【佳學(xué)基因檢測】如何做到正確基因檢測年齡相關(guān)白內(nèi)障？
如何做到正確基因檢測年齡相關(guān)白內(nèi)障？
為了在基因檢測中全面包括全部年齡相關(guān)白內(nèi)障的位點,我建議可以從以下幾個方面入手:
1. 收集已報道的所有年齡相關(guān)白內(nèi)障致病基因和致病位點。這需要對文獻(xiàn)進(jìn)行全面系統(tǒng)的檢索和匯總。主要數(shù)據(jù)庫包括OMIM、GWAS Catalog等,需要對不同種族人群的研究都進(jìn)行考慮。
2. 在檢測方法的選擇上,采用全基因組測序技術(shù)。與基因芯片相比,全基因組測序可以檢測到所有已知位點的同時,還能夠發(fā)現(xiàn)新突變位點。這高效了對白內(nèi)障基因位點的全面的涵蓋。
3. 設(shè)計對于整個蛋白編碼區(qū)和入子區(qū)域的深度測序。已知大多數(shù)病因性突變發(fā)生在蛋白編碼區(qū),但調(diào)控區(qū)域、啟動子區(qū)域等的突變也可能影響基因表達(dá)而導(dǎo)致疾病。增補(bǔ)這些區(qū)域可以提高檢出率。
4. 采用自動化和智能化的生物信息學(xué)分析流程。將測序結(jié)果映射到參考基因組,調(diào)用標(biāo)準(zhǔn)注釋算法對所有位點進(jìn)行系統(tǒng)注釋,如SIFT、PolyPhen等對功能影響的判斷。這樣可以高效對位點和突變的全面和標(biāo)準(zhǔn)化分析。
5. 根據(jù)分析結(jié)果,對可能具有致病作用的未知變異位點進(jìn)行驗證。這一步可以利用更大樣本量或功能驗證實驗確定新發(fā)現(xiàn)位點的致病潛力。
綜上所述,通過全面的文獻(xiàn)檢索、全基因組測序技術(shù)和規(guī)范的生物信息學(xué)分析流程,可以高效在基因檢測中對全部年齡相關(guān)白內(nèi)障的位點進(jìn)行涵蓋。這將有助于發(fā)現(xiàn)新的致病機(jī)制和潛在的治療靶點。
如何建立正確的基因突變位點與年齡相關(guān)白內(nèi)障的關(guān)系？
建立基因突變位點與年齡相關(guān)白內(nèi)障關(guān)系的正確性,主要可以從以下幾個方面入手:
1. 擴(kuò)大樣本量,進(jìn)行病例對照研究
收集大樣本量的年齡相關(guān)白內(nèi)障患者和對照人群,利用全基因組關(guān)聯(lián)分析等技術(shù),識別更多相關(guān)的SNP位點或致病突變。并計算各位點的Odds Ratio和P值等指標(biāo),判斷統(tǒng)計學(xué)關(guān)聯(lián)的顯著性。
2. 進(jìn)行meta分析,提高統(tǒng)計效能
整合不同人種、地區(qū)的多個病例對照研究的數(shù)據(jù),利用元分析的統(tǒng)計模型,可以顯著提高某些位點的P值和顯著性。這有助于確定真正臨床相關(guān)的位點。
3. 開展家系鏈測序和聯(lián)合分析
對有明確遺傳特征的家族性年齡相關(guān)白內(nèi)障患者開展全基因組測序,并與散發(fā)病例的關(guān)聯(lián)結(jié)果進(jìn)行聯(lián)合分析,有助于識別更多致病突變。
4. 利用動物模型和細(xì)胞模型進(jìn)行驗證
能夠再現(xiàn)人類疾病表型的動物模型是評估致病性的金標(biāo)準(zhǔn)。同樣,體外細(xì)胞模型也可以用來驗證突變的功能影響。這些功能驗證可以使結(jié)果更加正確高效。
5. 開展前瞻性隊列研究,評估基因檢測的預(yù)測價值
對具有高風(fēng)險位點的個體進(jìn)行前瞻性觀察,根據(jù)其后期的實際發(fā)病情況,評估基因檢測作為預(yù)測模型的效能。這是檢驗正確性賊直接的方法。
基因解碼揭示的與年齡相關(guān)的白內(nèi)障基因突變和基因座
與年齡相關(guān)的白內(nèi)障 (ARC) 也具有遺傳成分，盡管導(dǎo)致 ARC 的序列變異傾向于增加患病風(fēng)險，這是針對所有人共同暴露的環(huán)境刺激而發(fā)生的， vermutlich 是因為具有這種變異的人更容易受到多年積累的各種環(huán)境刺激的影響。盡管在晚期經(jīng)常表現(xiàn)為混合模式，但與年齡相關(guān)的白內(nèi)障可以根據(jù)其在晶狀體內(nèi)的位置分為三種亞型：核型、皮質(zhì)型和后囊下型。這些白內(nèi)障形式中的每一個都有其多因素流行病學(xué)，涉及來自多個環(huán)境和遺傳風(fēng)險因素的貢獻(xiàn)。與遺傳性先天性白內(nèi)障相比，與年齡相關(guān)白內(nèi)障相關(guān)的基因或基因座相對較少，這可能是因為其復(fù)雜的遺傳模式和晚發(fā)病癥使它們更難以研究。
在或靠近許多基因的序列變化與 ARC 相關(guān)。先進(jìn)個是半乳糖激酶-1 (GALK1) 基因的“大阪”變體 (Ala198Val)。GALK1 催化半乳糖的磷酸化，這是半乳糖代謝為葡萄糖的先進(jìn)步。大阪變體在患有與年齡相關(guān)的白內(nèi)障的日本隊列中以更高的頻率（約 7.8%）被檢測到，而在普通人群中為 4.1%。在雜合子中，這種蛋白質(zhì)變異導(dǎo)致變體酶的穩(wěn)定性降低和輕微的半乳糖激酶缺乏癥，相當(dāng)于正常水平的約 20%，這可能足以隨著個體年齡增長而導(dǎo)致白內(nèi)障。此外，EPH 受體 A2 (EPHA2) 及其附近的 SNP 與 ARC 相關(guān)，尤其是皮質(zhì)型,αA-晶體蛋白基因 (CRYAA) 的序列變異也是如此。
GSTM1 基因座的無效等位基因與 ARC 的關(guān)聯(lián)被證明是不一致的，GSTT1 也一樣。單羧酸鹽 (肌酸) 轉(zhuǎn)運蛋白 SLC16A12 的改變也與青少年皮質(zhì)型和核型白內(nèi)障有關(guān)，并與與年齡相關(guān)的白內(nèi)障有關(guān)。此外，DNA 修復(fù)基因 WRN、XPD 和 XRCC1 以及 HSF4 和動蛋白輕鏈 1 基因 KCL1 與年齡相關(guān)白內(nèi)障的不一致或未經(jīng)證實的關(guān)聯(lián)已被報道。
(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)
