【佳學(xué)基因檢測】腫瘤基因檢測與病理切片分析如何對應(yīng)起來

基因解碼基因檢測如何審核免疫組織化學(xué)染色病理結(jié)果

對獲得的FFPE腫瘤組織的樣本進(jìn)行基因檢測驗證后的MMR蛋白（MLH-1、MSH-2、MSH-6和PMS-2）進(jìn)行免疫組織化學(xué)（IHC）染色，并由資深分子病理學(xué)家（HSH）對結(jié)果進(jìn)行核對。此外，對手術(shù)切除的結(jié)直腸癌和胃癌（GC）患者（N=24）的組織進(jìn)行CD3、CD4、CD8、FoxP3和PD-1的全玻片IHC染色。簡而言之，4 每例FFPE腫瘤組織的µm厚代表性切片在二甲苯中脫蠟，并在乙醇系列中水合。阻斷內(nèi)源性過氧化物酶和熱誘導(dǎo)抗原回收后，腫瘤切片在室溫下培養(yǎng)32小時 清洗后，腫瘤切片進(jìn)一步與抗鼠或抗Rabbit二級抗體孵育30分鐘 切片用iView DAB檢測試劑盒（美國亞利桑那州圖森市文塔納醫(yī)療系統(tǒng)公司）處理，并用蘇木精復(fù)染。上述程序是使用基準(zhǔn)XT autostainer系統(tǒng)（Ventana）執(zhí)行的。主要抗體的制造商和稀釋率見在線
 

基因解碼基因檢測如何進(jìn)行基于數(shù)字圖像的腫瘤免疫細(xì)胞群定量從而校正基因檢測的臨床意義

使用全景250（匈牙利布達(dá)佩斯3DHISTECH）從CD3、CD4、CD8、FoxP3和PD-1免疫染色玻片中獲得全玻片圖像，以量化TIL種群的密度。使用QuPath V.0.1.2.22標(biāo)記每張幻燈片圖像的整個腫瘤區(qū)域和外侵襲邊緣。外侵襲邊緣被定義為間質(zhì)區(qū)域 腫瘤-基質(zhì)界面外µm。使用QuPath程序中的陽性細(xì)胞檢測模塊對腫瘤區(qū)域的陽性細(xì)胞進(jìn)行計數(shù)。作者反復(fù)校準(zhǔn)每個免疫染色標(biāo)記物的DAB信號截止值（HSH）。腫瘤區(qū)域和外侵襲邊緣的陽性細(xì)胞密度計算為陽性細(xì)胞數(shù)除以腫瘤區(qū)域測量值（細(xì)胞計數(shù)/mm2）（在線補(bǔ)充圖1A-C）。我們發(fā)現(xiàn)腫瘤區(qū)域和外侵襲邊緣的免疫細(xì)胞密度密切相關(guān)（R=0.72–0.93，所有比較p<0.001）（數(shù)據(jù)未顯示）；因此，我們在其他分析中使用了腫瘤區(qū)域的免疫細(xì)胞密度。