穩(wěn)定型胃癌則與錯(cuò)配修復(fù)系統(tǒng)基因（MLH1、MSH2、MSH6、PMS2）的缺陷相關(guān)［9］；染色體不穩(wěn)定型胃癌則常伴隨著染色體水平變異、大片段缺失或重復(fù)、染色體重排等，其常見(jiàn)的驅(qū)動(dòng)基因有P53、KRAS和HER2［10］；而基因組穩(wěn)定型胃癌則缺乏染色體不穩(wěn)定型和微衛(wèi)星不穩(wěn)定型胃癌的特征，但與CDH1、RHOA等基因突變關(guān)系密切。

近年來(lái)，研究人員還鑒定出了一些新的胃癌驅(qū)動(dòng)基因，如ARID1A和NTRK。這些腫瘤驅(qū)動(dòng)分子在一定程度上是可以被靶向調(diào)控的，因此，針對(duì)這些已鑒定的胃癌驅(qū)動(dòng)基因，研究人員已經(jīng)開(kāi)發(fā)了多種靶向療法。目前，獲準(zhǔn)用于胃癌治療的靶向療法主要包括曲妥珠單抗（針對(duì)HER2陽(yáng)性患者的一線療法）和雷莫蘆單抗（抗腫瘤血管生成的二線療法）。本文總結(jié)了胃癌中的關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因及其對(duì)應(yīng)的靶向治療手段，并分析了靶向藥物的臨床試驗(yàn)和療效，為胃癌治療藥物的開(kāi)發(fā)提供了有價(jià)值的思路。

胃癌基因檢測(cè)的詳細(xì)步驟

胃癌基因檢測(cè)高效性評(píng)估的病人介紹

在這項(xiàng)全外顯子組測(cè)序研究中，胃癌基因解碼基因檢測(cè)從 22 個(gè)患有遺傳性彌漫性胃癌的家族中篩選了 28 名被診斷患有彌漫性胃癌的個(gè)體和 11 名未受影響的親屬，這些親屬在家族性胃癌研究 (MREC 97/5/32) 中 CDH1 致病性種系突變檢測(cè)結(jié)果為陰性，并且有血液和腫瘤樣本。根據(jù)現(xiàn)有標(biāo)準(zhǔn)，將家族（包括一級(jí)和二級(jí)親屬）歸類為患有遺傳性彌漫性胃癌。

全外顯子組測(cè)序和基因突變的選擇

從血液或唾液中提取 DNA，并使用 Nextera Rapid Capture Exome Enrichment Kit（Illumina，美國(guó)加利福尼亞州圣地亞哥）制備 125 bp 雙端全外顯子組測(cè)序。測(cè)序是在 HiSeq-4000 或 HiSeq-2500 平臺(tái)（Illumina，美國(guó)加利福尼亞州圣地亞哥）上進(jìn)行的。變異調(diào)用格式文件是使用標(biāo)準(zhǔn)流程生成的，遵循基因組分析工具包 (GATK) 針對(duì)全外顯子組數(shù)據(jù)的分析流程。對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行過(guò)濾，以選擇不常見(jiàn) (1000 基因組計(jì)劃歐洲樣本中的等位基因頻率 <0.05) 影響蛋白質(zhì)的變異，包括功能喪失變異 (終止位點(diǎn)增加、終止位點(diǎn)丟失、起始位點(diǎn)丟失、剪接受體、剪接供體或移碼)、有害 (使用 Sorting Intolerant From Tolerant 版本 5.2.2 預(yù)測(cè)) 和破壞性 (使用 Polymorphism Phenotyping 版本 2.2.2 預(yù)測(cè)) 錯(cuò)義變異以及框內(nèi)插入缺失，這些變異在 28 名受影響個(gè)體中至少有一名中觀察到。采用這些篩選標(biāo)準(zhǔn)是為了去除賊不可能影響遺傳性彌漫性胃癌易感性的變異。胃癌基因解碼基因檢測(cè)以每個(gè)家庭為單位分別考慮了 11 名未受影響的家庭成員，作為對(duì)照組，并針對(duì)已識(shí)別的候選變異進(jìn)行了分離分析。佳學(xué)基因胃癌基因解碼基因檢測(cè)確定了健康對(duì)照（無(wú)癌癥病史）中所有候選變異的等位基因頻率以及家庭中受影響和未受影響個(gè)體的等位基因計(jì)數(shù)，并預(yù)測(cè)了對(duì)蛋白質(zhì)產(chǎn)物的下游影響。

變異被聚合成獨(dú)特的基因，然后進(jìn)行篩選以選擇那些至少包含一個(gè)功能喪失變異的基因。佳學(xué)基因還刪除了變異賊多的前 1% 基因，這些基因是通過(guò)每個(gè)基因中罕見(jiàn)的、影響蛋白質(zhì)的變異數(shù)量來(lái)識(shí)別的。這些基因通常在健康人群中具有許多罕見(jiàn)變異，因此不太可能在遺傳性彌漫性胃癌或其他疾病的易感性中發(fā)揮作用。如果您想建立自己的實(shí)驗(yàn)到，請(qǐng)聯(lián)系共同探討。

為了分析拷貝數(shù)變異，佳學(xué)基因腫瘤基因檢測(cè)基因解碼將 XHMM 算法應(yīng)用于基因集，使用主成分分析來(lái)標(biāo)準(zhǔn)化外顯子組中的讀取深度，并使用隱馬爾可夫模型來(lái)識(shí)別讀取深度變化的區(qū)域。讀取深度需要減少或增加約 50% 才能考慮進(jìn)行進(jìn)一步分析。根據(jù)臨床方案，使用 CytoScan 750K 基因分型陣列（Affymetrix，美國(guó)加利福尼亞州圣克拉拉）在選定的個(gè)體中進(jìn)一步探索拷貝數(shù)變異。

佳學(xué)基因分析結(jié)果時(shí)全部或部分基于由美國(guó)國(guó)家癌癥研究所和美國(guó)國(guó)家人類基因組研究所管理的癌癥基因組圖譜 (TCGA) 生成的數(shù)據(jù)。請(qǐng)求并下載了 TCGA-STAD 數(shù)據(jù)集的受控訪問(wèn)數(shù)據(jù)，其中分析了 88 例彌漫性胃癌的子集數(shù)據(jù)，以進(jìn)一步驗(yàn)證已確定的候選基因在彌漫性胃癌易感性中的作用。