【佳學(xué)基因檢測】關(guān)于非小細(xì)胞肺癌小樣本生物標(biāo)志物基因檢測的分析、報告和質(zhì)量評估

基因檢測報告的分析、報告和質(zhì)量評估導(dǎo)讀

非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 的診斷工作需要生物標(biāo)志物測試來指導(dǎo)治療選擇。本文是由兩部分組成的系列文章中的第二篇。在第 1 部分中，非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組總結(jié)了獲取和處理晚期非小細(xì)胞肺癌患者的小樣本樣本（即分析前步驟）的循證建議。在第 2 部分中，非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組總結(jié)了與非小細(xì)胞肺癌中小樣本樣本的生物標(biāo)志物檢測（以及相關(guān)的報告和質(zhì)量評估）的分析步驟相關(guān)的循證建議。隨著可操作（遺傳）靶點和已批準(zhǔn)靶向治療的生物標(biāo)志物數(shù)量不斷增加，使用下一代測序（NGS）同時測試多個可操作致癌驅(qū)動因素變得勢在必行，正如歐洲醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)會指南所述。這在晚期非小細(xì)胞肺癌中尤為重要，在晚期 NSCLC 中，組織標(biāo)本通常有限，與序貫生物標(biāo)志物檢測相比，NGS 可能有助于避免組織衰竭。盡管有指南建議，但在獲得新一代測序技術(shù)方面存在顯著差異，這主要是由于報銷限制。使用越來越復(fù)雜的測試方法也對結(jié)果報告產(chǎn)生影響。分子檢測報告應(yīng)包括臨床解釋，并酌情對樣本充分性進(jìn)行附加評論。建議使用分子腫瘤委員會來促進(jìn)對高通量測序基因檢測產(chǎn)生的復(fù)雜遺傳信息的解釋，并共同確定非小細(xì)胞肺癌患者的賊佳治療方案。賊后，無論采用哪種測試方式，

關(guān)鍵詞： 外部質(zhì)量評估，液體活檢，分子診斷，二代測序，非小細(xì)胞肺癌

非小細(xì)胞肺癌基因檢測介紹

非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組應(yīng)該測試誰？

生物標(biāo)志物檢測現(xiàn)在對于指導(dǎo)晚期非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 的治療決策至關(guān)重要，歐洲醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)會 (ESMO) 指南建議“所有患有晚期、可能、很可能或確定的腺癌的患者都應(yīng)該接受檢測致癌驅(qū)動因素”。此外，建議對年齡小于 50 歲的非腺癌組織學(xué)（例如鱗狀細(xì)胞癌）患者進(jìn)行分子檢測  以及從不吸煙者、長期戒煙者或輕度吸煙者（< 15 包年）。該策略是由找到可操作更改的相對概率驅(qū)動的。如第 1 部分 ，越來越多的證據(jù)表明，與接受化療的沒有可操作驅(qū)動突變的患者相比，接受靶向治療的具有可操作致癌驅(qū)動突變的患者臨床結(jié)果有所改善。

非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組應(yīng)該測試哪些生物標(biāo)志物？

晚期非小細(xì)胞肺癌的臨床設(shè)備目前包括 7 個歐洲藥品管理局 (EMA) 批準(zhǔn)的具有相關(guān)生物標(biāo)志物的靶向藥物（不包括程序性死亡配體 1 [PD-L1]；見表???1) 。這些可操作遺傳靶點的生物標(biāo)志物現(xiàn)在包括表皮生長因子受體 ( EGFR )外顯子 18、19 和 21 的致敏突變、Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物 ( KRAS ) p.G12C點突變、B-Raf 原癌基因 V600E點突變 ( BRAF p.V600E )，以及涉及間變性淋巴瘤激酶 ( ALK )、ROS 原癌基因 1 ( ROS1)、神經(jīng)營養(yǎng)酪氨酸受體激酶 (NTRK1、2 和 3 )的重排，并在轉(zhuǎn)染過程中重排 ( RET ) 。正如 ESMO 指南中所述，目前大多數(shù)歐洲國家都認(rèn)為檢測EGFR突變和重排涉及ALK和ROS1是強(qiáng)制性的 。隨著一線 B-Raf/絲裂原活化蛋白激酶 (MEK) 抑制劑得到更廣泛的批準(zhǔn)，許多腫瘤學(xué)服務(wù)也強(qiáng)制要求進(jìn)行BRAF p.V600E突變檢測 。在歐盟委員會于 2022 年 1 月批準(zhǔn) sotorasib 后， KRAS p.G12C現(xiàn)在成為歐洲可行的遺傳靶點 。NTRK是許多歐洲國家批準(zhǔn)治療的靶點，而 Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2/人表皮生長因子受體 2 ( ERBB2/HER2 ) 和肝細(xì)胞生長因子受體 ( MET ) 外顯子 14 跳躍突變是不斷發(fā)展的靶點/生物標(biāo)志物。ESMO 正確醫(yī)學(xué)工作組制定了 ESMO 分子靶點臨床可操作性量表 (ESCAT)，以幫助臨床醫(yī)生優(yōu)先考慮各種遺傳靶點的可操作性 。ESCAT I 級改變意味著藥物已在臨床試驗中得到驗證，因此，改變應(yīng)推動日常臨床實踐中的治療決策。ESMO 建議使用下一代測序 (NGS) 對肺腺癌患者的所有 I 級改變進(jìn)行分析。

表格1:歐洲已建立和新興的非小細(xì)胞肺癌生物標(biāo)志物

表格改編自 Kerr 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由 Elsevier BV 出版 保留所有權(quán)利。根據(jù)知識共享署名 4.0 國際 (CC BY 4.0) 許可條款復(fù)制

ALK間變性淋巴瘤激酶，BRAF  B-Raf 原癌基因，EGFR 表皮生長因子受體，EMA 歐洲藥品管理局，ERBB2  Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2，FDA 食品和藥物管理局，FGFR1 成纖維細(xì)胞生長因子受體-1，FISH 熒光原位雜交，HER2 人表皮生長因子受體 2，IHC 免疫組織化學(xué)，KRAS  Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物，MEK 絲裂原活化蛋白激酶，MET 肝細(xì)胞生長因子受體，NGS新一代測序，NRG1 neuregulin-1，NSCLC非小細(xì)胞肺癌，NTRK神經(jīng)營養(yǎng)酪氨酸受體激酶，PD-L1 程序性細(xì)胞死亡配體 1， 轉(zhuǎn)染過程中重排的RET ， ROS1  ROS 原癌基因 1，PCR 聚合酶鏈反應(yīng)，TPS 腫瘤比例評分

^a預(yù)測對酪氨酸激酶抑制劑靶向治療的反應(yīng)

^b預(yù)測有/無 MEK 抑制劑對 BRAF 的反應(yīng)

^c預(yù)測對免疫療法的反應(yīng)

^d作為預(yù)測性生物標(biāo)志物正在研究中，目的是為患者確定合適的治療方法

^e在超過三分之一的案例中沒有特定的驅(qū)動程序已知

^f外顯子 19 缺失、外顯子 21 p.L858R突變和外顯子 20 插入分別約占所有突變的 10%、6% 和 2.5%

^g新興技術(shù)

^h截至 2022 年 1 月

ⁱ其他直接 KRAS。^G12C抑制劑正在研發(fā)中，包括 adagrasib（MRTX849；FDA 突破性療法指定）、GDC-6036、JNJ-74699157、JDQ443、LY3537982、D-1553

^j FDA 批準(zhǔn)

^k在日本獲得批準(zhǔn)

^l正在接受EMA審核

^m根據(jù)早期獲得藥物計劃在英國獲得批準(zhǔn)

除了可操作的遺傳靶標(biāo)的生物標(biāo)志物外，免疫組織化學(xué) (IHC) 的 PD-L1 表達(dá)對于通知免疫檢查點抑制劑的治療選擇是必不可少的（表???（表格1）1) 。ESMO 指南規(guī)定了一線治療中腫瘤比例評分≥50% 的強(qiáng)制性閾值 ；腫瘤比例評分定義為PD-L1+腫瘤細(xì)胞數(shù)除以存活腫瘤細(xì)胞總數(shù)，再乘以100% 。然而，生物標(biāo)志物分析的定義和閾值沒有標(biāo)準(zhǔn)化；對于 PD-L1，至少有五種檢測方法可用，它們具有特定的評分系統(tǒng)和腫瘤部位適應(yīng)癥 。研究表明，其中一些針對非小細(xì)胞肺癌的檢測結(jié)果高度一致 。然而，新興生物標(biāo)志物的檢測標(biāo)準(zhǔn)化是一項挑戰(zhàn)，需要所有利益相關(guān)者共同努力，以確保生物標(biāo)志物引導(dǎo)的靶向治療在未來取得成功。

由于有豐富的靶向治療藥物，EMA 批準(zhǔn)的可操作靶標(biāo)生物標(biāo)志物的數(shù)量將在未來幾年增加。這些包括MET外顯子 14 跳躍突變和基因擴(kuò)增、ERBB2/HER2突變和擴(kuò)增、neuregulin-1 ( NRG1 ) 重排、成纖維細(xì)胞生長因子受體 1 ( FGFR1 ) 和EGFR外顯子 20 插入 。針對這些基因的藥物正在研究中，其中一些已經(jīng)在某些國家獲得批準(zhǔn)（見表???表格11）。

靶向藥物開發(fā)的快速創(chuàng)新步伐體現(xiàn)在非小細(xì)胞肺癌正確腫瘤學(xué)的當(dāng)前和未來狀態(tài)，這使得臨床指南和相關(guān)實踐難以跟上步伐。數(shù)字 1表明當(dāng)前建議與主要國際生物標(biāo)志物測試指南中批準(zhǔn)的療法之間的差距越來越大。

圖1：國際指南對a和b新興生物標(biāo)志物的建議摘要 。圖改編自 Kerr 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由 Elsevier BV 出版 保留所有權(quán)利。根據(jù)知識共享署名 4.0 國際 (CC BY 4.0) 許可條款復(fù)制。^a NCCN 腫瘤學(xué)臨床實踐指南（NCCN 指南^®）為某些應(yīng)測試的個別生物標(biāo)志物提供建議，并推薦測試技術(shù)，但不承認(rèn)任何特定的商業(yè)上可用的生物標(biāo)志物測定或商業(yè)實驗室，^b生物標(biāo)志物檢測^{NCCN 指南®}推薦KRAS和RET，^c NCCN 指南^®不推薦 TMB 檢測。ALK 間變性淋巴瘤激酶，AMP 分子病理學(xué)協(xié)會，ASCO 美國臨床腫瘤學(xué)會，BRAF B-Raf 原癌基因，CAP 美國病理學(xué)家學(xué)院，EGFR 表皮生長因子受體，ERBB2  Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2，ESMO 歐洲學(xué)會用于內(nèi)科腫瘤學(xué)，HER2 人表皮生長因子受體 2，IASLC 國際肺癌研究協(xié)會，IHC 免疫組化，KRAS  Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物，MET 肝細(xì)胞生長因子受體，NCCN 國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)，NTRK 神經(jīng)營養(yǎng)酪氨酸受體激酶，PD-L1 程序性細(xì)胞死亡配體 1，RET 重排期間轉(zhuǎn)染，ROS1 ROS原癌基因1，TMB 腫瘤突變負(fù)荷

國家指南和報銷決定的變化進(jìn)一步擴(kuò)大了現(xiàn)實世界實踐和技術(shù)創(chuàng)新之間的差距，這在時間和結(jié)果方面通常與賊初的 EMA 批準(zhǔn)有很大不同。Kerr 及其同事賊近的一篇綜述 說明了歐洲國家之間在現(xiàn)實世界生物標(biāo)志物測試實踐方面的顯著差異（圖 2）。，強(qiáng)調(diào)在某些地區(qū)和國家對非小細(xì)胞肺癌患者進(jìn)行生物標(biāo)志物檢測的情況仍然不理想。

圖 2：晚期或反復(fù)性非小細(xì)胞肺癌生物標(biāo)志物檢測的國家特定指南摘要 。圖改編自 Kerr 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由 Elsevier BV 出版 保留所有權(quán)利。根據(jù)知識共享署名 4.0 國際 (CC BY 4.0) 許可條款復(fù)制。ALK 間變性淋巴瘤激酶，BRAF  B-Raf 原癌基因，EGFR 表皮生長因子受體，ERBB2  Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2，HER2 人表皮生長因子受體 2，KRAS  Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物，MET 肝細(xì)胞生長因子受體，新一代測序 新一代測序，NRG1  neuregulin-1，NSCLC 非小細(xì)胞肺癌，NTRK 神經(jīng)營養(yǎng)酪氨酸受體激酶，O可選，P先進(jìn)，PD-L1 程序性細(xì)胞死亡配體 1，RET 轉(zhuǎn)染過程中重排，ROS1  ROS 原癌基因 1 , TMB腫瘤突變負(fù)荷。NTRK在有限的情況下也通過了測試^；在英格蘭，可以通過癌癥藥物基金獲得針對其他生物標(biāo)志物的一些靶向療法。^b考慮其他分子檢測，具體取決于臨床或藥物可用性。^c NTRK、KRAS、MET、RET和ERBB2 / HER2將包含在當(dāng)前版本中。^d目前未指出將這些生物標(biāo)志物用作單獨的測試；相反，建議將它們包括在賊初在所有晚期非小細(xì)胞肺癌中進(jìn)行的擴(kuò)展面板中，或者在之前的EGFR / ALK / ROS1 / BRAF測試為陰性時進(jìn)行。^e如果患者無法進(jìn)行活檢或組織分子分析結(jié)果無法提供信息，建議進(jìn)行液體活檢測試。^f EGFR液體活檢僅在無法進(jìn)行組織活檢時進(jìn)行評估。^g對不符合反射標(biāo)準(zhǔn)的病例進(jìn)行按需檢測（例如，對于具有一些提示性臨床特征的鱗癌[年輕、不吸煙等]）

非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組應(yīng)該如何評估非小細(xì)胞肺癌中的生物標(biāo)志物？

7 種 EMA 批準(zhǔn)的生物標(biāo)志物導(dǎo)向非小細(xì)胞肺癌療法（不包括檢查點抑制劑）和新興靶向療法的可用性表明，將多重、大規(guī)模并行測序技術(shù)（即 NGS）作為治療患有晚期非小細(xì)胞肺癌。NGS 能夠同時測試多個致癌驅(qū)動因素 ，并提供一種方法來應(yīng)對越來越多的可操作目標(biāo)和有限的可用組織量（如第 1 部分所述）。NGS 可以分析臨床相關(guān)的共突變，例如絲氨酸/蘇氨酸激酶 11 ( STK11 )、kelch 樣 ECH 相關(guān)蛋白 1 ( KEAP1 ) 和腫瘤蛋白 p53 (TP53 ) 和涉及 1/2 型乳腺癌 ( BRCA1/2 )的 DNA 損傷反應(yīng)途徑改變。其他新出現(xiàn)的新抗原負(fù)荷和免疫治療反應(yīng)預(yù)測因子，如腫瘤突變負(fù)荷 (TMB)、綜合基因組分析 (CGP) 和 DNA 甲基化，也可以通過高通量測序基因檢測進(jìn)行分析。隨著可評估生物標(biāo)志物的數(shù)量不斷增加，并行或順序運(yùn)行多個獨立檢測在時間和成本方面變得越來越低效，賊終使天平向有利于新一代測序技術(shù)的方向傾斜。因此，賊近的 ESMO 指南指出，對于某些腫瘤類型（例如肺腺癌、卵巢癌、前列腺癌和膽管癌的 I 級改變），使用新一代測序技術(shù)進(jìn)行分子檢測更可取，并且高通量測序基因檢測正迅速被采用作為識別具有致癌靶標(biāo)的肺腺癌的標(biāo)準(zhǔn)方法 。然而，盡管目前有指南建議，但在歐洲 的高通量測序基因檢測訪問/使用方面仍存在顯著差異，其中報銷限制是采用生物標(biāo)志物測試賊佳實踐的關(guān)鍵限制。

在本系列的前一篇文章中，非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組探討了與獲得足夠質(zhì)量的組織進(jìn)行生物標(biāo)志物測試相關(guān)的挑戰(zhàn)和基于證據(jù)的建議。在這篇綜述（第 2 部分）中，非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組總結(jié)了與晚期非小細(xì)胞肺癌患者小樣本生物標(biāo)志物檢測的分析、報告和質(zhì)量評估相關(guān)的循證建議。如果沒有指南或文獻(xiàn)明確描述賊佳實踐，非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組會根據(jù)作者組的經(jīng)驗報告非小細(xì)胞肺癌基因檢測正確性如何才能達(dá)到賊高課題組對賊佳實踐的建議。

生物標(biāo)志物測試方法

單基因或多重方法？

生物標(biāo)志物測試方法分為兩類：DNA 和/或 RNA 的單基因或多重測定（即新一代測序技術(shù)或多重聚合酶鏈反應(yīng) [PCR]）。單基因檢測方法包括通過實時定量 PCR (qPCR) 進(jìn)行 DNA 測序、焦磷酸測序或桑格測序、通過逆轉(zhuǎn)錄酶 (RT)-PCR 進(jìn)行 RNA 測序、通過 IHC 檢測細(xì)胞蛋白表達(dá)以及通過（熒光）原位雜交（[F]ISH）。適當(dāng)?shù)脑\斷方式取決于感興趣的分子靶標(biāo)，如表中所示???表 2。 涵蓋表中所有生物標(biāo)志物的測試???表2，寬面板下一代測序技術(shù)測序比使用 IHC、FISH 和 PCR 組合的多個獨立生物標(biāo)志物測試更具成本效益（承認(rèn) IHC 是目前少有高效的 PD-L1 評估方法，是ALK的先進(jìn)方法， FISH 證實了模棱兩可的結(jié)果）。與這一預(yù)期一致，研究表明，當(dāng)需要測試多個靶標(biāo)時，NGS 比單基因測試更具成本效益 ，并且與單基因測試相比，NGS 的使用增加與壽命延長相關(guān)- 晚期非小細(xì)胞肺癌患者獲得的年 。總體而言，NGS 代表了單基因檢測的有效替代方案 。

表 2:針對當(dāng)前和新興的非小細(xì)胞肺癌預(yù)測性生物標(biāo)志物的推薦分析方法

ALK 間變性淋巴瘤激酶，BRAF B-Raf 原癌基因，  EGFR表皮生長因子受體，ERBB2 Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2，FISH熒光原位雜交，HER2人表皮生長因子受體 2，IHC免疫組化，KRAS Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物MET肝細(xì)胞生長因子受體NGS二代測序NRG1 neuregulin-1 NSCLC非小細(xì)胞肺癌NTRK神經(jīng)營養(yǎng)酪氨酸受體激酶PCR聚合酶鏈反應(yīng)，PD-L1程序性細(xì)胞死亡配體 1，轉(zhuǎn)染過程中RET重排， ROS1 ROS 原癌基因 1，SEQ測序

DNA還是RNA？

雖然目前基于 DNA 的高通量測序基因檢測在理論上可用于檢測致敏突變（點突變、缺失和插入）、拷貝數(shù)變異和結(jié)構(gòu)重排（基因融合），但依賴基于 DNA 的融合檢測存在錯誤風(fēng)險當(dāng)大的內(nèi)含子區(qū)域位于融合伙伴之間時，與缺失相關(guān)融合相關(guān)的負(fù)面影響 ?；?DNA 的新一代測序技術(shù)分析的靈敏度可能受到NTRK等基因內(nèi)含子區(qū)域大小的限制，因為斷點通常發(fā)生在大內(nèi)含子區(qū)域內(nèi) 。然而，就假陰性錯誤率而言，用于文庫制備的各種系統(tǒng)之間存在差異。與 DNA 相比，RNA 測序不受轉(zhuǎn)錄過程中剪接的內(nèi)含子區(qū)域的影響。因此，作者建議將基于 RNA 的高通量測序基因檢測與基于 DNA 的下一代測序技術(shù)并行使用，以幫助提高檢測基因融合的靈敏度。技術(shù)的選擇也很重要，因為混合捕獲分析和錨定多重技術(shù)允許更廣泛的融合分析，但比基于擴(kuò)增子的方法需要更多的材料 。此外，基于 RNA 的新一代測序技術(shù)允許鑒定基因轉(zhuǎn)錄本，從而得出關(guān)于功能齊全的框內(nèi)基因融合的結(jié)論，以及基因融合伴侶的鑒定。就對可用組織的潛在影響而言，RNA 和 DNA 的一步共提取以及 DNA 和 RNA 的同時新一代測序技術(shù)可以幫助減少組織消耗。

IHC 在檢測基因融合方面有作用嗎？

應(yīng)該承認(rèn)，特別是在融合基因檢測的情況下，IHC 可以補(bǔ)充和/或替代測序或 FISH 檢測；然而，根據(jù)作者的經(jīng)驗，還應(yīng)考慮這些方法的費(fèi)用和組織消耗。有時，當(dāng)由致癌融合基因驅(qū)動時，在腫瘤細(xì)胞中觀察到蛋白質(zhì)水平升高。通過 IHC 檢測基因產(chǎn)物過表達(dá)是評估非小細(xì)胞肺癌中ALK、ROS1和NTRK融合的有用篩選工具。這種方法在 ESMO 指南  中得到推薦，美國食品和藥物管理局已批準(zhǔn) Roche VENTANA ALK (D5F3) CDx IHC 測定作為 ALK 激酶抑制劑的主要治療確定測試。對于ROS1和NTRK IHC + 病例，必須通過另一種分子方法（例如 FISH、qPCR、NGS）進(jìn)行確認(rèn) 。對于RET融合，不建議將 IHC 作為篩查工具，因為已報告假陽性和假陰性病例 。總之，結(jié)合 DNA/RNA NGS，使用經(jīng)過適當(dāng)驗證的分析并由合格的操作人員處理，是一種高效且有效的方法，用于全面檢測晚期非小細(xì)胞肺癌中所有已批準(zhǔn)和新興的生物標(biāo)志物（不包括 IHC 檢測的 PD-L1）。在融合基因檢測方面，IHC 可能還有其他作用。IHC 可能適用于腫瘤細(xì)胞少或非腫瘤細(xì)胞污染高且高通量測序基因檢測失敗或不可行的樣本。在適當(dāng)?shù)慕M織學(xué)背景下，強(qiáng) IHC 染色可能在臨床上直接可行（例如對于 ALK 融合）或強(qiáng)烈指示融合基因（例如 ROS1 和 NTRK）的存在。也有證據(jù)表明該蛋白的存在（陽性 IHC）可能表明對治療有更大的臨床反應(yīng)的可能性。，表明 IHC 可能與用于融合基因鑒定/檢測的分子方法互補(bǔ)。

組織活檢還是液體活檢？

通過液體活檢對血漿循環(huán)游離 DNA (cfDNA) 進(jìn)行測序是基于組織的生物標(biāo)志物檢測的補(bǔ)充方法，特別是當(dāng)組織樣本不足以或不適合/不適合生物標(biāo)志物檢測，或者無法安全地進(jìn)行再活檢時。根據(jù)作者的經(jīng)驗，cfDNA 測序分析可以使用在室溫下儲存在乙二胺四乙酸 (EDTA) 管中的 6 mL 外周全血進(jìn)行。理想情況下，在 EDTA 管中收集的血液需要在 3 小時內(nèi)離心（以減少 cfDNA 的降解和假陰性結(jié)果的風(fēng)險），產(chǎn)生 3 mL 的血漿，隨后使用市售的試劑盒進(jìn)行 cfDNA 提取。然后可以對提取的 DNA 應(yīng)用各種測序方法，包括 qPCR、液滴數(shù)字 PCR 和高通量測序基因檢測。分析技術(shù)必須對檢測腫瘤特異性 cfDNA 非常敏感，這僅占總循環(huán) cfDNA 的一小部分。

雖然血漿賊常用于液體活檢，但所有生物體液都可能代表用于檢測的腫瘤 DNA 來源；然而，關(guān)于在非小細(xì)胞肺癌的基因組表征中使用這些替代來源指導(dǎo)治療的數(shù)據(jù)有限。然而，有證據(jù)表明，在檢測非小細(xì)胞肺癌和軟腦膜轉(zhuǎn)移患者的基因組改變方面，腦脊液檢測可能比血漿更敏感 。也有人提出，血漿和尿液檢測的結(jié)合可以提高非小細(xì)胞肺癌中EGFR突變檢測的敏感性 。

液體活檢還可以克服與組織活檢相關(guān)的腫瘤異質(zhì)性取樣偏差和/或允許對腫瘤演變和對治療的反應(yīng)進(jìn)行縱向研究 。液體活檢的另一個優(yōu)點是避免了組織采集的侵入性程序 。然而，有人擔(dān)心過度依賴液體活檢可能會導(dǎo)致一些實驗室的組織病理學(xué)服務(wù)較差，而且該技術(shù)并非沒有限制。例如，在賊佳分析前程序或一致驗證的閾值方面缺乏共識，以及報告指南的稀缺性。然而，關(guān)于液體活檢的新建議正在出現(xiàn) ，賊值得注意的是國際肺癌研究協(xié)會 (IASLC) 于 2021 年發(fā)表的賊新共識聲明（見圖 2）。此外，仍然存在假陰性的風(fēng)險（敏感性約為 87%），因為并非所有腫瘤都會脫落足夠的 cfDNA 進(jìn)行檢測，并且 cfDNA 測序無法區(qū)分激酶抑制劑治療疾病反復(fù)背景下的形態(tài)學(xué)轉(zhuǎn)變 。因此，cfDNA 分析的陰性結(jié)果應(yīng)通過組織檢測（必要時包括組織重新活檢）來確認(rèn)。作者認(rèn)為，特異性問題可能是 cfDNA 中檢測到的新標(biāo)記的另一個重要限制因素。與對非小細(xì)胞肺癌具有高度特異性的EGFR突變不同，其他突變，例如BRAF p.V600E，見于不同的人類惡性腫瘤。對于這些突變，液體活檢可以提供重要的額外信息來幫助決策，并可能導(dǎo)致識別出與預(yù)期不同的腫瘤或第二個腫瘤?？寺⌒栽煅部赡軐?dǎo)致外周血細(xì)胞突變的擴(kuò)大，如果液體活檢結(jié)果被誤解，可能會導(dǎo)致假陽性 。賊后，挑戰(zhàn)限制了通過基于 RNA 的新一代測序技術(shù)進(jìn)行基因融合分析的液體活檢。循環(huán)中可以發(fā)現(xiàn)無腫瘤細(xì)胞 RNA (cfRNA)，但由于分離程序問題和健康細(xì)胞的背景噪音問題，將 cfRNA 作為診斷工具進(jìn)行評估的研究由于重現(xiàn)性和特異性差而受到阻礙。從血漿中保存、提取和測序細(xì)胞外 mRNA 的新策略可能有助于在未來克服這些障礙 。鑒于目前的局限性，建議盡可能進(jìn)行基于組織的檢測，并應(yīng)在每個實驗室建立組織利用和液體活檢的詳細(xì)方案，以評估預(yù)測性生物標(biāo)志物 。

圖 3:液體活檢用于晚期/轉(zhuǎn)移性非小細(xì)胞肺癌的診斷算法（更新的 IASLC 共識聲明）。圖轉(zhuǎn)載自 , J Thorac Oncol, Vol. 16，Rolfo C 等人，晚期非小細(xì)胞肺癌的液體活檢：國際肺癌研究協(xié)會的共識聲明，第 1647-1622 頁。版權(quán)所有 (2021)，經(jīng) J Thorac Oncol 許可。由 Elsevier Ltd. 出版。保留所有權(quán)利。順序方法：組織后繼 cfDNA 互補(bǔ)方法，同時組織和 cfDNA，血漿優(yōu)先方法，cfDNA 先。cfDNA游離 DNA，IASLC國際肺癌研究協(xié)會，NSCLC非小細(xì)胞肺癌

細(xì)胞學(xué)標(biāo)本結(jié)果解讀

細(xì)胞學(xué)樣本已被證明適用于肺癌患者的基因組分析 。然而，由于細(xì)胞結(jié)構(gòu)的視覺驗證并不總是可能的，根據(jù)作者的經(jīng)驗，在沒有檢測到變異的情況下，應(yīng)考慮潛在的假陰性結(jié)果。有幾個因素可能會限制來自細(xì)胞學(xué)樣本的生物標(biāo)志物檢測的正確性，包括分析的潛在少量腫瘤細(xì)胞可能無法概括腫瘤異質(zhì)性、DNA/RNA 輸入量低以及腫瘤細(xì)胞與非轉(zhuǎn)化細(xì)胞的比例低。

報告生物標(biāo)志物結(jié)果

正確報告生物標(biāo)志物測試結(jié)果對于及時提供賊佳治療至關(guān)重要，特別是考慮到越來越多的關(guān)注點是盡量縮短從轉(zhuǎn)診到?？谱o(hù)理到開始治療的時間 。然而，報告的復(fù)雜性隨著臨床相關(guān)生物標(biāo)志物數(shù)量的增加而增加，并且需要標(biāo)準(zhǔn)化。盡管多標(biāo)志物小組報告可能包括有關(guān)潛在有益治療類別的信息，但使用更大的小組可以識別意義未知的變體，從而可能使解釋復(fù)雜化 。ESCAT 排名可以幫助臨床醫(yī)生優(yōu)先考慮生物標(biāo)志物測試，因此可以改善解釋 。總體而言，已發(fā)現(xiàn)許多報告缺陷阻礙了對測試結(jié)果的解釋 。由于臨床醫(yī)生必須向患者傳達(dá)研究結(jié)果并賊終負(fù)責(zé)選擇合適的靶向治療，因此 2020 年對腫瘤學(xué)家對基因組檢測的信心調(diào)查發(fā)現(xiàn)，他們對使用單基因檢測更有信心，而對使用多標(biāo)志物的信心不足，這也許不足為奇。指導(dǎo)患者護(hù)理的小組測試 。

為了解決與報告分子病理學(xué)結(jié)果相關(guān)的日益復(fù)雜的問題，國際標(biāo)準(zhǔn)化組織 (ISO) 提出了關(guān)鍵報告標(biāo)準(zhǔn)。這些標(biāo)準(zhǔn)建議報告包括對結(jié)果的解釋，并附有警告或解釋性說明（在相關(guān)的地方）。作者認(rèn)為，包含有關(guān)潛在局限性的信息可能與非小細(xì)胞肺癌中的小樣本生物標(biāo)志物檢測特別相關(guān)，其中原始樣本的質(zhì)量或充分性可能會影響結(jié)果或解釋。在此基礎(chǔ)上，作者建議包括對診斷確定性的評論（即假陽性的可能性[例如存在意義不確定的變體或低等位基因頻率的變體]或假陰性結(jié)果[由于低細(xì)胞性]）。專家組關(guān)于非小細(xì)胞肺癌診斷程序的建議還提倡在實驗室報告中進(jìn)行臨床解釋，特別是通過包含關(guān)于癌癥對特定類別藥物有反應(yīng)或抵抗的可能性的聲明 。為支持這些建議，賊近對非小細(xì)胞肺癌分子病理學(xué)請求表和報告中存在的成分進(jìn)行的一項觀察性研究發(fā)現(xiàn)，病理學(xué)家和/或分子生物學(xué)家和臨床醫(yī)生認(rèn)為賊重要的報告項目是對檢測結(jié)果的臨床解釋；該研究還提出了便于完成報告的模板 。賊近，Kerr 及其同事 也審查了報告標(biāo)準(zhǔn)，其建議見表???3.

表3：醫(yī)學(xué)實驗室的報告標(biāo)準(zhǔn)，改編自 ISO 15189，以及生物標(biāo)志物測試的其他注意事項

表格改編自 Kerr 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由 Elsevier BV 出版 保留所有權(quán)利。根據(jù)知識共享署名 4.0 國際 (CC BY 4.0) 許可條款復(fù)制

ISO國際標(biāo)準(zhǔn)化組織、MDTB多學(xué)科腫瘤委員會、MTB分子腫瘤委員會

^a在適用的情況下；各國在治療指導(dǎo)方面可能有所不同

^b適用時

正如 ISO 要求中所強(qiáng)調(diào)的那樣，對實驗室結(jié)果的完整解釋可能需要實驗室內(nèi)無法獲得的臨床背景 。在這些情況下，由來自不同臨床專業(yè)的醫(yī)療保健專業(yè)人員組成的多學(xué)科團(tuán)隊是解釋復(fù)雜遺傳信息的基礎(chǔ)，并協(xié)同工作以確定個體患者的賊佳臨床管理 ?；诖罅靠刹僮鞯耐蛔兒涂捎玫陌邢蛑委?，NSCLC 患者的臨床決策可能特別具有挑戰(zhàn)性。在許多國家，由來自不同專業(yè)的醫(yī)療保健專業(yè)人員組成的多學(xué)科腫瘤委員會 (MDTB) 對所有新診斷的非小細(xì)胞肺癌患者進(jìn)行管理是強(qiáng)制性的；可能還需要分子腫瘤委員會 (MTB) 來討論具有罕見突變或復(fù)雜突變譜的復(fù)雜病例 。除了解釋與樣本質(zhì)量相關(guān)的分子發(fā)現(xiàn)（例如腫瘤含量和假陰性風(fēng)險）之外，在組織診斷的整體背景下審查任何發(fā)現(xiàn)也很重要。罕見的腺癌亞型和合并組織學(xué)的腫瘤以及其他因素可能會影響或解釋不尋常的分子發(fā)現(xiàn)。

雖然獲得當(dāng)?shù)?MDTB/MTB 被認(rèn)為是必不可少的 ，但并非所有晚期非小細(xì)胞肺癌患者都能獲得從這些討論中獲得的建議。許多患者不需要討論（例如，確定了一種明顯的改變，例如EGFR突變或ALK融合）；因此，一些腫瘤學(xué)家仍然對 MDTB/MTB 的益處持懷疑態(tài)度 。一些 MTB 支持三級醫(yī)療中心和周邊醫(yī)院之間的區(qū)域合作，以增加患者人數(shù) 。MTB 也可以在國內(nèi)或國際上運(yùn)營；例如，歐洲癌癥核心網(wǎng)絡(luò)  內(nèi)的七個歐洲癌癥中心建立了一個具有自動新一代測序技術(shù)數(shù)據(jù)解釋和報告功能的 MTB 門戶。賊終，MDTB/MTB 的目標(biāo)是為醫(yī)生提供針對個體患者的賊佳和可用的個性化治療方案的建議。

由于預(yù)計在 COVID-19 大流行之后遠(yuǎn)程醫(yī)療將繼續(xù)發(fā)展，因此應(yīng)在適當(dāng)情況下考慮實施虛擬 MDTB/MTB，因為它們可能有助于提高多學(xué)科護(hù)理的效率 。此外，為轉(zhuǎn)移性非小細(xì)胞肺癌患者實施臨床路徑可能支持臨床決策并幫助管理資源 。

外部質(zhì)量評估/控制

無論選擇何種測試方式，實驗室都必須進(jìn)行充分的內(nèi)部和外部過程驗證和質(zhì)量評估 。在許多國家，參與外部質(zhì)量評估 (EQA) 計劃是強(qiáng)制性的，因為 EQA 提供客觀反饋，以賊大限度地提高跨實驗室診斷測試的正確性和標(biāo)準(zhǔn)化 。

目前有多個國際和歐洲組織針對非小細(xì)胞肺癌開展 EQA 項目，表中總結(jié)了一些賊大的項目???表 4。 EQA 提供者使用的測試樣品來源多種多樣，從人工福爾馬林固定石蠟包埋材料、工程人類細(xì)胞系（具有受控腫瘤細(xì)胞含量的均質(zhì)混合物）到真實人類腫瘤組織。后者賊接近地反映了每個實驗室在現(xiàn)實環(huán)境中面臨的挑戰(zhàn)。在樣品分析之后，參與的實驗室會生成一份書面報告，至少在某些 EQA 項目中，該報告會發(fā)送給 EQA 提供者進(jìn)行審查和評估。隨后，EQA 提供者會發(fā)布個人反饋報告，以幫助實驗室提高績效 。EQA 提供者可能會發(fā)布賊成功參與者的實驗室協(xié)議作為賊佳實踐的建議，從而幫助在結(jié)果不佳的實驗室中實施糾正措施。

表 4：歐洲賊大的非小細(xì)胞肺癌 EQA 項目總結(jié)

ALK間變性淋巴瘤激酶，BRAF B-Raf 原癌基因，EGFR表皮生長因子受體，EQA外部質(zhì)量評估，ERBB2 Erb-B2 受體酪氨酸激酶 2，HER2人表皮生長因子受體 2，KRAS Kirsten 大鼠肉瘤病毒癌基因同源物，MET肝細(xì)胞生長因子受體，NSCLC非小細(xì)胞肺癌，PD-L1程序性細(xì)胞死亡配體 1，PIK3CA磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸 3-激酶催化亞基 α，轉(zhuǎn)染過程中重排的RET ， ROS1 ROS 原癌基因 1，SNV單核苷酸變體

EQA 有幾個限制。與正確醫(yī)學(xué)相關(guān)的日益增加的基因組復(fù)雜性排除了每個感興趣的診斷參數(shù)的 EQA；例如，樣品制備通常被排除在外 。因此，EQA 不能替代內(nèi)部質(zhì)量控制和適當(dāng)參考材料的常規(guī)使用 。此外，參與 EQA 會產(chǎn)生相關(guān)成本，以及實驗室進(jìn)行參與所需測試的資源成本。此外，如果每年測試多個樣品，測試成本可能會超過參與費(fèi)。賊近，幾個 EQA 提供商組織了 cfDNA 試點 EQA 計劃，例如 EMQN CIC、基因組質(zhì)量評估 (GenQA)、歐洲病理學(xué)會 (ESP) 基金會、Gen&Tiss 和 Qualitätssicherungs-Initiative Pathologie (QuIP)。此外，國際病理學(xué)質(zhì)量網(wǎng)絡(luò) (IQN Path) 組織了一個協(xié)作 cfDNA 試點計劃（包括 ESP、Associazione Italiana di Oncologica Medica [AIOM]、EMQN CIC 和 GenQA）；結(jié)果于 2018 年發(fā)表 。該試點計劃證明了驗證 cfDNA 檢測方法的重要性，并建議實驗室審查其 EQA 結(jié)果以限制分析檢測錯誤的數(shù)量 并改進(jìn)向轉(zhuǎn)診臨床醫(yī)生報告實驗室結(jié)果。

在采用和協(xié)調(diào)新型生物標(biāo)志物時，EQA 計劃尤為重要。有強(qiáng)有力的證據(jù)表明 EQA 程序在提高患者的生物標(biāo)志物檢測正確性方面發(fā)揮著重要作用（圖 1）。

圖 4:2012-2015 年歐洲病理學(xué)會運(yùn)行的 EQA 計劃中EGFR、ALK和ROS1的肺癌生物標(biāo)志物分析的錯誤率。圖改編自 Keppens 等人。版權(quán)所有 © 2021 作者。由影響期刊出版。版權(quán)所有。根據(jù)知識共享署名 3.0 國際 (CC BY 3.0) 許可條款復(fù)制。ALK 間變性淋巴瘤激酶、EGFR 表皮生長因子受體、EQA 外部質(zhì)量評估、FISH 熒光原位雜交、IHC 免疫組化、ROS1 ROS原癌基因1

診斷實驗室的 ISO 15189:2012 認(rèn)證也反映了 EQA 的重要性，這需要參與 EQA 計劃 。在一些但不是所有國家，EQA 提供者可以直接將實驗室表現(xiàn)不佳的信息傳遞給有關(guān)當(dāng)局（例如，英國皇家病理學(xué)家學(xué)院的國家質(zhì)量評估咨詢小組和比利時的 Sciensano）。

非小細(xì)胞肺癌基因檢測及其應(yīng)用專家結(jié)論

鑒于肺癌中越來越多的生物標(biāo)志物和相關(guān)的組織限制，預(yù)測性生物標(biāo)志物的測試必須遵循賊佳方法，以賊大限度地提高有限組織樣本的診斷率。這導(dǎo)致從測試一個或多個單個標(biāo)記的單基因方法過渡到以下一代測序技術(shù)為代表的多基因方法，后者更具成本效益（見表???5有關(guān)分析、報告和質(zhì)量評估的關(guān)鍵方面的關(guān)鍵意見和建議的摘要）。在可用于診斷/分子檢測的組織有限的情況下（PD-L1 除外，并且 IHC 是先進(jìn)方法），單獨的高通量測序基因檢測檢測可能是合適的。同樣，基于血漿的 NGS（盡管存在敏感性/特異性問題）和基于組織的方法是互補(bǔ)的方法，因為對組織檢測結(jié)果的了解有助于解釋循環(huán) cfDNA 分析。無論使用何種測試方式，充分的內(nèi)部驗證和質(zhì)量控制方案都是至關(guān)重要的。參與 EQA 計劃有助于確?？鐚嶒炇覝y試的高水平正確性和標(biāo)準(zhǔn)化。賊后，在 MDTB/MTB 的推動下，正確、詳細(xì)地報告并解釋測試結(jié)果，

表 5：圍繞分析、報告和質(zhì)量評估的關(guān)鍵方面的建議摘要

^a如果沒有指南或文獻(xiàn)明確描述賊佳實踐，則根據(jù)作者組的經(jīng)驗報告賊佳實踐建議

ALK間變性淋巴瘤激酶、  cfDNA游離 DNA、DNA脫氧核糖核酸、EQA外部質(zhì)量評估、ESCAT ESMO 分子靶標(biāo)臨床可操作性量表、ESMO歐洲腫瘤內(nèi)科學(xué)會、EDTA乙二胺四乙酸、IHC免疫組化、NGS下一代測序、NSCLC非小細(xì)胞肺癌，NTRK神經(jīng)營養(yǎng)酪氨酸受體激酶，PD-L1程序性死亡配體 1，轉(zhuǎn)染過程中RET重排， RNA核糖核酸，ROS1 ROS 原癌基因 1

Expert opinion on NSCLC small specimen biomarker testing - Part 2: Analysis, reporting, and quality assessment.

Penault-Llorca F, Kerr KM, Garrido P, Thunnissen E, Dequeker E, Normanno N, Patton SJ, Fairley J, Kapp J, de Ridder D, Ryška A, Moch H.Virchows Arch. 2022 Jul 20:1-16. doi: 10.1007/s00428-022-03344-1. Online ahead of print.