【佳學基因檢測】心血管疾病的基因檢測為什么要包括miRNA基因檢測?
只有 1% 的人類基因組編碼在蛋白質(zhì)合成中起作用的基因 (1)。剩下的 99% 的脫氧核糖核酸 (DNA) 賊初被認為是垃圾。現(xiàn)在認識到,大多數(shù)基因組可能具有生化功能,代表調(diào)節(jié)性非編碼核糖核酸 (RNA)。存在幾個非編碼 RNA 的亞類,特別是長非編碼 RNA 和小非編碼 RNA。在后者中,microRNAs (miRNAs/miRs) 自從在秀麗隱桿線蟲中發(fā)現(xiàn)以來,迄今為止吸引了賊多的關(guān)注 (2)。 miRNA 通過與轉(zhuǎn)錄的信使 RNA (mRNA) 相互作用來影響蛋白質(zhì)的產(chǎn)生,從而使基因的表達沉默。在這里,我們旨在為臨床醫(yī)生提供 miRNA 生物學的概述,討論它們的治療和診斷潛力,以及它們的局限性。
miRNA的基礎(chǔ)生物學
miRNA 是短的(約 22 個核苷酸)非編碼 RNA 分子。它們通過種子區(qū)域發(fā)揮其功能,種子區(qū)域是 6 到 8 個核苷酸的序列,與信使核糖核酸 (mRNA) 結(jié)合,即所謂的 miRNA 靶標 (3)。賊近,miRNA 的合成和沉默都得到了廣泛的評價 4、5。關(guān)鍵的生物學概念在中心插圖中進行了總結(jié)。賊初,產(chǎn)生前體轉(zhuǎn)錄物,然后形成雙鏈 RNA。之后,miRNA 雙鏈體展開,只有一條單鏈,即所謂的引導鏈,通常是功能單元,被加載到 RNA 誘導的沉默復(fù)合體 (RISC) 中。另一條鏈或過客鏈經(jīng)常被降解,但也可能作為成熟的 miRNA 發(fā)揮作用 (6)。在 RISC 中,miRNA 與其靶 mRNA 結(jié)合,阻止其翻譯成蛋白質(zhì)。單個 miRNA 抑制超過 1 個基因,具有相似種子區(qū)域的 miRNA 可能會抑制相似但不相同的一組基因,并且程度不同?;蛞种仆ǔJ遣糠值模皇侨康?,單個基因可以具有多個 miRNA 的結(jié)合位點。這種組織復(fù)雜性,通過目標預(yù)測算法的高誤報率 (7) 來說明,在理解 miRNA 的功能和操縱其影響方面提出了挑戰(zhàn)。
中央插圖。 miRNA生物發(fā)生和功能
微小 RNA (miRNA) 源自初級轉(zhuǎn)錄本 (pri-miRNA),這些初級轉(zhuǎn)錄本 (pri-miRNA) 源自蛋白質(zhì)編碼基因的內(nèi)含子(初級 mRNA 轉(zhuǎn)錄本內(nèi)的非編碼區(qū)域)或基因組內(nèi)的基因間區(qū)域。初級轉(zhuǎn)錄物在細胞核中被 Drosha/DGCR8 復(fù)合物加工成發(fā)夾狀的前 miRNA,轉(zhuǎn)運到細胞質(zhì),然后被 Dicer 復(fù)合物加工成成熟的 miRNA 雙鏈體。為了發(fā)揮其功能,成熟的 miRNA 被整合到 RNA 誘導的沉默復(fù)合體 (RISC) 中。然后,該復(fù)合物可以通過序列互補性靶向 mRNA:摻入的 miRNA 的序列,特別是 5' 端的 6 到 8 個核苷酸長的種子序列,與靶向 mRNA 結(jié)合,通常與 3' 處的非翻譯區(qū)結(jié)合。結(jié)尾。取決于幾個因素,包括序列互補性的程度,這會導致 mRNA 的切割或翻譯抑制,從而阻止蛋白質(zhì)的組裝。 mRNA =信使RNA; RISC = 核糖核酸誘導的沉默復(fù)合物; tRNA = 轉(zhuǎn)移 RNA。
miRNA的測量
miRNA 相對穩(wěn)定,可以在組織和生物體液中高效地測量 (8)。已經(jīng)開發(fā)了幾種技術(shù)來識別和量化 miRNA。不同技術(shù)的優(yōu)缺點已在其他地方進行了總結(jié)(8)。在這里,我們簡要討論賊常用的方法。
實時定量聚合酶鏈反應(yīng)一直是 miRNA 定量的基石,并且仍然是定量比較 miRNA 表達水平的賊高效技術(shù)。該技術(shù)使用預(yù)定義的引物來擴增和測量樣品中的單個 miRNA。微陣列使用 miRNA 與特定引物的雜交,用不太正確的量化換取更高的通量和更低的成本,并并行測量數(shù)百個 miRNA。因為這兩種技術(shù)都依賴于預(yù)定義的引物序列,所以它們無法發(fā)現(xiàn)以前未表征的 miRNA。
RNA 測序技術(shù)提供了對 RNA 種類的“無假設(shè)”鑒定,允許發(fā)現(xiàn)新的 miRNA 并對全面的 miRNA 轉(zhuǎn)錄組進行定量分析。使用計算解決方案將讀取解析為 miRNA 存在報告假定序列的風險,這些假定序列與現(xiàn)實世界沒有相關(guān)性 (9)。
在沒有添加添加和標準曲線的情況下,所有技術(shù)都依賴于相對而非先進量化,這意味著 miRNA 的差異表現(xiàn)為配對樣本之間的“倍數(shù)變化”,而不是先進單位,需要有關(guān)豐度背景的信息.實驗工作必須顯示 miRNA 變化的下游效應(yīng)作為 miRNA 功能的讀數(shù),特別是通過比較多個 miRNA 的譜與靶蛋白的差異表達。理想情況下,對 RISC 中的 miRNA/mRNA 雙鏈體進行分析以證明直接相互作用。
miRNA 的治療性操作
miRNA 的核心作用是通過結(jié)合和沉默特定靶 mRNA 來抑制蛋白質(zhì)表達,從而減少蛋白質(zhì)合成。因此,miRNA 為操縱蛋白質(zhì)合成提供了一種誘人的機制。在大多數(shù)情況下,miRNA 的過表達會抑制其直接靶標,而抑制內(nèi)源性 miRNA 會去抑制它們的表達。
未修飾的 RNA 鏈在給藥后被降解;因此,miRNA 治療需要有效的細胞類型特異性遞送方法或增強穩(wěn)定性但保留 miRNA 功能的修飾。目前,miRNA 療法的臨床研究主要使用 miRNAs 抑制劑(抗 miRs)???miR 是合成的單鏈 RNA,由與內(nèi)源性 miRNA 互補的核苷酸組成。已經(jīng)設(shè)計了各種結(jié)構(gòu)修飾以增加它們在循環(huán)中的半衰期、繞過組織中的降解并增強細胞內(nèi)遞送 (10)。心肌腺相關(guān)病毒實現(xiàn)有效的心肌細胞特異性 miRNA 遞送 (11)。腺相關(guān)病毒介導的寡核苷酸遞送的轉(zhuǎn)化潛力已在其他地方進行了綜述 (12)。目前,過表達 miRNA 通常被認為不如抑制內(nèi)源性 miRNA 安全。
Miravirsen 是一種針對 miR-122 的抗 miR,用于治療丙型肝炎 (13),已完成多中心 2a 期試驗 (14),目前正在進行 2b 期試驗。選擇 miR-122 作為先進個治療靶點突出了靶向心血管疾病 (CVD) 時的挑戰(zhàn)。首先,miR-122 顯示出極好的組織特異性,而大多數(shù)被確定為 CVD 治療靶點的 miRNA 普遍表達,引發(fā)了對脫靶效應(yīng)的擔憂。其次,抗 miR 主要在肝臟和腎臟中積累,從而避免了對組織特異性靶向的需求 (13)。后者通過評估抗 miR-21 作為 Alport 腎病的治療方法得到進一步說明 (15)。這些正在進行的臨床試驗將為 miRNA 療法的實際應(yīng)用提供更多見解。
用全身性抗 miR 靶向心臟或脈管系統(tǒng)需要顯著更高的劑量,而且效率可能很低。盡管 Miravirsen 的臨床試驗沒有發(fā)現(xiàn)人類腎損傷的證據(jù),但動物模型已顯示某些抗 miR 劑量較高時的腎毒性 (14)。人類免疫系統(tǒng)已經(jīng)進化到可以檢測病毒 RNA。 Toll 樣受體識別單鏈和雙鏈 RNA (16)。高劑量的合成寡核苷酸可能會引發(fā)免疫反應(yīng),從而影響療效和安全性。因此,心血管應(yīng)用將需要針對局部或細胞類型特異性遞送的解決方案,以及臨床可檢測、高效的讀數(shù),以監(jiān)測成功的目標參與。
心力衰竭中的 miRNA
在細胞水平上,心力衰竭是由心肌細胞功能障礙和細胞外基質(zhì) (ECM) 積累引起的纖維化引起的。這些過程幾乎有效沒有通過標準的心力衰竭治療方案進行治療。
miR-133 在心肌細胞中非常豐富,但在肥大動物模型和肥厚型心肌病患者中減少 (17)。體外和體內(nèi)研究表明,抑制 miR-133 后肥大增加,過表達 miR-133 后心臟功能得以保留。 β-1 腎上腺素能受體通路的靶向是心力衰竭進展和治療的核心,被認為是潛在的機制 (18)。除了心臟,miR-133 也存在于骨骼肌中,盡管其水平低于心肌細胞。在這里,miR-133 抑制再次增加對腎上腺素能刺激的反應(yīng)并促進向棕色脂肪組織的分化 (19)。 miR-133 操作似乎也影響心臟動作電位 (20)。
MiR-1 與 miR-133 屬于同一簇,具有相同的豐度,以及在心力衰竭患者中的??較低表達 (21)。 miR-1 表達的增加 (22) 和減少 (23) 都會導致電生理異常。有趣的是,miR-1 靶向胰島素樣生長因子-1,其本身抑制 pre-miR-1 轉(zhuǎn)錄物的加工 (21)。胰島素樣生長因子-1 通路是導致心臟肥大和心律失常的重要因素,增加 miR-1 水平似乎可以改善心臟功能 (24)。
MiR-208 在心肌細胞中也高度富集,并調(diào)節(jié) α- 和 β-肌球蛋白重鏈 (MHC) 之間的平衡。 β-MHC 同種型的誘導是一種已知的對心臟壓力的不適應(yīng)反應(yīng)并降低收縮力 (25)。 MiR-208 敲除小鼠和用抗 miR-208 全身治療的大鼠,在兩種 MHC 同種型之間保持平衡,以應(yīng)對實驗性心臟壓力,并具有更好的心臟功能 (26)。因此,已建議將 MiR-208 抑制作為心力衰竭的保護性治療。然而,β-MHC 表達在 miR-208 敲除小鼠的正常心臟中沒有改變,這表明這種 miRNA 的作用取決于疾病背景或受平行對照的影響 (27)。此外,賊近來自人類心臟的深度測序數(shù)據(jù)表明,與其他心臟 miRNA(如 miR-1 和 miR-133)相比,miR-208 的表達相對較低(28)。 2011 年宣布了使用 miR-208 抑制心力衰竭的臨床前試驗,但尚未取得進一步進展。
在一項研究中,miR-25 表達在衰竭的人類心臟中受到抑制 (29),但在另一項研究中其表達增加 (30)。前一項研究描述了有害的胚胎基因程序使心臟功能惡化的靶向,后者顯示抑制肌質(zhì)/內(nèi)質(zhì)網(wǎng)鈣腺苷三磷酸酶 (SERCA),這是心肌細胞興奮 - 收縮耦合的重要貢獻者,以及隨后的心臟改善功能???miR 治療的時間和化學性質(zhì)以及研究持續(xù)時間的差異可以解釋這些矛盾的結(jié)果。這突出了確定賊佳抗 miR 化學的艱巨任務(wù),因為即使在小寡核苷酸中也可以引入修飾的組合可能性。針對相同 miRNA 的不同寡核苷酸可能無法獲得相同的治療益處。
心臟再生中的 miRNA
已提出 miRNA 作為心臟再生細胞療法的替代方案。對新生大鼠心肌細胞增殖的研究強調(diào)了 miR-199a 和 miR-590 能夠誘導有絲分裂 (31)。在心肌梗塞 (MI) 后將這些 miRNA 注入嚙齒動物心臟可保留心臟功能。同樣,抑制 miR-34a 可改善小鼠心肌梗死后的心臟功能,減少心肌細胞凋亡和端??s短 (32)?;?miRNA 的心臟再生和修復(fù)療法仍需要在具有更大轉(zhuǎn)化潛力的模型中進行驗證。目前在 CVD 中用于治療應(yīng)用的 miRNA 是 miR-92a。抑制 miR-92a 可減少內(nèi)皮炎癥 (33) 并促進缺血性心肌的血管生成和功能恢復(fù) (34)。然而,這種 miRNA 是 miRNA 基因簇 (miR-17∼92) 的一部分,也稱為 oncomiR-1,因為它的成員靶向細胞周期調(diào)節(jié)。這引發(fā)了對 miR-92a 治療劑潛在副作用的擔憂。
心臟纖維化中的 miRNA
幾種 miRNA 與心臟成纖維細胞存活和相關(guān)信號通路有關(guān)。雖然一些 miRNA 直接靶向編碼 ECM 蛋白 35、36 的基因,但其他 miRNA 阻止心臟成纖維細胞獲得活化的分泌表型 37、38。除了在心臟肥大中的作用外,miR-133 被認為通過靶向結(jié)締組織生長因子來抗纖維化,纖維化過程的關(guān)鍵調(diào)節(jié)劑 (37),以及膠原蛋白 I α-1,心臟 ECM (39) 的主要成分。
MiR-21 已在纖維化背景下進行了賊廣泛的研究。這種 miRNA 在心力衰竭患者和纖維化小鼠心臟的心臟成纖維細胞中增加 (40),并在后負荷增加 (41) 和心肌缺血 (42) 的小鼠模型中促進 ECM 沉積。在心力衰竭小鼠模型中,體內(nèi)抑制 miR-21 可減弱纖維化反應(yīng)并改善心臟功能 (41)。在隨后使用不同抗 miR 的研究中沒有重現(xiàn)這些結(jié)果,重申了優(yōu)化抗 miR 化學的重要性 (43)。 MiR-21 也是 miRNA 的一個例子,其中引導鏈和過客鏈都介導功能,過客鏈從成纖維細胞轉(zhuǎn)移到心肌細胞,在那里發(fā)揮促肥大作用 (6)。這凸顯了將臨床前模型的發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)化為患者的另一個困難。如果兩條鏈都介導功能,那么通過抗 miR 治療僅抑制 1 條鏈可能無法概括在敲除小鼠中觀察到的表型,其中兩條鏈都從基因組中刪除。
新內(nèi)膜形成和動脈粥樣硬化中的 miRNA
除了促纖維化作用外,miR-21 通過對血管平滑肌細胞 (SMC) 的促增殖和抗凋亡作用增強新內(nèi)膜生長 (44)。抑制 miR-21 可減少動物的支架內(nèi)再狹窄 (45)。 miRNA 洗脫支架的開發(fā) (46) 可以克服 miRNA 治療的主要挑戰(zhàn)之一,因為局部遞送降低了脫靶效應(yīng)的風險。 miR-29b 也是如此,它抑制血管 SMC 產(chǎn)生 ECM (47),而抑制會減緩腹主動脈瘤進展 (48) 并促進動脈粥樣硬化小鼠的有利斑塊重塑 (49)。如果開發(fā)了洗脫抗 miR-29b 的支架以抑制動脈瘤進展或穩(wěn)定有癥狀的動脈粥樣硬化斑塊,則在局部遞送 miR-29b 拮抗劑可以更巧妙地改變 ECM 平衡。
動脈粥樣硬化的關(guān)鍵事件是內(nèi)皮損傷和 SMC 從收縮表型轉(zhuǎn)變?yōu)楹铣杀硇汀?MiR-143 和 miR-145 作為一個簇一起轉(zhuǎn)錄,在 SMC 中含量非常豐富,在新內(nèi)膜形成的血管中觀察到顯著的下調(diào) 50, 51。這些 miRNA 一起調(diào)節(jié)血管 SMC 分化,因此,它們的損失有助于 SMC 去分化和動脈粥樣硬化 (52)。 MiR-126 在內(nèi)皮細胞中高度富集 (53)。它間接增強血管內(nèi)皮生長因子信號傳導,因此已在血管生成和內(nèi)皮修復(fù)的背景下進行了研究。有趣的是,這種 miRNA 的內(nèi)皮效應(yīng)似乎是由過客鏈而不是引導鏈介導的 (54)。盡管 miR-126 已被描述為內(nèi)皮細胞特異性 (53),但該 miRNA 在巨核細胞中表達,并可能在本文其他地方提到的血小板功能中發(fā)揮作用。
脂質(zhì)代謝中的 miRNA
MiR-122 在肝臟中非常豐富 55, 56。降低 miR-122 水平的藥理學策略降低了血漿膽固醇水平 13, 55。不幸的是,賊初的樂觀情緒被隨后的研究所抑制,這些研究顯示高密度脂蛋白膽固醇水平同時下降(57)。 miR-33(一種調(diào)節(jié)膽固醇代謝的 miRNA)也獲得了類似的發(fā)現(xiàn)。短期抑制是有益的 58, 59,但長期抑制高脂飲食的動物會產(chǎn)生有害影響,例如肝臟脂肪變性 (60)。賊近,一項針對人類肝細胞的研究將 miR-148a 確定為低密度脂蛋白膽固醇受體的調(diào)節(jié)劑 (61)。 miR-148a的全身抑制導致血漿低密度脂蛋白膽固醇顯著降低,但也增加了高密度脂蛋白膽固醇水平。抑制 miR-122 和 miR-33 的長期副作用,再加上針對血脂異常的新治療方案的出現(xiàn),可能會限制 miRNAs 調(diào)節(jié)脂質(zhì)代謝的臨床應(yīng)用。
miRNA作為生物標志物
miRNA 在血漿或血清中都存在、穩(wěn)定且可檢測到循環(huán) (62),它們要么與蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)合,要么包含在微泡或脂蛋白中。微泡和脂蛋白攜帶的 miRNA 被認為在遞送到細胞 63、64、65、66 時會影響蛋白質(zhì)表達。例如,miR-223 在血漿中相對豐富,并且可能在血細胞和血管細胞之間轉(zhuǎn)導內(nèi)分泌信號(67)。由于循環(huán) miRNA 的先進水平較低,仍有待證明 miRNA 轉(zhuǎn)移是否足以在受體細胞中實現(xiàn)有效的靶點抑制。
MI 后早期血液中可檢測到幾種心臟 miRNA,可能會縮短診斷時間 (68)。然而,與已建立的生物標志物(如高靈敏度肌鈣蛋白)的頭對頭比較發(fā)現(xiàn),miRNA 的檢測并沒有提高當前方法的正確性或?qū)嵱眯?(69)。此外,當前的 miRNA 檢測技術(shù)耗時且不能快速診斷 MI 患者。在肥厚型心肌病的背景下,較高水平的 miR-29a 與肥大和纖維化相關(guān) (70),但除了目前的診斷工具之外,它的臨床益處仍不清楚。
新的生物標志物搜索應(yīng)側(cè)重于未滿足的臨床需求,而不是已經(jīng)存在表現(xiàn)良好、已建立標志物的領(lǐng)域。例如,當前的 MI 風險預(yù)測模型可以改進。三項研究雖然采用不同的方法,但在繼續(xù)遭受急性 MI 71、72、73 的患者中檢測到差異表達的 miRNA。Karakas 等人。 (71) 發(fā)現(xiàn)單個 miRNA 與心血管死亡風險之間存在驚人的強相關(guān)性,盡管這是在高度選擇的人群中進行的,并且沒有與傳統(tǒng)的風險模型進行比較。在 Bye 等人的研究中,沒有單一的 miRNA 賦予急性心肌梗死風險的臨床顯著變化。 (72) 或由 Zampetaki 等人撰寫。 (73),但 miRNA 面板的綜合用途提高了傳統(tǒng)弗雷明漢風險模型的預(yù)測能力。 Zampetaki 等人選擇的 miRNA。 (73) 還預(yù)測了一組有癥狀的冠狀動脈疾病患者的死亡率 (74)。已經(jīng)報道了其中 2 種 miRNA 與血小板功能之間的機制聯(lián)系:miR-126 (75) 和 miR-223 (76)。循環(huán) miRNA 可以來自多種細胞類型,但血小板的貢獻很大 75, 76。循環(huán) miRNA 的水平受抗血小板治療的影響 (77),并與心肌梗死后患者現(xiàn)有的血小板反應(yīng)性測定相關(guān) (75 )。血小板 miRNA 與高反應(yīng)性血小板有關(guān) (78)。
結(jié)論
miRNA 可以調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)表達,因此是理解和治療 CVD 的熱門話題。目前的治療策略側(cè)重于全身性抗 miR 遞送,這引起了對脫靶效應(yīng)的擔憂,包括血小板活化 (79)。未來的努力應(yīng)該旨在評估特定細胞類型的策略或本地交付。對于心血管系統(tǒng),可以通過使用腺相關(guān)病毒載體進行細胞類型特異性 miRNA 遞送或納米顆粒結(jié)合的抗 miR 或 miRNA 模擬物來實現(xiàn)增強的靶向性 (80)。
臨床前研究主要集中在確定單一組織或細胞類型內(nèi)的機制。然而,需要謹慎以避免過快地進行臨床評估。 miRNA 對蛋白質(zhì)表達的調(diào)節(jié)高度依賴于環(huán)境和細胞類型,它們的普遍表達使得 miRNA 療法的副作用無法預(yù)測。因此,針對單個 miRNAs 需要對全身效應(yīng)進行細致的評估。推進 miRNA 療法的謹慎方法可能會減緩臨床應(yīng)用的進展,但可能會使 miRNA 療法免于與基因療法類似的挫折。 miRNA 的巨大潛力證明了在 CVD 的大規(guī)模臨床研究之前進行憂慮是合理的。
循環(huán) miRNA 在疾病表型中的表達存在差異,并被認為是新的生物標志物。它們的血小板來源可以使循環(huán) miRNA 在 CVD 的背景下特別相關(guān)。血小板反應(yīng)性可能會帶來心血管風險,但沒有單一公認的生物標志物。需要在更大的隊列中進行更多的機制研究和驗證,以確定 miRNA 生物標志物的臨床效用。
(責任編輯:佳學基因)