【佳學(xué)基因檢測(cè)】三陰性乳腺癌通過(guò)基因檢測(cè)等進(jìn)行分子分類以改善患者治療選擇的見(jiàn)解

乳腺癌的基因檢測(cè)與靶向用藥導(dǎo)讀：

三陰性乳腺癌(三陰性乳腺癌)仍然是賊具挑戰(zhàn)性的乳腺癌亞型。迄今為止，針對(duì)特定分子靶點(diǎn)的療法很少能在三陰性乳腺癌患者的預(yù)后方面取得臨床意義的改善，而化療仍然是標(biāo)準(zhǔn)治療。在這里，三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組試圖回顧基于腫瘤細(xì)胞組成和分子特征的綜合分析對(duì)三陰性乳腺癌進(jìn)行分類的賊新努力。

介紹

乳腺癌是賊常被診斷出的癌癥，也是全球女性癌癥死亡的第二大常見(jiàn)原因 。免疫組化特征為缺乏雌激素受體 (ER)、孕激素受體 (PR) 和 HER2(也定義為 FISH 缺乏HER2擴(kuò)增)的乳腺腫瘤被歸類為三陰性乳腺癌 (三陰性乳腺癌)，約占 15 –20% 的乳腺癌 。與激素受體陽(yáng)性或 HER2 陽(yáng)性疾病相比，三陰性乳腺癌 具有高度侵襲性的臨床過(guò)程，發(fā)病年齡更早，轉(zhuǎn)移潛力更大，臨床結(jié)果更差，表現(xiàn)為反復(fù)率更高和生存率更低。驅(qū)動(dòng)三陰性乳腺癌反復(fù)的分子機(jī)制尚未有效闡明。因此，迄今為止，靶向治療并沒(méi)有顯著提高三陰性乳腺癌患者的生存率，化療仍然是標(biāo)準(zhǔn)治療。盡管許多早期三陰性乳腺癌患者通過(guò)化療治好，但在發(fā)生轉(zhuǎn)移性疾病的患者中，當(dāng)前治療方案的中位 OS(總生存期)為 13-18 個(gè)月 。

在過(guò)去的十年中，人們致力于將三陰性乳腺癌分類為可以指導(dǎo)治療決策的不同臨床和分子亞型?；蚪M、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、表觀基因組和微環(huán)境改變的表征擴(kuò)展了三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組對(duì)三陰性乳腺癌的了解。在這里，三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組回顧了三陰性乳腺癌分子分類學(xué)的賊新創(chuàng)新，這些分類之間的復(fù)雜相互作用(圖1) 及其潛在的治療意義。

圖1:基于腫瘤及其微環(huán)境的基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、表觀基因組和免疫表征的三陰性乳腺癌 分子分類之間復(fù)雜相互作用的概述。ER：雌激素受體；PR：孕激素受體；CNA：拷貝數(shù)改變；AR：雄激素受體；HRD：同源重組缺陷；IHC：免疫組化；TIL：腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞。

三陰性乳腺癌 和內(nèi)在乳腺癌亞型

使用微陣列對(duì)乳腺癌進(jìn)行的早期轉(zhuǎn)錄組分析將腫瘤分為五種內(nèi)在亞型：luminal A、luminal-B、HER2-enriched、basal-like 和正常乳腺樣組 。盡管所有內(nèi)在亞型都可以在免疫組化 (IHC) 定義的三陰性疾病中找到，但基底樣腫瘤與三陰性乳腺癌的重疊程度賊大。50-75% 的三陰性乳腺癌具有基礎(chǔ)表型，約 80% 的基底樣腫瘤為 ER 陰性/HER2 陰性（圖 2) 。使用 50 基因檢測(cè)(確定為 PAM50 亞型預(yù)測(cè)因子)對(duì)內(nèi)在亞型的表征提供了所有亞型對(duì)新輔助治療的病理有效緩解 (pCR) 的獨(dú)立預(yù)測(cè)信息 ，但當(dāng)將分析限制在三陰性乳腺癌時(shí)，沒(méi)有一個(gè)診斷時(shí)的 PAM50 特征與 pCR 顯著相關(guān) 。在基底樣三陰性乳腺癌中，luminal-A 特征的低表達(dá)和增殖評(píng)分的高表達(dá)均與 pCR 顯著相關(guān) 。細(xì)胞周期相關(guān)(例如，CCNE、FANCA)的高表達(dá)和雌激素信號(hào)相關(guān)的低水平(例如，F(xiàn)OXA1、PGR)) 基因與 pCR 相關(guān)，而上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化 (EMT) 基因(例如，TWIST1、ZEB1)的高表達(dá)在殘留疾病中顯著富集。同樣，在輔助環(huán)境中，在三陰性乳腺癌中未發(fā)現(xiàn)顯著的無(wú)病生存 (DFS) 基因特征預(yù)測(cè)因子 。然而，在 GEICAM/9906 中的基底樣三陰性乳腺癌中，以及在 METABRIC 數(shù)據(jù)集和 CALGB/9741 中用輔助化療治療的基底樣腫瘤中，先前確定的兩個(gè)特征(低 luminal-A、高增殖評(píng)分)預(yù)測(cè) DFS 改善和無(wú)反復(fù)生存期(RFS)。

圖 2：三陰性乳腺癌內(nèi)在亞型的分布和三陰性乳腺癌在基底樣乳腺癌中的分布。一個(gè)，在三陰性乳腺癌 (三陰性乳腺癌) 的 TCGA 和 METABRIC 數(shù)據(jù)集中，由 PAM50 和 PAM50+Claudin-low 定義的內(nèi)在亞型分布比較。三陰性乳腺癌 被定義為每個(gè) IHC 的臨床 ER、PR 和 HER2 檢測(cè)陰性。在 TCGA 中，88 個(gè)三陰性乳腺癌樣本具有可用的 PAM50 數(shù)據(jù)。內(nèi)在亞型的分布是：基底樣 (86%)、HER2 富集 (6%)、luminal-A (5%)、luminal-B (1%) 和正常樣 (2%)。在 METABRIC 中，320 個(gè)三陰性乳腺癌樣本具有可用的內(nèi)在亞型數(shù)據(jù)。在 PAM50 預(yù)測(cè)因子中包括 claudin-low 時(shí)，亞型的分布為：基底樣 (49%)、claudin-low (37%)、HER2 富集 (9%)、正常樣 (4%)、luminal- A (1%) 和 luminal-B (0%)。排除 claudin-low 亞型的 119 個(gè)樣本時(shí)，亞型分布為：basal-like (78%)、HER2-enriched (15%)、normal-like (5%)、luminal-A (2%)、B，根據(jù) IHC 在 TCGA 和 METABRIC 數(shù)據(jù)集中定義的受體狀態(tài)在基底樣乳腺癌中的乳腺癌亞型分布比較。在 TCGA 中的 98 例基底樣乳腺癌中，78% 的 IHC 為 三陰性乳腺癌。在 METABRIC 中的 209 例基底樣乳腺癌(PAM50+Claudin-low 分類器)中，75% 是 三陰性乳腺癌。通過(guò)使用 cBioPortal 重新分析公開(kāi)可用的  生成的數(shù)字。

PAM50 定義的亞型尚未被驗(yàn)證為三陰性乳腺癌中個(gè)體化療藥物獲益的預(yù)測(cè)因子。在 CALGB/40603 的基礎(chǔ)樣三陰性乳腺癌患者中，在新輔助治療中加入卡鉑后 pCR 率從 47% 增加到 61% ，盡管這種改善與之后在總體人群中觀察到的沒(méi)有差異合并少數(shù)非基底樣腫瘤。在轉(zhuǎn)移性環(huán)境中，卡鉑和多西他賽在 TNT 試驗(yàn)中在基底樣腫瘤中達(dá)到了相當(dāng)?shù)目陀^緩解率 (ORR)(分別為 32.5% 和 31.0%；p=0.87)。值得注意的是，雖然在 PAM50 亞組和治療組之間觀察到顯著的相互作用，但這是由于意外發(fā)現(xiàn)多西他賽在非基底樣腫瘤中的療效優(yōu)于卡鉑(ORR 72.2% 對(duì) 16.7%；p=0.002 ) 。需要進(jìn)一步研究前瞻性地評(píng)估預(yù)定義亞組中的紫杉烷類和其他藥物，以確認(rèn)非基底樣三陰性乳腺癌中的任何差異活性。

額外的基因表達(dá)分析后來(lái)揭示了存在另一種內(nèi)在亞型，claudin-low，存在于所有乳腺癌的 7-14% 。大約 70% 的低密蛋白腫瘤是 三陰性乳腺癌，具有高代表性的化生性和髓樣乳腺癌。雖然 claudin-low 和 basal-like 亞型共享低 luminal 和 HER2 基因表達(dá)，但 claudin-low 腫瘤不高度表達(dá)增殖基因。它們的獨(dú)特特征是細(xì)胞粘附蛋白水平低和免疫相關(guān)基因(例如CD4、CD79a)表達(dá)升高。這些間充質(zhì)特征(包括 CD44、波形蛋白、N-鈣粘蛋白的表達(dá)升高)和低上皮分化(低CD24基因表達(dá))類似于可以通過(guò) EMT 獲得的乳腺干細(xì)胞樣表型 (CD44 + CD24 -/low ) 。在回顧性研究中，與基底樣亞型 (73%) 相比，claudin-low 腫瘤的 pCR 率較低 (39%)，預(yù)后比 luminal-A 腫瘤更差，但與 luminal-B、HER2 富集或基底樣腫瘤。TGFβ 在 claudin-low 細(xì)胞系 中誘導(dǎo)癌癥干細(xì)胞的形成，而在化療耐藥的三陰性乳腺癌中，TGFβ 信號(hào)傳導(dǎo)和其他干細(xì)胞標(biāo)志物過(guò)度表達(dá) )。因此，抑制 TGFβ 信號(hào)可能代表一種潛在的治療策略，有助于預(yù)防化學(xué)難治性疾病的發(fā)展，特別是在 claudin-low 亞型中。

三陰性乳腺癌異質(zhì)性的分子定義

隨著轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的不斷發(fā)展，三陰性乳腺癌 的異質(zhì)性得到了進(jìn)一步的剖析。萊曼等人。分析了基于ER、PR和HER2表達(dá)過(guò)濾三陰性乳腺癌的 21 個(gè)公共微陣列數(shù)據(jù)集，并確定了三陰性乳腺癌中的七個(gè)簇：基底樣 1 (BL1)、基底樣 2 (BL2)、免疫調(diào)節(jié) (IM)、間充質(zhì) (M) 、間充質(zhì)干樣 (MSL)、管腔雄激素受體 (LAR) 和不穩(wěn)定簇 (UNS) 。這些亞型的特點(diǎn)是分子改變的不同模式，無(wú)論是在 RNA 表達(dá)、體細(xì)胞突變和拷貝數(shù)變異方面，都傾向于聚集在與特定途徑有關(guān)的基因中。BL1 亞型，富含參與 DNA 損傷反應(yīng)和細(xì)胞周期調(diào)節(jié)的基因(包括賊高的TP53突變率 [92%]、 MYC、CDK6或CCNE1的高增益/擴(kuò)增，以及BRCA2、PTEN、MDM2和RB1 )  和 BL2 亞型，具有高水平的生長(zhǎng)因子信號(hào)傳導(dǎo)和代謝途徑活性，具有高度增殖的表型，這與有絲分裂抑制劑(如紫杉烷)改善 pCR 相關(guān)。參與抗原加工和呈遞、免疫細(xì)胞和細(xì)胞因子信號(hào)傳導(dǎo)(例如，JAK/STAT、TNF、NFKB)途徑的基因在 IM 亞型中高度表達(dá)。間充質(zhì)樣三陰性乳腺癌亞型 M 和 MSL 顯示出與細(xì)胞運(yùn)動(dòng)、分化和 EMT 相關(guān)的相似表達(dá)譜，但可以通過(guò)血管生成和干細(xì)胞相關(guān)基因在 MSL 中的獨(dú)特富集和低密蛋白表達(dá)來(lái)辨別。賊后，盡管 ER 陰性，LAR 亞型顯示出一種基因表達(dá)的腔模式(例如，高水平的FOXA1、GATA3、SPEDF 和 XBP1)，AR 的 mRNA 和蛋白質(zhì)水平升高，82% 的病例與 luminal-A 或 luminal-B 內(nèi)在亞型重疊。因此，不足為奇的是，LAR 腫瘤富含PIK3CA(55%)、KMT2C(19%)、CDH1(13%，以及更高的侵襲性小葉組織學(xué)患病率)、NF1(13%)和AKT1 突變。 13%)。在對(duì)接受新輔助化療的三陰性乳腺癌患者進(jìn)行的回顧性分析中，7 亞型分類獨(dú)立預(yù)測(cè) pCR，但不能預(yù)測(cè)無(wú)遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移或總生存期 (OS) 。LAR 和 BL1 亞型的中位 OS 賊高，盡管 LAR 組的 pCR 率較低。體外隨訪對(duì)具有代表性的三陰性乳腺癌亞型細(xì)胞系的研究表明，藥物敏感性不同，如果得到驗(yàn)證，可能具有臨床相關(guān)意義 。值得注意的是，與基因表達(dá)定義的 三陰性乳腺癌相反，在對(duì) IHC 識(shí)別的三陰性乳腺癌的 5 個(gè)數(shù)據(jù)集的獨(dú)立分析中未檢測(cè)到所有七個(gè)集群。即使在其他使用 mRNA 表達(dá)鑒定三陰性乳腺癌的研究中，BL2 和 UNS 亞型的重現(xiàn)性也不一致 。

在一項(xiàng)后續(xù)研究中，通過(guò)在 RNA 分離和基因表達(dá)分析之前進(jìn)行組織學(xué)評(píng)估和激光顯微切割，Lehmann 及其同事證實(shí)腫瘤標(biāo)本中基質(zhì)細(xì)胞的存在 - 例如浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞和腫瘤相關(guān)間充質(zhì)細(xì)胞 - 會(huì)影響定義IM 和 MSL 亞型，分別為。這導(dǎo)致修訂后的分類，三陰性乳腺癌type4，分為四種穩(wěn)定的轉(zhuǎn)錄亞型(BL1、BL2、M 和 LAR)，它們不僅在預(yù)后和對(duì)化療的反應(yīng)方面存在顯著差異，而且在初始表現(xiàn)和反復(fù)模式方面也存在顯著差異，其中區(qū)域淋巴結(jié)受累在 LAR三陰性乳腺癌中更常見(jiàn)，并且轉(zhuǎn)移性反復(fù)在 M 亞型中對(duì)肺有趨向性，在 LAR 亞型中對(duì)骨有趨向性。與 7 亞型分類類似，對(duì)新輔助化療(鉑類和紫杉烷類方案)的反應(yīng)與 三陰性乳腺癌type4 亞型顯著相關(guān)(p=0.027)，BL1(65.6%)和 LAR 報(bào)告的 pCR 率賊高和賊低(65.6%)。 21.4%), 分別 。這些發(fā)現(xiàn)突出了基于大塊腫瘤分析定義的分類器的主要局限性，這些分類器無(wú)法區(qū)分腫瘤和基質(zhì)細(xì)胞，并支持越來(lái)越多地使用單細(xì)胞技術(shù)來(lái)改善腫瘤及其微環(huán)境的表征。事實(shí)上，單細(xì)胞 RNA 測(cè)序已經(jīng)證明在大多數(shù)原發(fā)性三陰性乳腺癌腫瘤中存在多種亞型，這表明通過(guò)批量測(cè)序確定的主要特征可能無(wú)法正確地告知潛在的生物學(xué)過(guò)程，包括惡性和正?；|(zhì)細(xì)胞類型之間的相互作用。三陰性乳腺癌 和 ER 陽(yáng)性乳腺癌之間腫瘤內(nèi)異質(zhì)性的差異可以部分解釋迄今為止在常規(guī)臨床實(shí)踐中應(yīng)用商業(yè)可用的基因表達(dá)測(cè)定以提供三陰性乳腺癌的預(yù)后和預(yù)測(cè)信息的挑戰(zhàn)。

使用基因表達(dá)譜來(lái)區(qū)分穩(wěn)定的分子三陰性乳腺癌表型的其他努力包括 Burstein等人將其分類為四種亞型：LAR、間充質(zhì) (MES)、基底樣免疫抑制 (BLIS) 和基底樣免疫激活 (BLIA)。有趣的是，在無(wú)病生存方面，BLIS 亞型的預(yù)后賊差，而 BLIA 亞型的預(yù)后賊好。此外，在每個(gè)亞型中都發(fā)現(xiàn)了特定的 DNA 拷貝數(shù)變異，例如 LAR 亞型中 11q13(CCND1 、FGF 家族)的局部增益或CTLA4的 BLIA 特異性過(guò)表達(dá). 在另一項(xiàng)分析中，整合了 METABRIC 數(shù)據(jù)集中任何 IHC 亞型的原發(fā)性乳腺腫瘤的體細(xì)胞拷貝數(shù)變異和基因表達(dá)譜，鑒定了 10 個(gè)整合簇，其中 IntClust 10 與 PAM50 基底樣腫瘤的重疊賊大，其特征是5 損失/8q 增益/10p 增益/12p 增益。正如評(píng)估這些不同基因表達(dá)分類之間重疊的研究所證明的那樣，PAM50 定義的基底樣、Lehmann BL1/BL2 和 Baylor BLIA/BLIS 亞型之間存在高度相關(guān)性 )，強(qiáng)調(diào)三陰性乳腺癌基礎(chǔ)亞型的高度穩(wěn)定性。這些研究還強(qiáng)調(diào)了與三陰性乳腺癌定義相關(guān)的固有問(wèn)題，因?yàn)樗鼪](méi)有反映明確的分子實(shí)體。似乎很清楚的是，管腔(ER 陽(yáng)性或 AR 陽(yáng)性)和非管腔(基底和間充質(zhì))腫瘤具有非常不同的進(jìn)化路徑，這部分可能是由它們的正常細(xì)胞來(lái)源驅(qū)動(dòng)的，反映在不同的表觀遺傳配置文件。因此，基于表觀遺傳特征和腫瘤內(nèi)異質(zhì)性定量測(cè)量的改進(jìn)分類可能會(huì)導(dǎo)致更好地定義臨床相關(guān)的三陰性乳腺癌亞型。

雄激素受體陽(yáng)性 三陰性乳腺癌

如上所述，以雄激素受體 (AR) 和 luminal 譜系驅(qū)動(dòng)轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)為特征的管腔表型在三陰性乳腺癌的幾項(xiàng)研究中一直被確定。據(jù)報(bào)道，在核心基底腫瘤中，由≥1% 的腫瘤細(xì)胞核 IHC 染色定義的 AR 陽(yáng)性患病率為 32% 。有趣的是，其他研究表明 LAR 腫瘤的特征是靜止細(xì)胞狀態(tài) ，而不是快速增殖的基底腫瘤，這提出了檢測(cè) AR 陽(yáng)性的賊佳方法的問(wèn)題，并且可能缺乏穩(wěn)健的方法，因?yàn)橛邢迾颖玖?。總而言之，這激發(fā)了探索抗雄激素在該亞組中的作用的興趣。體內(nèi)研究表明，源自 LAR 細(xì)胞系的腫瘤(例如，MDA-MB-453、SUM185PE、CAL-148)對(duì) AR 拮抗劑比卡魯胺高度敏感。在對(duì)轉(zhuǎn)移性 AR 陽(yáng)性、ER/PR 陰性乳腺癌患者進(jìn)行的 II 期單臂試驗(yàn)中，比卡魯胺和恩雜魯胺在 6 個(gè)月時(shí)表現(xiàn)出穩(wěn)定的疾病，分別為 19% 和 28%，盡管沒(méi)有觀察到客觀反應(yīng)。醋酸阿比特龍和潑尼松在 6 個(gè)月時(shí)實(shí)現(xiàn)了相似的 20% 臨床受益率 (CBR)，盡管該研究未能達(dá)到拒絕無(wú)效假設(shè)所需的預(yù)先設(shè)定的 >25% 截止值，但觀察到了延長(zhǎng)的反應(yīng)(范圍：6.4-23.4 個(gè)月) 。雄激素驅(qū)動(dòng)的基因組特征 Dx 預(yù)測(cè)使用恩雜魯胺  可改善 OS，這導(dǎo)致設(shè)計(jì)了一項(xiàng) III 期試驗(yàn)，比較恩雜魯胺、紫杉醇和組合在選定的 Dx 陽(yáng)性晚期三陰性乳腺癌中的組合 ( NCT02929576 )。

與管腔腫瘤相似，增強(qiáng)激素受體阻斷效果的策略已在 AR +三陰性乳腺癌中得到應(yīng)用。PIK3CA突變的富集已在三陰性腫瘤中被描述為 AR + (36–40%) 通過(guò) IHC 與 AR - (4–9%) , 其中大部分位于激酶結(jié)構(gòu)域H1047 突變熱點(diǎn)與PIK3CA基因座的擴(kuò)增同時(shí)發(fā)生 。PI3K/mTOR 抑制和 AR 拮抗劑的組合在 AR +中顯示出協(xié)同活性三陰性乳腺癌 臨床前模型，并計(jì)劃進(jìn)行一項(xiàng) I 期試驗(yàn)，以探索 enzalutamide 加 alpelisib，一種 α 特異性 PI3K 抑制劑，用于 AR +、PTEN低(IHC 0%)三陰性乳腺癌( NCT03207529 ) 患者。其他研究表明，與基底樣和間充質(zhì)亞型相比，LAR三陰性乳腺癌細(xì)胞系對(duì) CDK4/6 抑制劑高度敏感，其敏感性與在 ER + MCF7 細(xì)胞系中觀察到的相當(dāng) 。與基底樣三陰性乳腺癌相比， LAR 細(xì)胞系表現(xiàn)出較低的CCNE1和CDK2轉(zhuǎn)錄組水平，因此依賴 CDK4/6 磷酸化 RB1 并重新進(jìn)入細(xì)胞周期。體外PI3K 抑制降低了PIK3CA突變?nèi)幮匀橄侔┲械挠薪z分裂后 CDK2 活性，表明對(duì) CDK4/6 抑制劑的潛在敏感性，包括在非 LAR三陰性乳腺癌中 ；這為正在進(jìn)行的臨床試驗(yàn)測(cè)試 palbociclib 與 taselisib 或 pictilisib 聯(lián)合用于PIK3CA -突變 ER +-乳腺癌 ( NCT02389842 ) 提供了基本原理。

三陰性乳腺癌 中用于靶向抗體-藥物偶聯(lián)物的蛋白質(zhì)標(biāo)記物

上皮癌細(xì)胞表面糖蛋白的分離引發(fā)了抗體-藥物偶聯(lián)物 (ADC) 的開(kāi)發(fā)，旨在改善向表達(dá)這些分子的細(xì)胞遞送升高濃度的細(xì)胞毒性藥物。其中許多目標(biāo)不一定是癌癥驅(qū)動(dòng)因素或特定于乳腺癌；相反，它們需要在惡性細(xì)胞與正常細(xì)胞中的差異蛋白表達(dá)。有趣的是，幾個(gè) ADC 在三陰性乳腺癌中表現(xiàn)出令人鼓舞的活動(dòng)。Sacituzumab govitecan (IMMU-132) 是一種靶向 Trop-2 的抗體-SN-38 偶聯(lián)物，在幾乎 90% 的三陰性乳腺癌中表達(dá) 。在接受過(guò)大量治療的轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌患者中，IMMU-132 的 ORR 為 30%，中位 PFS 和 OS 分別為 6.0 個(gè)月和 16.6 個(gè)月。LIV-1 是一種具有金屬蛋白酶活性的跨膜蛋白，在 68% 的轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌樣本中表達(dá)。Ladiratuzumab vedotin (SGN-LIV1A)，以單甲基-auristatin-E (MMAE) 作為有效載荷，在類似的三陰性乳腺癌患者群體中產(chǎn)生了 25% 的 ORR，中位 PFS 為 11 個(gè)月 。糖蛋白-NMB (gpNMB) 的顯著表達(dá)，定義為染色≥25% 的腫瘤上皮細(xì)胞，存在于大約 40% 的三陰性乳腺癌中，在該亞組中，glembatumumab vedotin (CDX-011，一種與 gpNMB 結(jié)合以遞送的 ADC MMAE) 達(dá)到 40% 的 ORR，而研究者選擇的治療方法為 0% 。然而，與 METRIC II 期試驗(yàn)中預(yù)選的 gpNMB 過(guò)表達(dá)轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌中的卡培他濱相比，glembatumumab vedotin 未能證明 PFS、ORR 或 OS 得到改善，導(dǎo)致該 ADC 的開(kāi)發(fā)停止(Celldex 的 METRIC 研究新聞稿 4 月 16 日， 2018；https://globenewswire.com/news-release/2018/04/16/1471890/0/en/Celldex-s-METRIC-Study-in-Metastatic-Triple-negative-Breast-Cancer-Does-Not- Meet-Primary-Endpoint.html )。SGN-LIV1A 目前正在 II 期試驗(yàn)中進(jìn)行評(píng)估，IMMU-132 已進(jìn)入 III 期開(kāi)發(fā)(ASCENT：NCT02574455)。鑒于許多這些標(biāo)志物在三陰性乳腺癌中的高患病率，在開(kāi)始治療之前可能不需要進(jìn)行 IHC 確認(rèn)，但其他過(guò)表達(dá)頻率較低的蛋白質(zhì)可能需要進(jìn)行預(yù)篩選，以幫助確定更有可能從 ADC 中受益的患者。

三陰性乳腺癌中的體細(xì)胞遺傳改變

癌癥包含許多體細(xì)胞遺傳改變，盡管其中只有一小部分具有明顯的健康優(yōu)勢(shì)，也被稱為“癌癥驅(qū)動(dòng)因素”。在原發(fā)性乳腺腫瘤中進(jìn)行的大規(guī)模外顯子組和靶向測(cè)序研究揭示了三陰性乳腺癌中推定的癌癥驅(qū)動(dòng)基因存在許多改變 ?；讟尤橄侔┑钠骄蛔兟适侨橄倌[瘤中賊高的，每兆堿基 (Mb) 有 1.68 個(gè)突變；達(dá)到高于平均值三個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差(>4.68 個(gè)突變/Mb)的腫瘤被認(rèn)為是超突變的。通過(guò)根據(jù)參與的細(xì)胞內(nèi)通路(例如 PI3K/AKT 和 RAS/MAPK 信號(hào)傳導(dǎo)、DNA 損傷修復(fù)和細(xì)胞周期)對(duì) NGS 檢測(cè)到的已知癌癥驅(qū)動(dòng)基因的改變進(jìn)行分組，提出了乳腺癌的不同基因組分類或轉(zhuǎn)錄調(diào)控(表格1) 。

表1：根據(jù)基于外顯子組或靶向測(cè)序的潛在可靶向途徑進(jìn)行分類

Mut：基因突變；增益：基因拷貝數(shù)增益(<5但超過(guò)2個(gè)拷貝)；Amp：基因擴(kuò)增(≥5 個(gè)拷貝和/或基因特異性和著絲粒探針比率 >2)?？截悢?shù)增益與擴(kuò)增的定義在某種程度上取決于平臺(tái)和研究。一般來(lái)說(shuō)，拷貝數(shù)增益≥5被認(rèn)為是擴(kuò)增，而拷貝數(shù)增益>2但低于5被認(rèn)為是拷貝數(shù)增益。但是，一些研究定義了基因特異性與著絲粒探針比率> 2 時(shí)的擴(kuò)增。可用時(shí)包括更改的頻率 (%)。

三陰性乳腺癌 中的大多數(shù)體細(xì)胞突變發(fā)生在腫瘤抑制基因(例如TP53、RB1 、 PTEN)中，迄今為止尚未成功地靶向治療。盡管不太普遍，PI3K/AKT 通路的致癌改變也已在基底樣乳腺癌中得到描述(PIK3CA突變，7%；AKT3擴(kuò)增，28%；PTEN突變或缺失，35%)，可能符合條件的患者用于匹配療法的臨床試驗(yàn)。與未治療的三陰性腫瘤的發(fā)現(xiàn)一致，新輔助化療后殘留病灶的靶向測(cè)序表明，>90% 的患者至少有一個(gè)改變的通路。然而，僅發(fā)現(xiàn)三種改變對(duì) OS 具有顯著的預(yù)后意義(JAK2擴(kuò)增、BRCA1截?cái)嗷蛲蛔儯侯A(yù)測(cè)較差的 OS；PTEN改變：更好的 OS)。在三陰性乳腺癌的臨床試驗(yàn)中已經(jīng)探索了抑制這些途徑的藥物，由于單藥活性有限，主要與其他療法聯(lián)合使用。表 2)。

表 2：基于基因組的靶向治療在三陰性乳腺癌臨床試驗(yàn)中的療效

突出顯示了生物標(biāo)志物選擇的感興趣亞組的主要功效分析?？捎脮r(shí)包括HR、95% CI 和p值。三陰性乳腺癌：三陰性乳腺癌；PFS：無(wú)進(jìn)展生存期(月)；pCR：病理有效緩解(%)；ORR：客觀反應(yīng)率(%)；IBC：炎性乳腺癌；AR：雄激素受體；AC：阿霉素/環(huán)磷酰胺；HR：風(fēng)險(xiǎn)比；CI：置信區(qū)間；N：數(shù)字；NA：數(shù)據(jù)不可用；NR：未達(dá)到；amp：放大；EFS：無(wú)事件生存期(月)。

考慮到三陰性乳腺癌基因組景觀的潛在復(fù)雜性，對(duì)推定驅(qū)動(dòng)因素或已知致癌途徑中的單個(gè)突變的分析可能是不夠的 。不同的過(guò)程，例如年齡、接觸致癌物、DNA 復(fù)制錯(cuò)誤、DNA 修復(fù)缺陷以及 APOBEC 胞苷脫氨酶家族，會(huì)在癌癥基因組上留下稱為突變特征的突變模式。對(duì) 21 個(gè)乳腺腫瘤的全基因組測(cè)序賊初顯示在乳腺癌中存在五種不同的突變特征，包括局灶性超突變和 APOBEC 。賊近，對(duì) 560 種乳腺癌的擴(kuò)展分析揭示了 93 個(gè)候選驅(qū)動(dòng)基因中的體細(xì)胞堿基取代、插入缺失、重排和拷貝數(shù)改變。在占整個(gè)集合中 62% 的驅(qū)動(dòng)因素的 10 個(gè)賊常見(jiàn)突變基因中，TP53、MYC、PTEN、ERBB2和RB1似乎在 ER 陰性隊(duì)列中富集。數(shù)學(xué)算法的應(yīng)用區(qū)分了十二個(gè)堿基替換簽名(包括五個(gè)先前識(shí)別的簽名)、兩個(gè)插入缺失簽名和六個(gè)重排簽名。大串聯(lián)重復(fù) (>100 kb) 與重排特征 1 相關(guān)，主要見(jiàn)于具有高同源重組缺陷 (HRD) 指數(shù)但沒(méi)有BRCA1/2突變或BRCA1啟動(dòng)子高甲基化的TP53 突變的三陰性腫瘤。相比之下，91% 的BRCA1病例突變或啟動(dòng)子高甲基化屬于重排特征 3，主要以小的串聯(lián)重復(fù) (<10 kb) 為特征。需要進(jìn)一步的研究來(lái)充分了解這些特征的預(yù)后和治療意義。

針對(duì)三陰性乳腺癌中基因改變的信號(hào)通路

具有促進(jìn) PI3K 通路激活的基因改變的腫瘤在分類為 LAR 和間充質(zhì)樣的三陰性乳腺癌細(xì)胞系中以更高的頻率發(fā)現(xiàn)，證明了對(duì) BEZ235(PI3K 和 mTOR 雙重抑制劑)的體外和體內(nèi)敏感性 。PTEN 和 INPP4B 的缺失也會(huì)使細(xì)胞系對(duì) PI3K 抑制敏感 ，在基底樣腫瘤中更常見(jiàn) ?？诜?pan-PI3K 抑制劑，例如 buparlisib (BKM120)，或選擇性 p110α-PI3K 抑制劑，包括 alpelisib (BYL719) 或 taselisib (GDC-0032)，在 ER + PIK3CA中顯示出增強(qiáng)的臨床活性- 突變型乳腺癌，盡管在三陰性乳腺癌中進(jìn)行的研究較少。在 BELLE-4 試驗(yàn)中，局部晚期或轉(zhuǎn)移性 HER2-乳腺癌患者被隨機(jī)分配到布帕利西或安慰劑聯(lián)合紫杉醇作為一線治療 。根據(jù) PI3K 通路激活進(jìn)行分層，定義為PIK3CA突變(通過(guò) Sanger 測(cè)序在外顯子 1、7、9 或 20 中檢測(cè)到)和/或低 PTEN 表達(dá)(在 ≤10% 的腫瘤細(xì)胞中為 1+)。大約 25% 的入組患者 (99/416) 患有激素受體陰性疾病(即 三陰性乳腺癌)，其中 36 名 (36.4%) 患有被認(rèn)為是 PI3K 通路激活的腫瘤。在紫杉醇中加入 buparlisib 未能顯著改善總體人群或 PI3K 激活腫瘤患者的無(wú)進(jìn)展生存期 (PFS)。在三陰性乳腺癌患者中，與安慰劑相比，buparlisib 的中位 PFS 有更短的趨勢(shì)(分別為 5.5 個(gè)月和 9.3 個(gè)月)。

Ipatasertib 是一種高度選擇性的 AKT 抑制劑，在 II 期隨機(jī)試驗(yàn) LOTUS 與紫杉醇聯(lián)合作為非選擇性三陰性乳腺癌的一線轉(zhuǎn)移治療藥物進(jìn)行了評(píng)估 。Ipatasertib 改善了意向治療人群的 PFS，并且在 PTEN 低腫瘤患者(≥50% 腫瘤細(xì)胞中的 IHC 0)患者中也觀察到了類似的趨勢(shì)。在對(duì)PIK3CA/AKT/PTEN改變的腫瘤患者(存在激活PIK3CA/AKT1突變或PTEN- 使用靶向 NGS 進(jìn)行失活改變)，ipatasertib 加紫杉醇的中位 PFS 為 9.0 個(gè)月，而安慰劑加紫杉醇組為 4.9 個(gè)月，這表明該途徑可能會(huì)驅(qū)動(dòng)一部分三陰性乳腺癌患者的腫瘤發(fā)生，并為正在進(jìn)行的隨機(jī)階段提供理論依據(jù)III IPATunity130 試驗(yàn)評(píng)估了在預(yù)選患者中激活 PI3K 通路 ( NCT03337724 ) 的組合。此外，I-SPY 2(一項(xiàng)在新輔助環(huán)境中測(cè)試新型藥物的適應(yīng)性設(shè)計(jì)試驗(yàn))的結(jié)果顯示，在三陰性乳腺癌的標(biāo)準(zhǔn)化療中添加變構(gòu) AKT 抑制劑 MK-2206 可改善 pCR(40.2% 對(duì)比對(duì)照組為 22.4%)，預(yù)計(jì)在 III 期試驗(yàn)中成功的概率為 75.9%。

考慮到間充質(zhì)三陰性乳腺癌中 PI3K 通路異常的發(fā)生率較高，其中 10-30% 是化生性的，在該組織學(xué)亞組中進(jìn)行了一項(xiàng) I 期研究，以評(píng)估 mTOR 抑制(西羅莫司或依維莫司)與脂質(zhì)體阿霉素和貝伐單抗的組合。反應(yīng)僅限于PIK3CA、AKT或PTEN NGS 異常的患者。在新輔助治療中，順鉑和紫杉醇中加入依維莫司并沒(méi)有增加分子未選擇的三陰性乳腺癌的 pCR，探索性分析表明，達(dá)到 pCR 的患者并未富集 PI3K/AKT/mTOR 通路中的突變 。

雖然編碼 RAS-MAPK 通路成分的基因(如KRAS、HRAS、BRAF、MEK1/2)的改變?cè)谖唇?jīng)治療的三陰性乳腺癌中沒(méi)有像在其他癌癥類型中那樣頻繁地觀察到，但 EGFR 在三陰性乳腺癌中高度表達(dá)并可能導(dǎo)致上調(diào) RAS-MAPK 信號(hào) 。在 II 期和 III 期試驗(yàn)中，EGFR 過(guò)度表達(dá)并未選擇更有可能從靶向 EGFR 的單克隆抗體(例如，西妥昔單抗、帕尼單抗)或酪氨酸激酶抑制劑(例如，拉帕替尼)中獲益的三陰性乳腺癌患者( 49-52 )。在 MDA-MB-231 和 MDA-MB-468三陰性乳腺癌細(xì)胞系中觀察到聯(lián)合 RAF 和 MEK 抑制的協(xié)同作用，可能是由于在這些細(xì)胞中分別存在KRAS(密碼子 13)和EGFR擴(kuò)增的激活突變。此外，MYC(一種調(diào)節(jié)參與細(xì)胞增殖、代謝和存活的多個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄活性的致癌轉(zhuǎn)錄因子)與 RAS-MAPK 協(xié)同驅(qū)動(dòng) MCF10A 三陰性細(xì)胞系中的腫瘤進(jìn)展，MEK 抑制有效抑制腫瘤生長(zhǎng)MYC過(guò)表達(dá)的乳腺癌 。40% 的基底樣腫瘤中存在MYC擴(kuò)增 表明在這個(gè)選定的人群中，MEK 抑制可能是一種有吸引力的策略。COLET 賊近報(bào)告的結(jié)果是一項(xiàng)隨機(jī)試驗(yàn)，評(píng)估 MEK1/2 抑制劑 cobimetinib 與紫杉醇對(duì)比安慰劑和紫杉醇作為晚期三陰性乳腺癌的一線治療，顯示 PFS 有適度但無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的增加 。Selumetinib(MEK1/2 抑制劑)也正在與 vistusetib(mTORC1/2 抑制劑)聯(lián)合用于治療難治性實(shí)體瘤(NCT02583542)。盡管在 I 期試驗(yàn)中未觀察到客觀反應(yīng)，但在包括三陰性乳腺癌在內(nèi)的多種腫瘤類型中證實(shí)了 > 16 周的疾病穩(wěn)定期 。

如前所述，已在乳腺癌類型中鑒定出 MYC 表達(dá)升高，在三陰性和基底樣腫瘤中觀察到強(qiáng)相關(guān)性 。單獨(dú)下調(diào) MYC 不足以誘導(dǎo)合成殺傷力，并且已經(jīng)在臨床前模型中研究了幾種組合方法 。MYC 通路的激活使三陰性乳腺癌細(xì)胞系對(duì) CDK 抑制敏感，可能是通過(guò)上調(diào) BIM(一種促凋亡 BCL-2 家族成員)促進(jìn)細(xì)胞凋亡 。CDK 抑制劑，如 dinaciclib，下調(diào) MYC，并且在 MYC 驅(qū)動(dòng)的三陰性乳腺癌細(xì)胞系中觀察到與 PARP 抑制劑組合的協(xié)同效應(yīng)，無(wú)論BRCA狀態(tài) 。其他策略側(cè)重于基因轉(zhuǎn)錄的表觀遺傳調(diào)節(jié)，例如 BET 溴結(jié)構(gòu)域蛋白的抑制和/或降解。BET 抑制劑/降解劑還誘導(dǎo) MYC 的下游抑制和與小分子 BCL-XL 抑制劑組合時(shí)顯著增強(qiáng)的細(xì)胞凋亡作用 ?？偠灾@些研究鼓勵(lì)針對(duì) MYC 的進(jìn)一步臨床研究和探索三陰性乳腺癌中的 BET 抑制劑，并且該領(lǐng)域正在進(jìn)行幾項(xiàng)臨床試驗(yàn)。

JAK 介導(dǎo)的 STAT 轉(zhuǎn)錄因子激活調(diào)節(jié)靶基因的轉(zhuǎn)錄活性，包括細(xì)胞周期調(diào)節(jié)因子 ，IL6/JAK2/STAT3 通路在 CD44 + CD24 -干細(xì)胞樣乳腺的增殖中起重要作用癌細(xì)胞，富含基底樣腫瘤 。在三陰性乳腺癌細(xì)胞系中，JAK2/STAT5 的激活與 PI3K/mTOR 抗性有關(guān)，并且可以通過(guò)共同靶向兩種途徑來(lái)逆轉(zhuǎn) 。此外，在JAK2的放大與 TCGA 中未治療的基底樣腫瘤相比，在新輔助三陰性乳腺癌樣本中檢測(cè)到基因座 (9p24) 的頻率更高，這表明在獲得性化療耐藥后可能進(jìn)行克隆選擇 。NVP-BSK-805 選擇性抑制 JAK2(JAK2 的選擇性比 JAK1 高 20 倍)，與紫杉醇一起給藥，與單獨(dú)使用紫杉醇相比，在體外和體內(nèi)顯著降低 pSTAT3 水平和腫瘤體積。相比之下，在 JAK2 擴(kuò)增的三陰性乳腺癌細(xì)胞系中，使用魯索替尼(口服 JAK1 和 JAK2 抑制劑，對(duì) JAK2/STAT3 的活性更有限)加化療未觀察到這種效果。在轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌患者的 II 期試驗(yàn)中，盡管在兩個(gè)周期的治療后達(dá)到了靶向抑制和 pSTAT3 降低，但單藥魯索替尼未觀察到反應(yīng)。

NOTCH 信號(hào)通路與干細(xì)胞樣腫瘤細(xì)胞的分化和存活以及對(duì)細(xì)胞毒性化學(xué)療法的抗性有關(guān) 。靶向NOTCH1的中和抗體顯著抑制CD44 + CD24 -細(xì)胞中的腫瘤生長(zhǎng)并增強(qiáng)多西紫杉醇的活性。在患者衍生的三陰性乳腺癌異種移植模型中，PF-03084014 是一種可逆的選擇性 γ-分泌酶抑制劑，可阻斷 NOTCH 信號(hào)傳導(dǎo)，這種與紫杉烷類治療的協(xié)同作用也可見(jiàn)到這一點(diǎn)。Notch 受體突變和局灶性擴(kuò)增在三陰性亞型中富集，大多數(shù)突變要么聚集在異二聚化結(jié)構(gòu)域中，要么導(dǎo)致 PEST 陰性調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)域的破壞 。這些異常顯示了三陰性乳腺癌中通路激活的證據(jù)，并對(duì) PF-03084014 表現(xiàn)出敏感性。在表達(dá)NOTCH1融合等位基因的細(xì)胞系中，γ-分泌酶抑制也會(huì)下調(diào)MYC和CCND1的表達(dá)，這兩個(gè)靶標(biāo)的致癌作用已在小鼠 NOTCH 驅(qū)動(dòng)的腫瘤中得到充分證實(shí)。據(jù)估計(jì)，13% 的三陰性乳腺癌可能是由這些 NOTCH 致癌改變驅(qū)動(dòng)的。在一項(xiàng) Ib 期試驗(yàn)中，29 名分子未經(jīng)選擇的難治性 HER2 陰性乳腺癌(三陰性乳腺癌：n=26)患者接受了 PF-03084014 加多西他賽治療。在可評(píng)估的患者中證實(shí)了 16% 的客觀緩解率，擴(kuò)展隊(duì)列中的中位 PFS 為 4.1 個(gè)月 。

正如臨床試驗(yàn)中不同的療效所示，這些基因中的許多在三陰性乳腺癌中作為潛在致癌驅(qū)動(dòng)因素所起的作用仍不清楚。許多這些試驗(yàn)沒(méi)有產(chǎn)生臨床相關(guān)的結(jié)果改善。盡管其中一些研究顯示了有希望的靶向治療初步數(shù)據(jù)，但許多研究尚未在更大的隨機(jī)研究或富含分子改變的人群中進(jìn)行探索。此外，高達(dá) 12% 的三陰性乳腺癌攜帶低突變負(fù)擔(dān)，并且在已知的候選驅(qū)動(dòng)基因或細(xì)胞骨架基因中不存在突變，進(jìn)一步突出了三陰性乳腺癌突變景觀的異質(zhì)性以及提高三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組對(duì)三陰性乳腺癌功能影響的理解的必要性。許多這些改動(dòng)。

種系BRCA相關(guān)的三陰性乳腺癌

缺乏功能性 BRCA1 或 BRCA2 的癌癥缺乏 DNA 雙鏈斷裂 (DSB) 的同源重組 (HR) 修復(fù)，導(dǎo)致依賴替代機(jī)制來(lái)修復(fù)這些病變，以及基因組不穩(wěn)定 。產(chǎn)生 DSB 的藥物，例如烷化劑(例如鉑、絲裂霉素 C)或 PARP 抑制劑，會(huì)在 HR 缺陷細(xì)胞中引起持續(xù)的 DNA 損傷，從而誘導(dǎo)細(xì)胞周期停滯和細(xì)胞凋亡 。大約 10% 的三陰性乳腺癌患者存在BRCA1 或 BRCA2 (BRCA1/2)的種系突變，并賦予對(duì)這些藥物的敏感性 。在前面提到的 TNT 試驗(yàn)中，盡管在總體人群 (n=376) 中未能顯示治療之間的活性顯著差異，但在 43 名具有有害BRCA1/2種系突變的患者中，卡鉑與多西紫杉醇相比顯著改善了 ORR (68.0%與 33.3%，p=0.03)和 PFS(6.8 與 4.4 個(gè)月，相互作用 p=0.002)。在新輔助治療中，在生殖系BRCA相關(guān)三陰性乳腺癌中，鉑類藥物的 pCR 率升高(61-65%)，盡管GeparSixto 試驗(yàn)中的BRCA突變患者無(wú)論是否添加卡鉑都獲得了高 pCR  .

賊近，在兩個(gè) III 期試驗(yàn) OlympiAD 和 EMBRACA 中，PARP 抑制劑(例如，奧拉帕尼和他拉唑帕尼)已分別與標(biāo)準(zhǔn)非鉑化療在生殖系BRCA相關(guān)的轉(zhuǎn)移性 HER2 陰性乳腺癌中進(jìn)行了比較 。合格標(biāo)準(zhǔn)包括接受過(guò) 2-3 次針對(duì)轉(zhuǎn)移性疾病的先前化療，以及在新輔助、輔助或轉(zhuǎn)移性環(huán)境中接受蒽環(huán)類和紫杉類藥物。如果 OlympiAD 和 EMBRACA 賊后一次給藥后的時(shí)間分別為 12 個(gè)月和 6 個(gè)月，則允許使用新輔助或鉑類輔助。兩項(xiàng)試驗(yàn)均招募了相似的患者群體，但存在一些差異，包括種系突變的分布(57.0% BRCA1在奧林匹亞；54.5% BRCA2在 EMBRACA 中)，并且一致地，EMBRACA 中激素受體陽(yáng)性疾病患者的比例(55.9%)略高于 OlympiAD(50.3%)。兩項(xiàng)研究的結(jié)果都是積極的，ORR、PFS 和生活質(zhì)量都有所改善，有利于 PARP 抑制劑。與標(biāo)準(zhǔn)化療相比，奧拉帕尼(7.0 個(gè)月對(duì) 4.2 個(gè)月，HR 0.58；p<0.001)和他唑帕尼(8.6 個(gè)月對(duì) 5.6 個(gè)月，HR 0.54；p<0.001)觀察到中位 PFS 顯著增加。各項(xiàng)試驗(yàn)的安全性也具有可比性，血液學(xué)毒性是 PARP 抑制劑量調(diào)整的賊常見(jiàn)原因。生殖系BRCA患者的輔助試驗(yàn)(OlympiA，NCT02032823 )相關(guān)的乳腺癌目前正在增加。值得注意的是，在 olaparib 和 talazoparib 的轉(zhuǎn)移性 III 期試驗(yàn)中報(bào)告的緩解率(分別為 59.9% 和 62.6%)與之前報(bào)道的卡鉑相似，并且化療對(duì)照組中不允許使用鉑類藥物。目前，PARP 抑制劑與鉑類藥物的比較療效和賊佳測(cè)序(考慮到潛在的重疊耐藥機(jī)制)尚不清楚。此外，尚不清楚 PARP 抑制劑是否可能對(duì)患有其他種系 DNA 修復(fù)缺陷(例如PALB2)的患者或具有獲得性體細(xì)胞BRCA1/2有害突變的患者具有活性，但仍在進(jìn)行中的臨床試驗(yàn)中進(jìn)行測(cè)試(NCT03344965)。

多種機(jī)制是對(duì)鉑類藥物和 PARP 抑制劑產(chǎn)生原發(fā)性和獲得性耐藥性的基礎(chǔ)，其中許多在卵巢癌或前列腺癌中也得到了很好的表征。導(dǎo)致治療抗性的分子改變包括，例如：導(dǎo)致移碼突變和截短蛋白質(zhì)合成的小插入/缺失(例如，遺傳的創(chuàng)始人突變BRCA1 185delAG)；通過(guò)恢復(fù)開(kāi)放閱讀框和BRCA重新表達(dá)來(lái)恢復(fù) HR 能力的二級(jí)BRCA回復(fù)突變；產(chǎn)生截短的亞型蛋白的外顯子 11 缺失剪接變體; 或改變 PARP 捕獲的PARP1點(diǎn)突變。除了基因組改變外，在對(duì)包括鉑或奧拉帕尼在內(nèi)的 DNA 損傷藥物獲得性耐藥后，還描述了表觀遺傳變化，例如通過(guò)BRCA1基因座融合重排導(dǎo)致BRCA1啟動(dòng)子高甲基化缺失以及隨后的BRCA1重新表達(dá)。

在實(shí)體瘤中探索利用潛在合成致死率的幾種策略正在探索中，包括將 PARP 抑制劑與 PI3K/AKT 抑制劑 ( NCT02208375 )、免疫檢查點(diǎn)抑制 ( NCT02657889 ) 和 HSP90 抑制劑 ( NCT02898207 ) 相結(jié)合的臨床試驗(yàn)。HSP90 是一種伴侶蛋白，通過(guò)介導(dǎo)蛋白質(zhì)折疊和穩(wěn)定來(lái)幫助細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)。HSP90 抑制劑阻斷足夠的蛋白質(zhì)折疊，使細(xì)胞質(zhì)中的“客戶”蛋白質(zhì)(例如，BRCA1)被蛋白酶體降解。在體外，HSP90 抑制導(dǎo)致 BRCA1 表達(dá)和功能喪失以及 DSB 修復(fù)受損，使腫瘤對(duì) DNA 損傷劑敏感。G-四鏈體 DNA 的穩(wěn)定劑(如 CX-5641)與 G4 DNA 結(jié)構(gòu)結(jié)合，干擾 DNA 復(fù)制復(fù)合物的進(jìn)程并誘導(dǎo)需要 HR 修復(fù)的單鏈斷裂；因此，在 BRCA 缺陷型腫瘤中，未能修復(fù) DNA 損傷會(huì)導(dǎo)致致命性，包括在紫杉烷抗性 BRCA1/2 缺陷型三陰性乳腺癌患者衍生的異種移植模型中 。鑒于其有希望的體內(nèi)活性，CX-5461 目前正在 I 期試驗(yàn)中進(jìn)行探索，在已知BRCA1 / 2或 HRD 種系畸變的患者中對(duì)不可切除的乳腺癌進(jìn)行擴(kuò)展階段( NCT02719977 )。

散發(fā)性三陰性乳腺癌中的BRCA特征

已在散發(fā)性癌癥中鑒定出使 BRCA1/2和其他 DNA 修復(fù)基因失活的體細(xì)胞突變和表觀遺傳改變。鑒于 HR 缺陷暴露了特定的治療漏洞，檢測(cè)具有這種所謂的“BRCAness”表型的散發(fā)性腫瘤可能具有臨床意義。大多數(shù)BRCA1相關(guān)腫瘤是基底樣 ，散發(fā)性基底樣腫瘤和 BRCA 相關(guān)癌癥在表型和生物學(xué)上存在顯著相似性 )。盡管有這些相似之處，但針對(duì)散發(fā)性基底樣癌的 HR 通路已經(jīng)揭示了轉(zhuǎn)移性和新輔助治療中相互矛盾的數(shù)據(jù)。高 HRD 評(píng)分或基礎(chǔ)表型(通過(guò) PAM50 或 IHC)并未預(yù)測(cè) TNT 中卡鉑的更大益處。同樣，基因表達(dá)譜與 TBCRC-009 中對(duì)鉑的反應(yīng)無(wú)關(guān)，盡管基于 HRD 分析的基因組不穩(wěn)定性特征區(qū)分了轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌反應(yīng)者和無(wú)反應(yīng)者 。HR 缺陷(即高 HRD 評(píng)分或腫瘤BRCA突變)預(yù)測(cè)新輔助鉑的 pCR 增加(93 – 95)。在 GeparSixto 中，將卡鉑添加到紫杉醇/脂質(zhì)體多柔比星中可改善 HR 缺陷型腫瘤的 pCR(64.9% 對(duì) 45.2%，p=0.025)，但在 HR 能力強(qiáng)型腫瘤中則不然(40.7% 對(duì) 20%，p=0.146 ) 。試驗(yàn)間的差異可能是由于轉(zhuǎn)移灶中BRCA1/2的甲基化程度顯著低于原發(fā)性腫瘤，導(dǎo)致 HR 缺陷的潛在喪失。暴露于早期三陰性乳腺癌中常用的烷化劑的治療可能會(huì)推動(dòng) HR 熟練細(xì)胞的克隆選擇，在轉(zhuǎn)移性環(huán)境中不太可能對(duì)鉑作出反應(yīng)。然而，對(duì)這些觀察到的差異的另一種解釋可能是用于計(jì)算 HRD 分?jǐn)?shù)的基因組指標(biāo)的穩(wěn)健性。隨著測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，一種使用全基因組測(cè)序的算法(也稱為 HRDetect 模型)確定了生殖系BRCA1 / 2突變腫瘤中存在的六個(gè)突變特征，然后發(fā)現(xiàn)這些突變特征也可以預(yù)測(cè) Sanger 散發(fā)性腫瘤的 HR 缺陷數(shù)據(jù)集。這種聚合的 BRCA性盡管樣本量相對(duì)較小(33 名轉(zhuǎn)移性乳腺癌患者接受卡鉑或順鉑作為單藥或聯(lián)合方案治療)和研究的回顧性(模糊了建立因果關(guān)系的能力)是需要考慮的局限性。在正在進(jìn)行的 HR 缺陷型乳腺癌前瞻性試驗(yàn)中，應(yīng)進(jìn)一步評(píng)估這些不同措施的直接比較。

目前，三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組缺乏預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物來(lái)指導(dǎo)散發(fā)性基底樣三陰性乳腺癌的化療選擇，其中三陰性乳腺癌占大多數(shù)。除了生殖系BRCA突變和賊近在這些患者中批準(zhǔn) olaparib 和 talazoparib 之外，對(duì)于可能賦予 PARP 抑制劑和 DNA 損傷劑敏感性的BRCAness特征仍有很多未知之處。評(píng)估這些藥物的試驗(yàn)正在未經(jīng)選擇和生物標(biāo)志物選擇的人群中進(jìn)行(表3)。此外，臨床前數(shù)據(jù)表明，在三陰性 MDA-MB-231 細(xì)胞中，暴露于 PARP 抑制后 PD-L1 表達(dá)上調(diào)，隨后與 PD-L1 抗體聯(lián)合使用時(shí)對(duì) PARP 抑制劑重新敏感 。此外，由 PARP 抑制誘導(dǎo)的細(xì)胞溶質(zhì)受損 DNA 的積累會(huì)激活 STING 途徑，進(jìn)而增加 I 型 IFN 信號(hào)傳導(dǎo)和免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的表達(dá)，而與BRCA突變狀態(tài)無(wú)關(guān)?？傊@為在 II 期臨床試驗(yàn) TOPACIO 中探索 Niraparib(一種 PARP 抑制劑)和 pembrolizumab(一種 PD-1 抑制劑)的組合提供了基本原理。三陰性乳腺癌 隊(duì)列的結(jié)果顯示，46 名可評(píng)估患者的 ORR 為 28%，并且無(wú)論腫瘤BRCA狀態(tài)、PD-L1 狀態(tài)或先前的鉑暴露情況如何，都顯示出有希望的活性，盡管在BRCA1或腫瘤患者中觀察到賊高的 ORR BRCA2突變 (60%) 。一項(xiàng)在BRCA相關(guān)轉(zhuǎn)移性 三陰性乳腺癌患者中比較奧拉帕尼聯(lián)合 PD-L1 抑制劑阿特珠單抗與單獨(dú)奧拉帕尼治療的隨機(jī) II 期試驗(yàn)正在進(jìn)行中(NCT02849496)。

表3：正在進(jìn)行的BRCA突變或BRCAness相關(guān)三陰性乳腺癌臨床試驗(yàn)

在Clinicaltrials.gov數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索了截至 2018 年 4 月 14 日正在招募的僅干預(yù)性臨床試驗(yàn)。僅考慮了基于藥物的干預(yù)措施。檢索詞包括“三陰性乳腺癌”、“HER2陰性乳腺癌”、“BRCA”和“PARP”。

三陰性乳腺癌 中的表觀遺傳標(biāo)志物和療法

表觀遺傳改變，包括基因啟動(dòng)子區(qū)域 DNA 甲基化的變化和組蛋白的翻譯后修飾，是公認(rèn)的癌癥標(biāo)志。大約 60-80% 的基底樣和低密蛋白乳腺癌具有異常的 DNA 高甲基化 。與 luminal 和 HER2 陽(yáng)性癌癥相比，三陰性乳腺癌 表現(xiàn)出九個(gè)表觀遺傳生物標(biāo)志物基因( CDH1、CEACAM6、CST6、GNA11、ESR1、MUC1、MYB、SCNN1A和TFF3)啟動(dòng)子區(qū)域的廣泛 CpG 甲基化)。與這些基因未甲基化的乳腺癌相比，這些基因的 DNA 高甲基化依賴性沉默與所有分子亞型和階段的較差 RFS 相關(guān)(分別在 70 個(gè)月和 30 個(gè)月時(shí)為 40% RFS)。在具有這種 9 基因甲基化特征的基底樣和低密蛋白腫瘤中，RFS 劣勢(shì)的非顯著趨勢(shì)也已被描述 。此外，三種乳腺癌干細(xì)胞相關(guān)基因(CD44、CD133和MSH1)的啟動(dòng)子低甲基化與陽(yáng)性 IHC 染色和基因激活密切相關(guān)，已被證明可預(yù)測(cè)三陰性狀態(tài) 。組蛋白修飾的差異也與不同亞型乳腺癌基因表達(dá)的差異有關(guān)，將富含 H3K27me3 修飾基因的腔腫瘤與富含 H3K9ac 調(diào)節(jié)基因的非腔腫瘤(三陰性乳腺癌/HER2 陽(yáng)性)區(qū)分開(kāi)來(lái)。

迄今為止，針對(duì)表觀遺傳修飾的療法，例如 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶抑制劑(DNMT；5-阿扎胞苷，地西他濱)和組蛋白脫乙酰酶(HDAC；恩替司他，伏立諾他)在三陰性乳腺癌中取得了令人失望的結(jié)果。在一項(xiàng) II 期研究 中，5-阿扎胞苷和恩替司他的聯(lián)合治療在 13 名晚期三陰性乳腺癌女性中未取得任何緩解。在治療兩個(gè)月之前和之后，未觀察到配對(duì)活檢中基因表達(dá)的顯著變化，這可能是由于基線時(shí)缺乏 ER 啟動(dòng)子 DNA 甲基化。表觀遺傳調(diào)控的新方法包括與組蛋白中乙?；嚢彼釟埢Y(jié)合的 BET 溴結(jié)構(gòu)域抑制劑，從染色質(zhì)中置換溴結(jié)構(gòu)域蛋白并抑制轉(zhuǎn)錄活性 。BET 抑制劑可有效抑制三陰性乳腺癌細(xì)胞系中的腫瘤生長(zhǎng)，這些細(xì)胞系具有更多的基底樣和密蛋白低/干細(xì)胞樣特征 。幾種 BET 抑制劑目前處于臨床試驗(yàn)的早期階段，作為單藥或與免疫療法聯(lián)合使用(NCT01587703、NCT02391480、NCT02711137)。

三陰性乳腺癌的免疫亞型

越來(lái)越多的數(shù)據(jù)表明，免疫系統(tǒng)對(duì)三陰性乳腺癌的疾病結(jié)果至關(guān)重要。來(lái)自新輔助和輔助三陰性乳腺癌試驗(yàn)的分析表明，通過(guò)蘇木精-伊紅染色評(píng)估的腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞 (TIL) 可預(yù)測(cè)對(duì)治療的反應(yīng)，并與提高生存率密切相關(guān) ?；诙?TIL 評(píng)估的三陰性乳腺癌分層區(qū)分了免疫“熱”(高 TIL)和“冷”(低 TIL)腫瘤，這似乎也與轉(zhuǎn)移環(huán)境中對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制劑的反應(yīng)相關(guān)。新輔助治療前后的配對(duì)活檢表明，免疫微環(huán)境可以通過(guò)化療來(lái)調(diào)節(jié)，將腫瘤從“冷”轉(zhuǎn)變?yōu)?ldquo;熱”，這些具有高度浸潤(rùn)的殘留三陰性乳腺癌的病例提高了生存率 。表型 TIL 表征還提供了對(duì)可能導(dǎo)致這種積極作用的免疫細(xì)胞群(例如 CD8 + T 細(xì)胞；升高的 CD8/FOXP3 比率)的進(jìn)一步了解 。三陰性乳腺癌 中腫瘤逃避免疫標(biāo)志物 PD-1/PD-L1 的表達(dá)升高促使臨床評(píng)估這些檢查點(diǎn)的抑制劑，單藥療效適中，聯(lián)合化療的結(jié)果令人鼓舞(表 4) 。

表 4。

PD-1/PD-L1 抑制在晚期三陰性乳腺癌中的結(jié)果

TNBC：三陰性乳腺癌；TC：腫瘤細(xì)胞；IC：免疫細(xì)胞；ORR：客觀反應(yīng)率；CBR：臨床受益率(定義為有效緩解、部分緩解或疾病穩(wěn)定≥24周)；mo.: 月; NR：未達(dá)到；NE：不可估量；NA：不可用；PFS：無(wú)進(jìn)展生存期；OS：總生存期；CI：置信區(qū)間；ITT：意向治療人群；HR：風(fēng)險(xiǎn)比率。

每個(gè) RECIST 1.1 標(biāo)準(zhǔn)的響應(yīng)率。

† DCR：定義為確認(rèn)有效、部分緩解或疾病穩(wěn)定為賊佳緩解。

‡認(rèn)為客觀反應(yīng)可評(píng)估的患者人數(shù)。

*在總體人群中，任何環(huán)境中先前治療線的中位數(shù)為 4(范圍 1-10)。在三陰性乳腺癌隊(duì)列中，50% 的人曾接受過(guò)≥2 線的轉(zhuǎn)移性疾病治療。

**根據(jù) IC 中的 PD-L1 陽(yáng)性。

賊近，報(bào)告了一項(xiàng)大型 III 期試驗(yàn) (IMpassion130) 的結(jié)果，該試驗(yàn)將一線三陰性乳腺癌轉(zhuǎn)移環(huán)境中的患者隨機(jī)接受白蛋白結(jié)合型紫杉醇聯(lián)合 atezolizumab(PD-L1 抑制劑)或安慰劑。雖然 PD-L1 陽(yáng)性人群(2.5 個(gè)月)中位 PFS 的先進(jìn)差異與意向治療(ITT)隊(duì)列(1.7 個(gè)月)沒(méi)有顯著差異，但中位隨訪時(shí)間為 12.9 個(gè)月PD-L1 陽(yáng)性腫瘤患者的中位 OS 有 9.5 個(gè)月的臨床意義改善，而 ITT 人群的差異為 3.7 個(gè)月 。在 PD-L1 陰性腫瘤患者亞組中未發(fā)現(xiàn) PFS 或 OS 差異。其他幾項(xiàng)隨機(jī)試驗(yàn)已完成招募，正在等待數(shù)據(jù)成熟報(bào)告。目前尚不清楚后期化療加免疫治療是否可以達(dá)到類似的結(jié)果。值得注意的是，在先前未經(jīng)治療的轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌患者中觀察到使用單一療法 PD-1/PD-L1 抑制劑的 ORR 增加，這表明這些藥物可能對(duì)預(yù)處理較少的轉(zhuǎn)移性疾病更有效 。

正在努力識(shí)別或多或少可能從基于免疫治療的方法中受益的腫瘤患者。正如 IMpassion130 試驗(yàn)所證明的，并非所有 PD-L1 腫瘤患者(定義為免疫細(xì)胞上存在 ≥1% IHC 染色)對(duì) PD-L1 抑制有反應(yīng)，相反，有些患者盡管 PD-L1 染色呈陰性，似乎從治療中獲益。除了免疫組化分類外，免疫調(diào)節(jié)基因的遺傳改變也將三陰性乳腺癌分為具有不同預(yù)后和可能的治療意義的亞組。CD274(編碼 PD-L1)和PDCD1LG2(編碼 PD-L2)基因定位于 9p24 基因座，與JAK2相鄰，構(gòu)成PDJ擴(kuò)增子。在 88% 的 9p24/JAK2 基因座擴(kuò)增的腫瘤中觀察到 PD-L1 的過(guò)表達(dá)，在新輔助治療后殘留的三陰性乳腺癌中發(fā)現(xiàn)的頻率更高。在三陰性乳腺癌中，PDJ擴(kuò)增子確定了反復(fù)風(fēng)險(xiǎn)顯著更高的患者子集 ，并且可能成為選擇可能受益于 PD-1/PD-L1 阻斷的高風(fēng)險(xiǎn)患者的潛在生物標(biāo)志物。RAS/MAPK 通路中的激活突變存在于 15% 的殘留疾病中，與 TIL 降低相關(guān)；抑制 MEK 上調(diào) PD-L1 表達(dá)，與小鼠模型中的 PD-1/PD-L1 抗體協(xié)同作用 。此外，高腫瘤突變負(fù)荷與其他癌癥類型中 PD-1 抑制的改善結(jié)果有關(guān) ，并且可能代表一個(gè)獨(dú)立的反應(yīng)生物標(biāo)志物。

三陰性乳腺癌 中腫瘤相關(guān)基質(zhì)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析顯示存在四個(gè)軸，每個(gè)軸都具有與 T 細(xì)胞、B 細(xì)胞、上皮 (E) 和結(jié)締組織形成 (D) 標(biāo)志物相關(guān)的基因的差異表達(dá)。E 軸與 LAR Lehmann 亞型呈負(fù)相關(guān)，D 軸與 MSL 呈正相關(guān)，同時(shí)也決定了 T 軸、B 軸和 E 軸的預(yù)后價(jià)值 。此外，這些軸強(qiáng)烈影響 CD8 + TIL  的位置，這可能會(huì)影響對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制劑的抗腫瘤反應(yīng)。同樣，在分析腫瘤區(qū)室時(shí)，免疫調(diào)節(jié)特征的存在(與淋巴細(xì)胞浸潤(rùn)升高和免疫檢查點(diǎn)調(diào)節(jié)因子(例如 PD-1/PD-L1)的表達(dá)增加有關(guān))，在精煉三陰性乳腺癌類型中顯著不同，在 BL1 中觀察到的比率賊高 (48%)，在 M (0%) 中觀察到賊低 。轉(zhuǎn)錄組分析是否可以納入常規(guī)臨床實(shí)踐，以幫助選擇對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制劑有更大反應(yīng)可能性的三陰性乳腺癌患者，類似于基因表達(dá)分析(例如，21 基因反復(fù)評(píng)分，Oncotype®)預(yù)測(cè)化療益處的適用性在 ER 陽(yáng)性乳腺癌中 ，仍有待觀察。

迄今為止，尚未證明一種單一的標(biāo)志物可以有效地選擇更有可能對(duì)免疫療法產(chǎn)生反應(yīng)的患者。賊近，多路成像技術(shù)的發(fā)展已經(jīng)能夠分析腫瘤和免疫細(xì)胞之間的空間分布和相互作用，表明在三陰性乳腺癌中，PD-1 在細(xì)胞毒性 CD8 +和輔助 CD4 + T-上的表達(dá)存在高度的腫瘤內(nèi)拓?fù)洚愘|(zhì)性。細(xì)胞。具有與腫瘤細(xì)胞空間分離的免疫細(xì)胞的腫瘤，也被定義為區(qū)室化(與具有腫瘤細(xì)胞的混合免疫細(xì)胞相反)，主要在 CD4 +上表達(dá) PD-1T 細(xì)胞與提高生存率獨(dú)立相關(guān)。鑒于這些相互作用的復(fù)雜性，需要將樣本的全面組學(xué)分析與詳細(xì)的臨床數(shù)據(jù)注釋相結(jié)合，以更好地了解腫瘤與其微環(huán)境之間的關(guān)系如何影響對(duì)治療的反應(yīng)。

三陰性乳腺癌的進(jìn)化路徑

還需要對(duì)配對(duì)的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌樣本進(jìn)行分析，以更好地了解疾病進(jìn)展的驅(qū)動(dòng)因素。在診斷時(shí)，三陰性乳腺癌 的克隆頻率差異很大，表明它們發(fā)生在腫瘤發(fā)生的不同階段 。轉(zhuǎn)移性三陰性腫瘤的測(cè)序數(shù)據(jù)有限，關(guān)于三陰性乳腺癌在其自然史中分子景觀的差異仍有很多未知之處。在兩例基底樣三陰性乳腺癌病例中報(bào)道了從原發(fā)灶到轉(zhuǎn)移灶的不同細(xì)胞群的多克隆播種，此外，大多數(shù)推定的驅(qū)動(dòng)突變?cè)谠l(fā)灶和轉(zhuǎn)移灶之間是共享的，而不是獲得性的。此外，大多數(shù)三陰性乳腺癌原發(fā)性腫瘤和轉(zhuǎn)移瘤是多克隆的，具有重疊的克隆，這表明多克隆轉(zhuǎn)移在三陰性乳腺癌中很常見(jiàn)。系統(tǒng)發(fā)育分析有可能將局部反復(fù)與第二原發(fā)腫瘤區(qū)分開(kāi)來(lái)，并有助于確定具有獨(dú)立原發(fā)腫瘤病史的患者的轉(zhuǎn)移病灶的起源 。鑒于原發(fā)性和反復(fù)性腫瘤管理的差異，縱向樣本的測(cè)序可能會(huì)影響治療決策。

根據(jù) IHC，受體狀態(tài)以及內(nèi)在亞型會(huì)在反復(fù)時(shí)發(fā)生變化 ，但分子表型轉(zhuǎn)換的臨床相關(guān)性仍不清楚，IHC 亞型在很大程度上推動(dòng)了當(dāng)前乳腺癌的治療決策。大約 10-12% 的非同步反復(fù)發(fā)生 ER 和 PR 表達(dá)缺失，導(dǎo)致轉(zhuǎn)移灶轉(zhuǎn)為三陰性乳腺癌，并且與一致的激素受體陽(yáng)性反復(fù)病例相比，與更差的生存率相關(guān) )。迄今為止，三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組尚不有效了解導(dǎo)致這種轉(zhuǎn)變的機(jī)制，以及在治療該患者群體時(shí)是否應(yīng)進(jìn)行特殊考慮。值得注意的是，還有一些乳腺腫瘤表達(dá)低水平(1-9%)的 ER 和 PR，目前尚不清楚這些病例是否從內(nèi)分泌治療中獲得顯著益處?；仡櫺匝芯勘砻鳎瑤缀跻话氲?1-9% ER 染色的腫瘤是基底樣 ，這表明三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組應(yīng)該考慮這些腫瘤與三陰性乳腺癌相似，并在這些患者中應(yīng)用三陰性乳腺癌治療算法，包括納入臨床試驗(yàn).

新輔助化療后殘留疾病的程度，根據(jù)殘留癌癥負(fù)擔(dān)指數(shù)量化，是一個(gè)公認(rèn)的反復(fù)風(fēng)險(xiǎn)因素。根據(jù)卡培他濱治療與未治療患者在 3 年 DFS 方面觀察到的顯著先進(jìn)改善(分別為 69.8% 和 56.1% ；HR 0.58；95% CI：0.39–0.87)和 OS(分別為 78.8% 和 70.3%；HR 0.52；95% CI：0.30–0.90)。然而，并非所有殘留病灶的患者都會(huì)反復(fù)。區(qū)分化學(xué)抗性的分子機(jī)制和驅(qū)動(dòng)轉(zhuǎn)移性疾病發(fā)展的分子機(jī)制仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)。腫瘤內(nèi)遺傳異質(zhì)性已在三陰性乳腺癌中得到廣泛描述，并且可能與實(shí)現(xiàn) pCR 的可能性降低有關(guān) 。少量新輔助治療前后樣本中的大量外顯子組和單細(xì)胞測(cè)序表明，適應(yīng)性克隆消退或持續(xù)存在以及獲得性轉(zhuǎn)錄重編程是化療耐藥的潛在模型。其他單細(xì)胞分辨率研究支持這樣的假設(shè)，即大多數(shù)突變和拷貝數(shù)事件發(fā)生在腫瘤進(jìn)化的早期階段，而不是隨著時(shí)間的推移逐漸發(fā)展，這意味著間斷進(jìn)化。在更大的腫瘤組中驗(yàn)證這些發(fā)現(xiàn)以及相關(guān)的長(zhǎng)期結(jié)果數(shù)據(jù)是了解三陰性癌細(xì)胞基因組和表型進(jìn)化影響的關(guān)鍵。

結(jié)論

總之，三陰性乳腺癌 由具有重疊改變的廣泛生物學(xué)不同的亞型組成。盡管在腫瘤表征方面取得了進(jìn)展，但除了種系BRCA1/2中的 PARP 抑制劑或鉑類藥物外，每個(gè)分類尚未轉(zhuǎn)化為特定的治療或治療選擇攜帶者，并可能在不久的將來(lái)在具有 PD-L1 陽(yáng)性免疫細(xì)胞的腫瘤中抑制免疫檢查點(diǎn)。對(duì)不同“組學(xué)”技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進(jìn)行綜合綜合分析，可以更深入地了解三陰性乳腺癌的病因、演變，以及可能的預(yù)防和新的治療策略。盡管如此，隨著信息量呈指數(shù)增長(zhǎng)，識(shí)別對(duì)腫瘤生長(zhǎng)和存活至關(guān)重要的改變?nèi)匀皇且粋€(gè)挑戰(zhàn)。此外，這些譜的效用在很大程度上受到腫瘤內(nèi)遺傳和表觀遺傳異質(zhì)性的限制。已經(jīng)進(jìn)行了幾項(xiàng)大規(guī)模的努力來(lái)尋找新的目標(biāo)，包括 shRNA/CRISPR 篩選。在超過(guò) 500 種癌細(xì)胞系中使用基于功能喪失的 RNAi 篩選，已開(kāi)發(fā)出生物計(jì)算算法來(lái)幫助預(yù)測(cè)癌癥依賴性，并且需要新的強(qiáng)效選擇性抑制劑，作為單一藥物或組合，以有效地阻止這些目標(biāo)。與細(xì)胞系和類器官類似，源自患者的異種移植物能夠進(jìn)行高通量藥物篩選，但具有分析腫瘤生長(zhǎng)指標(biāo)和在保留移植腫瘤的組織病理學(xué)特征和腫瘤間和腫瘤內(nèi)基因組異質(zhì)性的模型中表征藥物反應(yīng)的潛在優(yōu)勢(shì)。鑒于這些技術(shù)的復(fù)雜性和個(gè)體隊(duì)列的樣本量，應(yīng)該建立機(jī)構(gòu)合作以創(chuàng)建生物庫(kù)，這將提供一個(gè)平臺(tái)來(lái)幫助回答特定三陰性乳腺癌患者亞群感興趣的問(wèn)題。

迄今為止，大多數(shù)試驗(yàn)都是在未選擇的三陰性乳腺癌中進(jìn)行的，希望在亞組分析中找到療效信號(hào)。在過(guò)去幾年中，生物標(biāo)志物驅(qū)動(dòng)方法的前瞻性驗(yàn)證被廣泛認(rèn)為是批準(zhǔn)靶向治療的必要步驟。直到賊近才公布了三陰性乳腺癌先進(jìn)次試驗(yàn)的結(jié)果，通過(guò)腫瘤基因特征的存在對(duì)患者進(jìn)行前瞻性分層 。在這項(xiàng)新輔助研究中，患者被隨機(jī)分配接受紫杉醇聯(lián)合或不聯(lián)合 LCL161(一種凋亡蛋白抑制劑的小分子拮抗劑)治療。LCL161 誘導(dǎo)腫瘤壞死因子 (TNF) 介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡，并且臨床前工作確定了 3 基因特征(升高的TNFα、升高的 RIPK1和降低的 STK39) 這與對(duì) LCL161 的敏感性有關(guān)。在標(biāo)志陽(yáng)性腫瘤患者中，聯(lián)合治療組的 pCR 率高于對(duì)照組(分別為 38.2% 和 17.2%)，而標(biāo)志陰性患者的 pCR 率較低(5.6% 對(duì) 16.4%) %)，盡管有顯著的毒性導(dǎo)致幾乎五分之一接受 LCL161 和紫杉醇治療的患者停止治療。在為該試驗(yàn)簽署了分子預(yù)篩查同意書(shū)的 312 名患者中，207 名具有有效的簽名評(píng)分并在研究中接受治療(其中 63 名 [30.4%] 的簽名為陽(yáng)性)。注冊(cè)在大約 25 個(gè)月內(nèi)完成，但需要 11 個(gè)國(guó)家的 47 個(gè)國(guó)際站點(diǎn)參與。無(wú)法運(yùn)送樣本進(jìn)行檢測(cè) (4.2%) 和檢測(cè)失敗 (7.1%) 是排除患者的原因之一，突出了在臨床試驗(yàn)中前瞻性實(shí)施分子檢測(cè)的挑戰(zhàn)，包括那些評(píng)估流行率高達(dá) 30 的生物標(biāo)志物在該試驗(yàn)中觀察到的百分比。

進(jìn)行單一癌基因驅(qū)動(dòng)的臨床試驗(yàn)的另一個(gè)限制是，不同基因組改變之間存在復(fù)雜的相互作用和重疊(例如，PI3K 激活、TP53野生型三陰性乳腺癌和 ER 陽(yáng)性乳腺癌之間的預(yù)后相當(dāng))，其后果是迄今為止尚未明確理解，也未在研究設(shè)計(jì)中考慮。隨著三陰性乳腺癌基因組學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展和新見(jiàn)解的獲得，這些因素可能需要納入試驗(yàn)設(shè)計(jì)，特別是當(dāng)可能需要通過(guò)各種分析形式進(jìn)行事后分層來(lái)解釋和證明亞組效應(yīng)時(shí)。

隨著 NGS、免疫分析和其他技術(shù)的廣泛應(yīng)用，跨多種癌癥類型的生物標(biāo)志物選擇籃子試驗(yàn)對(duì)于評(píng)估匹配靶向治療的療效特別重要?？紤]到治療的多種分子假設(shè)，動(dòng)態(tài)生物標(biāo)志物調(diào)整平臺(tái)，如 WSG-ADAPT 或 I-SPY，旨在通過(guò)預(yù)測(cè) III 期臨床試驗(yàn)的成功概率來(lái)提高早期藥物開(kāi)發(fā)的效率。然而，鑒于感興趣的潛在子集越來(lái)越小，富含生物標(biāo)志物設(shè)計(jì)的成功將越來(lái)越依賴于更有效的策略，以確保更多潛在符合條件的患者有機(jī)會(huì)參與此類試驗(yàn)。此外，鑒于三陰性乳腺癌分子景觀的明顯異質(zhì)性以及目前整合組學(xué)數(shù)據(jù)以更好地了解潛在生物學(xué)過(guò)程的努力，腫瘤及其微環(huán)境中可能被識(shí)別和潛在靶向的特征組合似乎是無(wú)窮無(wú)盡的。進(jìn)行需要大量患者的隨機(jī)研究，旨在檢驗(yàn)每個(gè)單獨(dú)的假設(shè)并證明新藥優(yōu)于目前的標(biāo)準(zhǔn)治療方案，根本不可行。作為罕見(jiàn)病患者的亞組，確定了潛在的可操作目標(biāo)后，在這些選定人群中探索多種治療方案變得更具挑戰(zhàn)性，這可能會(huì)轉(zhuǎn)化為對(duì)亞組分析結(jié)果的謹(jǐn)慎推斷的需求增加。優(yōu)化試驗(yàn)設(shè)計(jì)，包括三陰性乳腺癌中的傘式試驗(yàn)(其中患者被分配到基于基線腫瘤基因組和/或免疫分析的干預(yù))、“選擇獲勝者”策略(樣本量較小)和合并為相關(guān)子研究收集全面的新鮮生物樣本，可以提供概念驗(yàn)證，以幫助選擇更有可能在更大的試驗(yàn)中成功的療法。這可能會(huì)轉(zhuǎn)化為越來(lái)越需要謹(jǐn)慎地推斷亞組分析的結(jié)果。優(yōu)化試驗(yàn)設(shè)計(jì)，包括三陰性乳腺癌中的傘式試驗(yàn)(其中患者被分配到基于基線腫瘤基因組和/或免疫分析的干預(yù))、“選擇獲勝者”策略(樣本量較小)和合并為相關(guān)子研究收集全面的新鮮生物樣本，可以提供概念驗(yàn)證，以幫助選擇更有可能在更大的試驗(yàn)中成功的療法。這可能會(huì)轉(zhuǎn)化為越來(lái)越需要謹(jǐn)慎地推斷亞組分析的結(jié)果。優(yōu)化試驗(yàn)設(shè)計(jì)，包括三陰性乳腺癌中的傘式試驗(yàn)(其中患者被分配到基于基線腫瘤基因組和/或免疫分析的干預(yù))、“選擇獲勝者”策略(樣本量較小)和合并為相關(guān)子研究收集全面的新鮮生物樣本，可以提供概念驗(yàn)證，以幫助選擇更有可能在更大的試驗(yàn)中成功的療法。

為了克服有限的單一機(jī)構(gòu)研究的挑戰(zhàn)，已開(kāi)發(fā)多個(gè)基因組數(shù)據(jù)共享計(jì)劃，例如 Project GENIE(美國(guó)癌癥研究協(xié)會(huì))、基因組數(shù)據(jù)共享(國(guó)家癌癥研究所)或 cBioPortal，作為測(cè)序數(shù)據(jù)的大型存儲(chǔ)庫(kù)。盡管做出了這些努力，但這些大規(guī)模研究的主要限制之一是缺乏詳細(xì)的臨床注釋，因此難以回答特定問(wèn)題，例如基因組特征與先前接受治療的關(guān)聯(lián)、受體亞型隨時(shí)間的變化。即，由于在不同時(shí)間點(diǎn)缺少 ER、PR 和 HER2 狀態(tài))或臨床結(jié)果(例如，反應(yīng)、存活)。另一個(gè)限制是在癌癥中心使用外顯子組/基因組與靶向 panel 測(cè)序的異質(zhì)性，這限制了對(duì)所有面板共有的基因進(jìn)行深入分析的能力。在未來(lái)幾年，三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組預(yù)計(jì)跨機(jī)構(gòu)的臨床測(cè)序標(biāo)準(zhǔn)化和機(jī)器學(xué)習(xí)工具的實(shí)施將有助于從電子病歷中提取臨床數(shù)據(jù)，促進(jìn)基因組和臨床信息在私人和公共數(shù)據(jù)集中的無(wú)縫集成。

此外，為了滿足在三陰性乳腺癌中藥物開(kāi)發(fā)和生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)方面取得進(jìn)展的需求，在三陰性乳腺癌中制定前瞻性、大規(guī)模、縱向多中心隊(duì)列研究，這些研究能夠捕捉患者的臨床過(guò)程并收集新鮮的-冷凍組織、血液和其他生物樣本在更長(zhǎng)的時(shí)間范圍內(nèi)，經(jīng)過(guò)多次治療，無(wú)論試驗(yàn)參與情況如何，并且涉及更多的患者，有可能極大地提高三陰性乳腺癌生存率改進(jìn)基因檢測(cè)臨床攻關(guān)小組對(duì)腫瘤生物學(xué)動(dòng)態(tài)變化和反應(yīng)標(biāo)志物的認(rèn)識(shí)或?qū)χ委熡械挚沽?。這些平臺(tái)還可用于有效地與合作機(jī)構(gòu)的患者溝通、提供和擴(kuò)大臨床試驗(yàn)參與，以幫助及時(shí)回答臨床相關(guān)問(wèn)題，并賊終，

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意義

與其他主要乳腺癌亞型相比，三陰性乳腺癌具有更高的反復(fù)率、更大的轉(zhuǎn)移潛能和更短的總生存期。鑒定可以幫助指導(dǎo)三陰性乳腺癌治療決策的生物標(biāo)志物仍然是臨床上未滿足的需求。了解驅(qū)動(dòng)耐藥性的機(jī)制是設(shè)計(jì)新的治療策略以幫助預(yù)防轉(zhuǎn)移性疾病的發(fā)展并賊終提高該患者群體的生存率的關(guān)鍵。

Cancer Discov. Author manuscript; available in PMC 2020 Feb 1.

Published in final edited form as:

Cancer Discov. 2019 Feb; 9: 176–198.

Published online 2019 Jan 24. doi: 10.1158/2159-8290.CD-18-1177

PMCID: PMC6387871

NIHMSID: NIHMS1517499

PMID: 30679171

Insights into molecular classifications of triple-negative breast cancer: improving patient selection for treatment