【佳學(xué)基因檢測】腫瘤基因檢測為什么要獲取編碼區(qū)突變和剪接位點突變？

腫瘤基因檢測導(dǎo)讀：

腫瘤基因解碼基因檢測采用的全基因組測序與全外顯子測序（WES）一樣能夠檢測編碼區(qū)和接近外顯子-內(nèi)含子接頭處的剪接位點中的體細(xì)胞SNV和短插入缺失（1-10 bp）。癌癥全基因組測序能夠檢測內(nèi)含子區(qū)域的體細(xì)胞突變，這些突變對腫瘤的發(fā)生、轉(zhuǎn)移與反復(fù)的影響難以通過數(shù)據(jù)庫比對進行評估和解釋。然而，基因解碼結(jié)合RNA-Seq數(shù)據(jù)的分析可以評估深內(nèi)含子和同義突變的影響，并研究基因組改變的轉(zhuǎn)錄或功能后果。除了在外顯子-內(nèi)含子接頭處（GU-AG共識位點）的突變外，深內(nèi)含子區(qū)域的突變可以產(chǎn)生新的剪接供體或接受體位點，產(chǎn)生新的剪接形式。編碼區(qū)和內(nèi)含子區(qū)的同義突變可以改變調(diào)節(jié)剪接和癌癥相關(guān)基因功能的外顯子模體。腫瘤基因解碼對全基因組測序和RNA-Seq進行系統(tǒng)的聯(lián)合分析，以解釋這些非編碼突變。

全基因組測序（WGS）和RNA-Seq中的非編碼突變和基因表達(dá)。內(nèi)含子突變可以影響剪接形式。5'UTR和啟動子區(qū)域的突變可以改變轉(zhuǎn)錄活性，基因間區(qū)域中的增強子、沉默子或絕緣子等調(diào)控元件可以影響染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄活性。3'UTR的突變可以通過改變miRNA結(jié)合和其他機制來改變RNA穩(wěn)定性和蛋白質(zhì)翻譯。非編碼RNA，尤其是miRNA和lincRNA的突變，可能改變編碼RNA/蛋白質(zhì)和調(diào)控元件的相互作用，并改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu)。
 

什么是編碼區(qū)突變？

編碼區(qū)突變是指發(fā)生在基因編碼區(qū)域的突變?；蚓幋a區(qū)域是指基因中包含編碼蛋白質(zhì)所需的信息的區(qū)域，也稱為外顯子區(qū)域。編碼區(qū)突變可以導(dǎo)致蛋白質(zhì)序列的改變，進而影響蛋白質(zhì)的功能。這些突變可以是單個堿基的改變，也可以是插入、缺失或倒位等多種形式的改變。編碼區(qū)突變是導(dǎo)致遺傳疾病的主要原因之一，也是腫瘤發(fā)生和發(fā)展的重要驅(qū)動因素之一。
 

什么剪接位點突變？

剪接位點突變是指在基因的剪接位點發(fā)生突變，導(dǎo)致剪接過程發(fā)生異?；蝈e誤。剪接位點是指在基因的轉(zhuǎn)錄過程中，mRNA的前體RNA（pre-mRNA）經(jīng)過剪接作用，將其中的內(nèi)含子（intron）剪除，將外顯子（exon）連接起來形成成熟的mRNA。剪接位點突變可能導(dǎo)致以下情況：

1. 剪接位點突變導(dǎo)致剪接錯誤：剪接位點突變可能導(dǎo)致剪接過程中的剪接酶無法正確識別剪接位點，導(dǎo)致剪接錯誤，使得mRNA中含有錯誤的外顯子或缺失某些外顯子，從而影響基因的表達(dá)和功能。

2. 剪接位點突變導(dǎo)致剪接劇變：剪接位點突變可能導(dǎo)致剪接過程中的剪接酶選擇性剪接的偏好發(fā)生改變，使得原本正常的剪接模式發(fā)生劇變，產(chǎn)生新的剪接變體。這些剪接變體可能具有不同的外顯子組成，從而導(dǎo)致基因產(chǎn)生不同的蛋白質(zhì)產(chǎn)物，影響基因的功能。

剪接位點突變是一種常見的基因突變形式，它可以導(dǎo)致多種遺傳疾病的發(fā)生，包括遺傳性疾病、癌癥等。研究剪接位點突變對基因功能的影響，對于理解基因調(diào)控和疾病發(fā)生機制具有重要意義。"