【佳學(xué)基因檢測】基于 16S-23S rRNA 區(qū)域的下一代測序開發(fā)用于分配鏈球菌和腸球菌物種的參考數(shù)據(jù)集

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探索多種病因的一次性基因檢測診斷檢測時，病源微生生基因檢測策略組分析比較了《J Virol》在 2021 Oct; 95(20): e01164-21發(fā)表了一篇題目為《基于 16S-23S rRNA 區(qū)域的下一代測序開發(fā)用于分配鏈球菌和腸球菌物種的參考數(shù)據(jù)集》臨床微生物基因檢測臨床研究文章。該研究由R. Alexander Martino,Edwin C. Fluck, III,Jacqueline Murphy,Qiang Wang,Henry Hoff,Ruth A. Pumroy,Claudia Y. Lee,Joshua J. Sims,Soumitra Roy,Vera Y. Moiseenkova-Bell,and James M. Wilson等完成。該研究展示了基因解碼技術(shù)在微生物學(xué)科領(lǐng)域的應(yīng)用，為宏基因組診斷性基因檢測增加了一個可信賴的選項。

病源微生物靶向藥物及正確治療臨床研究內(nèi)容關(guān)鍵詞：

鏈球菌,腸球菌,NGS,16S–23S rRNA 區(qū)域,遺傳鑒定,診斷

病原生微物靶向治療基因檢測臨床應(yīng)用結(jié)果

背景：鏈球菌和腸球菌屬的許多成員是臨床相關(guān)的機會性病原體，需要正確、快速地識別用于靶向治療。目前，基于 16S-23S rRNA 區(qū)域的下一代測序 (NGS) 開發(fā)的方法被證明是一種直接從多微生物和具有挑戰(zhàn)性的臨床樣本中進行物種鑒定的快速、可靠和正確的方法。由于缺乏許多細菌物種的 16S-23S rRNA 區(qū)域的參考序列，阻礙了將這種新方法引入常規(guī)診斷。本研究的目的是根據(jù) 16S-23S rRNA 區(qū)域的 NGS 對鏈球菌和腸球菌物種進行仔細分配。方法從臨床樣本中回收的 32 株菌株和代表 42 種鏈球菌物種和 9 種腸球菌物種的 19 株參考菌株進行細菌通過四種基于 Sanger 的測序方法識別編碼 (i) 16S rRNA、(ii) sodA、(iii) tuf 和 (iv) rpoB 的基因； 16S–23S rRNA 區(qū)域的 NGS 和 NGS。 結(jié)果：本研究允許獲取和沉積 15 種鏈球菌和 3 種腸球菌的 16S-23S rRNA 區(qū)域的參考序列，然后分別富集 27 和 6 個物種，其中參考序列在數(shù)據(jù)庫中可用。對于鏈球菌，16S-23S rRNA 區(qū)域的 NGS 與 tuf 和 rpoB 基因的 Sanger 測序一樣具有鑒別力，可以明確識別 93% 的分析物種。對于腸球菌，sodA、tuf 和 rpoB 基因測序允許鑒定所有物種，而基于 NGS 的方法不能僅鑒定一種腸球菌物種。對于這兩個屬，16S rRNA基因的序列分析具有較低的識別潛力，并且不如其他測試的識別方法。此外，在系統(tǒng)發(fā)育相關(guān)物種的情況下，僅基因間間隔區(qū)的序列分析不足以在物種水平上正確識別鏈球菌菌株。結(jié)論基于開發(fā)的參考數(shù)據(jù)集，現(xiàn)在可以通過以下方法可靠地識別臨床相關(guān)的鏈球菌和腸球菌物種樣本中的 16S–23S rRNA 序列。這項研究將有助于引入一種新的診斷工具，即 16S-23S rRNA 區(qū)域的 NGS，這無疑是對直接從多種微生物組成的臨床樣本中進行可靠的、不依賴于培養(yǎng)的物種鑒定的改進。關(guān)鍵詞：鏈球菌、腸球菌、NGS、16S –23S rRNA 區(qū)域，基因鑒定，診斷

病源微生物基因檢測國際數(shù)據(jù)庫描述：

 Streptococcus, Enterococcus, NGS, 16S–23S rRNA region, Genetic identification, Diagnostics

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