【佳學(xué)基因檢測】從基因檢測查找突變到基因解碼解析乳腺癌基因突變的根源

根據(jù)《腫瘤的發(fā)生、惡化與治療效果的基因解碼》腫瘤微環(huán)境（TME）的功能是由特定細胞的按照正確的空間組織協(xié)調(diào)而成的。腫瘤的致病基因鑒定基因解碼以基于基因序列變化與人體組成成份之間的功能分析來解析、解碼腫瘤微環(huán)境里特殊細胞。腫瘤基因解碼過程中，采用成像質(zhì)量流式細胞術(shù)和與基因組和臨床數(shù)據(jù)相關(guān)的693例乳腺腫瘤的多層空間分析系統(tǒng)地繪制了原位腫瘤微環(huán)境結(jié)構(gòu)。研究結(jié)果獲得了10種反復(fù)出現(xiàn)的腫瘤微環(huán)境結(jié)構(gòu)，它們因血管內(nèi)容物、基質(zhì)靜止與激活以及白細胞組成而不同。這些腫瘤微環(huán)境結(jié)構(gòu)在乳腺癌亞型中具有明顯的富集模式，其中一些與指示免疫逃逸的基因組圖譜相關(guān)。調(diào)節(jié)性和功能失調(diào)性T細胞共同出現(xiàn)在大型“抑制性擴張”結(jié)構(gòu)中。這些結(jié)構(gòu)的特點是細胞多樣性高，細胞增殖，BRCA1和CASP8突變富集，預(yù)測雌激素受體陽性疾病的預(yù)后較差。這里揭示的多細胞結(jié)構(gòu)將保守的空間組織與局部腫瘤微環(huán)境功能聯(lián)系起來，可以優(yōu)化患者分層。這標(biāo)志著基因檢測不僅可以用來發(fā)現(xiàn)患者腫瘤中已經(jīng)出現(xiàn)的突變，采用基因解碼技術(shù)，更可以揭示突變的來源。
 

乳腺腫瘤微環(huán)境（TME）包含以高度協(xié)調(diào)的方式活動的特殊細胞。為了讓基因檢測更正確，乳腺癌基因解碼采用單細胞分析揭示了腫瘤微環(huán)境細胞多樣性的程度，以期解決這些細胞在空間中的組織方式。很明顯，特征性的多細胞空間組織會影響腫瘤表型和治療反應(yīng)。例如，三級淋巴結(jié)構(gòu)（TLS）的存在與黑色素瘤和肉瘤的免疫治療反應(yīng)有關(guān)。現(xiàn)在有幾種方法可以對組織進行高度復(fù)用成像，從而在空間關(guān)系的背景下實現(xiàn)正確的細胞分類。利用這些技術(shù)分析實體瘤已經(jīng)開始揭示支配腫瘤微環(huán)境組織的原理。而腫瘤環(huán)境的致病基因基因鑒定基因解碼則關(guān)注對對乳腺癌隊列中腫瘤微環(huán)境結(jié)構(gòu)的有針對性的分析，隊列的規(guī)模足以涵蓋其特征異質(zhì)性。

一個相關(guān)的問題是，腫瘤細胞內(nèi)的體細胞改變是否會影響腫瘤微環(huán)境組織。一些致癌基因的改變具有修飾腫瘤微環(huán)境的副作用，而另一些改變則賦予受局部選擇壓力（如免疫捕食）影響的細胞適應(yīng)性優(yōu)勢。例如，一些體細胞突變會導(dǎo)致免疫檢查點過度表達、抗原表達受損或干擾素信號異常，從而抑制免疫反應(yīng)（IR）。因此，體細胞的改變可能引發(fā)級聯(lián)反應(yīng)，改變細胞自我組織的方式。

為了研究乳腺癌中腫瘤微環(huán)境結(jié)構(gòu)的景觀及其與基因組特征和臨床結(jié)果的關(guān)系，腫瘤的發(fā)病原因與有效治療研究組使用成像質(zhì)量細胞術(shù)（IMC）從693名被招募參加代謝研究的患者中生成37維乳腺腫瘤圖像，將這些患者的臨床和正確用藥基因解碼基因檢測數(shù)據(jù)及致病基因基因鑒定基因檢測數(shù)據(jù)結(jié)合起來，從而明確了10種反復(fù)性腫瘤微環(huán)境結(jié)構(gòu)，包括靜止的血管化基質(zhì)和幾種與活動性IR相關(guān)的結(jié)構(gòu)變體。這些腫瘤微環(huán)境結(jié)構(gòu)與軀體改變和基因組乳腺癌亞型有明顯的相關(guān)性。調(diào)節(jié)性T細胞（Treg細胞）和功能失調(diào)的T細胞共同出現(xiàn)在具有高細胞多樣性和增殖性細胞的大型TME結(jié)構(gòu)中，這預(yù)示著不良結(jié)果。這些經(jīng)過整理的數(shù)據(jù)可以作為一種資源，結(jié)合對基因解碼分析方法的理解，為理解癌癥組織中空間組織原理的未來工作鋪平道路。