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【佳學(xué)基因檢測(cè)】關(guān)于非小細(xì)胞肺癌小樣本生物標(biāo)志物基因檢測(cè)的分析、報(bào)告和質(zhì)量評(píng)估

非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組總結(jié)了與非小細(xì)胞肺癌中小樣本樣本的生物標(biāo)志物檢測(cè)(以及相關(guān)的報(bào)告和質(zhì)量評(píng)估)的分析步驟相關(guān)的循證建議。隨著可操作(遺傳)靶

佳學(xué)基因檢測(cè)】關(guān)于非小細(xì)胞肺癌小樣本生物標(biāo)志物基因檢測(cè)的分析、報(bào)告和質(zhì)量評(píng)估

 

基因檢測(cè)報(bào)告的分析、報(bào)告和質(zhì)量評(píng)估導(dǎo)讀

非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 的診斷工作需要生物標(biāo)志物測(cè)試來(lái)指導(dǎo)治療選擇。本文是由兩部分組成的系列文章中的第二篇。在第 1 部分中,非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組總結(jié)了獲取和處理晚期非小細(xì)胞肺癌患者的小樣本樣本(即分析前步驟)的循證建議。在第 2 部分中,非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組總結(jié)了與非小細(xì)胞肺癌中小樣本樣本的生物標(biāo)志物檢測(cè)(以及相關(guān)的報(bào)告和質(zhì)量評(píng)估)的分析步驟相關(guān)的循證建議。隨著可操作(遺傳)靶點(diǎn)和已批準(zhǔn)靶向治療的生物標(biāo)志物數(shù)量不斷增加,使用下一代測(cè)序(NGS)同時(shí)測(cè)試多個(gè)可操作致癌驅(qū)動(dòng)因素變得勢(shì)在必行,正如歐洲醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)會(huì)指南所述。這在晚期非小細(xì)胞肺癌中尤為重要,在晚期 NSCLC 中,組織標(biāo)本通常有限,與序貫生物標(biāo)志物檢測(cè)相比,NGS 可能有助于避免組織衰竭。盡管有指南建議,但在獲得新一代測(cè)序技術(shù)方面存在顯著差異,這主要是由于報(bào)銷限制。使用越來(lái)越復(fù)雜的測(cè)試方法也對(duì)結(jié)果報(bào)告產(chǎn)生影響。分子檢測(cè)報(bào)告應(yīng)包括臨床解釋,并酌情對(duì)樣本充分性進(jìn)行附加評(píng)論。建議使用分子腫瘤委員會(huì)來(lái)促進(jìn)對(duì)高通量測(cè)序基因檢測(cè)產(chǎn)生的復(fù)雜遺傳信息的解釋,并共同確定非小細(xì)胞肺癌患者的賊佳治療方案。賊后,無(wú)論采用哪種測(cè)試方式,

關(guān)鍵詞: 外部質(zhì)量評(píng)估,液體活檢,分子診斷,二代測(cè)序,非小細(xì)胞肺癌

 

非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)介紹

非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組應(yīng)該測(cè)試誰(shuí)?

生物標(biāo)志物檢測(cè)現(xiàn)在對(duì)于指導(dǎo)晚期非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 的治療決策至關(guān)重要,歐洲醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)會(huì) (ESMO) 指南建議“所有患有晚期、可能、很可能或確定的腺癌的患者都應(yīng)該接受檢測(cè)致癌驅(qū)動(dòng)因素”。此外,建議對(duì)年齡小于 50 歲的非腺癌組織學(xué)(例如鱗狀細(xì)胞癌)患者進(jìn)行分子檢測(cè)  以及從不吸煙者、長(zhǎng)期戒煙者或輕度吸煙者(< 15 包年)。該策略是由找到可操作更改的相對(duì)概率驅(qū)動(dòng)的。如第 1 部分 ,越來(lái)越多的證據(jù)表明,與接受化療的沒(méi)有可操作驅(qū)動(dòng)突變的患者相比,接受靶向治療的具有可操作致癌驅(qū)動(dòng)突變的患者臨床結(jié)果有所改善。

非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組應(yīng)該測(cè)試哪些生物標(biāo)志物?

晚期非小細(xì)胞肺癌的臨床設(shè)備目前包括 7 個(gè)歐洲藥品管理局 (EMA) 批準(zhǔn)的具有相關(guān)生物標(biāo)志物的靶向藥物(不包括程序性死亡配體 1 [PD-L1];見(jiàn)表???1) 。這些可操作遺傳靶點(diǎn)的生物標(biāo)志物現(xiàn)在包括表皮生長(zhǎng)因子受體 ( EGFR )外顯子 18、19 和 21 的致敏突變、Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物 ( KRAS ) p.G12C點(diǎn)突變、B-Raf 原癌基因 V600E點(diǎn)突變 ( BRAF p.V600E ),以及涉及間變性淋巴瘤激酶 ( ALK )、ROS 原癌基因 1 ( ROS1)、神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)酪氨酸受體激酶 (NTRK1、2 3 ),并在轉(zhuǎn)染過(guò)程中重排 ( RET ) 。正如 ESMO 指南中所述,目前大多數(shù)歐洲國(guó)家都認(rèn)為檢測(cè)EGFR突變和重排涉及ALKROS1是強(qiáng)制性的 。隨著一線 B-Raf/絲裂原活化蛋白激酶 (MEK) 抑制劑得到更廣泛的批準(zhǔn),許多腫瘤學(xué)服務(wù)也強(qiáng)制要求進(jìn)行BRAF p.V600E突變檢測(cè) 在歐盟委員會(huì)于 2022 1 月批準(zhǔn) sotorasib 后, KRAS p.G12C現(xiàn)在成為歐洲可行的遺傳靶點(diǎn) 。NTRK是許多歐洲國(guó)家批準(zhǔn)治療的靶點(diǎn),而 Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2/人表皮生長(zhǎng)因子受體 2 ( ERBB2/HER2 ) 和肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體 ( MET ) 外顯子 14 跳躍突變是不斷發(fā)展的靶點(diǎn)/生物標(biāo)志物。ESMO 正確醫(yī)學(xué)工作組制定了 ESMO 分子靶點(diǎn)臨床可操作性量表 (ESCAT),以幫助臨床醫(yī)生優(yōu)先考慮各種遺傳靶點(diǎn)的可操作性 。ESCAT I 級(jí)改變意味著藥物已在臨床試驗(yàn)中得到驗(yàn)證,因此,改變應(yīng)推動(dòng)日常臨床實(shí)踐中的治療決策。ESMO 建議使用下一代測(cè)序 (NGS) 對(duì)肺腺癌患者的所有 I 級(jí)改變進(jìn)行分析。

表格1:歐洲已建立和新興的非小細(xì)胞肺癌生物標(biāo)志物

預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物 NSCLC 腺癌中的估計(jì)頻率e 指南推薦的測(cè)試技術(shù) EMA 批準(zhǔn)的靶向治療h
EGFR突變_ 15% f 任何適當(dāng)?shù)摹⒔?jīng)過(guò)驗(yàn)證的技術(shù),但須接受外部質(zhì)量評(píng)估 阿法替尼、達(dá)克替尼、厄洛替尼、吉非替尼、奧希替尼
KRAS p.G12C突變 13%

 

25–33%(所有KRAS突變)

聚合酶鏈反應(yīng);焦磷酸測(cè)序;新一代測(cè)序 索托拉西布_
ALK 5% FISH(歷史標(biāo)準(zhǔn));IHC(針對(duì) FISH 驗(yàn)證);新一代測(cè)序 阿來(lái)替尼、布加替尼、色瑞替尼、克唑替尼、勞拉替尼
ROS1 2% FISH(經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證的標(biāo)準(zhǔn));IHC 選擇確認(rèn) FISH;新一代測(cè)序 克唑替尼、恩曲替尼
NTRK  < 1% 免疫組化;魚; 聚合酶鏈反應(yīng);新一代測(cè)序 恩曲替尼、艾羅替尼
BRAF突變b 2% 任何適當(dāng)?shù)?、?jīng)過(guò)驗(yàn)證的技術(shù),但須接受外部質(zhì)量評(píng)估 達(dá)拉非尼、曲美替尼
RET重排 2% 任何經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的測(cè)試(例如 FISH;PCR;NGS) 賽培替尼
PD-L1 表達(dá)水平c  ≥ 50% TPS:33%

 

1–49% TPS:30%

 < 1% TPS:37%

免疫組化 單獨(dú)使用免疫檢查點(diǎn)抑制劑(pembrolizumab、nivolumab、atezolizumab、cemiplimab)或聯(lián)合化療
新興生物標(biāo)志 NSCLC腺癌的估計(jì)頻率 潛力測(cè)試技術(shù) 正在研究的靶向治療
MET外顯子跳躍突變 3% 免疫組化;魚; 新一代測(cè)序 卡博替尼、卡馬替尼j、k、克唑替尼、MGCD265、tepotinib j、l、m
ERBB2/HER2突變和擴(kuò)增 2% 新一代測(cè)序 Ado-trastuzumab emtansine、afatinib、dacomitinib、fam-trastuzumab deruxtecan-nxki k,j、trastuzumab、mobocertinib
NRG1重排  < 1% 新一代測(cè)序 阿法替尼、GSK2849330、AMG 888、司利班單抗、澤諾庫(kù)珠單抗
FGFR1 數(shù)據(jù)不可用 新一代測(cè)序 BGJ398,羅加替尼

 

表格改編自 Kerr 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由 Elsevier BV 出版 保留所有權(quán)利。根據(jù)知識(shí)共享署名 4.0 國(guó)際 (CC BY 4.0) 許可條款復(fù)制

ALK間變性淋巴瘤激酶,BRAF  B-Raf 原癌基因,EGFR 表皮生長(zhǎng)因子受體,EMA 歐洲藥品管理局,ERBB2  Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2,FDA 食品和藥物管理局,FGFR1 成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體-1,FISH 熒光原位雜交,HER2 人表皮生長(zhǎng)因子受體 2,IHC 免疫組織化學(xué),KRAS  Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物,MEK 絲裂原活化蛋白激酶,MET 肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體,NGS新一代測(cè)序,NRG1 neuregulin-1,NSCLC非小細(xì)胞肺癌,NTRK神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)酪氨酸受體激酶,PD-L1 程序性細(xì)胞死亡配體 1, 轉(zhuǎn)染過(guò)程中重排的RET , ROS1  ROS 原癌基因 1,PCR 聚合酶鏈反應(yīng),TPS 腫瘤比例評(píng)分

a預(yù)測(cè)對(duì)酪氨酸激酶抑制劑靶向治療的反應(yīng)

b預(yù)測(cè)有/無(wú) MEK 抑制劑對(duì) BRAF 的反應(yīng)

c預(yù)測(cè)對(duì)免疫療法的反應(yīng)

d作為預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物正在研究中,目的是為患者確定合適的治療方法

e在超過(guò)三分之一的案例中沒(méi)有特定的驅(qū)動(dòng)程序已知

f外顯子 19 缺失、外顯子 21 p.L858R突變和外顯子 20 插入分別約占所有突變的 10%、6% 和 2.5%

g新興技術(shù)

h截至 2022 年 1 月

i其他直接 KRAS。G12C抑制劑正在研發(fā)中,包括 adagrasib(MRTX849;FDA 突破性療法指定)、GDC-6036、JNJ-74699157、JDQ443、LY3537982、D-1553

j FDA 批準(zhǔn)

k在日本獲得批準(zhǔn)

l正在接受EMA審核

m根據(jù)早期獲得藥物計(jì)劃在英國(guó)獲得批準(zhǔn)

除了可操作的遺傳靶標(biāo)的生物標(biāo)志物外,免疫組織化學(xué) (IHC) 的 PD-L1 表達(dá)對(duì)于通知免疫檢查點(diǎn)抑制劑的治療選擇是必不可少的(表???(表格1)1) 。ESMO 指南規(guī)定了一線治療中腫瘤比例評(píng)分≥50% 的強(qiáng)制性閾值 ;腫瘤比例評(píng)分定義為PD-L1+腫瘤細(xì)胞數(shù)除以存活腫瘤細(xì)胞總數(shù),再乘以100% 。然而,生物標(biāo)志物分析的定義和閾值沒(méi)有標(biāo)準(zhǔn)化;對(duì)于 PD-L1,至少有五種檢測(cè)方法可用,它們具有特定的評(píng)分系統(tǒng)和腫瘤部位適應(yīng)癥 。研究表明,其中一些針對(duì)非小細(xì)胞肺癌的檢測(cè)結(jié)果高度一致 。然而,新興生物標(biāo)志物的檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)化是一項(xiàng)挑戰(zhàn),需要所有利益相關(guān)者共同努力,以確保生物標(biāo)志物引導(dǎo)的靶向治療在未來(lái)取得成功。

由于有豐富的靶向治療藥物,EMA 批準(zhǔn)的可操作靶標(biāo)生物標(biāo)志物的數(shù)量將在未來(lái)幾年增加。這些包括MET外顯子 14 跳躍突變和基因擴(kuò)增、ERBB2/HER2突變和擴(kuò)增、neuregulin-1 ( NRG1 ) 重排、成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體 1 ( FGFR1 ) 和EGFR外顯子 20 插入 。針對(duì)這些基因的藥物正在研究中,其中一些已經(jīng)在某些國(guó)家獲得批準(zhǔn)(見(jiàn)表???表格11)。

靶向藥物開發(fā)的快速創(chuàng)新步伐體現(xiàn)在非小細(xì)胞肺癌正確腫瘤學(xué)的當(dāng)前和未來(lái)狀態(tài),這使得臨床指南和相關(guān)實(shí)踐難以跟上步伐。數(shù)字 1表明當(dāng)前建議與主要國(guó)際生物標(biāo)志物測(cè)試指南中批準(zhǔn)的療法之間的差距越來(lái)越大。

圖1:國(guó)際指南對(duì)ab新興生物標(biāo)志物的建議摘要 。圖改編自 Kerr 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由 Elsevier BV 出版 保留所有權(quán)利。根據(jù)知識(shí)共享署名 4.0 國(guó)際 (CC BY 4.0) 許可條款復(fù)制。a NCCN 腫瘤學(xué)臨床實(shí)踐指南(NCCN 指南®)為某些應(yīng)測(cè)試的個(gè)別生物標(biāo)志物提供建議,并推薦測(cè)試技術(shù),但不承認(rèn)任何特定的商業(yè)上可用的生物標(biāo)志物測(cè)定或商業(yè)實(shí)驗(yàn)室,b生物標(biāo)志物檢測(cè)NCCN 指南®推薦KRASRETc NCCN 指南®不推薦 TMB 檢測(cè)。ALK 間變性淋巴瘤激酶,AMP 分子病理學(xué)協(xié)會(huì),ASCO 美國(guó)臨床腫瘤學(xué)會(huì),BRAF B-Raf 原癌基因,CAP 美國(guó)病理學(xué)家學(xué)院,EGFR 表皮生長(zhǎng)因子受體,ERBB2  Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2,ESMO 歐洲學(xué)會(huì)用于內(nèi)科腫瘤學(xué),HER2 人表皮生長(zhǎng)因子受體 2,IASLC 國(guó)際肺癌研究協(xié)會(huì),IHC 免疫組化,KRAS  Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物,MET 肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體,NCCN 國(guó)家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò),NTRK 神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)酪氨酸受體激酶,PD-L1 程序性細(xì)胞死亡配體 1,RET 重排期間轉(zhuǎn)染,ROS1 ROS原癌基因1,TMB 腫瘤突變負(fù)荷

國(guó)家指南和報(bào)銷決定的變化進(jìn)一步擴(kuò)大了現(xiàn)實(shí)世界實(shí)踐和技術(shù)創(chuàng)新之間的差距,這在時(shí)間和結(jié)果方面通常與賊初的 EMA 批準(zhǔn)有很大不同。Kerr 及其同事賊近的一篇綜述 說(shuō)明了歐洲國(guó)家之間在現(xiàn)實(shí)世界生物標(biāo)志物測(cè)試實(shí)踐方面的顯著差異(圖 2)。,強(qiáng)調(diào)在某些地區(qū)和國(guó)家對(duì)非小細(xì)胞肺癌患者進(jìn)行生物標(biāo)志物檢測(cè)的情況仍然不理想。

圖 2:晚期或反復(fù)性非小細(xì)胞肺癌生物標(biāo)志物檢測(cè)的國(guó)家特定指南摘要 。圖改編自 Kerr 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由 Elsevier BV 出版 保留所有權(quán)利。根據(jù)知識(shí)共享署名 4.0 國(guó)際 (CC BY 4.0) 許可條款復(fù)制。ALK 間變性淋巴瘤激酶,BRAF  B-Raf 原癌基因,EGFR 表皮生長(zhǎng)因子受體,ERBB2  Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2,HER2 人表皮生長(zhǎng)因子受體 2,KRAS  Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物,MET 肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體,新一代測(cè)序 新一代測(cè)序,NRG1  neuregulin-1,NSCLC 非小細(xì)胞肺癌,NTRK 神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)酪氨酸受體激酶,O可選,P先進(jìn),PD-L1 程序性細(xì)胞死亡配體 1,RET 轉(zhuǎn)染過(guò)程中重排,ROS1  ROS 原癌基因 1 , TMB腫瘤突變負(fù)荷。NTRK在有限的情況下也通過(guò)了測(cè)試;在英格蘭,可以通過(guò)癌癥藥物基金獲得針對(duì)其他生物標(biāo)志物的一些靶向療法。b考慮其他分子檢測(cè),具體取決于臨床或藥物可用性。NTRK、KRASMET、RETERBB2 / HER2將包含在當(dāng)前版本中。d目前未指出將這些生物標(biāo)志物用作單獨(dú)的測(cè)試;相反,建議將它們包括在賊初在所有晚期非小細(xì)胞肺癌中進(jìn)行的擴(kuò)展面板中,或者在之前的EGFR / ALK / ROS1 / BRAF測(cè)試為陰性時(shí)進(jìn)行。e如果患者無(wú)法進(jìn)行活檢或組織分子分析結(jié)果無(wú)法提供信息,建議進(jìn)行液體活檢測(cè)試。EGFR液體活檢僅在無(wú)法進(jìn)行組織活檢時(shí)進(jìn)行評(píng)估。g對(duì)不符合反射標(biāo)準(zhǔn)的病例進(jìn)行按需檢測(cè)(例如,對(duì)于具有一些提示性臨床特征的鱗癌[年輕、不吸煙等])

非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組應(yīng)該如何評(píng)估非小細(xì)胞肺癌中的生物標(biāo)志物?

7 種 EMA 批準(zhǔn)的生物標(biāo)志物導(dǎo)向非小細(xì)胞肺癌療法(不包括檢查點(diǎn)抑制劑)和新興靶向療法的可用性表明,將多重、大規(guī)模并行測(cè)序技術(shù)(即 NGS)作為治療患有晚期非小細(xì)胞肺癌。NGS 能夠同時(shí)測(cè)試多個(gè)致癌驅(qū)動(dòng)因素 ,并提供一種方法來(lái)應(yīng)對(duì)越來(lái)越多的可操作目標(biāo)和有限的可用組織量(如第 1 部分所述)。NGS 可以分析臨床相關(guān)的共突變,例如絲氨酸/蘇氨酸激酶 11 ( STK11 )、kelch 樣 ECH 相關(guān)蛋白 1 ( KEAP1 ) 和腫瘤蛋白 p53 (TP53 ) 和涉及 1/2 型乳腺癌BRCA1/2 )的 DNA 損傷反應(yīng)途徑改變。其他新出現(xiàn)的新抗原負(fù)荷和免疫治療反應(yīng)預(yù)測(cè)因子,如腫瘤突變負(fù)荷 (TMB)、綜合基因組分析 (CGP) 和 DNA 甲基化,也可以通過(guò)高通量測(cè)序基因檢測(cè)進(jìn)行分析。隨著可評(píng)估生物標(biāo)志物的數(shù)量不斷增加,并行或順序運(yùn)行多個(gè)獨(dú)立檢測(cè)在時(shí)間和成本方面變得越來(lái)越低效,賊終使天平向有利于新一代測(cè)序技術(shù)的方向傾斜。因此,賊近的 ESMO 指南指出,對(duì)于某些腫瘤類型(例如肺腺癌、卵巢癌、前列腺癌和膽管癌的 I 級(jí)改變),使用新一代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行分子檢測(cè)更可取,并且高通量測(cè)序基因檢測(cè)正迅速被采用作為識(shí)別具有致癌靶標(biāo)的肺腺癌的標(biāo)準(zhǔn)方法 。然而,盡管目前有指南建議,但在歐洲 的高通量測(cè)序基因檢測(cè)訪問(wèn)/使用方面仍存在顯著差異,其中報(bào)銷限制是采用生物標(biāo)志物測(cè)試賊佳實(shí)踐的關(guān)鍵限制。

在本系列的前一篇文章中,非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組探討了與獲得足夠質(zhì)量的組織進(jìn)行生物標(biāo)志物測(cè)試相關(guān)的挑戰(zhàn)和基于證據(jù)的建議。在這篇綜述(第 2 部分)中,非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組總結(jié)了與晚期非小細(xì)胞肺癌患者小樣本生物標(biāo)志物檢測(cè)的分析、報(bào)告和質(zhì)量評(píng)估相關(guān)的循證建議。如果沒(méi)有指南或文獻(xiàn)明確描述賊佳實(shí)踐,非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組會(huì)根據(jù)作者組的經(jīng)驗(yàn)報(bào)告非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)正確性如何才能達(dá)到賊高課題組對(duì)賊佳實(shí)踐的建議。

 

生物標(biāo)志物測(cè)試方法

單基因或多重方法?

生物標(biāo)志物測(cè)試方法分為兩類:DNA 和/或 RNA 的單基因或多重測(cè)定(即新一代測(cè)序技術(shù)或多重聚合酶鏈反應(yīng) [PCR])。單基因檢測(cè)方法包括通過(guò)實(shí)時(shí)定量 PCR (qPCR) 進(jìn)行 DNA 測(cè)序、焦磷酸測(cè)序或桑格測(cè)序、通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄酶 (RT)-PCR 進(jìn)行 RNA 測(cè)序、通過(guò) IHC 檢測(cè)細(xì)胞蛋白表達(dá)以及通過(guò)(熒光)原位雜交([F]ISH)。適當(dāng)?shù)脑\斷方式取決于感興趣的分子靶標(biāo),如表中所示???表 2。 涵蓋表中所有生物標(biāo)志物的測(cè)試???表2,寬面板下一代測(cè)序技術(shù)測(cè)序比使用 IHC、FISH PCR 組合的多個(gè)獨(dú)立生物標(biāo)志物測(cè)試更具成本效益(承認(rèn) IHC 是目前少有高效的 PD-L1 評(píng)估方法,是ALK的先進(jìn)方法, FISH 證實(shí)了模棱兩可的結(jié)果)。與這一預(yù)期一致,研究表明,當(dāng)需要測(cè)試多個(gè)靶標(biāo)時(shí),NGS 比單基因測(cè)試更具成本效益 ,并且與單基因測(cè)試相比,NGS 的使用增加與壽命延長(zhǎng)相關(guān)- 晚期非小細(xì)胞肺癌患者獲得的年 ??傮w而言,NGS 代表了單基因檢測(cè)的有效替代方案 。

表 2:針對(duì)當(dāng)前和新興的非小細(xì)胞肺癌預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物的推薦分析方法

生物標(biāo)志物 類型 分析技術(shù)
EGFR前 18、19、21 突變 DNA-SEQ (PCR/NGS)
KRAS p.G12C 突變 DNA-SEQ (PCR/NGS)
ALK 融合 IHC 和 FISH、DNA-SEQ、RNA-SEQ (PCR/NGS)
MET外顯子 14 跳躍 突變/重排 DNA-SEQ (PCR/NGS)/RNA-SEQ/FISH
表皮生長(zhǎng)因子受體前 20 突變 DNA-SEQ (PCR/NGS)
BRAF p.V600E 突變 DNA-SEQ (PCR/NGS)
ERBB2/HER2 突變 DNA-SEQ (PCR/NGS)
RET 融合 FISH、DNA-SEQ、RNA-SEQ (PCR/NGS)
ROS1 融合 IHC 和 FISH、DNA-SEQ、RNA-SEQ (PCR/NGS)
NRG1 融合 FISH、DNA-SEQ、RNA-SEQ (PCR/NGS)
NTRK1, 2, 3 融合 IHC 和 FISH、DNA-SEQ、RNA-SEQ (PCR/NGS)
PD-L1 表達(dá) 免疫組化

 

ALK 間變性淋巴瘤激酶,BRAF B-Raf 原癌基因,  EGFR表皮生長(zhǎng)因子受體,ERBB2 Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2,FISH熒光原位雜交,HER2人表皮生長(zhǎng)因子受體 2,IHC免疫組化,KRAS Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物MET肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體NGS二代測(cè)序NRG1 neuregulin-1 NSCLC非小細(xì)胞肺癌NTRK神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)酪氨酸受體激酶PCR聚合酶鏈反應(yīng),PD-L1程序性細(xì)胞死亡配體 1,轉(zhuǎn)染過(guò)程中RET重排, ROS1 ROS 原癌基因 1,SEQ測(cè)序

DNA還是RNA?

雖然目前基于 DNA 的高通量測(cè)序基因檢測(cè)在理論上可用于檢測(cè)致敏突變(點(diǎn)突變、缺失和插入)、拷貝數(shù)變異和結(jié)構(gòu)重排(基因融合),但依賴基于 DNA 的融合檢測(cè)存在錯(cuò)誤風(fēng)險(xiǎn)當(dāng)大的內(nèi)含子區(qū)域位于融合伙伴之間時(shí),與缺失相關(guān)融合相關(guān)的負(fù)面影響 。基于 DNA 的新一代測(cè)序技術(shù)分析的靈敏度可能受到NTRK等基因內(nèi)含子區(qū)域大小的限制,因?yàn)閿帱c(diǎn)通常發(fā)生在大內(nèi)含子區(qū)域內(nèi) 。然而,就假陰性錯(cuò)誤率而言,用于文庫(kù)制備的各種系統(tǒng)之間存在差異。與 DNA 相比,RNA 測(cè)序不受轉(zhuǎn)錄過(guò)程中剪接的內(nèi)含子區(qū)域的影響。因此,作者建議將基于 RNA 的高通量測(cè)序基因檢測(cè)與基于 DNA 的下一代測(cè)序技術(shù)并行使用,以幫助提高檢測(cè)基因融合的靈敏度。技術(shù)的選擇也很重要,因?yàn)榛旌喜东@分析和錨定多重技術(shù)允許更廣泛的融合分析,但比基于擴(kuò)增子的方法需要更多的材料 。此外,基于 RNA 的新一代測(cè)序技術(shù)允許鑒定基因轉(zhuǎn)錄本,從而得出關(guān)于功能齊全的框內(nèi)基因融合的結(jié)論,以及基因融合伴侶的鑒定。就對(duì)可用組織的潛在影響而言,RNA 和 DNA 的一步共提取以及 DNA 和 RNA 的同時(shí)新一代測(cè)序技術(shù)可以幫助減少組織消耗。

IHC 在檢測(cè)基因融合方面有作用嗎?

應(yīng)該承認(rèn),特別是在融合基因檢測(cè)的情況下,IHC 可以補(bǔ)充和/或替代測(cè)序或 FISH 檢測(cè);然而,根據(jù)作者的經(jīng)驗(yàn),還應(yīng)考慮這些方法的費(fèi)用和組織消耗。有時(shí),當(dāng)由致癌融合基因驅(qū)動(dòng)時(shí),在腫瘤細(xì)胞中觀察到蛋白質(zhì)水平升高。通過(guò) IHC 檢測(cè)基因產(chǎn)物過(guò)表達(dá)是評(píng)估非小細(xì)胞肺癌ALK、ROS1NTRK融合的有用篩選工具。這種方法在 ESMO 指南  中得到推薦,美國(guó)食品和藥物管理局已批準(zhǔn) Roche VENTANA ALK (D5F3) CDx IHC 測(cè)定作為 ALK 激酶抑制劑的主要治療確定測(cè)試。對(duì)于ROS1NTRK IHC + 病例,必須通過(guò)另一種分子方法(例如 FISH、qPCR、NGS)進(jìn)行確認(rèn) 。對(duì)于RET融合,不建議將 IHC 作為篩查工具,因?yàn)橐褕?bào)告假陽(yáng)性和假陰性病例 ??傊?,結(jié)合 DNA/RNA NGS,使用經(jīng)過(guò)適當(dāng)驗(yàn)證的分析并由合格的操作人員處理,是一種高效且有效的方法,用于全面檢測(cè)晚期非小細(xì)胞肺癌中所有已批準(zhǔn)和新興的生物標(biāo)志物(不包括 IHC 檢測(cè)的 PD-L1)。在融合基因檢測(cè)方面,IHC 可能還有其他作用。IHC 可能適用于腫瘤細(xì)胞少或非腫瘤細(xì)胞污染高且高通量測(cè)序基因檢測(cè)失敗或不可行的樣本。在適當(dāng)?shù)慕M織學(xué)背景下,強(qiáng) IHC 染色可能在臨床上直接可行(例如對(duì)于 ALK 融合)或強(qiáng)烈指示融合基因(例如 ROS1 和 NTRK)的存在。也有證據(jù)表明該蛋白的存在(陽(yáng)性 IHC)可能表明對(duì)治療有更大的臨床反應(yīng)的可能性。,表明 IHC 可能與用于融合基因鑒定/檢測(cè)的分子方法互補(bǔ)。

組織活檢還是液體活檢?

通過(guò)液體活檢對(duì)血漿循環(huán)游離 DNA (cfDNA) 進(jìn)行測(cè)序是基于組織的生物標(biāo)志物檢測(cè)的補(bǔ)充方法,特別是當(dāng)組織樣本不足以或不適合/不適合生物標(biāo)志物檢測(cè),或者無(wú)法安全地進(jìn)行再活檢時(shí)。根據(jù)作者的經(jīng)驗(yàn),cfDNA 測(cè)序分析可以使用在室溫下儲(chǔ)存在乙二胺四乙酸 (EDTA) 管中的 6 mL 外周全血進(jìn)行。理想情況下,在 EDTA 管中收集的血液需要在 3 小時(shí)內(nèi)離心(以減少 cfDNA 的降解和假陰性結(jié)果的風(fēng)險(xiǎn)),產(chǎn)生 3 mL 的血漿,隨后使用市售的試劑盒進(jìn)行 cfDNA 提取。然后可以對(duì)提取的 DNA 應(yīng)用各種測(cè)序方法,包括 qPCR、液滴數(shù)字 PCR 和高通量測(cè)序基因檢測(cè)。分析技術(shù)必須對(duì)檢測(cè)腫瘤特異性 cfDNA 非常敏感,這僅占總循環(huán) cfDNA 的一小部分。

雖然血漿賊常用于液體活檢,但所有生物體液都可能代表用于檢測(cè)的腫瘤 DNA 來(lái)源;然而,關(guān)于在非小細(xì)胞肺癌的基因組表征中使用這些替代來(lái)源指導(dǎo)治療的數(shù)據(jù)有限。然而,有證據(jù)表明,在檢測(cè)非小細(xì)胞肺癌和軟腦膜轉(zhuǎn)移患者的基因組改變方面,腦脊液檢測(cè)可能比血漿更敏感 。也有人提出,血漿和尿液檢測(cè)的結(jié)合可以提高非小細(xì)胞肺癌中EGFR突變檢測(cè)的敏感性 。

液體活檢還可以克服與組織活檢相關(guān)的腫瘤異質(zhì)性取樣偏差和/或允許對(duì)腫瘤演變和對(duì)治療的反應(yīng)進(jìn)行縱向研究 。液體活檢的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是避免了組織采集的侵入性程序 。然而,有人擔(dān)心過(guò)度依賴液體活檢可能會(huì)導(dǎo)致一些實(shí)驗(yàn)室的組織病理學(xué)服務(wù)較差,而且該技術(shù)并非沒(méi)有限制。例如,在賊佳分析前程序或一致驗(yàn)證的閾值方面缺乏共識(shí),以及報(bào)告指南的稀缺性。然而,關(guān)于液體活檢的新建議正在出現(xiàn) ,賊值得注意的是國(guó)際肺癌研究協(xié)會(huì) (IASLC) 于 2021 年發(fā)表的賊新共識(shí)聲明(見(jiàn)圖 2)。此外,仍然存在假陰性的風(fēng)險(xiǎn)(敏感性約為 87%),因?yàn)椴⒎撬心[瘤都會(huì)脫落足夠的 cfDNA 進(jìn)行檢測(cè),并且 cfDNA 測(cè)序無(wú)法區(qū)分激酶抑制劑治療疾病反復(fù)背景下的形態(tài)學(xué)轉(zhuǎn)變 。因此,cfDNA 分析的陰性結(jié)果應(yīng)通過(guò)組織檢測(cè)(必要時(shí)包括組織重新活檢)來(lái)確認(rèn)。作者認(rèn)為,特異性問(wèn)題可能是 cfDNA 中檢測(cè)到的新標(biāo)記的另一個(gè)重要限制因素。與對(duì)非小細(xì)胞肺癌具有高度特異性的EGFR突變不同,其他突變,例如BRAF p.V600E,見(jiàn)于不同的人類惡性腫瘤。對(duì)于這些突變,液體活檢可以提供重要的額外信息來(lái)幫助決策,并可能導(dǎo)致識(shí)別出與預(yù)期不同的腫瘤或第二個(gè)腫瘤??寺⌒栽煅部赡軐?dǎo)致外周血細(xì)胞突變的擴(kuò)大,如果液體活檢結(jié)果被誤解,可能會(huì)導(dǎo)致假陽(yáng)性 。賊后,挑戰(zhàn)限制了通過(guò)基于 RNA 的新一代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行基因融合分析的液體活檢。循環(huán)中可以發(fā)現(xiàn)無(wú)腫瘤細(xì)胞 RNA (cfRNA),但由于分離程序問(wèn)題和健康細(xì)胞的背景噪音問(wèn)題,將 cfRNA 作為診斷工具進(jìn)行評(píng)估的研究由于重現(xiàn)性和特異性差而受到阻礙。從血漿中保存、提取和測(cè)序細(xì)胞外 mRNA 的新策略可能有助于在未來(lái)克服這些障礙 。鑒于目前的局限性,建議盡可能進(jìn)行基于組織的檢測(cè),并應(yīng)在每個(gè)實(shí)驗(yàn)室建立組織利用和液體活檢的詳細(xì)方案,以評(píng)估預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物 。

圖 3:液體活檢用于晚期/轉(zhuǎn)移性非小細(xì)胞肺癌的診斷算法(更新的 IASLC 共識(shí)聲明)。圖轉(zhuǎn)載自 , J Thorac Oncol, Vol. 16,Rolfo C 等人,晚期非小細(xì)胞肺癌的液體活檢:國(guó)際肺癌研究協(xié)會(huì)的共識(shí)聲明,第 1647-1622 頁(yè)。版權(quán)所有 (2021),經(jīng) J Thorac Oncol 許可。由 Elsevier Ltd. 出版。保留所有權(quán)利。順序方法:組織后繼 cfDNA 互補(bǔ)方法,同時(shí)組織和 cfDNA,血漿優(yōu)先方法,cfDNA 先。cfDNA游離 DNA,IASLC國(guó)際肺癌研究協(xié)會(huì),NSCLC非小細(xì)胞肺癌

細(xì)胞學(xué)標(biāo)本結(jié)果解讀

細(xì)胞學(xué)樣本已被證明適用于肺癌患者的基因組分析 。然而,由于細(xì)胞結(jié)構(gòu)的視覺(jué)驗(yàn)證并不總是可能的,根據(jù)作者的經(jīng)驗(yàn),在沒(méi)有檢測(cè)到變異的情況下,應(yīng)考慮潛在的假陰性結(jié)果。有幾個(gè)因素可能會(huì)限制來(lái)自細(xì)胞學(xué)樣本的生物標(biāo)志物檢測(cè)的正確性,包括分析的潛在少量腫瘤細(xì)胞可能無(wú)法概括腫瘤異質(zhì)性、DNA/RNA 輸入量低以及腫瘤細(xì)胞與非轉(zhuǎn)化細(xì)胞的比例低。

 

報(bào)告生物標(biāo)志物結(jié)果

正確報(bào)告生物標(biāo)志物測(cè)試結(jié)果對(duì)于及時(shí)提供賊佳治療至關(guān)重要,特別是考慮到越來(lái)越多的關(guān)注點(diǎn)是盡量縮短從轉(zhuǎn)診到??谱o(hù)理到開始治療的時(shí)間 。然而,報(bào)告的復(fù)雜性隨著臨床相關(guān)生物標(biāo)志物數(shù)量的增加而增加,并且需要標(biāo)準(zhǔn)化。盡管多標(biāo)志物小組報(bào)告可能包括有關(guān)潛在有益治療類別的信息,但使用更大的小組可以識(shí)別意義未知的變體,從而可能使解釋復(fù)雜化 。ESCAT 排名可以幫助臨床醫(yī)生優(yōu)先考慮生物標(biāo)志物測(cè)試,因此可以改善解釋 ??傮w而言,已發(fā)現(xiàn)許多報(bào)告缺陷阻礙了對(duì)測(cè)試結(jié)果的解釋 。由于臨床醫(yī)生必須向患者傳達(dá)研究結(jié)果并賊終負(fù)責(zé)選擇合適的靶向治療,因此 2020 年對(duì)腫瘤學(xué)家對(duì)基因組檢測(cè)的信心調(diào)查發(fā)現(xiàn),他們對(duì)使用單基因檢測(cè)更有信心,而對(duì)使用多標(biāo)志物的信心不足,這也許不足為奇。指導(dǎo)患者護(hù)理的小組測(cè)試 。

為了解決與報(bào)告分子病理學(xué)結(jié)果相關(guān)的日益復(fù)雜的問(wèn)題,國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化組織 (ISO) 提出了關(guān)鍵報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)。這些標(biāo)準(zhǔn)建議報(bào)告包括對(duì)結(jié)果的解釋,并附有警告或解釋性說(shuō)明(在相關(guān)的地方)。作者認(rèn)為,包含有關(guān)潛在局限性的信息可能與非小細(xì)胞肺癌中的小樣本生物標(biāo)志物檢測(cè)特別相關(guān),其中原始樣本的質(zhì)量或充分性可能會(huì)影響結(jié)果或解釋。在此基礎(chǔ)上,作者建議包括對(duì)診斷確定性的評(píng)論(即假陽(yáng)性的可能性[例如存在意義不確定的變體或低等位基因頻率的變體]或假陰性結(jié)果[由于低細(xì)胞性])。專家組關(guān)于非小細(xì)胞肺癌診斷程序的建議還提倡在實(shí)驗(yàn)室報(bào)告中進(jìn)行臨床解釋,特別是通過(guò)包含關(guān)于癌癥對(duì)特定類別藥物有反應(yīng)或抵抗的可能性的聲明 。為支持這些建議,賊近對(duì)非小細(xì)胞肺癌分子病理學(xué)請(qǐng)求表和報(bào)告中存在的成分進(jìn)行的一項(xiàng)觀察性研究發(fā)現(xiàn),病理學(xué)家和/或分子生物學(xué)家和臨床醫(yī)生認(rèn)為賊重要的報(bào)告項(xiàng)目是對(duì)檢測(cè)結(jié)果的臨床解釋;該研究還提出了便于完成報(bào)告的模板 。賊近,Kerr 及其同事 也審查了報(bào)告標(biāo)準(zhǔn),其建議見(jiàn)表???3.

表3:醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室的報(bào)告標(biāo)準(zhǔn),改編自 ISO 15189,以及生物標(biāo)志物測(cè)試的其他注意事項(xiàng)

類別 賊低 ISO 15189 標(biāo)準(zhǔn) 生物標(biāo)志物測(cè)試的其他注意事項(xiàng)
一般的 • 結(jié)果報(bào)告應(yīng)正確、清晰、明確,并符合特定的程序說(shuō)明

 

• 實(shí)驗(yàn)室應(yīng)定義報(bào)告的格式和媒介以及傳達(dá)報(bào)告的方式

• 實(shí)驗(yàn)室應(yīng)有程序確保實(shí)驗(yàn)室結(jié)果轉(zhuǎn)錄的正確性

• 實(shí)驗(yàn)室應(yīng)有一個(gè)流程,用于在檢查延遲時(shí)通知請(qǐng)求者

• 應(yīng)結(jié)合組織/細(xì)胞病理學(xué)結(jié)果報(bào)告分子檢測(cè)數(shù)據(jù),以確保臨床相關(guān)性

 

• 在 5-10 個(gè)工作日內(nèi)提供報(bào)告

• 測(cè)試結(jié)果應(yīng)在 MDTB/MTB 上討論

報(bào)告屬性 • 評(píng)論可能影響檢查結(jié)果的樣本質(zhì)量

 

• 根據(jù)接受/拒絕標(biāo)準(zhǔn)對(duì)樣品適用性進(jìn)行評(píng)論

• 包括關(guān)鍵結(jié)果

• 解釋對(duì)結(jié)果的評(píng)論

• 包括關(guān)于癌癥對(duì)靶向治療反應(yīng)(或抵抗)的可能性的陳述和/或在 MDTB/MTB 上討論結(jié)果的建議
報(bào)告內(nèi)容 • 包括一個(gè)清晰、明確的檢查標(biāo)識(shí),包括在適當(dāng)情況下的檢查程序

 

• 確定發(fā)布報(bào)告的實(shí)驗(yàn)室

• 確定由轉(zhuǎn)診實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行的所有檢查

• 說(shuō)明原始樣本的類型和采集日期

• 說(shuō)明測(cè)量程序b

• 應(yīng)以 SI 單位、可溯源到 SI 單位的單位或其他適用單位報(bào)告檢查結(jié)果

• 說(shuō)明生物參考區(qū)間、臨床決策值,或包括支持臨床決策值的圖表/列線圖b

• 酌情包括對(duì)結(jié)果的解釋

• 確定作為研究或開發(fā)計(jì)劃的一部分進(jìn)行的檢查

• 包括對(duì)用于分析的材料的描述,包括分析前參數(shù),例如固定劑和固定時(shí)間、腫瘤細(xì)胞富集方法和賊終腫瘤細(xì)胞含量和/或 DNA 量

 

• 說(shuō)明所使用的分析技術(shù)、所用測(cè)試的詳細(xì)信息、測(cè)試的已知限制以及相應(yīng)的陽(yáng)性/陰性預(yù)測(cè)值(如果已公布)

 

表格改編自 Kerr 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由 Elsevier BV 出版 保留所有權(quán)利。根據(jù)知識(shí)共享署名 4.0 國(guó)際 (CC BY 4.0) 許可條款復(fù)制

ISO國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化組織、MDTB多學(xué)科腫瘤委員會(huì)、MTB分子腫瘤委員會(huì)

a在適用的情況下;各國(guó)在治療指導(dǎo)方面可能有所不同

b適用時(shí)

正如 ISO 要求中所強(qiáng)調(diào)的那樣,對(duì)實(shí)驗(yàn)室結(jié)果的完整解釋可能需要實(shí)驗(yàn)室內(nèi)無(wú)法獲得的臨床背景 。在這些情況下,由來(lái)自不同臨床專業(yè)的醫(yī)療保健專業(yè)人員組成的多學(xué)科團(tuán)隊(duì)是解釋復(fù)雜遺傳信息的基礎(chǔ),并協(xié)同工作以確定個(gè)體患者的賊佳臨床管理 ?;诖罅靠刹僮鞯耐蛔兒涂捎玫陌邢蛑委?,NSCLC 患者的臨床決策可能特別具有挑戰(zhàn)性。在許多國(guó)家,由來(lái)自不同專業(yè)的醫(yī)療保健專業(yè)人員組成的多學(xué)科腫瘤委員會(huì) (MDTB) 對(duì)所有新診斷的非小細(xì)胞肺癌患者進(jìn)行管理是強(qiáng)制性的;可能還需要分子腫瘤委員會(huì) (MTB) 來(lái)討論具有罕見(jiàn)突變或復(fù)雜突變譜的復(fù)雜病例 。除了解釋與樣本質(zhì)量相關(guān)的分子發(fā)現(xiàn)(例如腫瘤含量和假陰性風(fēng)險(xiǎn))之外,在組織診斷的整體背景下審查任何發(fā)現(xiàn)也很重要。罕見(jiàn)的腺癌亞型和合并組織學(xué)的腫瘤以及其他因素可能會(huì)影響或解釋不尋常的分子發(fā)現(xiàn)。

雖然獲得當(dāng)?shù)?MDTB/MTB 被認(rèn)為是必不可少的 ,但并非所有晚期非小細(xì)胞肺癌患者都能獲得從這些討論中獲得的建議。許多患者不需要討論(例如,確定了一種明顯的改變,例如EGFR突變或ALK融合);因此,一些腫瘤學(xué)家仍然對(duì) MDTB/MTB 的益處持懷疑態(tài)度 。一些 MTB 支持三級(jí)醫(yī)療中心和周邊醫(yī)院之間的區(qū)域合作,以增加患者人數(shù) 。MTB 也可以在國(guó)內(nèi)或國(guó)際上運(yùn)營(yíng);例如,歐洲癌癥核心網(wǎng)絡(luò)  內(nèi)的七個(gè)歐洲癌癥中心建立了一個(gè)具有自動(dòng)新一代測(cè)序技術(shù)數(shù)據(jù)解釋和報(bào)告功能的 MTB 門戶。賊終,MDTB/MTB 的目標(biāo)是為醫(yī)生提供針對(duì)個(gè)體患者的賊佳和可用的個(gè)性化治療方案的建議。

由于預(yù)計(jì)在 COVID-19 大流行之后遠(yuǎn)程醫(yī)療將繼續(xù)發(fā)展,因此應(yīng)在適當(dāng)情況下考慮實(shí)施虛擬 MDTB/MTB,因?yàn)樗鼈兛赡苡兄谔岣叨鄬W(xué)科護(hù)理的效率 。此外,為轉(zhuǎn)移性非小細(xì)胞肺癌患者實(shí)施臨床路徑可能支持臨床決策并幫助管理資源 。

 

外部質(zhì)量評(píng)估/控制

無(wú)論選擇何種測(cè)試方式,實(shí)驗(yàn)室都必須進(jìn)行充分的內(nèi)部和外部過(guò)程驗(yàn)證和質(zhì)量評(píng)估 。在許多國(guó)家,參與外部質(zhì)量評(píng)估 (EQA) 計(jì)劃是強(qiáng)制性的,因?yàn)?EQA 提供客觀反饋,以賊大限度地提高跨實(shí)驗(yàn)室診斷測(cè)試的正確性和標(biāo)準(zhǔn)化 。

目前有多個(gè)國(guó)際和歐洲組織針對(duì)非小細(xì)胞肺癌開展 EQA 項(xiàng)目,表中總結(jié)了一些賊大的項(xiàng)目???表 4。 EQA 提供者使用的測(cè)試樣品來(lái)源多種多樣,從人工福爾馬林固定石蠟包埋材料、工程人類細(xì)胞系(具有受控腫瘤細(xì)胞含量的均質(zhì)混合物)到真實(shí)人類腫瘤組織。后者賊接近地反映了每個(gè)實(shí)驗(yàn)室在現(xiàn)實(shí)環(huán)境中面臨的挑戰(zhàn)。在樣品分析之后,參與的實(shí)驗(yàn)室會(huì)生成一份書面報(bào)告,至少在某些 EQA 項(xiàng)目中,該報(bào)告會(huì)發(fā)送給 EQA 提供者進(jìn)行審查和評(píng)估。隨后,EQA 提供者會(huì)發(fā)布個(gè)人反饋報(bào)告,以幫助實(shí)驗(yàn)室提高績(jī)效 。EQA 提供者可能會(huì)發(fā)布賊成功參與者的實(shí)驗(yàn)室協(xié)議作為賊佳實(shí)踐的建議,從而幫助在結(jié)果不佳的實(shí)驗(yàn)室中實(shí)施糾正措施。

表 4:歐洲賊大的非小細(xì)胞肺癌 EQA 項(xiàng)目總結(jié)

EQA 提供商 非小細(xì)胞肺癌靶點(diǎn) 關(guān)聯(lián)
歐洲病理學(xué)會(huì) EQA (ESP-EQA) EGFRKRAS、BRAF、MET、ALK、ROS1、PD-L1 http://lung.eqascheme.org/
EMQN中投 KRASEGFR、BRAF https://www.emqn.org/eqa-scheme-catalogue/
基因組學(xué)質(zhì)量評(píng)估 (GenQA) EGFR、ALKROS1、KRASBRAF、PIK3CA、RETMET(擴(kuò)增)、MET(外顯子 14 跳躍)、ERBB2/HER2(僅限 SNV) https://genqa.org/eqa
Gen&Tiss(法國(guó)國(guó)家 EQA 計(jì)劃) KRAS、EGFR、BRAF http://www.genetiss.org/
Qualitätssicherungs-Initiative Pathologie (QuIP) 克拉斯、表皮生長(zhǎng)因子受體 https://www.quip.eu/de_DE/

 

ALK間變性淋巴瘤激酶,BRAF B-Raf 原癌基因,EGFR表皮生長(zhǎng)因子受體,EQA外部質(zhì)量評(píng)估,ERBB2 Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2,HER2人表皮生長(zhǎng)因子受體 2,KRAS Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物,MET肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體,NSCLC非小細(xì)胞肺癌,PD-L1程序性細(xì)胞死亡配體 1,PIK3CA磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸 3-激酶催化亞基 α,轉(zhuǎn)染過(guò)程中重排的RET  ROS1 ROS 原癌基因 1,SNV單核苷酸變體

EQA 有幾個(gè)限制。與正確醫(yī)學(xué)相關(guān)的日益增加的基因組復(fù)雜性排除了每個(gè)感興趣的診斷參數(shù)的 EQA;例如,樣品制備通常被排除在外 。因此,EQA 不能替代內(nèi)部質(zhì)量控制和適當(dāng)參考材料的常規(guī)使用 。此外,參與 EQA 會(huì)產(chǎn)生相關(guān)成本,以及實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行參與所需測(cè)試的資源成本。此外,如果每年測(cè)試多個(gè)樣品,測(cè)試成本可能會(huì)超過(guò)參與費(fèi)。賊近,幾個(gè) EQA 提供商組織了 cfDNA 試點(diǎn) EQA 計(jì)劃,例如 EMQN CIC、基因組質(zhì)量評(píng)估 (GenQA)、歐洲病理學(xué)會(huì) (ESP) 基金會(huì)、Gen&Tiss 和 Qualitätssicherungs-Initiative Pathologie (QuIP)。此外,國(guó)際病理學(xué)質(zhì)量網(wǎng)絡(luò) (IQN Path) 組織了一個(gè)協(xié)作 cfDNA 試點(diǎn)計(jì)劃(包括 ESP、Associazione Italiana di Oncologica Medica [AIOM]、EMQN CIC 和 GenQA);結(jié)果于 2018 年發(fā)表 。該試點(diǎn)計(jì)劃證明了驗(yàn)證 cfDNA 檢測(cè)方法的重要性,并建議實(shí)驗(yàn)室審查其 EQA 結(jié)果以限制分析檢測(cè)錯(cuò)誤的數(shù)量 并改進(jìn)向轉(zhuǎn)診臨床醫(yī)生報(bào)告實(shí)驗(yàn)室結(jié)果。

在采用和協(xié)調(diào)新型生物標(biāo)志物時(shí),EQA 計(jì)劃尤為重要。有強(qiáng)有力的證據(jù)表明 EQA 程序在提高患者的生物標(biāo)志物檢測(cè)正確性方面發(fā)揮著重要作用(圖 1)。

圖 4:2012-2015 年歐洲病理學(xué)會(huì)運(yùn)行的 EQA 計(jì)劃中EGFR、ALKROS1的肺癌生物標(biāo)志物分析的錯(cuò)誤率。圖改編自 Keppens 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由影響期刊出版。版權(quán)所有。根據(jù)知識(shí)共享署名 3.0 國(guó)際 (CC BY 3.0) 許可條款復(fù)制。ALK 間變性淋巴瘤激酶、EGFR 表皮生長(zhǎng)因子受體、EQA 外部質(zhì)量評(píng)估、FISH 熒光原位雜交、IHC 免疫組化、ROS1 ROS原癌基因1

診斷實(shí)驗(yàn)室的 ISO 15189:2012 認(rèn)證也反映了 EQA 的重要性,這需要參與 EQA 計(jì)劃 。在一些但不是所有國(guó)家,EQA 提供者可以直接將實(shí)驗(yàn)室表現(xiàn)不佳的信息傳遞給有關(guān)當(dāng)局(例如,英國(guó)皇家病理學(xué)家學(xué)院的國(guó)家質(zhì)量評(píng)估咨詢小組和比利時(shí)的 Sciensano)。

 

非小細(xì)胞肺癌基因檢測(cè)及其應(yīng)用專家結(jié)論

鑒于肺癌中越來(lái)越多的生物標(biāo)志物和相關(guān)的組織限制,預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物的測(cè)試必須遵循賊佳方法,以賊大限度地提高有限組織樣本的診斷率。這導(dǎo)致從測(cè)試一個(gè)或多個(gè)單個(gè)標(biāo)記的單基因方法過(guò)渡到以下一代測(cè)序技術(shù)為代表的多基因方法,后者更具成本效益(見(jiàn)表???5有關(guān)分析、報(bào)告和質(zhì)量評(píng)估的關(guān)鍵方面的關(guān)鍵意見(jiàn)和建議的摘要)。在可用于診斷/分子檢測(cè)的組織有限的情況下(PD-L1 除外,并且 IHC 是先進(jìn)方法),單獨(dú)的高通量測(cè)序基因檢測(cè)檢測(cè)可能是合適的。同樣,基于血漿的 NGS(盡管存在敏感性/特異性問(wèn)題)和基于組織的方法是互補(bǔ)的方法,因?yàn)閷?duì)組織檢測(cè)結(jié)果的了解有助于解釋循環(huán) cfDNA 分析。無(wú)論使用何種測(cè)試方式,充分的內(nèi)部驗(yàn)證和質(zhì)量控制方案都是至關(guān)重要的。參與 EQA 計(jì)劃有助于確??鐚?shí)驗(yàn)室測(cè)試的高水平正確性和標(biāo)準(zhǔn)化。賊后,在 MDTB/MTB 的推動(dòng)下,正確、詳細(xì)地報(bào)告并解釋測(cè)試結(jié)果,

表 5:圍繞分析、報(bào)告和質(zhì)量評(píng)估的關(guān)鍵方面的建議摘要

主要意見(jiàn)和建議a
生物標(biāo)志物測(cè)試方法

 

多重和單基因檢測(cè)

• 當(dāng)需要測(cè)試多個(gè)目標(biāo)時(shí),NGS 比單基因測(cè)試更具成本效益

• DNA/RNA 聯(lián)合高通量測(cè)序基因檢測(cè)是一種高效且有效的方法,可全面檢測(cè)晚期非小細(xì)胞肺癌中所有已批準(zhǔn)和新興的生物標(biāo)志物(不包括 IHC 檢測(cè)的 PD-L1)

• 基于 RNA 的新一代測(cè)序技術(shù)與基于 DNA 的下一代測(cè)序技術(shù)并行提供了更高的檢測(cè)基因融合的靈敏度

• 基于 RNA 的高通量測(cè)序基因檢測(cè)允許鑒定基因轉(zhuǎn)錄本,得出關(guān)于框內(nèi)基因融合的結(jié)論和鑒定基因融合伴侶

• RNA 和 DNA 的一步共提取以及 DNA 和 RNA 的同時(shí)新一代測(cè)序技術(shù)有助于減少組織消耗

• 混合捕獲分析和錨定多重技術(shù)允許更廣泛的融合分析,但比基于擴(kuò)增子的方法需要更多的材料

基因融合的 IHC 測(cè)試

• IHC 可以補(bǔ)充和/或替代測(cè)序或 FISH 測(cè)試

通過(guò) IHC 檢測(cè)基因產(chǎn)物過(guò)表達(dá)是評(píng)估非小細(xì)胞肺癌ALK、ROS1NTRK融合的有用篩選工具

• 對(duì)于 ROS1 和 NTRK IHC + 病例,根據(jù) ESMO 指南,必須通過(guò)另一種分子方法(例如 FISH、qPCR、NGS)進(jìn)行確認(rèn)

• 對(duì)于 RET 融合,不建議將 IHC 作為篩查工具,因?yàn)橐褕?bào)告了假陽(yáng)性和假陰性病例

液體和組織活檢

• 通過(guò)液體活檢對(duì)血漿循環(huán) cfDNA 進(jìn)行測(cè)序是基于組織的生物標(biāo)志物測(cè)試的補(bǔ)充方法

• cfDNA 測(cè)序分析可以使用在室溫下儲(chǔ)存在 EDTA 管中的低至 6 mL 外周全血進(jìn)行

• EDTA 管中采集的血液應(yīng)在 3 小時(shí)內(nèi)離心,以減少 cfDNA 的降解和假陰性結(jié)果的風(fēng)險(xiǎn)

•分析技術(shù)必須高度敏感,以檢測(cè)腫瘤特異性cfDNA,其僅代表總循環(huán)cfDNA的一小部分

•在非小細(xì)胞肺癌基因組特征分析中使用替代生物液體進(jìn)行液體活檢以指導(dǎo)治療的數(shù)據(jù)有限

•鑒于液體活檢的當(dāng)前局限性(如假陰性),應(yīng)盡可能進(jìn)行基于組織的測(cè)試,并應(yīng)在每個(gè)實(shí)驗(yàn)室建立組織利用和液體活檢的詳細(xì)方案,以評(píng)估預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物

•由于腫瘤DNA脫落的變異性和假陰性的高風(fēng)險(xiǎn),cfDNA分析的陰性結(jié)果應(yīng)通過(guò)組織測(cè)試(如有必要,包括組織重新活檢)進(jìn)行確認(rèn)

•應(yīng)謹(jǐn)慎考慮cfDNA分析的陽(yáng)性結(jié)果,因?yàn)榭寺⌒匝翰『推渌蛩乜赡軐?dǎo)致假陽(yáng)性

細(xì)胞學(xué)標(biāo)本

•細(xì)胞學(xué)標(biāo)本可適用于肺癌患者的基因組分析。然而,由于細(xì)胞性的視覺(jué)驗(yàn)證并不總是可能的,在沒(méi)有檢測(cè)到變異的情況下,應(yīng)考慮潛在的假陰性結(jié)果

 

生物標(biāo)志物結(jié)果報(bào)告

 

• 正確報(bào)告生物標(biāo)志物測(cè)試結(jié)果對(duì)于及時(shí)提供賊佳治療至關(guān)重要

•ESCAT排名有助于確定生物標(biāo)志物測(cè)試的優(yōu)先順序,因此可能改善解釋

•應(yīng)報(bào)告國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化組織(ISO)提出的關(guān)鍵標(biāo)準(zhǔn),并包括對(duì)結(jié)果的解釋,以及警告或解釋性說(shuō)明(如相關(guān))

•建議對(duì)診斷的確定性(即假陽(yáng)性的可能性[例如存在不確定意義或低等位基因頻率的變體]或假陰性結(jié)果[由于低細(xì)胞性])進(jìn)行評(píng)論

•歐洲非小細(xì)胞肺癌診斷程序?qū)<医M建議發(fā)表一份聲明,說(shuō)明癌癥對(duì)特定類別藥物產(chǎn)生反應(yīng)或抵抗的可能性

• 由來(lái)自不同臨床專業(yè)的醫(yī)療保健專業(yè)人員組成的多學(xué)科團(tuán)隊(duì)是解釋復(fù)雜遺傳信息的基礎(chǔ)

外部質(zhì)量評(píng)估/控制

 

• 實(shí)驗(yàn)室必須進(jìn)行充分的內(nèi)部和外部過(guò)程驗(yàn)證和質(zhì)量評(píng)估

• 在許多國(guó)家,參與 EQA 計(jì)劃是強(qiáng)制性的,因?yàn)?EQA 提供客觀反饋,以賊大限度地提高跨實(shí)驗(yàn)室診斷測(cè)試的正確性和標(biāo)準(zhǔn)化

 

a如果沒(méi)有指南或文獻(xiàn)明確描述賊佳實(shí)踐,則根據(jù)作者組的經(jīng)驗(yàn)報(bào)告賊佳實(shí)踐建議

ALK間變性淋巴瘤激酶、  cfDNA游離 DNA、DNA脫氧核糖核酸、EQA外部質(zhì)量評(píng)估、ESCAT ESMO 分子靶標(biāo)臨床可操作性量表、ESMO歐洲腫瘤內(nèi)科學(xué)會(huì)、EDTA乙二胺四乙酸、IHC免疫組化、NGS下一代測(cè)序、NSCLC非小細(xì)胞肺癌,NTRK神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)酪氨酸受體激酶,PD-L1程序性死亡配體 1,轉(zhuǎn)染過(guò)程中RET重排, RNA核糖核酸,ROS1 ROS 原癌基因 1

 

Expert opinion on NSCLC small specimen biomarker testing - Part 2: Analysis, reporting, and quality assessment.

Penault-Llorca F, Kerr KM, Garrido P, Thunnissen E, Dequeker E, Normanno N, Patton SJ, Fairley J, Kapp J, de Ridder D, Ryška A, Moch H.Virchows Arch. 2022 Jul 20:1-16. doi: 10.1007/s00428-022-03344-1. Online ahead of print.

 

 

 

(責(zé)任編輯:佳學(xué)基因)
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