【佳學(xué)基因檢測(cè)】基因解碼基因檢測(cè)如何區(qū)分影響基因組穩(wěn)定性的突變及藥物選擇

MSI高突變組和極突變組的突變譜比較

《腫瘤突變效應(yīng)的基因解碼》分析了基因組穩(wěn)定性突變病例中的突變類型和分布，重點(diǎn)是MSI高腫瘤中的頻繁突變基因和信號(hào)通路中的致癌驅(qū)動(dòng)因素改變。基因檢測(cè)大數(shù)據(jù)及人工智能分中揭示MSI高組賊常見的改變是移碼缺失突變。其中CDH26（70%）、ACVR2A（65%）和RNF43（50%）是編碼區(qū)均聚物序列突變頻率賊高的基因。為基因解碼提供的有趣的發(fā)現(xiàn)是，在65%的病例（13/20）中檢測(cè)到PIK3CA錯(cuò)義突變，其中11例為ONC/LO。在PIK3CA突變腫瘤中，結(jié)腸癌病例占優(yōu)勢(shì)（7/13，53%）。相比之下，POLE這一導(dǎo)致基因組不穩(wěn)定的突變組表現(xiàn)出各種變化，包括常見腫瘤抑制基因的突變，如TP53（83%）和APC（49%），以及隨后的KRAS（34%）和FBXW7（21%），尤其是在CRC中這一現(xiàn)象更為明確。觀察到PIK3CA突變，但POLE突變組的突變頻率遠(yuǎn)低于MSI高組（19%對(duì)65%）。就TMB而言，MSI高組的總體TMB顯著高于極性突變組（TMB中位數(shù)為83.6 vs 12.5/Mb），插入/缺失（indel）突變數(shù)也高于極性突變組。因此，在解讀同一類基因組不穩(wěn)定性突變時(shí)，基因解碼技術(shù)認(rèn)為POLE突變腫瘤具有可變的TMB，而這雙與POLE的突變位置和突變類型有關(guān)。
 

MSI高表達(dá)腫瘤在PI3K/AKT/mTOR通路中表現(xiàn)出頻繁的基因組改變

《同類突變效應(yīng)的高精度解析》進(jìn)一步研究了RTK/RAS/MAP激酶、TGFβ/SMAD、PIK3/AKT/mTOR和β-連環(huán)蛋白/Wnt等典型途徑的突變情況。致病基因突變分析發(fā)現(xiàn)MSI高組中有大量基因在PI3K/AKT/mTOR途徑中發(fā)生突變，包括PI3K催化亞基基因（PIK3CB和PIK3CD）、PI3K調(diào)節(jié)亞基基因（PIK3R1和PIK3R2）、AKT/蛋白激酶B基因（AKT1、AKT2和AKT3）、RICTOR、mTOR和PTEN，影響20例患者中的17例（85%）。結(jié)合PI3KCA基因的致癌突變（65%），20例中的15例（75%）顯示了涉及PI3K/AKT/mTOR通路的ONC/LO突變，表明PI3K/AKT/mTOR通路相關(guān)基因的任何基因改變?cè)贛SI高腫瘤的發(fā)病機(jī)制中起著重要作用?；蛲蛔兊念愋图捌渑R床效果算法智能項(xiàng)目組沒有在其他途徑中發(fā)現(xiàn)任何反復(fù)性和功能相關(guān)的突變模式。值得注意的是，PI3K/AKT/mTOR基因的改變與免疫細(xì)胞密度的增加沒有顯著相關(guān)性。