【佳學(xué)基因檢測】神經(jīng)腫瘤基因檢測樣本的正確性分析
佳學(xué)基因檢測為什么要比較不同檢測樣一的基因檢測正確性？
與其他疾病類型相比，很多機構(gòu)檢測腦腫瘤（特別是神經(jīng)膠質(zhì)瘤（GBM））患者的循環(huán)游離腫瘤 DNA（cftDNA）具有一定的困難。 雖然采用腦脊液 (CSF) 中的 cftDNA 分析提高了檢測頻率，但這種基因檢測樣本不僅難以收集，也會給患者帶來明顯的不適。 因此，腦脊液中 cftDNA 的分析不太可能成為腦部腫瘤基因檢測的可行方法。 而從臨床應(yīng)用的角度，血漿或尿液形式的微創(chuàng)液體活檢則不會面臨這樣的困難，可能非常有益。 然而，采用尿液樣本和血液樣本，則需要解碼在血液和尿液中神經(jīng)膠質(zhì)瘤來源的 cfDNA 信號水平較低的阻礙。
佳學(xué)基因研究究了不同組織樣本對神經(jīng)膠質(zhì)瘤、星形細(xì)胞瘤等腦部組的檢出率
首先，佳學(xué)基因在匹配組織和液體活檢中使用腫瘤引導(dǎo)測序，比較了 GBM 患者腦脊液、血漿和尿液中 cftDNA 的突變負(fù)荷和檢出率。 佳學(xué)基因開發(fā)了一種全外顯子組測序方法，可以識別同一腫瘤多個區(qū)域?qū)Ｓ谢蚬蚕淼耐蛔儯瑥亩鵀橥蛔冏R別提供更大的信心。 然后，這些突變被用來生成目標(biāo)面板，用于腦脊液、血漿和尿液的深度測序。 通過整合數(shù)百個突變的突變信號，佳學(xué)基因在大多數(shù)腦脊液、血漿和尿液樣本中觀察到了腫瘤組織產(chǎn)生的基因突變信號。
然后，使用低覆蓋率全基因組測序開發(fā)了第二種更快速且更具成本效益的方法。 這揭示了癌癥患者與健康個體相比，尿液 cftDNA 片段大小可能存在差異。 隨后對這些測序數(shù)據(jù)應(yīng)用機器學(xué)習(xí)方法，創(chuàng)建了腫瘤患者樣本識別方法，該方法展示了 0.8 至 0.91 之間的“曲線下面積”，用于區(qū)分患者和健康對照樣本。
該研究結(jié)果對臨床診斷和靶向用藥的影響
與腦脊液采樣相比，血漿和尿液的非侵入性性質(zhì)可能允許對 GBM 等腦部腫瘤患者進行更定期和更少限制的監(jiān)測。 雖然液體活檢在診斷中的作用一直備受關(guān)注，但所提出的兩種方法都可以在與成像相結(jié)合的后續(xù)環(huán)境中提供實用性。
佳學(xué)基因研究結(jié)果介紹
由于體液中的含量很低，因此使用液體活檢檢測膠質(zhì)瘤等腦部腫瘤來源的游離 DNA (cfDNA) 對于很多機構(gòu)來說具有一定的困難。佳學(xué)基因通過匹配腫瘤活檢分析指導(dǎo)下的個性化捕獲組測序，確定了患者腦脊液 (CSF)、血漿和尿液樣本中膠質(zhì)瘤來源的 DNA 分?jǐn)?shù)。 通過對每個患者腫瘤中單獨鑒定的數(shù)千個突變進行 cfDNA 測序，佳學(xué)基因在大多數(shù)腦脊液 (7/8)、血漿 (10/12) 和尿液樣本 (10/16) 中檢測到了腫瘤產(chǎn)生的 DNA，其中中位腫瘤分?jǐn)?shù)分別為 6.4 × 10-3、3.1 × 10-5 和 4.7 × 10-5。 佳學(xué)基因發(fā)現(xiàn)這些體液中腫瘤來源的 cfDNA 片段的大小分布發(fā)生了變化。 使用全基因組測序進一步分析了 35 名神經(jīng)膠質(zhì)瘤患者、27 名非惡性腦部疾病患者和 26 名健康人尿液樣本中的 cfDNA 片段大小。 與非惡性腦部疾病患者 (P = 1.7 × 10-2) 和健康個體 (P = 5.2 × 10-9) 的尿液相比，膠質(zhì)瘤患者尿液中的 cfDNA 明顯更加碎片化。 整合片段長度的機器學(xué)習(xí)模型可以區(qū)分來自神經(jīng)膠質(zhì)瘤患者的尿液樣本（AUC = 0.80–0.91），這表明真正的非侵入性癌癥檢測的可能性。
基因檢測技術(shù)方法學(xué)研究關(guān)鍵詞
游離DNA，循環(huán)腫瘤DNA，片段組學(xué)，膠質(zhì)瘤，液體活檢
(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)
