【佳學(xué)基因檢測】循環(huán)腫瘤DNA基因檢測（ctDNA)的臨床應(yīng)用

腫瘤基因檢測導(dǎo)讀：

循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)，源自腫瘤細(xì)胞，反映了腫瘤發(fā)展過程中的一系列變化，如基因突變、DNA甲基化、重排、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）、LOH等。它可以作為腫瘤診斷與治療的重要有利標(biāo)志物，在早期腫瘤篩查、早期診斷、預(yù)后監(jiān)測、腫瘤分子亞型和臨床藥物選擇方面起到關(guān)鍵作用。腫瘤基因解碼基因檢測的研究結(jié)果顯示，在非小細(xì)胞肺癌和結(jié)直腸癌中使用循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的原因可能是這兩種癌癥的驅(qū)動基因已比其他癌癥類型更深入地研究。

對于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的管理，包括提取、檢測、分析和應(yīng)用四個(gè)方面。在提取方面，目前循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)來自腫瘤細(xì)胞凋亡，其實(shí)際來源不僅僅是最常見的外周血液，還有尿液、糞便、腹水和腦脊液等。不同來源的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)需要不同的預(yù)處理方法和最終提取方法。最常用的試劑盒是Qiagen的QIAamp循環(huán)核酸提取試劑盒。檢測是循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)管理中最重要的部分。到目前為止，腫瘤基因解碼基因檢測人員已經(jīng)開發(fā)了許多用于檢測循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中最常見的突變和甲基化變化的方法，其中大多數(shù)依賴于測序方法。然而，由于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)含量極低，突變和甲基化比例也很低，只能使用深度測序，這導(dǎo)致測序成本大幅增加。此外，許多研究人員還從酶和材料科學(xué)的角度開發(fā)了其他檢測方法。雖然在確保高靈敏度和高特異性的同時(shí)，檢測過程在一定程度上比較復(fù)雜，還需要進(jìn)一步優(yōu)化以生成用于臨床檢測的產(chǎn)品。自2019年新冠病毒全球爆發(fā)以來，已經(jīng)開發(fā)了一系列病毒檢測方法，例如CRISPR-Cas系統(tǒng)與等溫?cái)U(kuò)增（包括RPA、LAMP、RCA和RAA）的結(jié)合。同樣，對于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的檢測方法也在不斷更新。此外，隨著材料科學(xué)、光學(xué)等學(xué)科的快速發(fā)展，SPR、微流控技術(shù)、表面共振技術(shù)和石墨烯吸附理論也可以應(yīng)用于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的檢測。這是否能夠引發(fā)新一代循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測技術(shù)的發(fā)展？目前，許多體外診斷公司推出了一些循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測試劑盒，但其檢測限一般為0.1%。需要進(jìn)一步優(yōu)化檢測以應(yīng)用于更低水平的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)，以指導(dǎo)其在腫瘤管理中的后續(xù)應(yīng)用。數(shù)據(jù)分析通常與檢測技術(shù)相匹配。最后，關(guān)于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測的應(yīng)用，最常見的應(yīng)用是在結(jié)直腸癌和非小細(xì)胞肺癌中，涉及早期診斷、預(yù)后監(jiān)測、反復(fù)監(jiān)測和指導(dǎo)抗藥性治療。然而，對于其他實(shí)體腫瘤，如肝癌、胃癌和乳腺癌，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測仍處于停滯階段，因此有很大的發(fā)展空間。此外，還有一些實(shí)際和重大問題需要考慮，包括：a）循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)與腫瘤脫離較少，其在cfDNA中的比例較低；b）循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)很少能夠重現(xiàn)腫瘤的異質(zhì)性；c）循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的突變不特異于特定的癌癥，也在其他癌癥類型中高度突變。例如，PIK3CA E545K/E542K是乳腺癌中第二常見的PIK3CA突變，但它在結(jié)腸腺癌、肺腺癌和膀胱尿路上皮癌中也高度突變。沒有什么是出色的。將循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)與其他特異性腫瘤標(biāo)志物和檢測方法結(jié)合起來可能是一個(gè)出乎意料的選擇。

循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)是反映腫瘤基因水平變化的理想腫瘤標(biāo)志物。一旦循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的奧秘被揭開，研究人員可以設(shè)計(jì)相應(yīng)的靶向抑制劑，臨床醫(yī)生可以治療癌癥源頭，監(jiān)測實(shí)時(shí)療效，并評估患者的預(yù)后情況。

循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA)與腫瘤早期診斷

眾所周知，癌癥是多基因突變的結(jié)果，嚴(yán)重威脅患者的健康。早期的檢測和診斷是目前腫瘤治療成功的主要因素，能夠有效提高患者的生活質(zhì)量。目前，腫瘤的早期診斷主要依賴基因檢測，而病理性腫瘤釋放到血液中的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)具有獨(dú)特的優(yōu)勢。比較了液體活檢在腫瘤早期診斷中多種分子（如循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)、cfDNA、CTC和多個(gè)生物標(biāo)志物）的特異性和敏感性。令人意外的是，cfDNA和循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的檢測效率優(yōu)于其他參數(shù)。腫瘤風(fēng)險(xiǎn)基因檢測構(gòu)建了一個(gè)診斷評分（cd-score），其中包括結(jié)直腸癌患者循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的九個(gè)甲基化標(biāo)記物。cd-score對結(jié)直腸癌的診斷具有出色的敏感性和特異性，優(yōu)于常規(guī)結(jié)直腸癌診斷標(biāo)志物CEA（AUC：0.96 vs. 0.67）。此外，cd-score還在結(jié)直腸癌腫瘤分期、治療方法和治療后微小殘留病變的判斷方面發(fā)揮作用。此外，在涉及16,890名參與者的前瞻性研究中，甲基化標(biāo)記物cg10673833被選擇并確定為高危結(jié)直腸癌患者的早期診斷標(biāo)記物，具有高特異性（86.8%）和敏感性（89.7%）。腫瘤的早期診斷基因檢測在與中國23個(gè)醫(yī)療中心合作的研究中，從10,560名患者中提取了循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)進(jìn)行下一代測序，觀察到肺部結(jié)節(jié)可根據(jù)患者循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的甲基化進(jìn)行診斷。KRAS是胰腺癌中最常見的突變基因，最常見的突變位點(diǎn)是c.35>A，p.G12D和c.38G>A，p.G13D。研究發(fā)現(xiàn)，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的KRAS突變等位基因比例（MAF）在胰腺癌的診斷中起著重要作用。將KRAS MAF與常規(guī)生物標(biāo)志物CA19-9結(jié)合可以顯著提高檢測靈敏度，達(dá)到82%。此外，在同一患者中，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的KRAS MAF與病變組織中的一致性一致。此外，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)還可以與超聲彈性成像相結(jié)合，增強(qiáng)對乳腺癌病變硬度變化的評估，實(shí)現(xiàn)乳腺癌的早期診斷和預(yù)后評估。

此外，腫瘤風(fēng)險(xiǎn)基因分析描述了一種名為CancerSEEK的血液檢測方法，可用于卵巢、肝臟、胃、胰腺、食管、結(jié)腸直腸、肺或乳腺癌的檢測。該檢測包含了16個(gè)常見突變基因（如PIK3CA、APC、EGFR、TP53和KRAS）的61個(gè)突變位點(diǎn)和41個(gè)腫瘤特異性蛋白標(biāo)志物（如AFP、CA-125、sHER2/sEGFR2/sErbB2等）。突變主要用于分析是否存在癌癥以提高檢測敏感性，而腫瘤特異性蛋白標(biāo)志物可以用于癌癥類型，提高檢測的特異性（>99%）。在1005名上述八種癌癥患者中，該方法的中位陽性率為70%，假陽性率較低（7/812）。然而，由于該檢測方法只與正常健康人群進(jìn)行比較，當(dāng)該方法應(yīng)用于亞健康人群時(shí)，陽性率是否會增加？如何解決這個(gè)實(shí)際問題需要研究人員進(jìn)一步研究。類似地，腫瘤的臨床應(yīng)用基因檢測將血液檢測與全身診斷正電子發(fā)射斷層掃描-計(jì)算機(jī)斷層掃描（PET-CT）相結(jié)合，命名為DETECT-A（通過自愿基于突變的血液收集和檢測來更早地檢測癌癥）。血液檢測還可檢測腫瘤特異性突變，然后通過PET-CT進(jìn)行重新診斷、定位和正確治療以改善治療效果。通過血液檢測從9911名志愿者中篩選出134名受試者。在134名陽性患者中，64名通過PET-CT顯示與腫瘤相關(guān)的成像信息，然后通過活檢技術(shù)進(jìn)行確認(rèn)，26名患者患有癌癥，并隨后接受相應(yīng)的臨床治療。盡管該方法復(fù)雜，但DETECT-A具有正確性，并減少了過度診斷和過度治療決策，可以納入例行臨床護(hù)理中。對于早期腫瘤篩查，甲基化可以作為獨(dú)立的預(yù)測因子。腫瘤的分子診斷基因檢測開發(fā)了一種循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)甲基化檢測方案，稱為PanSeer，通過篩選來自一些眾所周知的與腫瘤相關(guān)的基因的477個(gè)腫瘤特異性、10613個(gè)CpG位點(diǎn)，并使用全基因組亞硫酸鹽測序（WGBS）對血液樣本進(jìn)行測序。該方法用于對太州縱向研究中的健康受試者進(jìn)行了為期四年的測試，其中605名無癥狀個(gè)體中有191人被診斷為胃癌、食管癌、結(jié)直腸癌、肺癌和肝癌。PanSeer檢測通過針對在不同癌癥類型中常見的異常甲基化的有限基因組區(qū)域，檢測癌癥，但可能無法預(yù)測未來會發(fā)生癌癥的患者。PanSeer最有可能盡早識別患有癌癥生長但無法通過當(dāng)前檢測方法檢測到的無癥狀患者。在最大的臨床基因組計(jì)劃中，cfDNA中的甲基化檢測仍顯示出出色的腫瘤早期篩查性能，能夠成功檢測到50多種不同階段的癌癥，具有99.3%的特異性。鼻咽癌（NPC）是一種具有獨(dú)特地理特征的癌癥，在中國的東南部和南部高發(fā)，癌癥的發(fā)生和發(fā)展與Epstein-Barr病毒（EBV）感染密切相關(guān)，幾乎每個(gè)癌細(xì)胞都含有EBV基因組。因此，通常認(rèn)為循環(huán)腫瘤EBV DNA（ctEBV DNA）可以作為NPC的獨(dú)特生物標(biāo)志物。腫瘤的超早期基因檢測通過靶向捕獲測序?qū)?0,174名無癥狀個(gè)體進(jìn)行了NPC篩查。結(jié)果顯示，與非NPC受試者相比，NPC患者的血漿ctEBV DNA含量增加，片段長度明顯延長，表明ctEBV DNA的檢測為NPC篩查提供了有利工具。此外，ctEBV DNA在NPC的預(yù)后、風(fēng)險(xiǎn)分層和反復(fù)監(jiān)測中也發(fā)揮著重要的臨床作用。
 

循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）基因檢測與腫瘤預(yù)后

循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)是一個(gè)出色的腫瘤預(yù)后標(biāo)志物。在FIRSTANA和PROSELICA兩項(xiàng)前瞻性三期臨床試驗(yàn)中，通過低通量全基因組測序?qū)ρh(huán)腫瘤DNA(ctDNA)進(jìn)行了測序。單因素分析和分層多因素分析顯示，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)評分與前列腺癌的整體預(yù)后相關(guān)。腫瘤靶向藥物治療效果基因檢測利用ULP-WGS檢測到了24例乳腺癌腦轉(zhuǎn)移陽性患者中的高水平循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)，但未檢測到任何陰性循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的患者。此外，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的診斷效果遠(yuǎn)遠(yuǎn)優(yōu)于目前的金標(biāo)準(zhǔn)，即腦脊液細(xì)胞學(xué)和常規(guī)診斷方法MRI。此外，隨著患者接受硬膜外治療，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)含量的降低與其延長生存期相關(guān)。在患者的腦脊液中連續(xù)檢測循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)可以預(yù)測硬膜外治療后疾病進(jìn)展。對于轉(zhuǎn)移性膀胱癌患者，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中FGFR3基因的變異與對厄達(dá)替尼的增加敏感性和患者的延長無進(jìn)展生存相關(guān)。通過實(shí)時(shí)定量甲基化PCR篩選BRCA1、SLFN11和USP44甲基化標(biāo)記物，對高級別漿液性卵巢癌患者的癌組織和外周血進(jìn)行了檢測?；加型砥诎┌Y患者的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中SLFN44的甲基化水平與無進(jìn)展生存差相關(guān)。一項(xiàng)涉及672名卵巢癌患者的薈萃分析顯示，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)與腫瘤大小和分期有關(guān)。此外，較高水平的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)與不良預(yù)后相關(guān)。因此，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)可以被視為卵巢癌患者潛在的分子預(yù)后指標(biāo)。分子腫瘤負(fù)擔(dān)指數(shù)（mTBI）是與腫瘤進(jìn)展相關(guān)的術(shù)語。與乳腺癌初始腫瘤評估中mTBI > 0.02%的患者相比，mTBI < 0.02%的乳腺癌患者具有更好的無進(jìn)展生存和總體生存。循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的mTBI水平在臨床觀察或成像檢測到腫瘤體積減小之前呈顯著下降趨勢，表明mTBI可以作為乳腺癌的有效預(yù)后標(biāo)志物，有助于識別治療效果良好的患者并進(jìn)一步優(yōu)化其靶向治療。除了實(shí)體腫瘤外，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)在神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤中仍然發(fā)揮著重要作用。在神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤中，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的存在與原發(fā)腫瘤的分級和位置相關(guān)。與循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)陰性患者相比，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)陽性患者的總生存期較短，死亡風(fēng)險(xiǎn)較高，有助于預(yù)測腫瘤的進(jìn)展。循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)是否可以用于神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤的靶向藥物選擇和治療效果檢測？這是一個(gè)值得進(jìn)一步探索的問題，具有極其有意義和創(chuàng)新的方向。以血漿循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的腫瘤分?jǐn)?shù)（TF）作為指標(biāo)，在1725名癌癥患者（198例轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌，223例轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌，902例非小細(xì)胞肺癌和402例乳腺癌）中進(jìn)行了單因素/多因素分析。結(jié)果顯示，患者的整體生存期與TF > 10%獨(dú)立且一致相關(guān)，使得癌癥治療的分級正確，減少了過度治療的可能性。腫瘤基因檢測的臨床應(yīng)用研究從11878個(gè)CpG位點(diǎn)中選擇了191個(gè)有意義的甲基化單體標(biāo)記物，并在晚期腺瘤和結(jié)直腸癌訓(xùn)練集中構(gòu)建了算法。在盲驗(yàn)證集中，晚期腺瘤和結(jié)直腸癌的AUC分別為0.903和0.937。與低甲基化水平患者相比，術(shù)前甲基化水平高的患者預(yù)后較差。

循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）基因檢測與腫瘤分子亞型的確定

癌癥通常是涉及多個(gè)基因的復(fù)雜疾病。不同階段具有不同的基因表達(dá)譜。癌癥的遺傳性、個(gè)體差異性和分子機(jī)制的復(fù)雜性各異。此外，根據(jù)其分子特征，癌癥可以分為不同的亞型。最常見的是基于人表皮生長因子受體（HER）致癌基因的分子亞型劃分?；贙i-67標(biāo)記指數(shù)用于檢測細(xì)胞增殖和分析雌激素（E）和孕激素受體（PgR）的狀態(tài)，乳腺癌分為基底樣、卵泡樣A型和卵泡樣B型亞型。迫切需要針對不同癌癥亞型的正確治療策略，包括正確的診斷、預(yù)后分層、腫瘤分期、反復(fù)監(jiān)測和藥物研發(fā)。這些步驟可以提高治療效果，挽救癌癥患者的生命，并改善他們的生活質(zhì)量。最近發(fā)現(xiàn)循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)在癌癥的分子亞型劃分中也發(fā)揮作用。腫瘤分子診斷基因檢測從5000多名中國肺癌患者中提取了循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)，并發(fā)現(xiàn)不論肺癌是腺癌、鱗癌、腺鱗癌還是大細(xì)胞肺癌，非小細(xì)胞肺癌患者的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)和bTMB水平均顯著低于小細(xì)胞肺癌患者（p < 0.001）。近期的研究報(bào)道了小細(xì)胞肺癌的亞型包含atonal bHLH轉(zhuǎn)錄因子1（ATOH1）、pOU類2 homeobox 3（POU2F3）、神經(jīng)分化因子1（NEUROD1）和achaete-scute類同源基因（ASCL1）。此外，根據(jù)對177個(gè)SCLC臨床樣本的分析，NEUROD1、ASCL1HE和雙陰性亞型是主要的亞型。在這項(xiàng)研究中，利用腫瘤的正確診斷基因檢測的研究中59個(gè)細(xì)胞系的甲基化測序數(shù)據(jù)篩選出了366個(gè)差異甲基化區(qū)域（DMR），通過高效的DMR，在56個(gè)SCLC臨床血樣本中成功區(qū)分了三個(gè)主要的SCLC亞型，分別占73%、13%和14%，并通過免疫組化結(jié)果進(jìn)行了驗(yàn)證。對于絕大多數(shù)原發(fā)性轉(zhuǎn)移性去勢敏感型前列腺癌（mCSPC）患者來說，僅通過腫瘤組織和cfDNA測序無法提供關(guān)于患者的體細(xì)胞信息。循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)和組織的聯(lián)合應(yīng)用揭示了mCSPC患者的基因水平變化，如廣泛的TP53突變和MSH2截短突變。因此，這是一種評估腫瘤分子亞型的有利方法，為癌癥患者的下一步靶向治療策略的開發(fā)打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。此外，腫瘤基于分子機(jī)理的先進(jìn)診斷檢測優(yōu)化了一種基于WGBS的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)甲基化檢測方法，并確定了15個(gè)甲基化生物標(biāo)志物（DMR），可顯著區(qū)分早期和晚期乳腺癌患者與健康志愿者（AUC: 0.996）。此外，鑒定了12個(gè)循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA) DMRs作為區(qū)分乳腺癌臨床亞型的潛在生物標(biāo)志物，在38例乳腺癌患者的訓(xùn)練集和123例患者的驗(yàn)證集中得到了驗(yàn)證。這12個(gè)生物標(biāo)志物可以有效區(qū)分ER（+）和ER（-）乳腺癌患者（AUC值分別為0.984和0.780，靈敏度分別為93%和73%，特異度分別為93%和87%）。該方法也適用于肝細(xì)胞癌和肺癌，并能有效區(qū)分它們的分子亞型?？傊h(huán)腫瘤DNA(ctDNA)也可以揭示與腫瘤分型相關(guān)的分子標(biāo)志物，為腫瘤分型做出貢獻(xiàn)。

循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）基因檢測與腫瘤的反復(fù)監(jiān)測

循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)在腫瘤反復(fù)監(jiān)測中起著重要作用。例如，術(shù)后檢測到胃癌患者的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)突變，其中6名患者出現(xiàn)癌癥反復(fù)并死于癌癥轉(zhuǎn)移引起的并發(fā)癥。相反，11名無循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)突變的患者在手術(shù)后沒有反復(fù)并且生活質(zhì)量良好，這表明循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)有潛力成為胃癌患者術(shù)后預(yù)后和反復(fù)監(jiān)測的檢測參數(shù)。腫瘤的反復(fù)監(jiān)測基因檢測構(gòu)建了長期循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)分析和時(shí)間至反復(fù)的聯(lián)合模型。與傳統(tǒng)的Cox方法相比，聯(lián)合模型對非小細(xì)胞肺癌的反復(fù)具有更好的預(yù)測潛力。隨著隨訪時(shí)間的延長，患者P062的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)水平保持不變，反復(fù)率較低，病情穩(wěn)定。相反，患者P017的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)水平逐漸增加，模型預(yù)測反復(fù)風(fēng)險(xiǎn)顯著增加，最后一次隨訪后不久就發(fā)生了反復(fù)，這表明該模型能夠?qū)崿F(xiàn)對非小細(xì)胞肺癌患者循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)水平的動態(tài)監(jiān)測和反復(fù)風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)測。根據(jù)預(yù)測結(jié)果，提前使用新輔助化療改善患者的預(yù)后。在肝細(xì)胞癌切除術(shù)后，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的陽性率顯著降低。與未達(dá)到重大病理學(xué)反應(yīng)（MPR）或有效病理學(xué)切除的患者相比，MPR患者的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)含量較低。新輔助治療后，MPR患者的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)陽性率從33.3%增加到83.3%，而非MPR患者的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)也呈上升趨勢。在幾個(gè)已確診患者中，正確驗(yàn)證了循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的上升趨勢與癌癥反復(fù)的相關(guān)性，表明循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)可能在評估臨床病理學(xué)反應(yīng)和腫瘤反復(fù)中發(fā)揮作用。盡管先前的研究發(fā)現(xiàn)，癌癥患者的血液循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)變化與疾病進(jìn)展有關(guān)，但仍需要對患者的病變組織進(jìn)行測序，將循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)突變與腫瘤原始突變對齊，以確保檢測的有效性。然而，對于一些患者來說，獲取組織樣本并不容易，由于腫瘤的異質(zhì)性，外科醫(yī)生獲取的組織樣本中的突變類型可能與循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的突變類型有很大不同。正如腫瘤的反復(fù)監(jiān)測所展示的，結(jié)合循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)在結(jié)直腸癌患者中的應(yīng)用可以利用僅使用血漿樣本評估患者的反復(fù)和預(yù)后，并實(shí)現(xiàn)縱向疾病監(jiān)測。全新輔助治療對于局部晚期直腸癌患者是一種有效的治療方法。在GEMCAD 1402多中心臨床試驗(yàn)中，腫瘤的反復(fù)監(jiān)測基因檢測對180名直腸癌患者進(jìn)行了術(shù)前和術(shù)后的定期隨訪。結(jié)果顯示，術(shù)前的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)水平可以預(yù)測患者對全新輔助治療的反應(yīng)以及反復(fù)和生存情況。此外，術(shù)前循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)陽性的9名患者出現(xiàn)疾病轉(zhuǎn)移，其中7名患者出現(xiàn)單器官轉(zhuǎn)移，2名患者出現(xiàn)多器官轉(zhuǎn)移。術(shù)前循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)對肝轉(zhuǎn)移的敏感性和特異性較高（分別為75%和90%）。然而，在肺和腹膜反復(fù)的患者中術(shù)前檢測循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)較困難，這表明循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)與患者的反復(fù)部位有關(guān)。這個(gè)結(jié)論需要在更大的臨床樣本中進(jìn)一步驗(yàn)證。在結(jié)直腸癌中，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)陽性表示腫瘤反復(fù)的高效。共有125名患者在手術(shù)前接受了循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測，其中122名患者的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)為陽性。手術(shù)后，16名反復(fù)患者中有14名的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)為陽性。接受手術(shù)后30天，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)陽性患者的反復(fù)率顯著高于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)陰性患者。不僅手術(shù)切除表現(xiàn)出這種現(xiàn)象，接受新輔助化療的患者也是如此。所有7名循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)陽性的患者在新輔助化療后反復(fù)。體內(nèi)殘留少量腫瘤細(xì)胞稱為極低殘余?。∕RD）。在腫瘤的反復(fù)監(jiān)測的論文中，基于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的MRD與轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者的無病生存顯著負(fù)相關(guān)（p < 0.001），表明它可以成為轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌的預(yù)后因素。此外，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)結(jié)合生物標(biāo)志物CEA也具有良好的預(yù)后效果。此外，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)在MRD和預(yù)測黑色素瘤、肺癌、局部結(jié)直腸癌、胰腺導(dǎo)管腺癌等癌癥的反復(fù)中的作用逐漸得到確認(rèn)。
 

循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）基因檢測與臨床用藥指導(dǎo)

藥物治療，無論是化療還是免疫療法，都是個(gè)體化選擇。在經(jīng)過一段時(shí)間的藥物治療后，一些患者會產(chǎn)生耐藥性。通過循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測，患者可以接受個(gè)體化的藥物治療，選擇更有利的藥物進(jìn)行治療。對于III期結(jié)直腸癌患者，輔助化療的治療高效，但對于手術(shù)治療效果不佳的II期癌癥患者，輔助化療的臨床益處尚不清楚。一項(xiàng)名為DYNAMIC的隨機(jī)試驗(yàn)旨在評估以循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)為指導(dǎo)的方法是否能在不影響反復(fù)風(fēng)險(xiǎn)的情況下減少輔助治療的使用頻率。該試驗(yàn)包括302名接受循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)指導(dǎo)管理的患者和153名接受標(biāo)準(zhǔn)管理的患者，結(jié)果顯示與標(biāo)準(zhǔn)管理相比，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測可以減少II期結(jié)直腸癌患者的輔助治療使用，并不損害無反復(fù)生存率。因此，循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)檢測可以預(yù)測II期結(jié)直腸癌患者是否能從輔助化療中受益，從而減少患者的心理和生理損傷以及不必要的醫(yī)療費(fèi)用。在評估接受CDK4/6抑制劑治療的HR+/HER2+晚期乳腺癌（ABC）患者的總生存率的探索性分析中，PALOMA-3試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，在循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中沒有TP53/PIK3CA/ESR2突變的患者在接受帕博西尼加富勒韋的治療時(shí)表現(xiàn)出更好的總生存率和無進(jìn)展生存期，表明循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的驅(qū)動基因突變可以為臨床醫(yī)療管理提供預(yù)測價(jià)值。腫瘤正確用藥基因檢測構(gòu)建了基于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)測序的腫瘤突變（TMI）模型，結(jié)合循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中的血腫瘤突變負(fù)荷（bTMB）。敏感性血腫瘤突變負(fù)荷（sbTMB）和易感性評分（UMS）被用來評估非小細(xì)胞肺癌患者是否能從抗血管生成抑制劑安羅替尼、化療藥物多西他賽或免疫檢查點(diǎn)抑制劑阿特伊珠單抗中獲益。該模型包括許多影響因素，如：（a）多級基因突變，（b）臨床特征（包括病理類型、驅(qū)動基因狀態(tài)、轉(zhuǎn)移數(shù)量、性別和吸煙史）和（c）通過TMI和bTMB在化學(xué)免疫治療或免疫治療之間的臨床效果比較。此外，TMI能夠有效預(yù)測非小細(xì)胞肺癌患者對多西他賽或阿特伊珠單抗的反應(yīng)，可被認(rèn)為是一種理想的生物標(biāo)志物。此外，接受阿特伊珠單抗治療的低TMI患者通常顯示出改善的總生存率。根據(jù)正確治療的原則，正確的藥物選擇可以減少醫(yī)療資源的浪費(fèi)，避免對患者進(jìn)行無效治療的可能性。由循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)得出的TMI可以實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)，并且該方法并不僅局限于非小細(xì)胞肺癌。在各種癌癥中建立相應(yīng)的TMI模型是通用的。在用抗EGFR單克隆抗體治療RAS野生型轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者時(shí)，經(jīng)過一段時(shí)間的治療后出現(xiàn)RAS、BRAF和EGFR基因等的耐藥突變將大大降低患者的治療效果，而這些突變可以在患者的外周血中檢測到。因此，一項(xiàng)名為CHRONOS的開放標(biāo)簽、單臂II期臨床試驗(yàn)新穎提出在接受EGFR單克隆抗體帕尼單抗治療的患者中檢測耐藥突變，以指導(dǎo)正確的臨床用藥，以避免毒副反應(yīng)和無效治療。在52名患者中的帕尼單抗治療過程中，使用ddPCR監(jiān)測由KRAS、BRAF和EGFR細(xì)胞外區(qū)域（ECD）組成的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)突變面板。16名治療效果不佳的患者中至少有一個(gè)耐藥突變，提示耐藥突變的出現(xiàn)與帕尼單抗的失敗有關(guān)。根據(jù)作者提出的“零突變循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)篩查”原則，36名沒有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)突變的患者在試驗(yàn)中繼續(xù)接受帕尼單抗治療。循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的檢測可以預(yù)測患者的治療反應(yīng)，并且循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)提供的治療時(shí)間比事先提供的更個(gè)性化和正確。簡而言之，在CHRONOS試驗(yàn)中，通過檢測循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)突變，可以最大化帕尼單抗治療轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者的治療效果，避免了不良反應(yīng)，并為具有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)突變的患者提供更正確的治療策略。

在評估是否血腫瘤突變負(fù)荷（bTMB）可以成為肺腺癌局部晚期或轉(zhuǎn)移性III期B-IVB患者的免疫療法新生物標(biāo)志物的II期B-F1RST試驗(yàn)中，意圖治療患者的客觀緩解率會隨bTMB的閾值值的變化而改變。最終，該試驗(yàn)報(bào)告顯示bTMB與較長的總生存期呈正相關(guān)，表明bTMB可以成為患者免疫療法的另一個(gè)預(yù)測性生物標(biāo)志物。

 

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