【佳學基因檢測】腫瘤臨床治療所需要的基因檢測

臨床中的生物標志物檢測

靶向治療在特定患者亞組中顯示出良好的療效。確定這些亞組的過程隨著分子檢測方法的發(fā)展以及在研究和臨床實踐中的廣泛應(yīng)用，變得越來越準確和高效。隨著這一過程的改進，越來越多的患者能夠獲得更合適的治療方案，從而使靶向治療成為一種比當前常用的反復試驗治療模式更具成本效益和普遍益處的選擇。

表格中的生物標志物信息（表1）主要基于美國國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)（NCCN）發(fā)布的腫瘤臨床實踐指南（NCCN指南）、NCCN生物標志物匯編，以及FDA的建議和批準）。雖然NCCN生物標志物匯編詳細介紹了預測性標志物，同時也涵蓋了預后、診斷、篩查、監(jiān)測等標志物，但本綜述的重點是可用于指導治療決策的預測性生物標志物。

在表1中，“證據(jù)”欄的分類基于可用的臨床證據(jù)水平，以及NCCN專家組和其他專家之間的共識程度。在某些情況下，臨床證據(jù)來自大型、精心設(shè)計的隨機對照試驗，而在許多情況下，證據(jù)主要依賴于隨機試驗、第2階段或非隨機試驗、多個小型試驗、回顧性研究之間的間接比較數(shù)據(jù)，或者僅僅是臨床觀察。在某些情況下，由于缺乏大量臨床數(shù)據(jù)，證據(jù)僅來自于臨床經(jīng)驗。根據(jù)這些因素以及數(shù)據(jù)的說服力，證據(jù)被評級為：

1.基于高水平證據(jù)，NCCN和其他專家一致認為干預措施是適當?shù)模ǜ咚?、廣泛接受）。

2A. 根據(jù)較低級別的證據(jù)，NCCN和其他專家一致認為該干預措施是適當?shù)模ㄝ^低級別，廣泛接受）。

2B. 根據(jù)較低級別的證據(jù)，NCCN 和其他專家一致認為干預措施是適當?shù)模ㄝ^低級別，接受度有限）。

表 1：針對任何實體腫瘤的預測性微衛(wèi)星不穩(wěn)定性/錯配修復檢測

縮寫：dMMR，錯配修復缺陷；IHC，免疫組織化學；MMR，錯配修復；MSI，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性；MSI-H，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高；NGS，下一代測序；PCR，聚合酶鏈式反應(yīng)。

a單獨使用 Nivolumab 或與 ipilimumab 聯(lián)合使用也可能是結(jié)直腸癌患者的一種選擇。

b dMMR 是林奇綜合征的一個特征，這種綜合征可能在胃腸道（尤其是結(jié)腸直腸癌）、子宮內(nèi)膜癌、卵巢癌、腦癌、乳腺癌和腎盂癌患者（尤其是年輕患者）中發(fā)揮作用。在林奇綜合征中，dMMR 導致重復 DNA 序列修復不足，因此患多種惡性腫瘤的風險更高。

表 2:目前推薦的 NSCLC 預測性分子檢測

縮寫：AS-PCR，等位基因特異性聚合酶鏈反應(yīng)；FDA，美國食品藥品監(jiān)督管理局；FISH，熒光原位雜交；IHC，免疫組織化學；NGS，下一代測序；NOS，未另行指定；NSCLC，非小細胞肺癌；PD-L1，程序性死亡1配體；RT-PCR，逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)；TKIs，酪氨酸激酶抑制劑；wt，野生型。

a FISH 是美國食品藥品監(jiān)督管理局批準的ALK基因重排檢測方法。NGS 和 RT-PCR 目前在臨床上尚未廣泛應(yīng)用。

b IHC 可以作為 FISH 的良好替代品。

不常見但重要的與部位無關(guān)的生物標志物

微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高腫瘤和 DNA 錯配修復 

微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 (MSI) 是 DNA 錯配修復 (MMR) 系統(tǒng)失活的結(jié)果，其特征是微衛(wèi)星 DNA 中移碼突變的頻率很高。在部分腫瘤中，MSI 是由 MMR 基因之一（MLH1、MSH2、MSH6或PMS2 ）的種系突變引起的，從而導致遺傳性林奇綜合征。然而，大多數(shù) (80%) MSI 病例是散發(fā)性的，通常是由于MLH1基因啟動子高甲基化所致。

MSI‐high (MSI‐H) 已在多達 24 種原發(fā)性癌癥類型中發(fā)現(xiàn)，其中大部分顯示在表格中?表3,并且似乎是約 4% 所有成人癌癥的普遍癌癥表型。腫瘤 MSI-H 狀態(tài)具有預后意義（MSI-H 早期癌癥患者的預后優(yōu)于微衛(wèi)星穩(wěn)定腫瘤患者），也具有預測作用——許多 MSI-H 腫瘤對 PD-1/PD-L1 抑制劑極其敏感。

表 3:不同癌癥類型的 MSI‐H 狀態(tài)頻率

縮寫：MSI-H，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高；NO./TOTAL NO.，MSI-H 腫瘤數(shù)/檢測的腫瘤樣本總數(shù)；NSCLC，非小細胞肺癌。

a數(shù)據(jù)來源：Vanderwalde A、Spetzler D、Xiao N、Gatalica Z、Marshall J。通過新一代測序確定 11,348 名患者的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性狀態(tài)并與 PD-L1 和腫瘤突變負擔進行比較。Cancer Med。2018；7：746-756；以及 Bonneville R、Krook MA、Kautto EA 等人。39 種癌癥類型的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性概況。JCO Precis Oncol。2017；1：1-15。doi：10.1200/ PO.17.00073。

b Bonneville 2017 引用了檢測肺腺癌和鱗狀細胞癌，它們是 NSCLC 的亞型。Vanderwalde 2018 引用了一般 NSCLC。

c Bonneville 2017 引用了檢測性漿液性囊腺癌，這是卵巢表面上皮癌的一個亞型。Vanderwalde 2018 引用了一般卵巢表面上皮癌。

d Bonneville 2017 引用了檢測鱗狀細胞癌和宮頸管腺癌，它們是宮頸癌的亞型。Vanderwalde 2018 引用了一般宮頸癌。

目前，F(xiàn)DA 已批準醫(yī)生使用 PD-1 抑制劑 pembrolizumab 治療不可切除或轉(zhuǎn)移性 MSI-H 或 MMR 缺陷 (dMMR) 實體瘤患者（部位不明）。目前，該批準適用于既往治療后出現(xiàn)腫瘤進展且沒有滿意替代治療方案的患者，以及在接受氟嘧啶、奧沙利鉑和伊立替康治療后出現(xiàn)進展的 MSI-H 或 dMMR 結(jié)直腸癌 (CRC) 患者，以及非小細胞肺癌 (NSCLC) 的一線治療患者。2017年，F(xiàn)DA 加速批準了另一種 PD-1 抑制劑單藥 nivolumab，用于治療 12 歲以上的成人和兒童 MSI-H 或 dMMR CRC 患者。隨后，2018 年，F(xiàn)DA 加速批準了nivolumab和 ipilimumab （一種 CTLA-4 抑制劑）的組合療法，用于治療同一組患者。見表格?表1有關(guān) MSI/MMR 生物標志物檢測的建議。

神經(jīng)營養(yǎng)受體酪氨酸激酶 

神經(jīng)營養(yǎng)受體酪氨酸激酶 (NTRK) 融合致癌基因家族的成員NTRK1/NTRK2/NTRK3在罕見的成人癌癥類型和幾種兒童癌癥中最為常見，盡管它們只出現(xiàn)在極小比例（約 1%）的成人常見癌癥類型中，包括非小細胞肺癌、結(jié)直腸癌、頭頸癌、甲狀腺癌、膀胱癌、神經(jīng)膠質(zhì)瘤和惡性黑色素瘤（表4 )。NTRK1 、NTRK2和NTRK3融合以及它們編碼的蛋白質(zhì)（分別為神經(jīng)營養(yǎng)因子受體激酶 A [TRKA]、TRKB 和 TRKC）在多形性膠質(zhì)母細胞瘤等高度侵襲性癌癥中出現(xiàn)的頻率增加，并且認識到它們的潛在致癌活性導致將此融合家族用作預測生物標志物以及藥物靶點。

表4:特定癌癥中的 NTRK 頻率

縮寫：NO./TOTAL NO.，融合腫瘤數(shù)/檢測的腫瘤樣本總數(shù)。

a這些是 Gatalica 等人確定的融合伴侶，這并不是所有當前已知的NTRK融合伴侶的完整列表。

b這里提供的頻率數(shù)據(jù)與之前的研究基本一致，但由于研究的腫瘤數(shù)量巨大（篩查了超過 11,000 名患者），它們比其他研究更廣泛地概述了NTRK融合的頻率和類型。數(shù)據(jù)來自：Gatalica Z、Xiu J、Swensen J、 Vranic S。具有 NTRK 基因融合的癌癥的分子表征。Mod Pathol。2019；32：147-153.2018。

拉羅替尼是一種口服高選擇性 TRK 抑制劑，于 2018 年 11 月 26 日獲得 FDA 加速批準，用于治療具有NTRK融合且無已知獲得性耐藥突變（NTRK激酶結(jié)構(gòu)域突變，包括溶劑前沿突變）的轉(zhuǎn)移性或不可切除實體瘤的成人和兒童患者?；颊弑仨毣加性谥委熀蟛∏檫M展的癌癥和/或沒有令人滿意的替代治療方法。拉羅替尼的獲批是繼派姆單抗之后，F(xiàn)DA 批準的第二款用于治療癌癥的組織不可知藥物。

另一種 TRK 抑制劑恩曲替尼 (RXDX‐101) 于 2017 年被 FDA 授予突破性療法認定，但尚未獲準用于治療NTRK陽性、局部晚期或轉(zhuǎn)移性實體瘤的成人和兒童患者，這些患者要么在之前的治療后病情出現(xiàn)進展，要么沒有可接受的標準治療方案。

NTRK融合檢測在過去一兩年內(nèi)發(fā)生了巨大變化，人們不斷通過各種不同的檢測方法發(fā)現(xiàn)新情況。下表中顯示的NTRK融合?(表4)取自 2018 年最初發(fā)表的一項研究。盡管當時很全面，但該表并不包含 2019 年如今已知的融合完整列表。IHC 已被用作初步篩查工具，為高度敏感但可用性較低且價格昂貴的分子檢測方法提供信息。然而，現(xiàn)在很明顯，IHC 沒有足夠的靈敏度來檢測所有現(xiàn)有的NTRK融合編碼蛋白，這意味著腫瘤樣本從一開始就應(yīng)該使用 FISH 或 NGS 進行檢測?？傊?，臨床醫(yī)生需要了解所有 3 個 TRK 靶點，并為所有靶點安排充分的測試。

種系改變及其檢測 

基因突變可以是體細胞突變或生殖細胞突變；前者在出生后自發(fā)發(fā)生，而后者是遺傳的（即出生時存在）。腫瘤基因（體細胞）檢測可檢測出實際上可能是生殖細胞變異的突變，但生殖細胞變異需要在來自腫瘤宿主的匹配正常樣本（例如從白細胞、口腔拭子或培養(yǎng)的皮膚成纖維細胞中提取的 DNA）中確認。疑似生殖細胞突變和基因檢測與癌癥治療和預防相關(guān)。患者有可能在其他部位患上腫瘤，或家庭成員有可能患上癌癥，尤其是早發(fā)性惡性腫瘤。

桌子?表5列出了可能為種系的體細胞突變。此表指示了如果在患者的腫瘤概況中發(fā)現(xiàn)指定的體細胞突變，則應(yīng)進行種系檢測的癌癥類型。

表 5:廣為人知的體細胞突變也可能是種系突變

縮寫：GI，胃腸道。

表格改編自：Lartigue J. 癌癥中種系突變和體細胞突變之間的界限模糊。Oncol Live。2017；18。onclive.com/publications/oncology-live/2017/vol-18-no-13/blurring-the-lines-between-germline-and-somatic-mutations-in-cancer。2019年 2 月 6 日訪問

腫瘤基因修飾主要有 3 類，它們之間的差異很大，但預期這些基因修飾反映了種系變化。第一類包括與罕見種系改變相關(guān)的常見腫瘤突變。例如，超過 60% 的肺癌患者存在TP53突變。盡管TP53突變可以在 Li‐Fraumeni 綜合征中遺傳，但這種家族性綜合征很少見。大多數(shù)人認為，除非個人或家族病史提示有這種綜合征，否則幾乎不需要進行種系檢測。第二類包括可能與家族性綜合征相關(guān)的中等常見體細胞突變。例如，在結(jié)腸癌中，常規(guī) MSI 或 IHC 檢測在約 12% 的腫瘤中發(fā)現(xiàn) dMMR。分子種系檢測表明，這些 dMMR 改變中約有四分之一是遺傳的。因此，腫瘤檢測應(yīng)能確認患者的種系，并可能對家庭成員進行進一步評估。最后一類包括不常見的腫瘤突變，這些突變通常反映的是種系突變。例如，乳腺癌和卵巢癌患者定期進行BRCA1和BRCA2種系檢測，特別是當個人病史或家族病史具有提示性時。通過常規(guī)分子遺傳學腫瘤檢測，可以在其他不太可能出現(xiàn)這種突變的腫瘤患者中發(fā)現(xiàn)BRCA1 / BRCA2突變。對 100 名胰腺癌患者的分析發(fā)現(xiàn)，7 名患者有BRCA2突變，其中 4 名是種系突變。發(fā)現(xiàn)腫瘤中的BRCA1/BRCA2突變可能有助于選擇治療方法，但需要進行種系檢測以確認，并考慮為家人提供遺傳咨詢。

人們通常認為，如果已經(jīng)進行了體細胞腫瘤檢測，就不一定需要進行種系檢測。然而，必須記住，分子遺傳腫瘤檢測可能會漏掉一小部分遺傳病例，這些病例的突變不在體細胞面板所涵蓋的熱點范圍內(nèi)，或者發(fā)生了大規(guī)模的缺失和重復。相反，盡管缺乏相關(guān)的臨床病史，但更大的基因組分析實際上可能會識別出以前未知的、臨床相關(guān)的種系改變，無論是新生的還是從父母那里遺傳的。

總之，考慮到種系檢測和全外顯子組測序在識別可遺傳突變方面的應(yīng)用越來越廣泛，以及個人和家族癌癥病史以及潛在的遺傳咨詢需求，醫(yī)療團隊可以幫助為某些類型癌癥患者提供更好的治療選擇，并有助于創(chuàng)建系統(tǒng)的遺傳風險方法。