元數(shù)據(jù)庫主要是通過分析關(guān)于數(shù)據(jù)的特性而生成的新數(shù)據(jù)庫。這類數(shù)據(jù)庫可以從多種來源收集數(shù)據(jù)，然后以便于大家閱讀理解的方式呈現(xiàn)出來。這種類數(shù)據(jù)庫主要提供關(guān)于疾病和物種的基因數(shù)據(jù)。

1.BioGraph (University of Antwerp，安特衛(wèi)普大學)：通過整合超過20個不同類型的數(shù)據(jù)庫，提供基于基因信息知識的服務(wù)。

2.    神經(jīng)科學信息網(wǎng)絡(luò)(Neuroscience Information Framework) (University of California, San Diego) – 整合數(shù)以百計的的神經(jīng)科學相關(guān)的資源信息。

3.    基因作用網(wǎng)格數(shù)據(jù)庫（ConsensusPathDB） - 通過整合12種數(shù)據(jù)庫，為基因解碼基因檢測提供分子相互作用分析信息。

4.    Entrez[2] (National Center for Biotechnology Information)，美國國家生物技術(shù)信息中心數(shù)據(jù)庫

5.    酵素門戶（Enzyme Portal）整合酶的信息，集聚關(guān)于小分子化學、生物化學傳導通路及用來調(diào)節(jié)酶活性的藥物數(shù)據(jù)庫。酶在功能營養(yǎng)基因檢測中，又被稱為西酵素，由歐洲生物信息中心 (European Bioinformatics Institute)建立和管理。

6.    真基因數(shù)據(jù)庫（euGenes） (Indiana University)

7.    基因卡片（GeneCards） (Weizmann Inst.)

8.    基因組聚集數(shù)據(jù)庫（Genome Aggregation Database ，gnomAD) (Broad Institute)

9.    元基數(shù)據(jù)庫（MetaBase） (KOBIC) – 由用戶分享構(gòu)成的生物數(shù)據(jù)庫。

10. mGen 由世界上賊大的四個數(shù)據(jù)庫組成，它們是GenBank, Refseq, EMBL 和DDBJ 。數(shù)據(jù)為提取界面友好，容易使用。

11. MOPED 由西雅圖兒童研究所(Seattle Children's Research Institute)建立和管理,是一個多組學表達譜數(shù)據(jù)庫,提供蛋白質(zhì)組學,轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù),涵蓋人，鼠、蠕蟲、酵母等特種。

12. 病源門戶（PathogenPortal），數(shù)據(jù)庫與由美國過敏和感染性疾病研究所建立營運的生物信息中心鏈接。 A repository linking to the Bioinformatics Resource Centers (BRCs) sponsored by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)

13. SOURCE (Stanford University) 是一個包含有人、小鼠、大鼠的基因的的遺傳學、分子生物學數(shù)據(jù)庫，基因報告方便易用。

14. iRefIndex:提供大量數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)相互作用索引，這些數(shù)據(jù)庫包括BIND, BioGRID, CORUM, DIP, HPRD, InnateDB, IntAct, MatrixDB, MINT, MPact, MPIDB, MPPI and OPHID， 這些數(shù)據(jù)庫是佳學基因解碼基因檢測的重要數(shù)據(jù)庫支撐。對這些數(shù)據(jù)的專業(yè)評估和分析加工使得佳學基因的基因解碼、基因檢測獨樹一幟。

15. Pathway Commons ：由紀念斯隆-凱特琳癌癥中心（Memorial Sloan-Kettering Cancer Center） 和加拿大多倫多大學（University of Toronto）)共同建立營運的數(shù)據(jù)庫

16. Nowomics 追蹤更新多個數(shù)據(jù)庫的變化，可以采用基因的名稱和關(guān)鍵詞查詢賊新的研究成果和科研文章。

17. BioGPS，由座落于美國美麗海濱城市、佳學基因解碼基因檢測的發(fā)源地圣地亞哥的美國斯克利普斯研究所 (The Scripps Research Institute) 建立和管理。這是一個具有廣泛內(nèi)容的基因門戶，通過使用插件，將數(shù)據(jù)庫的功能延展到遠不只是基因表達的圖形化展示，通過基因百科提供大量的數(shù)據(jù)庫內(nèi)容和服務(wù)。

18.  序列元素百科ENCODE DNA序列元素百科聯(lián)盟是一個國際性的合作組織，致力于將人體基因組的各個功能組成部分進行分解，解析，以提供廣泛的人體基因功能分析。這個數(shù)據(jù)庫可以通過加州大學圣地亞哥分校的基因組瀏覽程序進行下載。美國圣地亞哥是佳學基因解碼技術(shù)的發(fā)源地。佳學基因建立的《基因序列變化與人體疾病表征》數(shù)據(jù)庫是進一步將基因序列變化與人的各種疾病、表現(xiàn)、表型鏈接起來，強調(diào)基因序列的可讀性、易用性。

19. 人類表觀基因精細圖譜（Human Epigenome Atlas）,是在表觀基因組項目路線圖成果的集中展示。與佳學基因解碼基因檢測所依賴的數(shù)據(jù)庫不一樣，該數(shù)據(jù)庫采集的主要是正常組織的表觀遺傳學數(shù)據(jù)。

20. Metascape 提供了一種同時從多個數(shù)據(jù)庫提取數(shù)據(jù)的接口和方法。構(gòu)建該數(shù)據(jù)庫的核心人員來自于美國圣地亞哥的諾華基因組學研究中心、布萊姆研究所。圣地亞哥是佳學基因解碼的發(fā)源地，佳學基因的創(chuàng)始人黃家學博士早在2005年便在圣地亞哥諾華基因組學研究中心工作，參與多個基因組學、免疫基因組學、反向遺傳學項目。通過這一數(shù)據(jù)庫，可以一鍵式獲取 NCBI (Entrez, OMIM, ClinVar), GO, KEGG, MSiGDB, UniProt, Protein Atlas, Ensembl, JAX, DrugBank, NHGRI-EBI, DDG2P適時更新的數(shù)據(jù)。

?21. 國際衰老研究集群數(shù)據(jù)庫（International Aging Research Portfolio ）IARP) – 一個經(jīng)過專業(yè)研究人員審訂的數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)來源各種資金資助的研究成果，包括： NIH, NSF, CORDIS, Australian Research Council， 所收集的數(shù)據(jù)與支撐這些數(shù)據(jù)的科技文獻直接相連。