【佳學基因檢測】提高基因檢測檢出率與陽性率的單基因突變分析法
單基因病的致病基因鑒定導讀：
全外顯子組測序為發(fā)現(xiàn)與單基因疾病相關(guān)的基因提供了新的檢測范圍，并大幅度獲得了與疾病相關(guān)的基因序列。但是對于以數(shù)據(jù)庫比較為基礎的常規(guī)基因檢測業(yè)說，如何在大量的基因變異中找到致變基因突變對很多基因檢測機構(gòu)來說都是一個挑戰(zhàn)。基因解碼分析方法從多個方面為這一困難提供了解決方法。其中之一是以基因而不是位點為解碼對象的藶在突變負擔測試。在這種方法中，基因解碼創(chuàng)造性地采用了對每一個基因的合格基因序列變化進行集合分析的大數(shù)據(jù)算法，通過比較患者和健康對照者之間的累積突變頻率，從而增加基因檢測的檢出率和陽性率。這種方法取得了巨大的成功，但佳學基因發(fā)現(xiàn)許多單基因疾病的遺傳原因仍然未知或僅部分已知。特定的遺傳結(jié)構(gòu)可能會降低發(fā)現(xiàn)率，但這些因素對基因解碼的權(quán)重的影響尚未得到嚴格評估。在這里，佳學基因解碼利用大規(guī)模外顯子組測序基因檢測數(shù)據(jù)創(chuàng)建一個基于經(jīng)驗的模擬框架來評估關(guān)鍵參數(shù)（背景變異率、基因座異質(zhì)性、遺傳模式、外顯率）在單基因疾病背景下以疾病為分析對象的基因突變負荷的權(quán)重?；蚪獯a的結(jié)果表明，在不同的基因之間，由于每個基因中罕見變異的背景率存在差異，因此獲得有效的權(quán)重分析所需的樣本量范圍很廣。增加基因座異質(zhì)性會導致獲得足夠功效所需的樣本量迅速增加，特別是當單個基因在常染色體顯性模型下占不到 5% 的病例時。有趣的是，由于單基因疾病的發(fā)病率低，低至 10% 的不有效外顯率對基因解碼的效果幾乎沒有影響?；蚪獯a的結(jié)果表明，中度不有效外顯率不是這種基于基因的基因檢測突變負荷測試方法的障礙，但具有高位點異質(zhì)性的顯性疾病則需要大樣本量對分析方法進行建模和驗證。
