【佳學(xué)基因檢測】TP63相關(guān)疾病譜基因解碼、基因檢測怎么預(yù)約解讀?
遺傳病、罕見病基因檢測導(dǎo)讀:
TP63相關(guān)疾病譜是英文TP63-Related Spectrum Disorders的中文翻譯。這是一類由TP63基因突變引起的疾病。該基因編碼p53家族轉(zhuǎn)錄因子之一。p53家族蛋白的功能區(qū)域包括一個N末端轉(zhuǎn)錄激活區(qū)、一個中央DNA結(jié)合區(qū)和一個寡聚區(qū)。該基因通過采用可變剪接機制、選擇使用不同的啟動子從而產(chǎn)生具有不同基因信息異構(gòu)體,它們在功能上有所不同。這些異構(gòu)體在皮膚的發(fā)育和維護、成年干/祖細胞的調(diào)控、心臟發(fā)育和早衰過程中發(fā)揮作用。一些異構(gòu)體通過消除存在DNA損傷的卵母細胞或睪丸生殖細胞來保護個體的生殖細胞。該基因的突變可導(dǎo)致外胚層發(fā)育不全和唇/腭裂綜合癥3 型(EEC3)、手/足裂畸形4 型(SHFM4)、眼瞼粘連-外胚層缺陷-唇裂/腭裂綜合癥、ADULT綜合癥 (指端皮膚-甲緣-淚腺-牙齒)、肢體-乳腺綜合癥、Rap-Hodgkin綜合癥 (RHS) 和口腔頜面裂8型等基因病。需通過婚前孕致病基因鑒定基因解碼阻斷該基因突變引起的遺傳病??梢酝ㄟ^基因檢測阻止TP63相關(guān)疾病譜在后代或者二胎中的出現(xiàn)。根據(jù)《人的基因序列變化與人體疾病表征》,TP63是多種疾病的致病基因。為確何在相關(guān)疾病的檢測中包含該基因,致病基因鑒定基因檢測應(yīng)選擇基于基因解碼技術(shù)的致病基因鑒定基因解碼。
什么樣的人應(yīng)當做TP63相關(guān)疾病譜基因解碼、基因檢測?
先天性缺指(趾)畸形,外胚層發(fā)育不良和唇裂/腭裂綜合征3型(EEC3)
致病基因鑒定基因解碼將EEC3 ( 604292 ) 的致病基因定位到人類染色體的3q27區(qū)域。先天性缺指(趾)畸形,外胚層發(fā)育不良和唇裂/腭裂綜合征3型(EEC3)是一種常染色體顯性遺傳病,其特征是指趾畸形、外胚層發(fā)育不良和面部裂隙。該區(qū)域的突變還會產(chǎn)生EEC 樣疾病、肢體-乳腺綜合征 (LMS; 603543) 。對基因序列的人體結(jié)構(gòu)與功能的信息破解發(fā)現(xiàn)在LMS/EEC3 區(qū)域的 p63 基因存在沒有血緣關(guān)系的同類型患者中發(fā)現(xiàn)9 個雜合突變,確立了該基因突變與疾病發(fā)生的因果關(guān)系。其中的八個突變導(dǎo)致氨基酸取代,解碼基因突變的結(jié)果表明這8個突變剝奪了正常P63分子所具有的選擇性結(jié)合基因序列并調(diào)節(jié)基因功能的能力。第九個是是移碼突變,使和P63的功能喪失。
裂手/裂足畸形 4型/手裂足裂畸形4型(SHFM4)
在基因解碼確定P63與SHFM4疾病發(fā)生的因果關(guān)系的過程中,致病基因鑒定過程分析了 2 個多代SHFM4患者家庭中的 p63 基因,分離分析發(fā)現(xiàn)兩個錯義突變,外顯子 5 中的 724A-G突變導(dǎo)致lys194 到 glu 的替換,而外顯子 7 中的 982T-C使得TP63蛋白質(zhì)中的arg280 到 cys 的替換。這些突變導(dǎo)致了疾病的發(fā)生。
瞼緣外-外胚層缺陷-裂隙 (AEC) 綜合征
Hay-Wells 綜合征,也稱為瞼緣外胚層發(fā)育不良-裂隙綜合征 (AEC;106260 ),是一種罕見的常染色體顯性遺傳病,其特征是先天性外胚層發(fā)育不良,包括脫發(fā)、頭皮感染、指甲營養(yǎng)不良、牙齒發(fā)育不全、瞼緣發(fā)育不良和唇裂/ 或腭裂。這一系列臨床癥狀與其他外胚層發(fā)育不良綜合征的一些重疊,包括外胚層發(fā)育不良綜合征 - 唇/腭裂(EEC; 604292),肢體 - 乳房綜合征(LMS ; 603543),肢端皮膚病 -指甲-淚管-牙齒綜合征(成人;103285)和隱性唇裂/腭外胚層發(fā)育不良(CLPED1;225060)。致病基因鑒定基因解碼對AEC 綜合征患者突變基因信息的解碼鎖定了p63 基因上的8 個錯義突變是8個家族患者的發(fā)病原因。
ADULT綜合癥
致病基因鑒定基因解碼基因檢測在臨床遺傳學(xué)基因檢測報告中列出了TP63基因中的錯義突變 ( 603273.0011 )存在于acro-dermato-ungual-lacrimal-tooth (ADULT) 綜合征 ( 103285 )的病例中。采用高密度基因信息定位技術(shù)(GPS), 突變基因位于人體染色體的3q27。將致病基因定位到染色體上的特定位置是基因解碼技術(shù)的一個特色。該突變遺傳自健康的父親,其背部和肩部的雀斑是 ADULT 綜合征的少有特征?;蚪獯a還發(fā)現(xiàn)該疾病具有不有效外顯性,也就是遺傳了相關(guān)的致病基因突變,并不一定會患病。
肢乳綜合癥
在 2 名無關(guān)的肢體乳房綜合征患者 (LMS; 603543 ), 罕見病致病基因鑒定聯(lián)盟的科技工作者對TP63基因進行測序并確定了 2 個不同移碼突變的雜合性,其中一個是外顯子 13 中的 2-bp 缺失 ( 603273.0012 ) 和外顯子 14 中的 2-bp 缺失 ( 603273.0013 )。在具有 LMS 特征但沒有肢體異常的丹麥家庭的受影響成員中,基因解碼工程師確定了TP63基因(R643X;603273.0035)中是患者的致病基因突變。該突變的確定有助于患者采用先進生殖技術(shù)阻斷疾病在后代的再次出現(xiàn)。
拉普-霍奇金綜合征
對一名患有 Rapp-Hodgkin 綜合征(RHS; 129400)的 14 歲男性患者所進行的致病基因鑒定基因解碼發(fā)現(xiàn)TP73L 基因中雜合錯義突變 (S545P; 603273.0019 ) 是疾病發(fā)生的根本原因。由于基因內(nèi)在原因的相似性,基因解碼提供了分子數(shù)據(jù)來支持臨床觀察到的 EEC、AEC 和 RHS不同疾病在臨床表征上的相似性。
口面裂8型
因為TP63基因的突變是幾種單基因畸形綜合征的基礎(chǔ),表現(xiàn)為伴有或不伴有腭裂的唇裂,在對基因突變的致病性進行分析的過程中,對 100 名非綜合征性 CL/P 患者的基因的 16 個外顯子進行了突變分析 (OFC8; 618149 )發(fā)現(xiàn)了 21 個單核苷酸變化,其中 6 個位于編碼區(qū),包括 3 個新的非同義變化:S90L、R313G ( 603273.0021), 和 D564H?;蚪獯a技術(shù)中的基于其氨基酸變化、進化保守性、功能重要域中的發(fā)生、預(yù)測的破壞性功能、從頭發(fā)生以及在 500 個對照個體中不存在而被斷定為這一突變具有致病性。這一發(fā)現(xiàn)完善了TP63基因突變的廣泛表型譜。
分裂手/足畸形6型
在由 WNT10B 基因 ( 601906 ) 突變引起的隱性 SHFM (SHFM6; 225300 )的患者中,通過基因解碼分析,還檢測到罕見的TP63插入多態(tài)性的純合性或雜合性( rs34201045 ) 突變。
卵巢早衰 21型
在 2 名沒有血緣關(guān)系的原發(fā)性閉經(jīng) (POF21; 620311 ) 患者,通過致病基因突變基因解碼而不是基于數(shù)據(jù)庫的基因檢測,發(fā)現(xiàn)致病性突變存在于TP63基因賊后一個外顯子(外顯子 14)上。發(fā)生在TP63的R97P ( 603273.0032 ) 和 R647C ( 603273.0033 ),會破壞TP63二聚化,導(dǎo)致開放活性四聚體構(gòu)象,轉(zhuǎn)錄活性顯著增加。表明 POF 相關(guān)的TP63變異導(dǎo)致卵母細胞特異性 TAp63-alpha 同種型的組成型激活,增加下游靶標的表達,從而啟動卵母細胞的凋亡途徑。采用基于全外顯子測序的基因解碼技術(shù),分析了來自 1,030 名被診斷為卵巢早衰的中國女性隊列的 WES 數(shù)據(jù),并確定了 8 名無任何血緣關(guān)系的女性在 TP63 基因中存在雜合突變,其中 3 名患有繼發(fā)性閉經(jīng)和先前報道的 R647C 突變,以及 1 名患有原發(fā)性閉經(jīng)和 R594X 突變。除了 1 個突變外,所有突變都發(fā)生在外顯子 14 中;患有原發(fā)性閉經(jīng)的一個患者在外顯子 13 ( 603273.0034 ) 中存在 1-bp 缺失的雜合子。這些突變通過 Sanger 測序得到證實,并且在 ExAC 和/或 gnomAD 數(shù)據(jù)庫中未發(fā)現(xiàn)或以低次要等位基因頻率存在。功能分析表明,影響 C 端反式激活抑制域的變異破壞了非活性TP63構(gòu)象,產(chǎn)生組成型活性 TAp63-alpha,增加靶基因的表達并誘導(dǎo)細胞凋亡,從而導(dǎo)致卵母細胞耗竭,導(dǎo)致卵巢早衰。
TP63相關(guān)疾病譜基因解碼、基因檢測怎么預(yù)約解讀?
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(責任編輯:佳學(xué)基因)