【佳學(xué)基因檢測】GWAS技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)：基因檢測再升級

來源：基因檢測技術(shù)
作者：基因檢測解決方案
時(shí)間：2022-03-30 13:07
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【佳學(xué)基因】GWAS技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)：基因檢測再升級。結(jié)直腸癌基因檢測導(dǎo)讀：《腫瘤基因檢測及正確治療的必要性》指出：結(jié)直腸癌是男性第三大常見癌癥，女性第二大常見癌癥?！赌[瘤發(fā)生發(fā)展的趨勢分析》統(tǒng)計(jì)，僅2015年新增病例165萬例，死亡近835000例。單個(gè)個(gè)體體內(nèi)的腫瘤遺傳易感性基因是大腸癌發(fā)生的一個(gè)重要病因，它可以早期檢測，早期預(yù)防，并可以通

【佳學(xué)基因檢測】GWAS技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)：基因檢測再升級

結(jié)直腸癌基因檢測導(dǎo)讀

《腫瘤基因檢測及正確治療的必要性》指出：結(jié)直腸癌是男性第三大常見癌癥，女性第二大常見癌癥?！?a href='http://lucasfraser.com/cp/zhongliu/' target='_blank'>腫瘤發(fā)生發(fā)展的趨勢分析》統(tǒng)計(jì)，僅2015年新增病例165萬例，死亡近835000例。單個(gè)個(gè)體體內(nèi)的腫瘤遺傳易感性基因是大腸癌發(fā)生的一個(gè)重要病因，它可以早期檢測，早期預(yù)防，并可以通過《婚前、孕前基因解碼阻斷遺傳》。據(jù)《結(jié)直腸癌發(fā)生的趨動基因》估計(jì)，結(jié)直腸癌的易感基因有APC、MUTYH、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、PTEN、STK11、GREM1、BMPR1A、SMAD4、POLE、POLD1、NTHL1和TP53等近850個(gè)。其中罕見的高外顯率種系突變在普通人群中的結(jié)直腸癌病例中所占比例不到10%。在過去十年中，全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）已經(jīng)確定了大約100個(gè)與結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的獨(dú)立位點(diǎn)。然而，這些常見的遺傳風(fēng)險(xiǎn)變異體或者是突變序列僅解釋了結(jié)直腸癌家族相對風(fēng)險(xiǎn)的一小部分，表明其他給患者帶來易感性的基因突變序列并未能通過已有的GWAS突變得以發(fā)現(xiàn)，基于引，部分基因檢測機(jī)構(gòu)提出基因解碼解決方案，將腫瘤風(fēng)險(xiǎn)及腫瘤致病基因的檢測拓展到數(shù)據(jù)庫記錄的位點(diǎn)之外。這一做法在奉行檢測指導(dǎo)共識的人群中持審慎態(tài)度，但是對于將探索結(jié)直腸癌的廣大未知領(lǐng)域的專家則對此持歡迎態(tài)度。

《腫瘤發(fā)生及轉(zhuǎn)移的人群差異》記錄了亞洲人在基因結(jié)構(gòu)上與歐洲后裔存在的顯著差異。亞洲人的遺傳學(xué)研究可能為探索結(jié)直腸癌的遺傳結(jié)構(gòu)提供機(jī)會，包括識別新的變異。結(jié)直腸癌基因解碼聯(lián)盟于2010年成立了亞洲結(jié)直腸癌聯(lián)合會（ACCC），以確定結(jié)直腸癌的新遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素。在過去的10年里，結(jié)直腸癌研究與治療聯(lián)盟已經(jīng)確定了大約30個(gè)新的結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)。為了進(jìn)一步提高發(fā)現(xiàn)新的結(jié)直腸癌易感基因座的統(tǒng)計(jì)能力，結(jié)直腸癌基因解碼專業(yè)小組利用來自58131例病例和67347例歐洲血統(tǒng)對照組（10）的研究數(shù)據(jù)，復(fù)制了在三個(gè)東亞國家（中國、日本和韓國）進(jìn)行的15項(xiàng)研究中招募的23572例病例和48700例對照組所組成的GWAS中發(fā)現(xiàn)的很有意義的基因突變序列。此外，結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)基因鑒定研究還加放了條件分析，以確定亞洲人先前研究中確定的每個(gè)結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)的潛在獨(dú)立信號。

結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)基因解碼新增加的基因檢測位點(diǎn)

基因座	SNP	位點(diǎn)坐標(biāo) (hg19)	鄰近基因	等位基因	亞州人 ( 23,572 病例 48,700 對照）controls)				歐洲裔 (58,131 病例 67,347 對照)				綜合數(shù)據(jù)分析
基因座	SNP	位點(diǎn)坐標(biāo) (hg19)	鄰近基因	等位基因	RAF	OR (95% CI)	P	Phet	RAF	OR (95% CI)	P	Phet	OR (95% CI)	P	Phet
（選擇標(biāo)準(zhǔn)： P < 5 × 10−8					）
1p13.3	rs67052019	110,365,461	EPS8L3	Dela/Ref	0.18	1.13 (1.08–1.18)	3.9 × 10−8	0.28	–	NAb	–	–	–	–	–
12q22	rs11108175	96,050,887	NTN4	A/G	0.80	1.08 (1.05–1.12)	5.7 × 10−6	0.10	0.59	1.05 (1.03–1.07)	2.6 × 10−7	0.88	1.05 (1.04–1.07)	2.7 × 10−11	0.10
12q24.21	rs9634162	115,098,094	TBX3	A/G	0.48	1.07 (1.03–1.10)	2.4 × 10−5	0.68	0.51	1.04 (1.03–1.06)	7.5 × 10−7	0.02	1.05 (1.03–1.07)	2.3 × 10−10	0.24
Loci near genome-wide significance with P <1 × 10−7 but > 5 × 10−8
8p21.2	rs60911071	23,664,632	STC1	G/C	0.64	1.07 (1.04–1.10)	1.2 × 10−6	0.8	0.95	1.05 (1.01–1.10)	3.2 × 10−2	0.14	1.07 (1.04–1.09)	5.8 × 10−8	0.48
9p13.3	rs62558833	34,039,002	UBAP2	T/C	0.55	1.08 (1.05–1.11)	3.6 × 10−7	0.1	0.29	1.03 (1.01–1.05)	1.7 × 10−3	0.62	1.05 (1.03–1.06)	7.5 × 10−8	0.01

Abbreviations: alleles, risk allele/reference allele; CI, confidence interval; Phet: P value derived from the heterogeneity test; RAF, risk allele frequency.

(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)

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