【佳學(xué)基因檢測(cè)】神經(jīng)系統(tǒng)異?；驒z測(cè)
基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)介紹：
神經(jīng)系統(tǒng)異常基因解碼從10,927例發(fā)育遲緩和自閉癥的新發(fā)生突變（DNM）數(shù)據(jù)，鑒定出253個(gè)候選神經(jīng)發(fā)育疾病基因，這些基因具有多個(gè)錯(cuò)義突變和/或可能的基因失活突變。其中，有124個(gè)基因在新發(fā)生突變（DNM）的外顯子組中達(dá)到了全基因組顯著性水平（p < 5 × 10−7）。將這些結(jié)果與拷貝數(shù)變異發(fā)病率數(shù)據(jù)相交，顯示基因組紊亂區(qū)域的富集（30/253，LR+ 1.85，p = 0.0017）。致病基因鑒定基因解碼鑒定出具有多個(gè)錯(cuò)義新發(fā)生突變（DNM）的基因，與刪除綜合癥（例如KIF1A和2q37缺失）和重復(fù)綜合癥（例如16p11.2染色體重復(fù)中的MAPK3重復(fù)錯(cuò)義突變，12p13重復(fù)區(qū)域中的CHD4重復(fù)錯(cuò)義DNM和10q11.23重復(fù)區(qū)域中的WDFY4重復(fù)錯(cuò)義DNM）有重疊。基因組功能網(wǎng)絡(luò)分析中，顯示具有新發(fā)生突變（DNM）過量的基因的功能網(wǎng)絡(luò)，包括在紋狀體的D1+和D2+刺狀神經(jīng)元中的細(xì)胞特異性富集?；驒z測(cè)單位名稱：廣東省韶關(guān)市基因檢測(cè)指定機(jī)構(gòu)。其他成熟基因檢測(cè)項(xiàng)目：有缺陷的B細(xì)胞活化基因檢測(cè)多少錢, 染色體縮合異?；驒z測(cè)
基因檢測(cè)導(dǎo)讀：
神經(jīng)系統(tǒng)異?；蚪颐? 來自遼寧省本溪市桓仁滿族自治縣沙尖子鎮(zhèn)的趙俊達(dá)（化名）在中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院被醫(yī)生診斷為神經(jīng)系統(tǒng)異常。根據(jù)《Nature Neuroscience》，神經(jīng)系統(tǒng)異常的出現(xiàn)有多種原因，其中一個(gè)重要的原因是基因突變，這需要通過基因檢測(cè)來明確。基因突變引起的可能會(huì)遺傳。
本文關(guān)鍵詞
神經(jīng),系統(tǒng),異常,基因檢測(cè)
人體疾病表征數(shù)據(jù)庫(kù)查詢
多年以前，佳學(xué)基因不僅認(rèn)識(shí)同時(shí)還在不斷宣傳新生突變（DNMs）在神經(jīng)發(fā)育障礙（NDDs）中的重要性。早期的拷貝數(shù)變異（CNV）研究提供了一些賊強(qiáng)有力的全基因組證據(jù)，這些研究一致表明，自閉癥、發(fā)育遲緩（DD）和癲癇患者中存在過多的新生的以及大型私有的CNV?；贑NV反復(fù)的顯著性更容易在較小的樣本量中獲得，因?yàn)橛煞侄沃貜?fù)或靠近端粒的反復(fù)重排熱點(diǎn)所包圍的區(qū)域中的突變率升高。通過基于下一代測(cè)序和外顯子測(cè)序的基因解碼技術(shù)，神經(jīng)系統(tǒng)疾病致病基因鑒定基因解碼能夠快速確定與發(fā)育遲緩和自閉癥可能相關(guān)的新生單核苷酸變異的基因，盡管在病人中復(fù)制已發(fā)現(xiàn)的突變很困難。已經(jīng)開發(fā)了不同的基于重復(fù)SNV突變發(fā)現(xiàn)基因的統(tǒng)計(jì)模型，包括基于黑猩猩-人類分歧、三核苷酸突變背景和新生突變聚集。佳學(xué)基因?qū)?5,000名患有自閉癥和發(fā)育遲緩的患者進(jìn)行了廣泛的CNV分析，同時(shí)，基因解碼技術(shù)還使用了CNV數(shù)據(jù)與外顯子測(cè)序結(jié)果相結(jié)合的新型方法進(jìn)行基因解碼。在這一創(chuàng)新性基因解碼研究中，對(duì)患有自閉癥譜系障礙（ASD）、智力障礙（ID）和/或DD的個(gè)體的新生突變外顯子序列數(shù)據(jù)與CNV發(fā)病數(shù)據(jù)進(jìn)行綜合薈萃分析。鑒于ID和ASD之間存在顯著的共病率，并且具有嚴(yán)重新生突變的自閉癥病例在DD中富集，將這些數(shù)據(jù)與已知的基因組疾病進(jìn)行了疊加。采用這些方法，佳學(xué)基因獲得了：1）基于多種新生突變和CNV證據(jù)提供候選NDD基因的綜合列表，2）比較不同的反復(fù)突變模型，3）確定與DD相關(guān)的病理性微缺失和微重復(fù)CNV的賊可能基因。
表型數(shù)據(jù)庫(kù)代碼：
HP:0000707
神經(jīng)系統(tǒng)異?；蛲蛔兞斜?/h2>
佳學(xué)基因神經(jīng)系統(tǒng)疾病病案集及其基因解碼收集了來自denovo-db v.1.5數(shù)據(jù)庫(kù)20的10,927例NDDs外顯子測(cè)序鑒定的de novo變異。這包括5,624例以ASD為主要診斷的病例和5,303例以ID/DD為診斷的病例，這些病例來自17個(gè)研究11,23-38?；蚪獯a分析了所有蛋白質(zhì)改變和可能引起基因失活（LGD）突變，包括移碼、剪接位點(diǎn)、起始位點(diǎn)喪失和終止位點(diǎn)增益。合并的12,172個(gè)新發(fā)突變包括2,357個(gè)LGD和9,815個(gè)錯(cuò)義突變?；蚪獯a賊初應(yīng)用了兩個(gè)統(tǒng)計(jì)模型。先進(jìn)個(gè)模型結(jié)合局部的過渡/顛換/插入/缺失速率和黑猩猩-人類編碼序列分歧，以估計(jì)預(yù)期的新發(fā)突變數(shù)量，以下簡(jiǎn)稱黑猩猩-人類分歧模型或CH模型。第二個(gè)模型，denovolyzeR，基于三核苷酸上下文估計(jì)突變率，并基于狒狒-人類比較在±1 Mbp窗口內(nèi)進(jìn)行外顯子深度和分歧調(diào)整，并考慮已知的突變偏倚，例如CpG熱點(diǎn)。這兩個(gè)模型都將其基礎(chǔ)突變率估計(jì)應(yīng)用于生成給定基因特定數(shù)量和類別突變的觀察先驗(yàn)概率。雖然這兩個(gè)模型都包括LGD和missense的概率，但基因解碼賊近修改了CH模型以包括CADD scores，從而使得神經(jīng)系統(tǒng)疾病的基因解碼還可以專門測(cè)試預(yù)測(cè)賊嚴(yán)重的0.1%突變（即CADD分?jǐn)?shù)大于30或MIS30）的missense子集的富集情況。這樣的missense突變更可能與LGD突變?cè)诠δ苌系葍r(jià)，并且已經(jīng)顯示在NDD病例中比對(duì)照組明顯富集。為了考慮敏感性偏差，基因解碼將1.8個(gè)DNMs的基線突變率上限假設(shè)（來自高覆蓋基因組測(cè)序數(shù)據(jù)）應(yīng)用于CH模型，超過了此隊(duì)列的總DNM率。綜合兩個(gè)模型的結(jié)果（并集），佳學(xué)基因發(fā)現(xiàn)有253個(gè)候選NDD基因具有超過DNM預(yù)期水平的證據(jù)，虛假發(fā)現(xiàn)率（FDR）<5％，并且至少有一個(gè)變異類別的兩種突變。這包括145個(gè)基因具有過量的LGD突變和123個(gè)基因具有過量的錯(cuò)義突變。其中，29個(gè)基因顯示既有LGD突變又有錯(cuò)義突變的證據(jù)?？偟膩碚f，兩個(gè)模型強(qiáng)調(diào)相似的基因，特別是LGD事件，其中73.1％（106/145）的基因是共享的。這與錯(cuò)義DNM的重反復(fù)生相反，在這種情況下，只有51.2％（63/123）的基因在兩個(gè)模型之間重疊，表明需要進(jìn)一步完善模型以更正確地預(yù)測(cè)致病性的錯(cuò)義突變。使用更嚴(yán)格的外顯子全基因組波恩弗洛尼家族錯(cuò)誤率（FWER）應(yīng)用，基因解碼得到一個(gè)由124個(gè)基因組成的并集。
