【佳學基因檢測】什么腫瘤基因檢測？癌癥基因檢測怎么做才會正確有用！
就在3-5年前，醫(yī)生們在建議進行癌癥病人的基因測試時，仍會產(chǎn)生懷疑。而且有超過50%的腫瘤科醫(yī)生自己都不承認。從2019年開始，基因檢測已經(jīng)成為癌癥患者診斷和治療的必需選擇。也就是說，幾乎每一位癌癥患者在先進次去看醫(yī)生時，醫(yī)生都建議患者有一個合格的基因檢測報告。醫(yī)生根據(jù)這個報告對腫瘤的發(fā)生、遺傳及個性化治療進行更為正確的分析。業(yè)內(nèi)公認，人類社會已經(jīng)進入了腫瘤的正確化高效治療時代的時代。這個時代與5年前相比，患者的整體生存期更長，帶癌生存的痛苦更少。同時，腫瘤和癌癥向一個代遺傳的可能性變得更小。這些都有賴于正確、有用的腫瘤基因檢測的推廣和使用。
伴隨著基因信息技術(shù)在醫(yī)學領域的飛速發(fā)展，以及基因解碼對腫瘤發(fā)病機制的深入和透徹的揭示，腫瘤治療已經(jīng)從前的細胞毒性、廣范圍、無選擇地殺死細胞的藥物治療時代過渡到后基因組時代的正確靶向治療歲月。
那什么是腫瘤基因檢測？癌癥基因檢測到底有什么應用呢？許多癌癥、腫瘤病人對基因檢測所知甚少。為了讓基因信息知識更好地為腫瘤患者待來科技的價值，腫瘤基因檢測網(wǎng)為癌癥病人做了一個全面的介知識普及，希望癌癥病人在進行診斷和治療前，一定要認真考略基因檢測的作用和意義，做好選擇！
一、癌癥基因是什么？
癌癥細胞和正常細胞不一樣，有許多不同，其中賊大的區(qū)別是癌細胞由于基因發(fā)生了突變，而失去控制生成的能力，從而產(chǎn)生腫瘤，甚至是轉(zhuǎn)移、損傷組織和器官。
許多類型的基因變化可以引起癌癥的發(fā)生。主要有四類：
1) 單核苷酸變異體，又稱點突變。SNV是英文是單個核苷酸序列突變形式的英文表達方式的單字母縮寫，它是指基因突變只有一個堿基的位置上發(fā)生。它們可導致編碼蛋白質(zhì)的氨基酸序列(錯義突變)或蛋白質(zhì)過早截斷(無義突變)，從而改變蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能。這種改變，可以能過基因解碼技術(shù)得到全面的了解。
2) 短小DNA片段插入重復和復制。主要是指2個或2個以下相互連續(xù)的核苷酸序列的或缺失，即一個或多個堿基的插入或缺失。這類突變可能是“閱讀框內(nèi)突變”，導致蛋白中氨基酸的加入或減少，或者引起“移位”，通常導致蛋白質(zhì)序列發(fā)生大部分的紊亂，有的會導致過早截斷，總的效應是人體內(nèi)的某個必須功能的蛋白質(zhì)不再存在。
3)外顯子或基因拷貝數(shù)量變化。外顯子拷貝數(shù)變化包括包含整個外顯子和影響蛋白質(zhì)功能域的大量重復或缺失。復制數(shù)或者說是CNV，則是先進整個片段的成倍數(shù)整體增加或減少。
4)遺傳材料的結(jié)構(gòu)變異(SV)或大型結(jié)構(gòu)異常，包括由染色體間或染色體間的斷點造成的易位或倒位。這往往導致融合基因和相關的融合蛋白。
一般情況下，癌變基因聚集于腫瘤的“熱點”突變。某些熱點SNV可能會頻繁出現(xiàn)，而其他的SNV則不多見。比如，40%的黑素瘤發(fā)生了BRAFV600E突變，而BRAFL597S突變發(fā)生率為1%。
二、癌癥基因檢測是什么？
先進的腫瘤診斷和治療研究表明，癌癥是一種可以遺傳的疾病，它和基因突變有著千絲萬縷的聯(lián)系，這些突變在某種程度上也決定著癌細胞的生長和分裂，而且這個突變也可能被遺傳。這個時候，可以對腫瘤的基因圖譜進行檢測，從而確定究竟發(fā)生了什么突變，這個過程被稱為基因檢測。
基因檢測可以幫助醫(yī)生在實際的治療過程中確定賊佳的治療方案。例如：有些人患上肺癌后，可以通過基因檢測來檢測癌細胞中的EGFR，一旦發(fā)現(xiàn)變異，就可以用相應的靶向藥來治療。例如，有些腫瘤很難診斷，需要依賴特定的基因改變來幫助診斷。比如說很多肉瘤長得形狀像梭子，又長又扁。如果通過基因檢測，確實有ASPL-TFE3融合現(xiàn)象的存在，就可據(jù)此診斷為腺泡軟組織肉瘤。
運用多種方法，找到并仔細分析這些變異基因，有助于臨床診斷，指導治療選擇，輔助監(jiān)測反復和耐藥性，以及預測生存期等。
癌癥基因檢測從簡單到復雜。賊為簡單的測試只能檢測到某一基因的突變類型。例如，只在BRAF是一個長達數(shù)萬個以上的基片段，每一個編碼位置有一個坐標。而簡單的尤其是基因于 PCR的檢測只能檢測一個位置如：c.1799處突變一個特定的由A到T的突變。而根據(jù)基因解碼的理論，單是這一個位置的突變就會有多達8種。
反之，賊復雜的檢測方法是一次檢測所有主要的基因變化，包括替換、重復、插入、缺失、插入、基因復制數(shù)變異和結(jié)構(gòu)變異，包括倒位和移位。
三、基因檢測的靶向治療是什么？
治療惡性腫瘤時，一個令人困惑的問題是：同一病程、同一病理類型的惡性病人，采用相同的治療方案，其療效(如生存期)為何有顯著差異？
伴隨著人類基因組計劃完成后，人們對大量的腫瘤組織、腫瘤病人的基因測序的研究，尤其是基因解碼技術(shù)的應用，腫瘤治療人員發(fā)現(xiàn)，同一類腫瘤的細胞分子生物學差異可能是導致疾病個體化差異的原因，而這些基因和腫瘤的發(fā)生密切相關，也就是腫瘤的驅(qū)動基因。在肺癌中，出現(xiàn)頻率賊高的驅(qū)動基因包括EGFR突變、ALK融合、KRAS序列變化、HER2擴增或突變、BRAF序列改變、PIK3CA位點或片段異常等、AKTI、MEKI、NRAS和MET。驅(qū)動力基因不同，病人對腫瘤的治療反應也會不同，這就是同一分型、分期腫瘤患者之間療效差異的原因。
當前，諸如靶向藥物等藥物對某些腫瘤基因突變具有正確殺傷作用，而在不同腫瘤病人中，腫瘤驅(qū)動基因的突變存在差異，因此通過基因檢測，了解患者哪種基因發(fā)生突變，適合于應用哪種藥物，從而實現(xiàn)對腫瘤基因突變的正確殺傷。
例如，有一半以上的晚期肺腺癌患者攜帶突變的EGFR、ALK、ROS-1等，這類患者可以嘗試靶向藥物，見效率高，副作用小，生存時間也比較長。有些患者甚至依賴于一代一代的靶向藥物與傳統(tǒng)放化療相結(jié)合，存活10~20年的超級幸運病例。
四、癌癥基因檢測所采用的技術(shù)優(yōu)劣勢大比拼。
1、等位基因特異性區(qū)分鑒別PCR特異性。
優(yōu)點：靈敏度可達1-5%。PCR儀器除外，不需專用設備。
缺點：靶向特異性，無法檢測出腫瘤DNA中可能存在的其他突變。若未設計靶標序列，則可能發(fā)生癌癥基因漏檢。
2、雙脫氧測序技術(shù)。
優(yōu)點：能夠檢測各種未知的突變。在先進次提取RNA的時候，可以用來檢測融合基因。需對儀器進行排序。
缺點：勞動強度大，在同一時間只能檢測到少量突變序列，而與野生型相比，DNA空變量至少要達到20-25%。未發(fā)現(xiàn)外顯子或基因拷貝數(shù)有任何變化。
3、焦磷酸測序。
優(yōu)點：檢測DNA突變，靈敏度可達5%。
缺點：需要焦磷酸測序儀器；對于可以在腫瘤DNA中發(fā)現(xiàn)的突變類型有限，只能探測出實驗設計人員想要檢測的序列，并且無法檢測超出檢測容量的突變序列。
4、質(zhì)譜分析。
優(yōu)點：靈敏度為5-10%,DNA突變檢測高效；檢測多種基因。
缺點：需要質(zhì)譜儀；SNV特異性強，不能發(fā)現(xiàn)其他腫瘤DNA突變。
5、單堿基擴展測定。
優(yōu)點：靈敏度高，高效檢測5-10%突變DNA，檢測多種基因。沒有特殊設備是必要的。
缺點：SNV特異性強，在腫瘤DNA中無法檢測到其他可能的突變。
優(yōu)點：一次可快速檢測多種突變。沒有特殊設備是必要的?？梢詸z測到目標SNV10%。
缺點：檢測外顯子或基因拷貝數(shù)變異，要求突變DNA在20-40%的水平上存在。靶向SNV、外顯子和基因拷貝數(shù)變體都是特異的，其他腫瘤DNA突變不能被發(fā)現(xiàn)。不一定與相關基因或突變有關。新式冰凍組織的DNA提取效果優(yōu)于石蠟包埋組織。
7、熒光原位雜交-FISH。
優(yōu)點：便于檢測基因拷貝數(shù)變化以及其它方法難以檢測到的目標突變；基于細胞的成像可以檢測細胞內(nèi)的事件。
缺點：需要石蠟包埋組織沒有染色切片，無法檢測到發(fā)生在實體瘤中的大多數(shù)突變類型。
8、新一代DNA序列測定獲取技術(shù)-捕獲目標靶位特異性基因序列，實現(xiàn)高正確度測序。
優(yōu)點：能同時檢測單個堿基替換和更復雜的突變，包括在一次檢測中許多基因重復、插入、缺失和插入缺失；需要少量DNA。當“覆蓋深度”(1000x覆蓋率)測序時，該測定方法對檢測低豐度突變非常敏感。
缺點：費用和成本高；制備DNA的方法和傳統(tǒng)的一代測序及醫(yī)院用的分子診斷的方法有效不同，需要特制的試劑，而且數(shù)據(jù)量大。遺傳物質(zhì)的多重拷貝數(shù)變化和基因結(jié)構(gòu)型變異無法檢測。
9、新一代測序-雜交捕獲。
優(yōu)點：一次試驗可同時檢測多個基因的替代突變、重復變異、插入變化、缺失改變、外顯子和基因拷貝數(shù)變化。檢測器還可用于捕獲經(jīng)常重排的基因中的選擇性斷點，如FoundationOneTM。
缺點：昂貴；與傳統(tǒng)實驗準備流程不同，需要與專用的實驗儀器和設備，工作人員需要嚴格的培訓。實驗空間要求高。需要新鮮的具備一定量的腫瘤組織。檢測結(jié)果不直觀，需要具備生物學和計算機科學的跨學科人才。
10、全外顯子組新一代測序。
優(yōu)點：中等綜合。該方法還可同時檢測多個基因的堿基替換、序列重復、片段插入、多核苷酸缺失、基因信息插入以及外顯子和基因拷貝數(shù)量的變化。
缺點：昂貴；需要采用與與傳統(tǒng)的分子診斷突變檢測技術(shù)有效不同的生物材料DNA制備方法；采用腫瘤活檢組織需要更多的腫瘤組織；需要精通生物學和計算機科學的生物信息學畢業(yè)生。
11、新一代測序-全基因組測序。
益處：賊全面。對堿基替換、片段重復、序列插入、序列缺失、基因和外顯子數(shù)量的拷貝變化進行全基因組同步檢測，并可對染色體進行轉(zhuǎn)換。
缺點：昂貴且產(chǎn)量低；需要與傳統(tǒng)的變異檢測技術(shù)有效不同的DNA制備方法；如果腫瘤組織量不夠，檢測和測試無法進行。檢測數(shù)據(jù)需要經(jīng)過計算機處理后才能進行解讀和分析。對數(shù)據(jù)存儲和處理有巨大的計算需求。
12、PCR-ddPCR。
優(yōu)點：靈敏度高，特異性強，比較便宜。
缺點：只能檢測已知的定向突變；僅限于檢測到的突變類型；每個試驗只能檢測到少量的突變。
13、BEAMing技術(shù)。
優(yōu)點：靈敏度高，特異性強。
缺點：只能檢測已知的定向突變；僅限于檢測到的突變類型；每個試驗只能檢測到少量的突變。
怎樣選擇一個高效的基因測試機構(gòu)？
目前國內(nèi)基因監(jiān)測檢測或者是測試機構(gòu)超過三千多家，有一批出色像佳學基因這樣的大公司，有獨特找基因解碼技術(shù)，但是還有很多沒有技術(shù)實力的臨時搭建的班子，有的甚至成立不到幾個月時間。很可能花錢，耽誤了，結(jié)果卻什么也檢測不出來，因此，基因檢測的先進步是找一家權(quán)威的檢測機構(gòu)！對于所有的腫瘤患者來說，很難確定哪個基因檢測機構(gòu)是可信的。在檢測之前，請先了解全球腫瘤醫(yī)生網(wǎng)的兩個要點：
1、有國家醫(yī)學檢驗實驗室資質(zhì)，被認為是臨床試驗行業(yè)的通行，是醫(yī)療機構(gòu)品質(zhì)和質(zhì)量得到承認并持續(xù)接受監(jiān)管的標志
為規(guī)范臨床試驗供應商的質(zhì)量管理體系和臨床試驗試劑盒，中國發(fā)布了一系列關于第三方醫(yī)學檢驗實驗室的標準，并廣泛開展，兩隨機一公開。這充分說明中國醫(yī)療機構(gòu)的監(jiān)管可以高效檢測的質(zhì)量。
美國病理學會的英文全稱，很多人不熟悉。以其在疾病診斷中的“黃金標準”地位，對CLIA進行了解讀，制定了具有可操作性的質(zhì)量評估規(guī)范和認證體系。
CLIA和CAP兩項認證被認為是臨床試驗行業(yè)的賊高標準，佳學基因等機構(gòu)全面采用相關和相近的標準進行操作！
2、選擇滿分通過臨床檢驗中心的基因檢測機構(gòu)的項目更加安全！
中國衛(wèi)生健康委醫(yī)管局已經(jīng)發(fā)出警告，現(xiàn)在市場上不同的基因檢測結(jié)果差異很大。一方面，不同公司同一種產(chǎn)品的檢測結(jié)果存在差異，其原因可能在于序列測定原理、測序系統(tǒng)設計、實驗過程管理和培訓、生物信息算法、結(jié)果解讀等方面的差異；另一方面，同一產(chǎn)品在不同臨床機構(gòu)對同一種產(chǎn)品的理解和治療方法也存在差異，這可能是由于對基因的理解和治療不同，或者具有臨床意義。通過對Brca基因檢測結(jié)果的分析，不同的企業(yè)、不同的臨床機構(gòu)對Brca的解釋規(guī)則和解釋能力有差異。
如今，F(xiàn)DA已經(jīng)批準了兩種專門針對癌癥患者設計的基因測試產(chǎn)品，如果相做檢測的患者或者家屬，甚至是醫(yī)療機構(gòu)不信任市場上的檢測機構(gòu)，那么選擇滿分通過國家臨床檢驗中心質(zhì)量檢測的檢測將會相對更加安全。
基因解碼技術(shù)成癌癥臨床應用基因檢測實踐和應用的先河。
在2017年，佳學基因獲得中國國家的臨床醫(yī)學檢驗實驗室的開業(yè)許可，開始提供下一代測序技術(shù)開發(fā)出來的NGS伴隨診斷的突破性產(chǎn)品，是新穎NGS伴隨診斷產(chǎn)品，對任何實體腫瘤都具有里程碑式的意義。
(責任編輯：佳學基因)
