【佳學(xué)基因檢測(cè)】TP53突變基因檢測(cè)

TP53基因檢測(cè)的重要意義

腫瘤抑制基因Tp53編碼p53，一個(gè)具有廣泛目標(biāo)基因重要轉(zhuǎn)錄因子。在DNA損傷和癌基因活化時(shí)，p53的誘導(dǎo)和穩(wěn)定功能可誘導(dǎo)細(xì)胞周期阻滯、凋亡或衰老。TP53是人體中一個(gè)非常重要的腫瘤抑制基因，也被稱為“癌基因”。TP53基因的突變可以導(dǎo)致多種類型的腫瘤的發(fā)生，包括但不限于以下一些常見的腫瘤： 結(jié)腸癌：TP53突變?cè)诮Y(jié)腸癌的發(fā)生中起到重要作用。 乳腺癌：在某些乳腺癌患者中，TP53基因突變可以導(dǎo)致腫瘤的發(fā)展。 肺癌：非小細(xì)胞肺癌和小細(xì)胞肺癌中都能夠發(fā)現(xiàn)TP53基因的突變。 卵巢癌：某些卵巢癌患者中也存在TP53基因突變。 胃癌：TP53基因突變可以在胃癌中發(fā)揮作用。 胰腺癌：一些胰腺癌患者中也發(fā)現(xiàn)了TP53基因的突變。 膀胱癌：TP53突變與一部分膀胱癌患者相關(guān)。 骨髓瘤：TP53突變可以在多發(fā)性骨髓瘤等血液系統(tǒng)腫瘤中發(fā)揮作用。 腦瘤：某些腦瘤中也存在TP53基因的突變。 請(qǐng)注意，雖然TP53突變與這些腫瘤之間存在關(guān)聯(lián)，但它并不是這些腫瘤的唯一原因，腫瘤的發(fā)生通常是多因素的結(jié)果。此外，不同的TP53突變可能導(dǎo)致不同的腫瘤表現(xiàn)和嚴(yán)重程度。因此，在腫瘤的治療和預(yù)防中，了解TP53基因的突變狀態(tài)對(duì)于確定治療策略和預(yù)后評(píng)估非常重要。

TP53基因檢測(cè)所揭示的疾病風(fēng)險(xiǎn)

佳學(xué)基因在《人的基序列變化與疾病表征》提供了關(guān)于 P53 基因的胚系突變及其引起的疾病。突變廣泛分布于 P53 基因，導(dǎo)致氨基酸殘基 72 和 325 之間發(fā)生變化。

對(duì)TP53各種突變的統(tǒng)計(jì)分析，發(fā)現(xiàn)TP53存在熱點(diǎn)突變，有 3 個(gè)突變“熱點(diǎn)”影響 p53 的殘基 175、248 和 273。在第 273 位發(fā)現(xiàn)了賊高百分比的突變 。

致病基因鑒定基因解碼研究了不同類型人類癌癥中 P53 進(jìn)化保守密碼子的突變庫(kù)。癌變?cè)诮Y(jié)腸癌、腦癌和淋巴惡性腫瘤中占主導(dǎo)地位，而 G:C 到 T:A 的顛換是在肺癌和肝癌中觀察到的賊常見的替代。A:T 堿基對(duì)的突變?cè)谑彻馨┲斜仍谄渌麑?shí)體瘤中更常見。結(jié)直腸癌、腦腫瘤、白血病和淋巴瘤中的大多數(shù)轉(zhuǎn)變都發(fā)生在 CpG 二核苷酸突變熱點(diǎn)。肺癌、乳腺癌和食管癌中的 G-to-T 顛換分散在眾多密碼子中。在來(lái)自黃曲霉毒素 B1 (AFB1) 和乙型肝炎病毒 (HBV) 都是癌癥危險(xiǎn)因素的地理區(qū)域的人的肝臟腫瘤中，大多數(shù)突變發(fā)生在密碼子 249 的 1 個(gè)核苷酸對(duì)處。

在其中的一個(gè)基因檢測(cè)研究中，研究覆蓋了近 250 個(gè)獨(dú)立的種系TP53突變，其中大部分與 Li-Fraumeni 綜合征 (LFS1; 151623 ) 或 Li-Fraumeni 樣綜合征 ( 151623 ) 相關(guān)。佳學(xué)基因分析了突變譜、突變檢測(cè)方法、與胚系突變相關(guān)的腫瘤，以及與胚系 TP53突變患者在對(duì)基因檢測(cè)結(jié)果的解讀方面遇到的問(wèn)題?；蛐畔z測(cè)的分析指出，種系TP53突變與癌癥之間賊顯著的關(guān)聯(lián)發(fā)生在兒童腎上腺皮質(zhì)癌 (ADCC) 病例中，該病例在賊早的研究中被確定為 Li-Fraumeni 綜合征的所出現(xiàn)的多種腫瘤之一。不管是否存在家族史，在對(duì)兒童腎上腺皮質(zhì)癌ADCC所進(jìn)行的兒童隊(duì)列研粉中，超過(guò) 80% 具有種系TP53突變。此外，所有 12 個(gè)患有 ADCC 病例的 LFS 或 LFS 樣家族都具有種系TP53突變。基因解碼估計(jì)TP53突變存在于 88% 的 兒童腎上腺皮質(zhì)癌ADCC 病例中。

Li-Fraumeni 和 Li-Fraumeni 樣綜合征

Li-Fraumeni綜合征（LFS）是一種遺傳性癌癥綜合征，其特征為常染色體顯性遺傳和腫瘤早發(fā)、個(gè)體體內(nèi)多發(fā)腫瘤以及多個(gè)家庭成員受累。賊常見的腫瘤類型是軟組織肉瘤和骨肉瘤、乳腺癌、腦瘤、白血病和腎上腺皮質(zhì)癌。經(jīng)典 Li-Fraumeni 綜合征 (LFS1; 151623 ) 是指先證者在 45 歲之前患有肉瘤，其一級(jí)親屬在 45 歲之前患有任何癌癥，并且在與 45 歲之前的任何癌癥或任何年齡的肉瘤具有相同的譜系。Li-Fraumeni 樣綜合征 (LFL; 151623)是指在 45 歲之前患有任何兒童癌癥、肉瘤、腦腫瘤或腎上腺皮質(zhì)腫瘤的先證者，加上在任何年齡具有典型 LFS 腫瘤的同一譜系中的一級(jí)或二級(jí)親屬，以及 60 歲之前患有任何癌癥的同一血統(tǒng)中的其他一級(jí)或二級(jí)親屬。LFL 的一個(gè)較寬松的定義是在任何年齡的一級(jí)或二級(jí)親屬中出現(xiàn) 2 種不同的 LFS 相關(guān)腫瘤。大約 70% 的 LFS 病例和 40% 的 LFL 病例在 p53 基因中包含種系突變。

在TP53基因中攜帶種系突變的 Li-Fraumeni 綜合征家族成員。與非攜帶者的家庭成員和健康志愿者相比，具有這些突變的家庭成員骨骼肌的氧化磷酸化增加。對(duì)來(lái)自 Li-Fraumeni 綜合征患者的組織樣本和該綜合征小鼠模型的基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)研究支持了線粒體功能增加的體內(nèi)發(fā)現(xiàn)?；蚪獯a的結(jié)論是 p53 調(diào)節(jié)人類的生物能量穩(wěn)態(tài)。

肝細(xì)胞癌

TP53基因突變與腫瘤發(fā)生之間的關(guān)系分析了中國(guó)啟東患者肝細(xì)胞癌 p53 突變，該地區(qū)是乙型肝炎病毒和黃曲霉毒素 B1 (AFB1) 都是危險(xiǎn)因素的高發(fā)區(qū)。16 個(gè)腫瘤中有 8 個(gè)在密碼子 249 ( 191170.0006 )的第三個(gè)堿基位置發(fā)生點(diǎn)突變。7 個(gè) DNA 樣本中的 G-to-T 顛換和第 8 個(gè) DNA 樣本中的 G-to-C 顛換與誘變實(shí)驗(yàn)中黃曲霉毒素 B1 引起的突變一致。在外顯子 5、6、8 或外顯子 7 的其余部分未發(fā)現(xiàn)突變。這些結(jié)果與先前報(bào)道的肺癌、結(jié)腸癌、食道癌和乳腺癌的 p53 突變形成對(duì)比；這些分布在 5 個(gè)進(jìn)化保守域中的 4 個(gè)，包括密碼子 249。

在撒哈拉以南非洲地區(qū)研究肝細(xì)胞癌，乙型肝炎病毒和黃曲霉毒素是該地區(qū)的危險(xiǎn)因素。在 50% 的腫瘤中發(fā)現(xiàn)了染色體 17p 的等位基因缺失和 P53 基因的突變。在 5 個(gè)突變中的 4 個(gè)中發(fā)現(xiàn)了 G 到 T 的替換，并在密碼子 249 處聚集。密碼子 249 處的 G-to-T 突變導(dǎo)致精氨酸變?yōu)榻z氨酸（AGG 變?yōu)?AGT）。還確定了密碼子 157 中的 G 到 T 取代，導(dǎo)致纈氨酸變?yōu)楸奖彼?( 191170.0007 )。表明黃曲霉毒素 B1 幾乎有效誘導(dǎo) G-to-T 取代。（香煙煙霧似乎主要誘導(dǎo) C-to-A 突變，而陽(yáng)光產(chǎn)生 G-to-A 突變，復(fù)制錯(cuò)誤導(dǎo)致 C-to-T 突變。）

TP53基因檢測(cè)與成骨肉瘤

腫瘤致病基因鑒定基因檢測(cè)對(duì)134 例通過(guò)手術(shù)或外周血獲得的人類癌癥、肉瘤、白血病和淋巴瘤進(jìn)行測(cè)序研究，發(fā)現(xiàn) P53 基因的重排僅發(fā)生在成骨肉瘤中 (259500 )。在檢查的 6 個(gè)成骨肉瘤中的 3 個(gè)中發(fā)現(xiàn)了這種變化。其中一名患者的正常組織有一個(gè)未重排的基因，表明腫瘤中的遺傳異常是獲得性的。兩個(gè)具有重排基因的肉瘤表達(dá)的 p53 蛋白水平相對(duì)于其他腫瘤有所升高。在 3 種人類成骨肉瘤細(xì)胞系中也發(fā)現(xiàn)了 P53 基因的改變。

在骨肉瘤中，通過(guò)基因解碼技術(shù)發(fā)現(xiàn)p53 RNA 的純合缺失和表達(dá)缺失或 p53 蛋白的異常表達(dá)。由于在這些腫瘤中已經(jīng)確定了其他原發(fā)性突變。基因信息的破解認(rèn)為 p53 的變化在腫瘤發(fā)生中發(fā)揮了進(jìn)展作用。在 26 個(gè)視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤腫瘤中，沒有發(fā)現(xiàn) P53 基因的變化，盡管在臨床相關(guān)腫瘤骨肉瘤中發(fā)現(xiàn)這種變化的頻率很高。基因信息的傳遞錯(cuò)誤來(lái)源分析得出結(jié)論，視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤和骨肉瘤可能對(duì)起始突變有共同的要求，而不同的進(jìn)展突變，視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤中的等染色體 6p，參與進(jìn)展。

使用 SSCP 基因檢測(cè)技術(shù)，佳學(xué)基因收集到 4 名多灶性成骨肉瘤患者的腫瘤 DNA 中鑒定出 p53 點(diǎn)突變，這些患者沒有腫瘤易感性增加的家族史。在 1 名患者中檢測(cè)到種系 p53 突變，其腫瘤組織顯示殘留野生型等位基因的進(jìn)一步重排。

佳學(xué)基因《各型腫瘤的突變基因的綜合比較》，從總共 196 名肉瘤患者中選出 15 名患者，發(fā)現(xiàn)其中 8 名患者存在種系 p53 突變，因?yàn)樗麄兓加卸喟l(fā)原發(fā)性癌癥或有癌癥家族史。其中三名患者沒有已知的癌癥家族史，另外五名患者有不尋常的個(gè)人或家族癌癥史。8例中7例為骨肉瘤，8例為惡性纖維組織細(xì)胞瘤。四個(gè)突變導(dǎo)致氨基酸替換，四個(gè)導(dǎo)致終止密碼子。作者得出結(jié)論，患有癌癥和種系 p53 突變的患者組似乎比 Li-Fraumeni 綜合征的臨床定義所建議的更為多樣化。

TP53基因突變?yōu)槭裁磿?huì)導(dǎo)致腫瘤的發(fā)生呢？佳學(xué)基因注意到骨肉瘤經(jīng)常發(fā)生在 Li-Fraumeni 綜合征患者和攜帶突變 p53 等位基因的轉(zhuǎn)基因小鼠中。使用恒定變性劑凝膠電泳 (CDGE) 然后直接測(cè)序來(lái)鑒定TP53的保守結(jié)構(gòu)域 II 至 V 中的突變。報(bào)道了在TP53外顯子 5 到 8 的頻繁突變區(qū)域篩選更多密碼子的條件，以及檢測(cè) p53 蛋白 N 和 C 末端部分功能域編碼序列突變的條件。在檢查的 28 例骨肉瘤中，6 例具有TP53突變，其中 2 個(gè)先前已在骨肉瘤中發(fā)現(xiàn)：ser241-to-phe ( 191170.0013 ) 和 arg282-to-trp ( 191170.0018 )。

TP53突變的基因檢測(cè)與橫紋肌肉瘤的發(fā)生

其中的一個(gè)基因檢測(cè)結(jié)果包含了 241 名患有各種腫瘤的患者，并分別在 31 例和 29 例橫紋肌肉瘤和骨肉瘤患者中發(fā)現(xiàn)了 p53 的變化。橫紋肌肉瘤中的 p53 改變包括兩個(gè) p53 等位基因的有效缺失、1 個(gè)等位基因的有效缺失，其余等位基因有或無(wú)點(diǎn)突變，以及檢測(cè)不到 RNA。

TP53基因檢測(cè)是否可以知道大腸癌的風(fēng)險(xiǎn)？

TP53突變可能與結(jié)直腸癌 ( 114500 )有關(guān)，可能是通過(guò)野生型基因的腫瘤抑制功能失活?；驒z測(cè)發(fā)現(xiàn)多倍體結(jié)直腸癌中 17 號(hào)和 18 號(hào)染色體上的等位基因丟失。

通過(guò)用 p53 特異性抗體對(duì)原發(fā)性結(jié)直腸癌進(jìn)行免疫組織學(xué)染色，腫瘤發(fā)生的基因解碼證明在 50% 的病例中蛋白質(zhì)嚴(yán)重過(guò)度表達(dá)。良性腺瘤對(duì) p53 過(guò)表達(dá)均為陰性。通過(guò)在 6 個(gè)表達(dá)高水平 p53 的細(xì)胞系中使用 PCR 對(duì) p53 cDNA 進(jìn)行直接測(cè)序和化學(xué)錯(cuò)配切割分析，他們表明所有細(xì)胞系都在合成編碼突變 p53 蛋白的 mRNA。在 p53 表達(dá)較低的 4 個(gè)細(xì)胞系中的 2 個(gè)中，仍檢測(cè)到點(diǎn)突變。在識(shí)別出特定點(diǎn)突變的 7 個(gè)實(shí)例中的 4 個(gè)實(shí)例中發(fā)現(xiàn)了 arg273-to-his 突變。

小腸腺癌和結(jié)直腸癌的組織病理學(xué)特征相似，患有一種癌癥的患者被認(rèn)為有患另一種癌癥的風(fēng)險(xiǎn)。檢查了TP53對(duì)散發(fā)性小腸腺癌的可能貢獻(xiàn)。TP53蛋白表達(dá)在 21 例非家族性、非壺腹小腸腺癌中進(jìn)行了免疫組織化學(xué)評(píng)估，并在 5 例 (24%) 中證實(shí)了過(guò)度表達(dá)。基因檢測(cè)曾證明TP53在 15 例小腸腺癌中的 8 例 (53.3%) 中過(guò)表達(dá)，并在其中 4 例中發(fā)現(xiàn)了錯(cuò)義突變。這項(xiàng)研究和類似的研究表明TP53突變?cè)谛∧c腺癌的發(fā)病機(jī)制中起重要作用。

TP53突變的致病性分析檢測(cè)了56 個(gè)結(jié)直腸癌細(xì)胞系中的 TP53 基因及其蛋白狀態(tài)，并在 43 個(gè)細(xì)胞系中檢測(cè)到 46 個(gè)突變，其中幾乎一半是截短突變。TP53突變的頻率(76.8%) 高于通常報(bào)告的平均值 50%。在 43 個(gè)突變細(xì)胞系中的 32 個(gè) (74%) 中可檢測(cè)到蛋白質(zhì)產(chǎn)物。雖然只有 4 個(gè)細(xì)胞系沒有產(chǎn)生TP53轉(zhuǎn)錄本，但在 6 個(gè)具有截短突變的細(xì)胞系和 1 個(gè)具有錯(cuò)義突變的細(xì)胞系中未檢測(cè)到蛋白質(zhì)。基因解碼解釋到截短突變可能具有顯性負(fù)效應(yīng)，即使標(biāo)準(zhǔn)方法無(wú)法檢測(cè)到截短的蛋白質(zhì)。

大部分由功能喪失的 p53 和 Ras 激活協(xié)同控制的基因?qū)π∈蠛腿祟惤Y(jié)腸細(xì)胞的惡性狀態(tài)至關(guān)重要。值得注意的是，在基因擾動(dòng)實(shí)驗(yàn)中，發(fā)現(xiàn) 24 個(gè)“合作反應(yīng)基因”中的 14 個(gè)有助于腫瘤形成。相比之下，以非協(xié)同方式響應(yīng)的基因的 14 個(gè)擾動(dòng)中只有 1 個(gè)具有類似的效果。致癌突變對(duì)基因表達(dá)的協(xié)同控制因此成為惡性腫瘤的潛在關(guān)鍵，并為識(shí)別致癌功能獲得和功能喪失突變下游基因網(wǎng)絡(luò)中的干預(yù)目標(biāo)提供了有吸引力的理論基礎(chǔ)。

基因解碼量化了小鼠腸道中Apc ( 611731 ) 丟失、Kras ( 190070 ) 激活和 p53 突變的腫瘤發(fā)展過(guò)程中的競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。這些突變賦予的命運(yùn)不是確定性的，許多突變干細(xì)胞在有偏見但仍然隨機(jī)的事件發(fā)生后被野生型干細(xì)胞取代。p53 突變顯示出條件依賴性優(yōu)勢(shì)，尤其是在受結(jié)腸炎影響的腸道中，攜帶該基因突變的克隆受到青睞。

TP53突變與肺癌的發(fā)生

由于肺癌經(jīng)常顯示 17p 雜合性缺失，《癌變與進(jìn)展的基因因素》檢查了 p53 基因，發(fā)現(xiàn)它在所有類型的人類肺癌中經(jīng)常發(fā)生突變或失活。遺傳異常包括總體變化，例如純合缺失和異常大小的 mRNA，以及各種點(diǎn)突變或小突變，這些突變改變了人和小鼠之間高度保守的區(qū)域中的氨基酸。與正常肺相比，觀察到肺癌細(xì)胞系中 p53 mRNA 的低表達(dá)或不表達(dá)。在所有 10 種小細(xì)胞肺癌細(xì)胞系和 9 種非 SCLC 細(xì)胞系中，發(fā)現(xiàn) 3 種異常共存，涉及染色體 3p、13 號(hào)染色體上的RB ( 614041 ) 和 p53。

基因檢測(cè)的大數(shù)據(jù)研究發(fā)現(xiàn) P53 是肺癌中賊常發(fā)生突變的原癌基因?；蛲蛔冎?G-to-T 顛換，導(dǎo)致進(jìn)化上保守的氨基酸發(fā)生錯(cuò)義變化。

在 51 個(gè)早期、原發(fā)性、切除的非小細(xì)胞肺癌標(biāo)本中的 23 個(gè) (45%) 中發(fā)現(xiàn)了 p53 突變，但在相應(yīng)的正常肺中沒有發(fā)現(xiàn)。與其他癌癥相比，G-to-T 顛換是肺癌中 p53 突變的常見結(jié)果，表明暴露于不同的誘變劑。在單變量和多變量分析中，p53 突變與較年輕和鱗狀組織學(xué)相關(guān)。然而，p53 突變與腫瘤分期、淋巴結(jié)狀態(tài)或性別沒有顯著相關(guān)性，并且在所有組織學(xué)類型的肺癌中均有發(fā)現(xiàn)。

內(nèi)含子點(diǎn)突變確定是肺癌中 P53 腫瘤抑制功能失活的機(jī)制。在第三個(gè)內(nèi)含子的剪接受體位點(diǎn)和第七個(gè)內(nèi)含子的剪接供體位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了導(dǎo)致異常 mRNA 剪接的點(diǎn)突變。在 1 名患者中，在源自骨髓轉(zhuǎn)移和多發(fā)肝轉(zhuǎn)移的腫瘤細(xì)胞系中發(fā)現(xiàn)了相同的內(nèi)含子點(diǎn)突變，但在正常 DNA 中未發(fā)現(xiàn)。

基因解碼還研究了在 β-肌動(dòng)蛋白啟動(dòng)子的控制下，將含有野生型 p53 的逆轉(zhuǎn)錄病毒載體注射到非小細(xì)胞肺癌中的效果。注射后，3 名患者的腫瘤消退，另外 3 名患者的腫瘤生長(zhǎng)穩(wěn)定。

患有 1 種呼吸消化道惡性腫瘤的個(gè)體，第二原發(fā)性呼吸消化道腫瘤的發(fā)生率很高?；蚪獯a研究了一個(gè)在呼吸道上皮細(xì)胞中具有廣泛發(fā)育不良變化但沒有明顯癌的個(gè)體?；颊呤且幻?66 歲的男性，有每年 50 包的吸煙史和慢性阻塞性肺病。他的痰細(xì)胞學(xué)檢查顯示中度異型。他因小腸梗阻剖腹手術(shù)后意外死亡。氣管支氣管樹在尸檢時(shí)獲得并包埋在石蠟中，支氣管上皮細(xì)胞通過(guò)顯微解剖分離。p53 基因中的單個(gè)相同點(diǎn)突變，密碼子 245 中 G:C 到 T:A 的顛換，在雙肺 10 個(gè)位點(diǎn)中的 7 個(gè)的支氣管上皮細(xì)胞中被鑒定出來(lái)。含有 p53 突變位點(diǎn)的上皮細(xì)胞形態(tài)異常，表現(xiàn)為鱗狀化生和輕度至中度異型性。基因解碼認(rèn)為單個(gè)祖細(xì)胞支氣管上皮克隆可能會(huì)擴(kuò)展到支氣管粘膜的廣闊區(qū)域，這是呼吸道上皮中現(xiàn)場(chǎng)致癌的一種新機(jī)制。

TP53基因檢測(cè)揭示頭頸癌的患病風(fēng)險(xiǎn)

基因解碼研究了 4 種人食管癌細(xì)胞系和 14 種人食管鱗狀細(xì)胞癌，并在 2 種細(xì)胞系和 5 種腫瘤標(biāo)本中鑒定出突變的 p53 等位基因（1 個(gè)移碼突變和 6 個(gè)錯(cuò)義突變）。所有錯(cuò)義突變都發(fā)生在密碼子中的 G:C 堿基對(duì)處或與先前在其他癌癥中報(bào)告的突變相鄰。

佳學(xué)基因檢測(cè)的來(lái)自香港和中國(guó)東南部廣西省的 41 例未分化鼻咽癌類型的原發(fā)性腫瘤的基因檢測(cè)發(fā)現(xiàn)。從密碼子 175 到 177，發(fā)現(xiàn)四個(gè)點(diǎn)突變聚集在TP53的外顯子 5 中。

基因解碼同時(shí)也關(guān)注生活環(huán)境和方式與基因信息突變的互動(dòng)性。提出了指向煙草和酒精分子靶點(diǎn)的結(jié)果，流行病學(xué)研究表明這與頭頸部鱗狀細(xì)胞癌有關(guān)?；蚪獯a在 42% 的患者（129 人中的 54 人）中發(fā)現(xiàn)了 P53 突變；58% 的吸煙和飲酒患者（64 人中的 37 人）；33% 的吸煙但戒酒的患者（39 人中有 13 人）；17% 的既不吸煙也不飲酒的患者（24 人中有 4 人）。既不飲酒也不吸煙的患者的所有突變都發(fā)生在 P53 基因中含有 CpG 二核苷酸（可能代表內(nèi)源性突變）的位點(diǎn)，而吸煙者中只有 23% 的突變由此類變化組成。

腫瘤致病基因在 420 名頭頸部鱗狀細(xì)胞癌患者中的 224 名 (53.3%) 患者的腫瘤中發(fā)現(xiàn)了TP53突變。與野生型TP53相比，任何TP53突變的存在都與總體存活率降低相關(guān)，與破壞性突變的關(guān)聯(lián)甚至更強(qiáng)，與非破壞性突變沒有顯著關(guān)聯(lián)。佳學(xué)基因解碼揭示破壞性突變?yōu)殛P(guān)鍵 DNA 結(jié)合域（L2-L3 區(qū)域）內(nèi)的非保守突變，或任何區(qū)域的終止密碼子。而非破壞性突變是指 L2-L3 區(qū)域外的保守或非保守突變，不包括終止密碼子。

 

TP53基因檢測(cè)揭示個(gè)體罹患腦瘤的風(fēng)險(xiǎn)

腫瘤的基因解碼基因檢測(cè)發(fā)現(xiàn)具有 P53 突變的人類膠質(zhì)母細(xì)胞瘤比沒有 P53 突變的患者，腫瘤的發(fā)病年齡更早。P53 突變患者的平均術(shù)后生存期明顯短于無(wú)此類突變的患者。

在一個(gè)許多成員死于各種類型癌癥的家庭中，基因解碼的研究發(fā)現(xiàn)與 Li-Fraumeni 綜合征一致，一名患有后顱窩惡性室管膜瘤的患者，該患者在種系和腫瘤中都具有 P53 基因的 cys242-to-tyr 突變（C242Y；191170.0008 ）。

使用外顯子 5 至 8 的 SSCP 分析和直接序列分析在 30 例兒童星形細(xì)胞腫瘤中尋找 p53 突變。在 8 例膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中的 2 例和 9 例間變性星形細(xì)胞瘤中的 1 例中發(fā)現(xiàn)體細(xì)胞突變，但在更良性的毛細(xì)胞星形細(xì)胞瘤中未發(fā)現(xiàn)體細(xì)胞突變。

 

TP53基因檢測(cè)膀胱癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)

采用基因解碼技術(shù)進(jìn)行的基因檢測(cè)在 18 例浸潤(rùn)性膀胱癌 ( 109800 ) 中的 11 例中發(fā)現(xiàn)了 p53 的改變。導(dǎo)致單個(gè)氨基酸替換的點(diǎn)突變存在于 10 個(gè)中，并且在 1 個(gè)中發(fā)現(xiàn)了 24-bp 缺失。除了 1 個(gè)之外，所有突變都與 17p 等位基因缺失相關(guān)，使細(xì)胞僅具有 p53 基因產(chǎn)物的突變形式。 使用 PCR 和寡聚體特異性雜交，在 3 名測(cè)試患者的尿液沉渣中的 1% 到 7% 的細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了 p53 突變。

TP53基因突變與皮膚癌的發(fā)生與惡化

佳學(xué)基因TP53的基因檢測(cè)與解讀發(fā)現(xiàn) 24 例皮膚浸潤(rùn)性鱗狀細(xì)胞癌中有 14 例 (58%) 含有 P53 基因突變，每一種都改變了氨基酸序列。3 個(gè)腫瘤中存在 CC 到 TT 的變化，表明紫外線參與了這些突變，這僅由紫外線誘導(dǎo)。UV 也與僅在雙嘧啶位點(diǎn)發(fā)生的類似 UV 的突變有關(guān)，包括高頻率的 C-to-T 取代。在內(nèi)部惡性腫瘤中，p53 突變不顯示這些紫外線特異性突變。

佳學(xué)基因遺傳咨詢師在總結(jié)腫瘤病例時(shí)，使用 RT-PCR 和 SSCP 分析了來(lái)自著色性干皮病患者的 40 多種皮膚腫瘤，主要是基底細(xì)胞癌和鱗狀細(xì)胞癌。他們發(fā)現(xiàn) 43 個(gè)中有 17 個(gè)在TP53基因中包含至少 1 個(gè)點(diǎn)突變。所有突變都位于二嘧啶位點(diǎn)，主要是 CC 序列，這是紫外線誘導(dǎo) DNA 損傷的熱點(diǎn)。在 CC 位點(diǎn)的 19 個(gè)突變中的 14 個(gè)中，發(fā)現(xiàn)了紫外線誘導(dǎo)的損傷所特有的串聯(lián) CC 到 TT 轉(zhuǎn)變。這些突變被認(rèn)為是由于未修復(fù)的二嘧啶損傷留在未轉(zhuǎn)錄鏈上的跨損傷合成。

腫瘤的發(fā)生與發(fā)展過(guò)程解析指出皮膚鱗狀細(xì)胞癌可分階段進(jìn)展：表皮被曬傷，角質(zhì)形成細(xì)胞個(gè)別紊亂；光化性角化病，具有異常細(xì)胞分化和增殖的自發(fā)消退的角化斑塊；原位癌；皮膚鱗狀細(xì)胞癌；和轉(zhuǎn)移。腫瘤基因解碼表明，在超過(guò) 90% 的人類鱗狀細(xì)胞癌中發(fā)現(xiàn)的由紫外線輻射誘導(dǎo)的 p53 突變存在于光化性角化病中。使小鼠皮膚中的 p53 失活可減少曬傷細(xì)胞（因過(guò)度暴露于紫外線輻射而產(chǎn)生的凋亡角質(zhì)形成細(xì)胞）的出現(xiàn)。腫瘤基因解碼得出的結(jié)論是，皮膚對(duì) DNA 損傷具有依賴于 p53 的“組織守護(hù)者”反應(yīng)，可中止癌前細(xì)胞。如果單個(gè)細(xì)胞中的這種反應(yīng)因先前的 p53 突變而降低，則曬傷可以選擇將 p53 突變細(xì)胞克隆擴(kuò)增為光化性角化病。因此，陽(yáng)光可以發(fā)揮雙重作用：作為腫瘤引發(fā)劑和腫瘤促進(jìn)劑。

DNA 損傷的細(xì)胞可以修復(fù) DNA 或通過(guò) p53 介導(dǎo)的穩(wěn)態(tài)控制機(jī)制消除，稱為“細(xì)胞校對(duì)”。紫外線輻射后通過(guò)曬傷細(xì)胞（或凋亡角質(zhì)形成細(xì)胞）形成消除 DNA 損傷的細(xì)胞被認(rèn)為是去除癌前皮膚細(xì)胞的關(guān)鍵。佳學(xué)基因發(fā)現(xiàn)曬傷細(xì)胞的形成取決于 Fas 配體 (FASL; 134638 )，一種由 DNA 損傷誘導(dǎo)的促凋亡蛋白。長(zhǎng)期暴露于紫外線輻射導(dǎo)致 20 只 FasL 缺陷小鼠中的 14 只（70%）和 20 只野生型小鼠中的 1 只（5%）在表皮中積累 p53 突變。FASL 介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡對(duì)皮膚穩(wěn)態(tài)很重要，這表明 FAS-FASL 相互作用的失調(diào)可能是皮膚癌發(fā)展的核心。

TP53基因突變宮頸癌和肛門癌

宮頸癌和肛門癌的發(fā)展與人乳頭瘤病毒 (HPV) 感染有關(guān)，賊常見的是 HPV16 或 HPV18 ( 167960 )。病毒編碼的癌蛋白 E6 和 E7 分別與細(xì)胞編碼的 p53 和 RB 形成復(fù)合物，可能導(dǎo)致 p53 和 RB 通常發(fā)揮的負(fù)生長(zhǎng)控制喪失 (614041 )。E6 可以指導(dǎo) p53 的快速蛋白水解降解，HPV 感染后的 E6 表達(dá)很可能是細(xì)胞內(nèi)功能性野生型 p53 蛋白的丟失?；蚪獯a發(fā)現(xiàn) HPV 陰性宮頸癌在TP53中有點(diǎn)突變基因。他們還表明，野生型 p53 功能的喪失在肛門生殖器癌的病理學(xué)中至關(guān)重要，并且在沒有病毒編碼的 E6 蛋白介導(dǎo) p53 降解的情況下，這種功能喪失是通過(guò)體細(xì)胞突變發(fā)生的。發(fā)現(xiàn) HPV 陰性宮頸癌的預(yù)后比 HPV 陽(yáng)性癌癥更差。佳學(xué)基因檢測(cè)宮頸癌患者中同樣發(fā)現(xiàn)在 HPV 陰性宮頸癌中染色體 17p 和突變體 p53 的雜合性缺失。

TP53基因突變與乳腺癌的發(fā)生

基因解碼技術(shù)還設(shè)計(jì)了變性梯度凝膠電泳 (DGGE) 的改進(jìn)技術(shù)，稱為“恒定變性凝膠電泳”(CDGE)，并用它來(lái)篩選 P53 基因的 4 個(gè)保守區(qū)域，其中發(fā)現(xiàn)了大多數(shù)突變。CDGE 在 32 例乳腺癌中的 11 例 ( 114480 ) 中檢測(cè)到 P53 突變。

使用單克隆抗體進(jìn)行的測(cè)試表明，27 例乳腺癌中有 10 例 (37%) 顯示出一種染色模式，表明 p53 蛋白僅限于細(xì)胞質(zhì)，不存在于細(xì)胞核中。8例（30%）癌細(xì)胞核顯示高水平的P53，9例（33%）有效沒有染色。用細(xì)胞質(zhì)染色對(duì)樣本中的 P53 cDNA 進(jìn)行測(cè)序，結(jié)果顯示 7 例中有 6 例只有野生型 p53 等位基因。第八例被 SSCP 確定為野生型。相比之下，含有核 p53 的樣本包含多種錯(cuò)義突變和一個(gè)無(wú)義突變。缺乏可檢測(cè)的 p53 染色的腫瘤具有野生型核苷酸序列。一例正常哺乳期乳腺組織也顯示出強(qiáng)烈的細(xì)胞質(zhì)染色和核保留?；蚪獯a解釋說(shuō)，一些乳腺癌通過(guò)將蛋白質(zhì)隔離在細(xì)胞質(zhì)中，使其遠(yuǎn)離細(xì)胞核中的作用位點(diǎn)，從而使 p53 的腫瘤抑制活性失活。在正常哺乳期乳腺組織中檢測(cè)細(xì)胞質(zhì) p??53 表明這種機(jī)制可用于特定生理情況以允許瞬時(shí)細(xì)胞增殖?；蚪獯a將這種現(xiàn)象稱為核排斥。乳腺癌基因檢測(cè)報(bào)道了一個(gè)家族性乳腺癌病例中TP53基因的種系 arg181-to-his (R181H) 突變。然而，一位患有乳腺癌和結(jié)腸癌的姐妹沒有遺傳突變，另一位患有乳腺癌和霍奇金病的姐妹遺傳了突變，但突變等位基因在乳腺腫瘤中出現(xiàn)體細(xì)胞丟失，表明密碼子 181 的突變不是癌癥發(fā)生的原因。在將突變體TP53轉(zhuǎn)染到惡性細(xì)胞中時(shí)，發(fā)現(xiàn)它表現(xiàn)得像野生型TP53?；蚪獯a強(qiáng)調(diào)了腫瘤抑制基因種系突變的遺傳或生物學(xué)分析的重要性，作為咨詢癌癥風(fēng)險(xiǎn)的先決條件。

基因解碼認(rèn)為TP53的突變失活和腫瘤微環(huán)境基質(zhì)細(xì)胞的基因組改變有助于臨床診斷力風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估。他們對(duì)來(lái)自 43 名因 BRCA1 ( 113705 ) 或 BRCA2 ( 600185 ) 突變的遺傳性乳腺癌患者和 175 名散發(fā)性乳腺癌患者的分離的腫瘤上皮細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞的 DNA 進(jìn)行了 TP53 突變分析和雜合性缺失和等位基因失衡的全基因組分析. TP53突變與遺傳性和散發(fā)性乳腺癌中雜合性丟失和等位基因失衡的增加有關(guān)，但來(lái)自遺傳性疾病患者的樣本比來(lái)自散發(fā)性腫瘤患者的樣本具有更頻繁的突變。來(lái)自遺傳性乳腺癌的基質(zhì)細(xì)胞中只有 1 個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)與突變的TP53相關(guān)，而來(lái)自散發(fā)性乳腺癌的細(xì)胞中有 66 個(gè)這樣的位點(diǎn)。散發(fā)性乳腺癌間質(zhì)而非上皮中的體細(xì)胞TP53突變與區(qū)域淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)（P 為 0.003）。在沒有TP53的情況下，一組特定的 5 個(gè)基因座與散發(fā)性腫瘤基質(zhì)中雜合性丟失和等位基因失衡的增加有關(guān)，與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移有關(guān)突變。在遺傳性乳腺癌中，未發(fā)現(xiàn)任何臨床或病理特征與體細(xì)胞TP53突變之間存在關(guān)聯(lián)。

TP53基因突變與白血病和淋巴瘤

白血病與淋巴瘤基因檢測(cè)使用 SSCP 分析研究了 10 個(gè)家族中有多位成員患有白血病的 P53 基因。所患疾病包括急性和慢性白血病和霍奇金病。佳學(xué)基因認(rèn)為p53 突變是導(dǎo)致家族性白血病遺傳易感性的主要事件。

使用 RNase 保護(hù)試驗(yàn)和 SSCP 分析檢查了 25 名患有急性淋巴細(xì)胞白血病 (ALL) 的兒童原代淋巴母細(xì)胞中的 p53 基因。在 25 個(gè)中的 4 個(gè)中，發(fā)現(xiàn)了 p53 突變。在 1 個(gè)與 Li-Fraumeni 綜合征一致的譜系中，發(fā)現(xiàn)密碼子 272 處的種系 G-to-T 顛換（纈氨酸到亮氨酸）。先證者死于 ??ALL，享年 19 歲。

盡管惡性淋巴瘤已被歸納為為 Li-Fraumeni 綜合征中腫瘤的一部分，但在 12 名有淋巴瘤和/或異時(shí)性淋巴瘤家族史的淋巴瘤患者中未發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)性 p53 突變。結(jié)果表明，在 LFS 的臨床范圍之外，淋巴瘤患者很少發(fā)生體質(zhì)性 p53 突變。

對(duì) 22 名治療相關(guān)急性髓性白血病 (t-AML) 患者的基因組進(jìn)行了測(cè)序，結(jié)果表明體細(xì)胞單核苷酸變異的總數(shù)和化療相關(guān)的顛換百分比在 t-AML 和新發(fā)患者中相似AML，表明先前的化療不會(huì)引起全基因組 DNA 損傷。確定了 4 例 t-AML/t-MDS，其中診斷時(shí)發(fā)現(xiàn)的確切TP53突變?cè)诎l(fā)展前 3 至 6 年也以低頻率 (0.003-0.7%) 存在于動(dòng)員的血液白細(xì)胞或骨髓中t-AML/t-MDS，包括2例在任何化療前檢測(cè)到相關(guān)TP53突變的病例。此外，功能性TP53在未接受化療的健康老年人的少量外周血細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了突變。賊后，在包含野生型和Tp53 +/- 造血干細(xì)胞/祖細(xì)胞 (HSPC) 的小鼠骨髓嵌合體中， Tp53 +/- HSPC 在暴露于化療后優(yōu)先擴(kuò)增。這些數(shù)據(jù)表明細(xì)胞毒性療法不會(huì)直接誘導(dǎo)TP53突變。相反，他們認(rèn)為攜帶與年齡相關(guān)的TP53突變的罕見 HSPC 對(duì)化療有抵抗力，并在治療后優(yōu)先擴(kuò)張。TP53的早期收購(gòu)創(chuàng)始 HSPC 克隆中的突變可能導(dǎo)致頻繁的細(xì)胞遺傳學(xué)異常和對(duì)化療的不良反應(yīng)，這是 t-AML/t-MDS 患者的典型特征。

TP53基因突變與癌癥的轉(zhuǎn)移

腫瘤致病基因鑒定基因解碼對(duì) 500 名不同譜系和活檢部位的轉(zhuǎn)移性實(shí)體瘤成人患者進(jìn)行了全外顯子組和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。在轉(zhuǎn)移性癌癥中發(fā)生體細(xì)胞改變的賊普遍基因包括TP53、CDKN2A ( 600160 )、PTEN ( 601728 )、PIK3CA ( 171834 ) 和 RB1 ( 614041 )。12.2% 的病例存在推定的致病性種系變異，其中 75% 與 DNA 修復(fù)缺陷有關(guān)。RNA 測(cè)序與 DNA 測(cè)序相輔相成，可識(shí)別基因融合、通路激活和免疫分析。

TP53基因突變骨髓衰竭綜合癥5型

在 2 名沒有親緣關(guān)系骨髓衰竭綜合征 5 (BMFS5; 618165 ) 患者中，佳學(xué)基因在TP53基因（191170.0043和191170.0044 ）中發(fā)現(xiàn)了新的雜合突變，導(dǎo)致蛋白質(zhì)相同的截?cái)啵瑥?C 末端（Ser362AlafsTer8）丟失了 32 個(gè)殘基。這些突變是通過(guò)外顯子組測(cè)序發(fā)現(xiàn)并通過(guò) Sanger 測(cè)序確認(rèn)的。體外功能表達(dá)研究表明，與對(duì)照相比，兩種TP53突變體的轉(zhuǎn)錄活性都增加了。表達(dá) CRISPR/Cas9 衍生的 C 端截短TP53的人誘導(dǎo)多能干細(xì)胞顯示下游TP53靶標(biāo)的表達(dá)顯著升高，以及紅細(xì)胞分化受損?；蚪獯a表明，增強(qiáng)的 p53 功能，而不是功能喪失，是表型的原因。C 端截?cái)嗟膖p53在斑馬魚中的表達(dá)導(dǎo)致發(fā)育缺陷，伴有嚴(yán)重的形態(tài)異常、紅細(xì)胞生成減少和致死率增加。缺乏Tp53 C 末端動(dòng)物的小鼠模型顯示出類似的異常。

TP53基因突變類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎

基因解碼提出由局部氧化損傷引起的遺傳變化是一種有效改變或印記類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎滑膜細(xì)胞的機(jī)制 (RA; 180300 )。相反，在骨關(guān)節(jié)炎滑膜樣本中未觀察到TP53突變。使用顯微解剖的 RA 滑膜組織切片，基因解碼觀察到氧化應(yīng)激引起的 DNA 損傷具有豐富的TP53轉(zhuǎn)換突變特征。TP53突變以及TP53 mRNA 表達(dá)主要位于滑膜內(nèi)膜襯里而不是亞襯里（P 小于 0.01）。TP53簇在一些顯微解剖區(qū)域觀察到突變亞克隆，表明寡克隆擴(kuò)增。因?yàn)?IL6 基因 ( 147620 ) 的表達(dá)受野生型 p53 調(diào)控。量化了顯微解剖組織中的 IL6 mRNA 表達(dá)。與低突變樣本相比， TP53突變率高的區(qū)域含有顯著更多的 IL6 mRNA（P 小于 0.02）。得出結(jié)論，TP53炎癥氧化應(yīng)激在 RA 滑膜組織中誘導(dǎo)突變。這個(gè)過(guò)程與暴露在陽(yáng)光下的皮膚和發(fā)炎的結(jié)腸上皮一樣，為一些突變克隆提供了選擇性生長(zhǎng)優(yōu)勢(shì)。含有TP53突變的細(xì)胞百分比相對(duì)較低，可能會(huì)影響鄰近細(xì)胞并通過(guò)促炎細(xì)胞因子的形成增強(qiáng)炎癥。

TP53基因的多態(tài)性

基因解碼分享了p53 中的pro72-to-arg (P72R; 191170.0005 ) 多態(tài)性。佳學(xué)基因解碼發(fā)現(xiàn)，與 P72 相比，R72 在誘導(dǎo)細(xì)胞系和每個(gè)變體具有內(nèi)源性 p53 純合子的細(xì)胞中的凋亡能力提高了 15 倍。

野生型 p53 在密碼子 47 (P47) 處具有脯氨酸，可作為 p38 MAPK（MAPK14；600289）磷酸化 ser46 的識(shí)別位點(diǎn)，從而增強(qiáng)細(xì)胞凋亡的誘導(dǎo)。然而，由于 C-to-T SNP，只有不到 5% 的非洲裔美國(guó)人在密碼子 47 (S47) 處具有絲氨酸。表明 p53 的 S47 變體是 p38 MAPK 磷酸化的較差底物，導(dǎo)致與野生型 p53 相比誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡的能力降低多達(dá) 5 倍。在轉(zhuǎn)染的人類細(xì)胞中，這種誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡的能力下降伴隨著反式激活 p53AIP1 ( 605246 ) 和 PUMA (BBC3; 605854 ) 的能力下降，但其他 p53 靶基因沒有。

TP53藥物和化療耐藥性

佳學(xué)基因還解析了P53 基因中的特定突變與乳腺癌患者對(duì)多柔比星治療的原發(fā)性耐藥和早期反復(fù)聯(lián)系起來(lái)的數(shù)據(jù)。L2 域（密碼子 163 至 195）和 L3 域（密碼子 256 中的第 236 位）包含鋅指序列并參與 p53 DNA 結(jié)合功能。在研究的 63 名患者中，11 名具有影響 L2 和/或 L3 的突變。11 名具有影響 L2/L3 突變的患者中有 4 名在多柔比星治療期間變得越來(lái)越嚴(yán)重，而 52 名無(wú)突變或突變不影響 L2/L3 結(jié)構(gòu)域的患者中有 2 名病情惡化。進(jìn)行性疾病患者的 P53 突變均影響 L3 結(jié)構(gòu)域。在 8 名 L3 突變患者中，4 名對(duì)蒽環(huán)類藥物治療表現(xiàn)出原發(fā)性耐藥。在大多數(shù)情況下，賊初對(duì)主要化療有反應(yīng)的影響鋅結(jié)合域的 P53 突變患者在 3 個(gè)月內(nèi)疾病反復(fù)。

與攜帶 p53 +/+ HCT116 細(xì)胞腫瘤的小鼠相比，攜帶源自 p53 -/- HCT116 人結(jié)直腸癌細(xì)胞的腫瘤的小鼠對(duì)抗血管生成聯(lián)合療法的反應(yīng)更弱。他們得出結(jié)論，降低腫瘤細(xì)胞血管依賴性的基因改變可以影響腫瘤對(duì)抗血管生成治療的反應(yīng)。

p53 和 INK4A/ARF ( 600160 ) 突變通過(guò)抑制細(xì)胞凋亡來(lái)促進(jìn)腫瘤發(fā)生和耐藥性。施密特等人。(2002)表明，原發(fā)性鼠淋巴瘤通過(guò)參與由 p53 和 p16(Ink4a) 控制的衰老程序?qū)煯a(chǎn)生反應(yīng)。因此，具有 p53 或 Ink4a/Arf 突變的腫瘤，而不是僅缺乏 Arf 的腫瘤，對(duì)體內(nèi)環(huán)磷酰胺治療反應(yīng)不佳。此外，攜帶 Bcl2 ( 151430) 介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡阻滯經(jīng)歷了藥物誘導(dǎo)的細(xì)胞生長(zhǎng)抑制，涉及 p53、p16(Ink4a) 和衰老標(biāo)記物的積累，并且它們通常在進(jìn)展到終末階段時(shí)獲得 p53 或 Ink4a 突變。攜帶能夠藥物誘導(dǎo)衰老的腫瘤的小鼠在化療后的預(yù)后要好于攜帶具有衰老缺陷的腫瘤的小鼠。施密特等人。(2002)得出結(jié)論，細(xì)胞衰老有助于體內(nèi)治療結(jié)果。

 

一個(gè)人的TP53為什么會(huì)發(fā)生突變？

佳學(xué)基因發(fā)現(xiàn) CpG 二核苷酸胞嘧啶甲基化在導(dǎo)致孟德爾疾病的種系突變中的作用。強(qiáng)調(diào)了 5-甲基胞嘧啶對(duì)導(dǎo)致人類疾病，特別是腫瘤發(fā)生的體細(xì)胞突變的作用。多達(dá) 43% 的 P53 體細(xì)胞突變（觀察到的 21 個(gè)腫瘤突變中的 9 個(gè)）可能是由于 5-甲基胞嘧啶的存在。注意到 CpG 占 P53 雙鏈編碼序列的 3.5%，可能導(dǎo)致多達(dá) 43% 的點(diǎn)突變，每個(gè)點(diǎn)突變都是從 5-甲基胞嘧啶到胸腺嘧啶的轉(zhuǎn)變（或相應(yīng)的轉(zhuǎn)變從鳥嘌呤到腺嘌呤）。

比較了在 955 種癌癥中檢測(cè)到的體細(xì)胞TP53單堿基對(duì)取代譜與 279 種不同人類基因（ TP53除外）中的 2,224 種不同種系突變的譜，它們是遺傳性疾病的原因。比較表明，忽略可能由外源誘變劑作用引起的相對(duì)較小的TP53突變子集 (12%)，兩個(gè)數(shù)據(jù)集中單個(gè)堿基對(duì)替換的相對(duì)速率和賊近鄰譜相似。這種相似性表明，很大一部分癌癥相關(guān)的體細(xì)胞TP53突變是由內(nèi)源性細(xì)胞機(jī)制引起的。然而，當(dāng)考慮到由此產(chǎn)生的氨基酸取代的化學(xué)特性時(shí)，臨床觀察到特定突變類型的可能性在腫瘤和遺傳疾病之間是不同的。連同在進(jìn)化上保守的殘基處突變的觀察可能性高出 6 倍，這一發(fā)現(xiàn)表明選擇是確定哪些TP53突變被發(fā)現(xiàn)與人類癌癥相關(guān)的關(guān)鍵因素。

由于苯并 (a) 芘等香煙煙霧致癌物與肺癌的發(fā)展有關(guān)。佳學(xué)基因腫瘤基因解碼研究了苯并 (a) 芘二醇環(huán)氧化物 (BPDE) 加合物形成與 P53 突變之間的關(guān)系。（BPDE 是苯并 (a) 芘的賊終致癌代謝物。）用 BPDE 處理 HeLa 細(xì)胞和正常支氣管上皮細(xì)胞，分離 DNA 并用來(lái)自大腸桿菌的 UvrABC 核酸酶復(fù)合物在修飾堿基位點(diǎn)切割。使用 P53 寡核苷酸引物對(duì)連接介導(dǎo)的 PCR (LMPCR) 進(jìn)行了修改，繪制了 BPDE 加合物沿 P53 基因的分布。還檢查了分離的基因組 DNA。在密碼子 157、248 和 273 的鳥嘌呤位置證明了強(qiáng)烈的選擇性加合物形成。他們注意到這些位置是人類肺癌中的主要突變熱點(diǎn)，并指出突變熱點(diǎn)和加合物熱點(diǎn)的巧合表明苯并 (a) 芘代謝物或結(jié)構(gòu)相關(guān)的化合物參與人體肺組織的轉(zhuǎn)化。

為了研究 BPDE 結(jié)合選擇性的可能機(jī)制，繪制了含有基因組 P53 序列的質(zhì)粒 DNA 中的加合物。當(dāng) CpG 序列中的胞嘧啶被 CpG 特異性甲基化酶 SssI 轉(zhuǎn)化為 5-甲基胞嘧啶，隨后用 BPDE 處理 DNA 時(shí)，產(chǎn)生的加合物熱點(diǎn)與所有 CpG 被甲基化時(shí)在基因組 DNA 中看到的熱點(diǎn)相似. PGK1 基因序列也記錄了 5-甲基胞嘧啶對(duì) CpG 位點(diǎn) BPDE 加合物形成的強(qiáng)烈積極影響 ( 311800) 源自活躍或不活躍的人類 X 染色體，并具有不同的甲基化模式。這些結(jié)果表明，甲基化的 CpG 二核苷酸除了是一種內(nèi)源性致突變因子外，還可能代表外源性化學(xué)致癌物的優(yōu)先目標(biāo)。

血色素沉著癥 (HFE; 235200 ) 和威爾遜病 (WND; 277900 ) 分別以鐵和銅在肝臟中的過(guò)量沉積為特征，會(huì)產(chǎn)生氧化應(yīng)激并增加肝癌的風(fēng)險(xiǎn)。侯賽因等。(2000)研究了 WND 和 HFE 患者的非腫瘤肝組織中 p53 突變等位基因的頻率。與正常對(duì)照的肝臟樣本相比，密碼子 249 處 G:C 到 T:A 轉(zhuǎn)換的頻率更高（參見191170.0006), 以及 C:G 到 A:T 的顛換和 C:G 到 T:A 在密碼子 250 的轉(zhuǎn)換在 WND 病例的肝組織中被發(fā)現(xiàn)，并且 G:C 到 T:A 的更高頻率的顛換也在密碼子 249在血色素沉著病病例的肝組織中發(fā)現(xiàn)。這些結(jié)果與血色素沉著癥和 WND 中鐵和銅超載產(chǎn)生的氧/氮物質(zhì)和不飽和醛導(dǎo)致 p53 基因突變的假設(shè)一致。

 

Boettcher等人。(2019)使用 CRISPR-Cas9 生成賊常見的TP53錯(cuò)義突變的同基因人類白血病細(xì)胞系。功能、DNA 結(jié)合和轉(zhuǎn)錄分析顯示功能喪失但沒有功能獲得效應(yīng)。p53 單氨基酸變體的綜合突變掃描表明，DNA 結(jié)合域中的錯(cuò)義變體發(fā)揮顯性負(fù)效應(yīng)。在小鼠中，p53 錯(cuò)義變異的顯性負(fù)效應(yīng)賦予造血細(xì)胞對(duì) DNA 損傷的選擇性優(yōu)勢(shì)。對(duì)急性髓性白血病患者的臨床結(jié)果分析表明，沒有證據(jù)表明TP53錯(cuò)義突變會(huì)增加功能。Boettcher等人。(2019)得出結(jié)論，顯性負(fù)效應(yīng)是髓樣惡性腫瘤中TP53錯(cuò)義突變的主要選擇單位。

 

突變檢測(cè)

 

托尼森等人。(2002)將基于陣列引物延伸的TP53基因測(cè)試描述為用于研究和臨床應(yīng)用的 DNA 序列分析的正確有效工具。

 

突變數(shù)據(jù)庫(kù)

 

霍爾斯坦等人。(1996)更新了人類腫瘤和細(xì)胞系 p53 基因的點(diǎn)突變列表，該列表從文獻(xiàn)中匯編而成，并通過(guò) EMBL 數(shù)據(jù)庫(kù)的文件服務(wù)器以電子方式提供。1995 年 7 月，該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了近 4,500 個(gè)突變的記錄。在他們的圖 1 中，他們繪制了自 1989 年以來(lái)數(shù)據(jù)庫(kù)中突變的增長(zhǎng)情況。這些數(shù)據(jù)可從歐洲生物信息學(xué)研究所 (EBI) 網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器獲得。

 

Beroud 等人。(1996)描述了可用于 MS-DOS 和 Macintosh 平臺(tái)的 p53 基因突變的軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)。截至 1995 年 9 月，他們的數(shù)據(jù)庫(kù)包含 4,200 多個(gè)突變。

 

德弗里斯等人。(1996)描述了一個(gè) p53 突變數(shù)據(jù)庫(kù)。

 

埃諾等人。(1997)報(bào)道了法國(guó)里昂國(guó)際癌癥研究機(jī)構(gòu) (IARC) 維護(hù)的 p53 突變數(shù)據(jù)庫(kù)，Hollstein 等人早些時(shí)候報(bào)道過(guò)。(1996)。當(dāng)前版本包含 5,091 個(gè)已發(fā)布突變的記錄，預(yù)計(jì)在 1997 年 1 月發(fā)布時(shí)將超過(guò) 6,000 個(gè)大關(guān)。

 

Hernandez-Boussard 等人。(1999)指出，IARC 數(shù)據(jù)庫(kù)包括 p53 體細(xì)胞突變（超過(guò) 10,000 個(gè)條目）、p53 種系突變（144 個(gè)條目）和 p53 多態(tài)性（13 個(gè)條目），并將體細(xì)胞突變組織到一個(gè)關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)中。數(shù)據(jù)庫(kù)中包括對(duì)個(gè)體特征和致癌暴露的注釋以及基于國(guó)際腫瘤學(xué)疾病分類 (ICD-O) 的病理學(xué)分類。此外，還開發(fā)了多個(gè)接口來(lái)分析數(shù)據(jù)，以生成突變譜、密碼子分析或具有蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)的突變可視化。

 

奧利維爾等人。(2002)提供了 IARC TP53數(shù)據(jù)庫(kù)的更新。添加了更詳細(xì)的患者注釋，包括致癌物暴露、病毒感染和遺傳背景。

 

Beroud 和 Soussi (2003)描述了在法國(guó)蒙彼利埃維護(hù)的 UMD-p53 數(shù)據(jù)庫(kù)的開發(fā)。蘇西等人。(2005)指出該數(shù)據(jù)庫(kù)中描述了超過(guò) 1,500 種不同的TP53突變體。突變體的頻率具有高度異質(zhì)性，11個(gè)熱點(diǎn)突變體被發(fā)現(xiàn)超過(guò)100次，306個(gè)突變體僅被發(fā)現(xiàn)一次。蘇西等人。(2005)通過(guò)測(cè)試代表由點(diǎn)突變引起的所有可能氨基酸替換的TP53突變體，證明了反式激活活性喪失方面的高度多樣性。雖然賊常見的TP53突變體明顯喪失反式激活活性，但超過(guò) 50% 的稀有TP53突變體表現(xiàn)出顯著的活性。

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