【佳學(xué)基因檢測】INDEL 檢測，正確基因組編輯的“阿喀琉斯之踵”：對基因編輯誘導(dǎo)的 indels 正確分析方法的調(diào)查

做完基因檢測 我后悔了—科學(xué)性

查重分析三甲醫(yī)師職稱提升腫瘤學(xué)《腫瘤個性治療的方法與措施》《BMC Genomics》在?2015; 16: 998發(fā)表了一篇題目為《INDEL 檢測，正確基因組編輯的“阿喀琉斯之踵”：對基因編輯誘導(dǎo)的 indels 正確分析方法的調(diào)查》腫瘤靶向藥物治療基因檢測臨床研究文章。該研究由Praveen F. Cherukuri, Valerie Maduro, Karin V. Fuentes-Fajardo, Kevin Lam, NISC Comparative Sequencing Program, David R. Adams,等完成。促進(jìn)了腫瘤的正確治療與個性化用藥的發(fā)展，進(jìn)一步強調(diào)了基因信息檢測與分析的重要性。

腫瘤靶向藥物及正確治療臨床研究內(nèi)容關(guān)鍵詞：

基因組編輯,可編程核酸酶,鋅指核酸酶,ZFNs,轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)核酸酶,TALENs,CRISPR,

腫瘤靶向治療基因檢測臨床應(yīng)用結(jié)果

基因組編輯技術(shù)的進(jìn)步使得在單堿基水平上操縱基因組成為可能。這些技術(shù)基于可編程核酸酶 (PN)，包括大范圍核酸酶、鋅指核酸酶 (ZFN)、轉(zhuǎn)錄激活因子樣效應(yīng)核酸酶 (TALEN) 和成簇規(guī)則間隔短回文重復(fù)序列 (CRISPR)/CRISPR 相關(guān) 9 (Cas9) 核酸酶并使研究人員能夠刪除、插入或替換細(xì)胞、組織和整個生物體中的基因組 DNA。重新設(shè)計 PN 的基因組靶特異性的巨大靈活性極大地擴展了基因編輯在生命科學(xué)中的應(yīng)用范圍，并顯示出開發(fā)下一代基因療法的巨大希望。 PN 技術(shù)的原理是在基因組中用戶指定的位點誘導(dǎo) DNA 雙鏈斷裂 (DSB)，然后對誘導(dǎo)的 DSB 進(jìn)行細(xì)胞修復(fù)。 PN 引發(fā)的 DSB 主要通過非同源末端連接 (NHEJ) 和微同源介導(dǎo)的末端連接 (MMEJ) 途徑修復(fù)，可引發(fā)各種小的插入或缺失 (indel) 突變。如果在蛋白質(zhì)編碼序列中引發(fā)插入缺失并改變閱讀框，則可以使用任何可用的 PN 輕松實現(xiàn)靶向基因敲除 (KO)。盡管原則上可以輕松實現(xiàn)基因失活，但在實踐中，成功的 KO 不僅取決于 NHEJ 和 MMEJ 修復(fù)的效率；它還取決于所使用的 PN 的設(shè)計和特性、選擇的遞送格式、目標(biāo)位點先進(jìn)的插入缺失修復(fù)結(jié)果、目標(biāo)位點的染色質(zhì)狀態(tài)以及編輯細(xì)胞中修復(fù)途徑的相關(guān)活動。這些變量排除了對 PN 誘導(dǎo)插入缺失的性質(zhì)和頻率的正確預(yù)測。因此，任何基因 KO 實驗的關(guān)鍵步驟都是檢測、表征和量化在細(xì)胞、組織或整個生物體中的目標(biāo)基因組位點誘導(dǎo)的插入缺失。在本次調(diào)查中，我們簡要回顧了自然發(fā)生的插入缺失及其檢測。接下來，我們回顧了為檢測 PN 誘導(dǎo)的插入缺失而開發(fā)的方法。我們簡要概述了實驗步驟并描述了各種方法的優(yōu)缺點，以幫助用戶為其編輯應(yīng)用程序確定合適的方法。我們重點介紹了賊近的進(jìn)展，這些進(jìn)展能夠正確和靈敏地量化細(xì)胞中的插入缺失事件，而不管它們的基因組復(fù)雜性如何，將不同插入缺失事件的復(fù)雜池轉(zhuǎn)化為信息豐富的插入缺失圖譜。賊后，我們回顧了通過使用新方法對 PN 引發(fā)的插入缺失形成的了解，以及這種見解如何幫助進(jìn)一步推進(jìn)基因組編輯領(lǐng)域。

腫瘤發(fā)生與反復(fù)轉(zhuǎn)移國際數(shù)據(jù)庫描述：

genome editing,programmable nucleases,zinc-finger nucleases,ZFNs, transcription activator-like effector nucleases,TALENs,CRISPR,