【佳學(xué)基因檢測】軟組織和骨腫瘤基因檢測分子病理學(xué)共識與標(biāo)準(zhǔn)

主容編輯和審核：《軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測專家共識（2022版）》編寫專家委員會 

出版日期： 2022 -10 -08 ·  

DOI： 10.3760/cma.j.cn112151-20220601-00480

英文標(biāo)題：

Expert consensus and Standard on Genetic & Molecular Pathology Testing of Soft Tissue and Bone Tumor (2022 version)

摘要

隨著基因解碼技術(shù)和高通量測序技術(shù)的廣泛應(yīng)用，軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)及基因檢測領(lǐng)域迅速發(fā)展。為了更好地引導(dǎo)和規(guī)范這些技術(shù)在軟組織和骨腫瘤疾病中的應(yīng)用，專家委員會于2019年在《中華病理學(xué)雜志》發(fā)表了《軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測專家共識（2019年版）》。該共識和標(biāo)準(zhǔn)在指導(dǎo)臨床診療方面發(fā)揮了重要作用。為了與時俱進(jìn)，《軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測專家共識（2022版）》結(jié)合了該領(lǐng)域的賊新進(jìn)展，對2019年版共識進(jìn)行了全面的更新和修訂。新版共識涵蓋了實(shí)驗(yàn)室規(guī)范、分子診斷、基因檢測標(biāo)準(zhǔn)以及臨床治療等多個方面，旨在更好地滿足臨床診療的需求。

版權(quán)歸中華醫(yī)學(xué)會所有。

軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)發(fā)展十分迅速，其不僅在傳統(tǒng)的診斷和鑒別診斷中起著非常重要的作用，而且在臨床治療策略制定和腫瘤生物學(xué)行為預(yù)測等方面也具有重要的價值。另外，分子遺傳學(xué)異常的軟組織和骨腫瘤新病種報道在不斷涌現(xiàn)，軟組織和骨腫瘤分類的基礎(chǔ)正在從形態(tài)學(xué)分類轉(zhuǎn)向分子分類，以期達(dá)到正確診治。為更好指導(dǎo)和規(guī)范分子病理學(xué)檢測在軟組織與骨腫瘤中的應(yīng)用，中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會骨和軟組織疾病學(xué)組、中國抗癌協(xié)會腫瘤病理專業(yè)委員會骨與軟組織腫瘤協(xié)作組、中國抗癌協(xié)會肉瘤專業(yè)委員會病理學(xué)組和中國研究型醫(yī)院學(xué)會病理學(xué)專業(yè)委員會組織專家對《軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測專家共識（2019年版）》［ 1 ］進(jìn)行了修訂，更新了分子病理學(xué)檢測在軟組織和骨腫瘤領(lǐng)域中的應(yīng)用，供臨床和病理醫(yī)師在日常工作中參考。

一、軟組織和骨腫瘤分子病理學(xué)檢測注意事項(xiàng)

開展分子病理學(xué)檢測時應(yīng)注意以下事項(xiàng)：（1）分子病理室的總體要求（包括質(zhì)量管理體系文件、實(shí)驗(yàn)室的區(qū)域設(shè)置、開展的檢測項(xiàng)目和應(yīng)用的試劑、檢測人員/數(shù)據(jù)分析人員/報告簽署醫(yī)師等人員的資質(zhì)等）應(yīng)參考相應(yīng)的管理辦法、工作導(dǎo)則、指南和共識［ 2 , 3 , 4 , 5 ］；（2）從事臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)的分子病理實(shí)驗(yàn)室需通過臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)審核。從事臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)的技術(shù)人員需經(jīng)過臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)技術(shù)人員上崗培訓(xùn)；（3）二代測序檢測推薦在中國合格評定國家承認(rèn)委員會（CNAS）或美國病理學(xué)家協(xié)會（CAP）/美國臨床實(shí)驗(yàn)室改進(jìn)法案修正案（CLIA）認(rèn)證或承認(rèn)的分子病理室進(jìn)行；（4）分子病理室應(yīng)具有嚴(yán)格的室內(nèi)質(zhì)控措施，定期進(jìn)行室間質(zhì)評，包括由國家病理質(zhì)控中心和國家衛(wèi)生健康委員會臨床檢驗(yàn)中心權(quán)威機(jī)構(gòu)組織的基因檢測能力評估，并有持續(xù)的質(zhì)量高效和改進(jìn)計劃，以確保實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理體系符合標(biāo)準(zhǔn)；（5）當(dāng)分子病理學(xué)檢測結(jié)果與臨床病理診斷嚴(yán)重不符時，尤其是檢測結(jié)果與臨床治療密切相關(guān)時，需仔細(xì)分析原因，必要時進(jìn)行驗(yàn)證或重復(fù)檢測；（6）當(dāng)采用不同的分子檢測方法結(jié)果有差異時需考慮第3種分子檢測方法進(jìn)行驗(yàn)證。

二、推薦常規(guī)采用熒光原位雜交（FISH）檢測分子遺傳學(xué)異常

1. 檢測基因重排：

越來越多的軟組織和骨腫瘤涉及染色體易位，并產(chǎn)生融合基因。采用簡便、快捷的FISH檢測相關(guān)基因重排有助于軟組織和骨腫瘤的診斷和治療［ 6 ］。目前FISH檢測常用的探針為斷裂-分離探針（break-apart probe），可幫助判斷某種基因是否有重排（ 表1 ），但不能明確具體的融合基因。使用時需注意：（1）由于不能明確具體的融合伙伴基因，對于一些不同類型的腫瘤可涉及同一基因重排（如EWSR1、NCOA2基因等）時，F(xiàn)ISH檢測結(jié)果要注意辨證分析；（2）由于重排發(fā)生于小的基因組區(qū)域或復(fù)雜事件導(dǎo)致的重排或未明原因下，可能斷裂信號不典型，判讀為假陰性，不能因此而排除某種類型腫瘤的診斷，如EWSR1：：ERG融合陽性尤因肉瘤FISH檢測EWSR1可為陰性［ 7 ］，采用CIC斷裂探針也有漏檢一部分CIC：：DUX4肉瘤的情形［ 8 ］；（3）特殊的斷裂伴擴(kuò)增信號可能是診斷或預(yù)后判斷的線索，如小圓細(xì)胞肉瘤出現(xiàn)EWSR1基因斷裂伴5′擴(kuò)增可能是EWSR1：：NFATC2肉瘤的診斷線索。另外軟組織和骨腫瘤FISH檢測涉及的探針較多，大多數(shù)單位或機(jī)構(gòu)推薦儲備一些常用斷裂分離探針，如EWSR1、SS18、ALK、USP6和TFE3等，以協(xié)助檢測相對常見瘤種的基因重排。

表1采用熒光原位雜交（斷裂分離探針）檢測軟組織和骨腫瘤中的基因重排

2. 檢測融合基因：

少數(shù)情況下，采用融合探針檢測融合基因優(yōu)于采用斷裂-分離探針檢測基因重排（ 表2 ），如檢測隆突性皮膚纖維肉瘤中的COL1A1：：PDGFB融合基因時宜采用融合探針，另一種情況是當(dāng)2個融合基因位于同一染色體相鄰近區(qū)域時應(yīng)采用融合探針，如檢測BCOR：：CCNB3肉瘤中的BCOR：：CCNB3融合基因和EWSR1：：PATZ1肉瘤中的EWSR1：：PATZ1融合基因等。一些不同類型的腫瘤共享相同的融合基因（如EWSR1：：ATF1融合基因等），診斷時需結(jié)合組織學(xué)形態(tài)和免疫組織化學(xué)（IHC）等其他輔助檢查進(jìn)行綜合判斷。

表2:采用熒光原位雜交（融合探針）檢測軟組織和骨腫瘤融合基因

3. 檢測基因擴(kuò)增或缺失：

部分軟組織和骨腫瘤涉及基因擴(kuò)增或缺失，也可通過FISH檢測（ 表3 ）。需要注意的是，部分位置相鄰的基因可能出現(xiàn)共擴(kuò)增，如第12號染色體長臂上的CDK4、DDIT3、FRS2、GLI1、MDM2和STAT6基因。另外，腫瘤中出現(xiàn)缺失或突變的基因（如RB1、NF1、CDKN2A和SWI/SNF復(fù)合物相關(guān)基因等）可能作為驅(qū)動基因或伴隨基因改變參與多種腫瘤發(fā)病機(jī)制，因此其對鑒別診斷的輔助價值必須結(jié)合病理形態(tài)學(xué)判斷。

表3:采用熒光原位雜交檢測軟組織和骨腫瘤基因擴(kuò)增和缺失

4. 驗(yàn)證其他分子檢測結(jié)果：

通過二代測序檢測獲得的分子檢測結(jié)果可通過采用逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)（RT-PCR）和/或FISH檢測加以驗(yàn)證。

三、推薦仍以一代測序（Sanger測序）為主要手段檢測軟組織和骨腫瘤的基因突變

部分軟組織和骨腫瘤具有相關(guān)基因突變，檢測這些基因突變對腫瘤的診斷和治療具有重要參考價值，如檢測胃腸間質(zhì)瘤KIT/PDGFRA基因突變、骨巨細(xì)胞瘤H3F3A基因突變和梭形細(xì)胞/硬化性橫紋肌肉瘤MYOD1基因突變等（ 表4 ）。這些基因變異與腫瘤類型關(guān)系明確，往往只需進(jìn)行單基因檢測，并且癌基因常有突變熱點(diǎn)區(qū)域，因此目前仍推薦以一代測序（Sanger測序）為主要手段檢測軟組織和骨腫瘤的基因突變，但抑癌基因往往沒有熱點(diǎn)，涉及外顯子多，變異類型多，一代測序工作量大，并可能遺漏大片段重排，有條件的實(shí)驗(yàn)室也可用二代測序進(jìn)行檢測。除體系突變外，部分基因?yàn)榕呦低蛔?，特別是遺傳性病例，包括APC、CTG2、DICER1、NF1、SDHx和SMARCB1等，對于有遺傳史及相關(guān)臨床病理特點(diǎn)的患者，如腫瘤組織中檢測到基因變異應(yīng)進(jìn)一步進(jìn)行胚系突變驗(yàn)證或直接進(jìn)行胚系檢測。

表4:軟組織和骨腫瘤基因突變檢測

注：a部分基因涉及胚系突變，如APC、DICER1、FH、LZTR1、NF1、NF2、PRKAR1A、SDH亞單位、SMARCB1、SMARCA4和VHL等；b部分基因突變可見于多瘤種，但基因突變檢測結(jié)合病理學(xué)形態(tài)對某些腫瘤的診斷和鑒別診斷有一定的價值，如CDKN2A/B、NF1和NRAS等

四、推薦將RT-PCR作為分子檢測驗(yàn)證手段

RT-PCR僅限于檢測已知的融合基因，可與FISH或二代測序配伍，主要用于進(jìn)一步明確融合基因的伴侶基因及具體的融合位點(diǎn)。判斷融合亞型在部分腫瘤（如滑膜肉瘤、腺泡狀橫紋肌肉瘤等）中可幫助預(yù)測腫瘤生物學(xué)行為。需注意的是，RT-PCR以RNA為基礎(chǔ)，常因石蠟組織中提取的RNA質(zhì)量差而失敗。此外，RT-PCR也以PCR為基礎(chǔ)，容易因PCR交叉污染而出現(xiàn)假陽性。RT-PCR需設(shè)置兩種污染對照：一種為無RNA模板的對照（檢測PCR試劑的污染），另一種是無逆轉(zhuǎn)錄酶的對照（檢測患者RNA樣本污染）。有條件的單位可開展實(shí)時RT-PCR，減少交叉污染的危險性。

五、推薦有條件的醫(yī)療機(jī)構(gòu)積極開展二代測序檢測

二代測序檢測在臨床診療中具有一定優(yōu)勢：（1）可以同時涵蓋數(shù)百個基因，檢測范圍更廣；（2）同時檢測所有位點(diǎn)的多種變異類型，避免遺漏某些變異類型，可為初診患者提供完整的正確分型及治療策略指導(dǎo)；（3）能評估腫瘤突變負(fù)荷（tumor mutation burden，TMB）和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（microsatellite instability，MSI）等免疫治療相關(guān)的分子標(biāo)志物；（4）避免單基因檢測帶來的樣本耗竭和時間延誤，能快速地為后續(xù)評估提供依據(jù)［ 9 ］。

1. 推薦聯(lián)合采用DNA測序和RNA測序檢測：

RNA測序是DNA測序的補(bǔ)充，能檢測到DNA測序未檢測到的融合，可能原因在于：（1）基因內(nèi)含子序列冗長和存在重復(fù)序列，DNA探針難以全面覆蓋；（2）攜帶融合變異的腫瘤細(xì)胞占比低，低于檢測DNA的靈敏度；（3）復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后的剪接加工過程可能會影響基因組融合/重排的真實(shí)性。

2. 合理采用二代測序檢測：

二代測序檢測費(fèi)用高、周期長，在臨床實(shí)踐中應(yīng)注意合理采用二代測序檢測。軟組織和骨腫瘤二代測序檢測主要包括：（1）部分軟組織和骨腫瘤難以通過IHC和FISH等常規(guī)輔助檢測確診，此時需要借助二代測序檢測來確定是否存在分子遺傳學(xué)異常，以協(xié)助病理診斷。（2）分子分型。軟組織腫瘤類型繁多，但根據(jù)分子遺傳學(xué)異常，可對包括脂肪肉瘤、橫紋肌肉瘤以及骨和軟組織小圓細(xì)胞未分化肉瘤等在內(nèi)的腫瘤進(jìn)行分子分型等［ 10 ］。（3）發(fā)現(xiàn)新病種。通過二代測序檢測和其他分子檢測手段驗(yàn)證，越來越多的新病種被報道，包括第5版WHO軟組織和骨腫瘤分類中納入的新病種（EWSR1：：SMAD3陽性纖維母細(xì)胞腫瘤和NTRK重排梭形細(xì)胞腫瘤等），以及新近文獻(xiàn)上陸續(xù)報道并有望成為新類型的GLI1遺傳學(xué)改變的軟組織腫瘤、EWSR1：：CREB陽性惡性上皮樣腫瘤和YAP1：：KMT2A陽性肉瘤等（ 表5 ）［ 11 ］。（4）其他分子檢測的復(fù)檢手段。臨床實(shí)踐中可出現(xiàn)常規(guī)分子檢測結(jié)果不一致的情況，此時可采用二代測序檢測進(jìn)行復(fù)檢以進(jìn)一步明確。（5）指導(dǎo)臨床靶向和免疫治療。對考慮接受特異性靶向治療或免疫治療的骨與軟組織腫瘤患者，通過二代測序技術(shù)或平臺驗(yàn)證靶向藥物相關(guān)的基因或潛在基因以及免疫檢查點(diǎn)抑制劑生物標(biāo)志物等。

表5:采用二代測序檢測輔助診治的軟組織和骨腫瘤類型

注：a孤立性纖維性腫瘤根據(jù)鏡下形態(tài)結(jié)合STAT6標(biāo)記也可作出明確診斷
 

3. 理性對待二代測序檢測結(jié)果：

（1）DNA測序檢測結(jié)果中如出現(xiàn)罕見易位伴侶/斷點(diǎn)、復(fù)雜融合突變等，需要在RNA水平（如RT-PCR、RNA測序等）和蛋白水平（IHC）進(jìn)行驗(yàn)證，明確轉(zhuǎn)錄和翻譯過程中是否有功能產(chǎn)物的形成；
（2）RNA測序?qū)M織樣本要求高，否則影響RNA提取質(zhì)量，結(jié)果存在假陰性可能；
（3）當(dāng)腫瘤內(nèi)出現(xiàn)多個基因改變時，其對腫瘤診斷分類的意義、腫瘤形成過程中的作用及可能的對治療的影響，需結(jié)合形態(tài)學(xué)及免疫表型，甚至查閱數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)，給予合理解釋；
（4）二代測序發(fā)現(xiàn)的新融合的意義需要結(jié)合形態(tài)學(xué)、免疫表型判斷，甚至需要聚類分析、DNA甲基化圖譜等新興技術(shù)手段幫助明確診斷及進(jìn)行腫瘤分類。

六、推薦有條件的醫(yī)療中心開展分子檢測多平臺和研發(fā)建設(shè)

推薦有條件的醫(yī)療中心進(jìn)行分子檢測多平臺建設(shè)，并具有研發(fā)新技術(shù)或新手段的能力，包括實(shí)驗(yàn)室自建檢測方法（laboratory developed tests，LDT），以適應(yīng)臨床各種診治需求。其他一些檢測技術(shù)包括基于二代測序技術(shù)平臺的全基因組測序（whole genome sequencing，WGS）和全外顯子組測序（whole exome sequencing，WES），以及基因表達(dá)譜分析（gene expression profiling，GEP）、甲基化檢測、單細(xì)胞測序、液體活檢、蛋白組學(xué)和外泌體等可作為科研探索。

七、推薦采用免疫組織化學(xué)標(biāo)志物輔助診斷部分具有分子遺傳學(xué)異常的軟組織和骨腫瘤

根據(jù)軟組織和骨腫瘤的分子改變或基因表達(dá)譜而研制的抗體有著一定的輔助診斷價值（ 表6 ），可通過IHC輔助診斷具有分子遺傳學(xué)異常的軟組織和骨腫瘤［ 12 ］，尤其適合在基層單位開展。如ALK輔助診斷炎性肌纖維母細(xì)胞瘤，MUC4輔助診斷低度惡性纖維黏液樣肉瘤和硬化性上皮樣纖維肉瘤，DDIT3輔助診斷黏液樣脂肪肉瘤，SS18-SSX輔助診斷滑膜肉瘤等。需注意的是，也有一些抗體并不特異，如Fli-1、TLE1、SATB2和BCOR等，應(yīng)辨證分析。

表6: 免疫組織化學(xué)標(biāo)志物協(xié)助診斷具有分子遺傳學(xué)改變的軟組織和骨腫瘤

八、分子檢測有助于臨床制定治療策略

1. 軟組織和骨腫瘤化療：

根據(jù)對化療的相對敏感性，軟組織肉瘤大致分為高度敏感、敏感、中度敏感、不敏感和極不敏感5種類型（ 表7 ），病理醫(yī)師熟悉這些與化療密切相關(guān)的腫瘤類型，對部分腫瘤采用IHC標(biāo)記或FISH檢測，從而作出正確病理診斷，有助于臨床醫(yī)師制定相關(guān)的治療策略。

表7:軟組織肉瘤化療敏感性與免疫組織化學(xué)和分子檢測

2. 軟組織和骨腫瘤靶向和免疫治療：

肉瘤靶向治療主要涉及血管生成（VEGF/VEGFR）、細(xì)胞周期（CDK4/6抑制劑和MDM2抑制劑）、持續(xù)增殖信號通路（甲磺酸伊馬替尼、mTOR、ALK和NTRK抑制劑）、腫瘤微環(huán)境（抗PD1、GM-CSF和抗RANKL等）、表觀遺傳學(xué)（EZH2抑制劑）和DNA修復(fù)（PARP抑制劑）等方面。目前能應(yīng)用靶向或免疫治療的軟組織和骨腫瘤類型還十分有限（ 表8 ），除骨巨細(xì)胞瘤、胃腸道間質(zhì)瘤、隆突性皮膚纖維肉瘤和炎性肌纖維母細(xì)胞瘤等有限的幾種腫瘤以外，大多數(shù)尚處在臨床試驗(yàn)中，但有著良好的應(yīng)用前景。如上皮樣肉瘤嘗試采用EZH2抑制劑，去分化脂肪肉瘤嘗試采用哌帕西利和阿貝西利等。另一些藥物也在臨床實(shí)驗(yàn)中，如MDM2抑制劑（Milademetan）和PARP抑制劑（Olaparib、Niraparib、Talazoparib）等［ 13 , 14 ］。此外，隨著免疫檢查點(diǎn)抑制劑在多種腫瘤中被證實(shí)有效，免疫治療在軟組織肉瘤中的應(yīng)用也日益得到重視，包括聯(lián)合其他藥物（如伊匹單抗）治療等。二代測序可協(xié)助檢測免疫檢查點(diǎn)抑制劑生物標(biāo)志物，包括錯配修復(fù)基因缺陷（mismatch repair-deficient，dMMR）/微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定性（microsatellite instability-high，MSI-H）和高腫瘤突變負(fù)荷（tumor mutation burden-high，TMB-H）等。不同腫瘤TMB-H閾值不同。dMMR/MSI-H、TMB-H是獲美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）批準(zhǔn)、不限組織學(xué)類型的免疫治療生物標(biāo)志物，有這類改變的患者將有可能從免疫治療中獲益。

表8:軟組織和骨腫瘤分子檢測與靶向、抗血管生成和免疫治療

注：a這些類型腫瘤常規(guī)病理即可作出明確診斷，但臨床可分別采用靶向、抗血管生成和免疫治療
 

3. 遺傳學(xué)咨詢：

部分骨和軟組織腫瘤涉及家族性或遺傳性背景［ 15 ］，如Ⅰ型（NF1基因）和Ⅱ型神經(jīng)纖維瘤?。∟F2基因）、Gardner綜合征（APC基因）、家族性胃腸間質(zhì)瘤（KIT/PDGFRA基因）、遺傳性副神經(jīng)節(jié)瘤-嗜鉻細(xì)胞瘤綜合征（SDH亞單位）、遺傳性平滑肌瘤病和腎細(xì)胞癌綜合征（FH基因）和希佩爾-林道綜合征（VHL基因）等，可涉及相應(yīng)基因胚系突變，有條件的單位可開展遺傳學(xué)咨詢并制定相應(yīng)策略或措施。

免責(zé)聲明 本共識僅代表本編寫專家委員會觀點(diǎn)，供從事軟組織和骨腫瘤分子檢測的各單位參考實(shí)際情況使用。本編寫專家委員會不對因使用本共識而引起的直接或間接損失承擔(dān)任何責(zé)任

編寫專家委員會 中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會骨和軟組織疾病學(xué)組、中國抗癌協(xié)會腫瘤病理專業(yè)委員會骨與軟組織腫瘤協(xié)作組、中國抗癌協(xié)會肉瘤專業(yè)委員會病理學(xué)組、中國研究型醫(yī)院學(xué)會病理學(xué)專業(yè)委員會

顧問 朱雄增 范欽和 黃嘯原 蔣智銘 王瑞琳