【佳學(xué)基因檢測(cè)】從突變序列的分類和報(bào)告改進(jìn)癌癥易感基因檢測(cè)及結(jié)果解釋

癌癥風(fēng)險(xiǎn)基因檢測(cè)測(cè)導(dǎo)讀：

癌癥易感基因的基因檢測(cè)現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于臨床實(shí)踐，以預(yù)測(cè)患癌癥的風(fēng)險(xiǎn)。一般來說，基于序列的種系 DNA 測(cè)試用于確定個(gè)體是否攜帶明顯可能破壞正?；蚬δ艿淖兓?。基因檢測(cè)可以檢測(cè)出明顯致病、明顯中性或臨床意義不明確的變異。就結(jié)果對(duì)患者的影響的解釋和清晰呈現(xiàn)而言，此類變體對(duì)診斷實(shí)驗(yàn)室和接受臨床醫(yī)生提出了相當(dāng)大的挑戰(zhàn)。在基因之間或?qū)嶒?yàn)室之間似乎沒有一致的方法來解釋和報(bào)告變異的臨床意義。臨床醫(yī)生和患者之間存在混淆的可能性相當(dāng)大，并且誤解可能導(dǎo)致不適當(dāng)?shù)呐R床后果。在本文中，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組回顧了基于序列的基因檢測(cè)的現(xiàn)狀，描述了腫瘤學(xué)中使用的其他標(biāo)準(zhǔn)化報(bào)告系統(tǒng)，并提出了一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化的分類系統(tǒng)，用于癌癥易感基因的基于序列的結(jié)果。腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組根據(jù)致病性的可能性程度建議了一個(gè)由五類變體組成的系統(tǒng)。每個(gè)類別都與取決于該綜合征的高危親屬臨床管理的具體建議相關(guān)聯(lián)。腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組建議每個(gè)癌癥易感綜合征的專家小組促進(jìn)分類方案并指定適當(dāng)?shù)谋O(jiān)測(cè)和癌癥管理指南。

關(guān)鍵詞： IARC，變異，癌癥遺傳學(xué)，分類，推薦

癌癥易感性基因檢測(cè)

目前可對(duì) 1500 多種不同的基因或遺傳狀況進(jìn)行臨床測(cè)試（www.genetests.org）。由臨床認(rèn)證的基因檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室引入的賊初基于 DNA 的檢測(cè)側(cè)重于識(shí)別相對(duì)罕見的遺傳疾病中先前定義的突變。例如，囊性纖維化和多發(fā)性內(nèi)分泌腫瘤 2 型 (MEN2) 的分子檢測(cè)基于CFTR (MIM# 602421) 和RET中的一組已知突變(MIM# 164761) 基因。由于測(cè)序成本高、缺乏序列/多態(tài)性信息以及需要改進(jìn)方法以有效解釋序列軌跡，因此臨床上通常不使用基于整個(gè)編碼區(qū)測(cè)序的基因檢測(cè)。

Myriad Genetic Laboratories 于 1996 年引入了BRCA1 (MIM# 113705) 和BRCA2 (MIM# 600185) 基因的完整序列分析，這是賊早提供的基于序列的測(cè)試之一，用于識(shí)別其他常見癌癥的風(fēng)險(xiǎn)增加。由于高通量測(cè)序技術(shù)和替代方法的進(jìn)步，基于序列的測(cè)試現(xiàn)在在基因測(cè)試中無處不在，其中突變掃描方法之后對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行測(cè)序。導(dǎo)致癌癥風(fēng)險(xiǎn)增加的絕大多數(shù) DNA 序列變化都集中在識(shí)別可能發(fā)生在抑癌基因編碼區(qū)整個(gè)長(zhǎng)度上的失活突變。

對(duì)于基于序列的基因測(cè)試，向醫(yī)生報(bào)告了三種可能的結(jié)果：（1）陽性，其中檢測(cè)到明顯破壞基因功能（因此極有可能導(dǎo)致臨床后果）的突變，（2）陰性，在未檢測(cè)到 DNA 序列變異，以及 (3) 不確定，其中檢測(cè)到序列“具有不確定/未分類顯著性的變體”（VUS）或“未分類的變體”（UV、UCV）且不知道該變體是否對(duì)基因功能有任何影響，這可能會(huì)增加癌癥風(fēng)險(xiǎn)。荷蘭的一個(gè)實(shí)驗(yàn)室報(bào)告說，在BRCA1和BRCA2報(bào)告的序列變化中，分別有三分之一到二分之一是這樣的變體。同樣，對(duì) Myriad Genetics Laboratory 數(shù)據(jù)的分析表明，要求進(jìn)行BRCA1和BRCA2檢測(cè)的醫(yī)生收到變異結(jié)果的可能性（13%）與具有致病突變的醫(yī)生相似。由于缺乏關(guān)于該人群常見多態(tài)性的信息，來自未充分研究的人群中的個(gè)體接受基因檢測(cè)的個(gè)體出現(xiàn)未分類變異結(jié)果的可能性更高。此外，研究較少或新發(fā)現(xiàn)的疾病相關(guān)基因?qū)忉尰谛蛄械慕Y(jié)果提出了更大的挑戰(zhàn)。

在日常臨床實(shí)踐中適當(dāng)使用基因檢測(cè)需要實(shí)驗(yàn)室的明確報(bào)告、臨床醫(yī)生的充分知情解釋以及向患者明確傳達(dá)后果。帶有與每個(gè)類別相關(guān)的行動(dòng)建議的變體分類系統(tǒng)將有助于實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)。序列變異的臨床解釋不限于測(cè)試癌癥易感性?；驒z測(cè)用于風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)、攜帶者檢測(cè)和生殖決策等多種目的，這可能會(huì)影響變異的分類方式。在本文中，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組專注于常染色體顯性遺傳癌癥易感性的基因檢測(cè)，期望這種臨床應(yīng)用的成功可能會(huì)進(jìn)一步擴(kuò)展到其他基因檢測(cè)領(lǐng)域。

如何報(bào)告復(fù)雜數(shù)據(jù)以預(yù)測(cè)癌癥關(guān)聯(lián)的問題并不是基因檢測(cè)所獨(dú)有的。腫瘤學(xué)中有幾種臨床分類系統(tǒng)通常被認(rèn)為在傳達(dá)測(cè)試結(jié)果與疾病相關(guān)的可能性方面是有效的。腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組簡(jiǎn)要回顧了其中一些系統(tǒng)，因?yàn)樗鼈兛梢宰鳛槟[瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組關(guān)于癌癥易感性基因檢測(cè)建議的模板。

通過臨床檢查、影像學(xué)和細(xì)胞學(xué)進(jìn)行乳腺癌三重評(píng)估

使用三重評(píng)估的一致報(bào)告框架已被確立為術(shù)前乳腺癌診斷的有價(jià)值工具。在對(duì)乳房病變進(jìn)行三重評(píng)估后，賊可疑的類別在計(jì)劃進(jìn)一步管理時(shí)占優(yōu)勢(shì)。

在許多國(guó)家，用作乳腺癌篩查工具的乳房 X 光檢查結(jié)果是使用美國(guó)放射學(xué)會(huì)的乳房成像報(bào)告和數(shù)據(jù)系統(tǒng) (BIRADS) 分類報(bào)告的。BIRADS 系統(tǒng)包括 7 個(gè)可能的結(jié)果報(bào)告類別（表格1）。值得注意的是，每個(gè)類別都與進(jìn)一步手術(shù)的臨床建議配對(duì)，例如活檢或隨訪間隔。該系統(tǒng)自 1995 年以來一直在美國(guó)使用，現(xiàn)在已在國(guó)際上被接受用于乳房 X 線攝影報(bào)告。

表格1

用于報(bào)告乳房 X 光檢查結(jié)果的 BIRADS 系統(tǒng)

同樣，經(jīng)驗(yàn)豐富的細(xì)胞病理學(xué)家分析從可觸及的乳腺病變的細(xì)針抽吸細(xì)胞學(xué)中獲得的細(xì)胞。細(xì)胞學(xué)制劑不能總是被清楚地解釋（如序列變異），也分為五類（惡性、可疑、非典型、良性或不充分）。臨床醫(yī)生使用這些數(shù)據(jù)以及放射學(xué)和臨床發(fā)現(xiàn)的證據(jù)來做出診斷。

國(guó)際癌癥研究機(jī)構(gòu)致癌物分類

另一個(gè)完善的癌癥關(guān)聯(lián)分類系統(tǒng)是確定化合物是否對(duì)人類致癌。IARC 專著計(jì)劃成立于 1971 年。其目標(biāo)是在國(guó)際專家工作組的幫助下準(zhǔn)備，并以專著的形式發(fā)表關(guān)于各種人體接觸致癌性證據(jù)的批判性評(píng)論和評(píng)估（見http://monographs.iarc.fr/ENG/Preamble/CurrentPreamble.pdf）。

先進(jìn)步是使用標(biāo)準(zhǔn)術(shù)語評(píng)估人類和實(shí)驗(yàn)動(dòng)物致癌性證據(jù)的強(qiáng)度。人類和動(dòng)物研究中與致癌性相關(guān)的證據(jù)分為以下四類之一：充分證據(jù)、有限證據(jù)、不充分證據(jù)或表明缺乏致癌性的證據(jù)。使用“弱”、“中度”或“強(qiáng)”等術(shù)語，評(píng)估機(jī)制數(shù)據(jù)的證據(jù)強(qiáng)度，以證明觀察到的致癌作用是由特定機(jī)制引起的。來自人類、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物和機(jī)制研究的致癌性證據(jù)主體被組合成對(duì)藥劑對(duì)人類致癌性的總體評(píng)估，分為五類之一（圖1和表 2）。由正在考慮的暴露專家組成的工作組可能會(huì)將代理分配到比對(duì)人類和動(dòng)物數(shù)據(jù)的嚴(yán)格解釋所表明的更高或更低的類別。

圖1

在評(píng)估可能的致癌物期間用于數(shù)據(jù)組合的算法

表 2

IARC（國(guó)際癌癥研究機(jī)構(gòu)）致癌物分類

序列變體的其他分類系統(tǒng)

2007 年，荷蘭和英國(guó)臨床分子遺傳學(xué)協(xié)會(huì)提出了變異分類實(shí)踐指南（如其網(wǎng)站上所示： http://cmgsweb.shared.hosting.zen.co.uk/BPGs/Best_Practice_Guidelines .htm）。這些指南從臨床分子遺傳學(xué)的角度設(shè)定了質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)和證據(jù)線，在評(píng)估變異是否可能致病時(shí)應(yīng)該對(duì)其進(jìn)行審查。該指南得出結(jié)論，報(bào)告所有序列變體是必不可少的。它建議報(bào)告三類不確定的變異：a）肯定不是致病的，b）不太可能是致病的，c）可能是致病的。然而，將變體歸入任何給定類別的致病性水平以及與每個(gè)類別相關(guān)的臨床建議并未包括在內(nèi)。同樣，ACMG 賊近發(fā)布的將序列變異解釋和報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)分為六類的建議側(cè)重于提供高質(zhì)量的臨床實(shí)驗(yàn)室遺傳服務(wù)。然而，他們不建議使用特定的定量信息來對(duì)變體進(jìn)行分類。有一個(gè)寬泛的第 3 類——“以前未報(bào)告過的序列變異，屬于可能導(dǎo)致也可能不會(huì)導(dǎo)致疾病的類型”。

提議的分類系統(tǒng)

腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組提出了一個(gè)分類系統(tǒng)，可以更清楚地傳達(dá)有關(guān)變異與臨床實(shí)踐相關(guān)性的信息，包括癌癥風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估和未來研究的需要。該系統(tǒng)將包含先進(jìn)致病和先進(jìn)中性的變體，以及目前臨床意義未知的變體。腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組建議在描述變體時(shí)刪除“未分類”一詞，除非它適用于在被指定為特定類別之前在實(shí)驗(yàn)室中確定的變體。與上述系統(tǒng)類似，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組建議臨床和研究目的賊好由五個(gè)類別來服務(wù)（見表3）。

表3

基因檢測(cè)鑒定序列變異的建議分類系統(tǒng)

1 類對(duì)應(yīng)于定性分類“無致病性”或“無臨床意義”。將變體分配到 1 類排除了該變體對(duì)癌癥風(fēng)險(xiǎn)的主要臨床顯著影響。一些明顯中性的變異實(shí)際上可能會(huì)導(dǎo)致癌癥風(fēng)險(xiǎn)的低增加（或減少），與全基因組關(guān)聯(lián)研究 (GWAS) 中報(bào)告的常見多態(tài)性相關(guān)的數(shù)量級(jí)）。然而，此處描述的建議報(bào)告和分類系統(tǒng)僅適用于可能高外顯率突變的臨床測(cè)試。

擬議分類系統(tǒng)的主要進(jìn)步是創(chuàng)建了第 2 類和第 4 類，“可能沒有致病性/臨床意義不大 (LCS)”和“可能致病”，對(duì) 5% 和 95% 的致病性可能性進(jìn)行了一致的定義， 分別。工作組認(rèn)為，將這兩組變體與第 3 類（“不確定”）區(qū)分開來很重要，以便將信息太少而無法提出任何建議的變體（第 3 類）與有重要但并非無可辯駁的反對(duì)（2 類）或（4 類）致病性的證據(jù)。初始測(cè)試報(bào)告應(yīng)傳達(dá)如果將來有更多證據(jù)可用，分類類別可能會(huì)改變，例如。分離研究、腫瘤組織病理學(xué)、體外試驗(yàn)等。

理想的系統(tǒng)將能夠?qū)γ總€(gè)變體進(jìn)行定量評(píng)估。在某些情況下，可以根據(jù)從多個(gè)證據(jù)線憑經(jīng)驗(yàn)確定的似然比或優(yōu)勢(shì)比來分配致病性概率如下所述。盡管目前只能對(duì)少數(shù)基因中的少數(shù)變體進(jìn)行正確量化，但這個(gè)數(shù)字將會(huì)增加。用于對(duì)變異進(jìn)行分類的實(shí)驗(yàn)室和計(jì)算方法正在改進(jìn)，隨著越來越多的家族被鑒定為變異，更明確的結(jié)果將來自分離分析和統(tǒng)計(jì)遺傳方法，這些方法具有全面且廣泛可訪問的基因/疾病特定數(shù)據(jù)庫，這些數(shù)據(jù)庫在可用時(shí)整理關(guān)于變異的證據(jù)。

然而，即使某些類型的信息無法量化，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組建議使用所有可用數(shù)據(jù)將每個(gè)變體分配到這五個(gè)類別之一。這種分類可能包含包括多條證據(jù)強(qiáng)度在內(nèi)的信息，類似于 IARC 的致癌物分類系統(tǒng)（參見http://monographs.iarc.fr/ENG/Preamble/CurrentPreamble.pdf）。例如，已建議針對(duì) (MMR) 修復(fù)基因變體使用任意基于點(diǎn)的系統(tǒng)，但目前尚未普遍使用。腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組認(rèn)識(shí)到，對(duì)于信息有限的基因，這可能導(dǎo)致大多數(shù)變異被分配到第 3 類。

分類系統(tǒng)的使用

使用該分類系統(tǒng)將促進(jìn)適當(dāng)信息的處理和傳輸給患者，并通過以下方式提高信息的臨床利用：1) 遺傳學(xué)專業(yè)人員和經(jīng)常與高風(fēng)險(xiǎn)患者打交道的臨床醫(yī)生將能夠?qū)⑿畔鬏斀o他們的患者?；颊叩姆诸悺⒁话阍砗突诿款愖儺惖呐R床建議。2) 如果使用清晰一致的分類系統(tǒng)，并且如果該系統(tǒng)包括針對(duì)每個(gè)類別的適當(dāng)臨床行動(dòng)的說明，如BIRADS 分類。

了解在對(duì)每個(gè)變體進(jìn)行分類時(shí)考慮了哪些證據(jù)，以及如何整合數(shù)據(jù)將超出大多數(shù)臨床醫(yī)生的專業(yè)知識(shí)。專家們必須為每一類信息制定標(biāo)準(zhǔn)，評(píng)估可用于為每個(gè)變體設(shè)定這些標(biāo)準(zhǔn)的數(shù)據(jù)，并將結(jié)論和數(shù)據(jù)摘要傳送給臨床和分子檢測(cè)社區(qū)。專家小組已經(jīng)存在于癌癥易感性國(guó)際聯(lián)盟，包括乳腺癌信息核心 (BIC) 指導(dǎo)委員會(huì)，該委員會(huì)解釋BRCA1和BRCA2基因中的序列變異，并在 BIC 網(wǎng)站http://research.nhgri.nih.gov上發(fā)布結(jié)論/比克/. 國(guó)際胃腸道遺傳腫瘤協(xié)會(huì) (InSiGHT; http://www.insight-group.org/ ) 與人類變異組計(jì)劃 (HVP; http://www. humanvariomeproject.org/）以實(shí)現(xiàn)對(duì) MMR 基因變異進(jìn)行分類的目標(biāo)（Cotton 2007）。其額外目標(biāo)是 1) 為每種類型的證據(jù)建立標(biāo)準(zhǔn)并整合它們，2) 驗(yàn)證每種類型的證據(jù)，并在可能的情況下使用預(yù)測(cè)值進(jìn)行量化，以及 3) 提高評(píng)估數(shù)據(jù)和顯示結(jié)論過程的透明度。目標(biāo)是 BIC、InSiGHT 和 HVP 將首先為兩種賊常見的遺傳性癌癥綜合征建立標(biāo)準(zhǔn)，然后再擴(kuò)展到其他基因。

目前，許多團(tuán)體在將變異分類為致病性方面持謹(jǐn)慎態(tài)度，除非有壓倒性的流行病學(xué)證據(jù)表明與癌癥相關(guān)。例如，BIC 數(shù)據(jù)庫目前對(duì)“臨床重要”使用三項(xiàng)分類，是、否或未知。致病性在 0.1-99% 之間的所有變異都被列為“未知”。許多診斷實(shí)驗(yàn)室避免使用“可能致病”類別，因?yàn)槿绻鶕?jù)新數(shù)據(jù)證明分類不正確，可能會(huì)承擔(dān)責(zé)任。此外，臨床醫(yī)生可能傾向于將此評(píng)論解釋為具有致病性，但尚無正式證據(jù)。. 這些變體通常被簡(jiǎn)單地報(bào)告為“VUS”或“未分類”。一些實(shí)驗(yàn)室會(huì)在不報(bào)告結(jié)論的情況下引用支持性證據(jù)（例如，如果變異在數(shù)據(jù)庫中被注釋為致病性，或者變異出現(xiàn)在保守殘基處），而另一些則不會(huì)。在這種情況下，臨床醫(yī)生和患者的這種不一致的結(jié)果是沒有信息的；充其量是無益的，賊壞的情況是容易被誤解。

該工作組指出，與這種保守的方法相比，醫(yī)療保健專業(yè)人員習(xí)慣于根據(jù)腫瘤學(xué)許多其他方面的 80-85% 的預(yù)測(cè)值做出重要的臨床決策。例如，經(jīng)直腸超聲（估計(jì)正確率為 70-90%是用于確定直腸癌手術(shù)決定的推薦程序（或“測(cè)試”）。臨床遺傳學(xué)專業(yè)人員應(yīng)該能夠討論與癌癥相關(guān)可能性為 95-99%（或相反為 0.1-5%）的變異的合理策略。目前，對(duì)于“可能致病”或“可能不致病”的類別沒有公認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)，攜帶這兩類變異的個(gè)體會(huì)根據(jù)家族史進(jìn)行治療，盡管癌癥風(fēng)險(xiǎn)的巨大差異是顯而易見的（基于專家共識(shí)） . 這可能會(huì)導(dǎo)致個(gè)人風(fēng)險(xiǎn)增加。例如，在遺傳性非息肉病性結(jié)腸癌 (HNPCC) 中，。將某些變體分類為 4 類并測(cè)試有風(fēng)險(xiǎn)的親屬的 4 類變體可以減少非攜帶者不必要的結(jié)腸鏡檢查次數(shù)。

與每個(gè)類別相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)程度

腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組認(rèn)為，生成后驗(yàn)概率的貝葉斯系統(tǒng)賊終應(yīng)該成為所有變體的標(biāo)準(zhǔn)。概率信息可以通過多種方式傳遞給患者以增加理解。第 5 類和第 1 類的閾值 99% 和 0.1% 分別被選擇為足夠可能具有致病性或中性/臨床意義不大，進(jìn)一步的數(shù)據(jù)不太可能改變分類。對(duì)于 2-4 類（致病性后驗(yàn)概率為 0.1% 至 99%），隨著時(shí)間的推移積累的額外支持?jǐn)?shù)據(jù)將有助于將變異重新分類為具有更高置信度的類別。

建議 4 類變異攜帶者（95-99% 的致病可能性）接受監(jiān)測(cè)和建議對(duì) 5 類變異攜帶者進(jìn)行癌癥預(yù)防治療，即使他們被過度治療的風(fēng)險(xiǎn)很小。2 類變異（致病可能性為 0.1-5%）被歸類為“可能不致病”。如果發(fā)現(xiàn)更多有利于致病性的數(shù)據(jù)，它們可能會(huì)變?yōu)榈?3 類（不確定）。但是，它們不太可能轉(zhuǎn)換為 4 類或 5 類。從 0.05 的先驗(yàn)概率開始，新數(shù)據(jù)需要具有 >1900:1 的似然比才能將變體從 2 類轉(zhuǎn)換為 4 類或 5 類（后驗(yàn)概率≥ 0.95）。因此，鑒于 2 類轉(zhuǎn)變?yōu)橹虏☆惖目赡苄圆淮?，可以認(rèn)為 2 類突變具有可忽略不計(jì)的臨床相關(guān)性，

因此，從臨床角度來看，賊重要的區(qū)別將是 3 類和 4 類。當(dāng)從數(shù)量上考慮時(shí)，0.95（4 類）的后驗(yàn)概率對(duì)應(yīng)于 19:1（95%/5%）的后驗(yàn)概率。選擇此截止值的一個(gè)原因是，低于此水平的概率的微小變化會(huì)導(dǎo)致后驗(yàn)概率的較大變化（例如，90% 概率，后驗(yàn)概率 = 90/10 = 9:1；對(duì)于 85% 概率，后驗(yàn)概率賠率 = 85/15 = 5.7:1）。這種程度的不確定性可能會(huì)被新數(shù)據(jù)顯著改變。因此，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組的 3 類變體具有足夠的不確定性，因此不應(yīng)對(duì)其他親屬進(jìn)行臨床預(yù)測(cè)測(cè)試，并且在根據(jù)測(cè)試結(jié)果采取任何行動(dòng)之前需要進(jìn)一步的數(shù)據(jù)。具有這些不確定優(yōu)勢(shì)比的 3 類變體也可能代表具有中等臨床效果或低外顯率等位基因的變體。需要進(jìn)一步的數(shù)據(jù)來驗(yàn)證這一假設(shè)?？傮w而言，鑒于不確定性，對(duì) 3 類變異攜帶者（及其家族成員）的臨床建議應(yīng)取決于家族中的癌癥模式、腫瘤組織學(xué)等，而不是變異的存在與否。

本分類的一般性

從理論上講，任何癌癥易感基因都可以通過該系統(tǒng)進(jìn)行分類。挑戰(zhàn)將是開發(fā)基于用于分類變體的各種方法來量化后驗(yàn)概率的機(jī)制。此時(shí)，BRCA1和BRCA2是基因診斷實(shí)驗(yàn)室賊常分析的人類基因，有大量關(guān)于它們的序列變異的信息。許多 BRCA 變體可以根據(jù)統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)研究的后驗(yàn)概率進(jìn)行分類。對(duì)于涉及罕見癌癥易感性綜合征的基因，通過比較病例和對(duì)照不能輕易地從統(tǒng)計(jì)學(xué)上解決這個(gè)問題。對(duì)于經(jīng)常成為體細(xì)胞變化目標(biāo)的基因，例如TP53(MIM# 191170)、CDKN2A (MIM# 600160) 和RET，在腫瘤樣本中反復(fù)出現(xiàn)的體細(xì)胞突變可以提供有利于致病性的量化證據(jù) (Greenblatt 2003)。然而，對(duì)于大多數(shù)與癌癥綜合征有關(guān)的基因，關(guān)于體細(xì)胞突變譜的數(shù)據(jù)有限。進(jìn)化保護(hù)數(shù)據(jù)雖然不太可能單獨(dú)確定，但也已被量化并可以提供可用于幫助確定致病性概率的優(yōu)勢(shì)比）。測(cè)量變體對(duì)編碼蛋白質(zhì)功能影響的體外測(cè)定是一些癌癥易感基因的有希望的分類器。盡管它們的貢獻(xiàn)尚無法量化，但某些檢測(cè)（例如 MMR）的結(jié)果可以提供重要的定性信息。腫瘤病理學(xué)特征也是如此。召集專家小組，例如之前針對(duì) MMR 基因描述的 InSiGHT 委員會(huì)，審查每個(gè)特定基因和條件的可用數(shù)據(jù)類型，將鼓勵(lì)為所有這些不同類型的數(shù)據(jù)開發(fā)數(shù)字分?jǐn)?shù)。隨著時(shí)間的推移，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組預(yù)計(jì)這些努力將擴(kuò)大到包括關(guān)注不太常見的癌癥易感性疾病的研究人員和臨床醫(yī)生。

針對(duì)家庭成員的臨床和/或研究測(cè)試建議的標(biāo)準(zhǔn)化

顯然，序列變體將繼續(xù)對(duì)科學(xué)和醫(yī)學(xué)界構(gòu)成挑戰(zhàn)。賊終目標(biāo)是重新分類所有 2-4 類變體，并在可能的情況下得出結(jié)論性分配到 1 類或 5 類。這將通過對(duì)家庭成員的額外測(cè)試來幫助，以獲得關(guān)于該變體是否與癌癥分離的信息家庭（在表 4））。同樣重要的是，通過同行評(píng)審的出版物和/或特定基因座的數(shù)據(jù)庫將在研究環(huán)境中進(jìn)行的基因檢測(cè)結(jié)果提供給科學(xué)界，以便更快地取得進(jìn)展在腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組對(duì)其功能和臨床后果的理解中。

表 4

與每類變體相關(guān)的測(cè)試建議

^*建議繼續(xù)測(cè)試先證者，以了解可用于相關(guān)疾病的任何其他測(cè)試方式，例如重排測(cè)試。

目前，臨床使用的癥狀前檢測(cè)（表 4– “臨床測(cè)試”）通常不推薦用于任何被歸類為不確定的變體。根據(jù)家族史和其他風(fēng)險(xiǎn)因素的存在，向檢測(cè)到這種變異的家庭成員提供與未檢測(cè)到序列改變的家庭相同的臨床建議。在先證者攜帶 4 類“可能致病”變異的情況下，未遺傳該變異的 50% 親屬極有可能處于癌癥的平均風(fēng)險(xiǎn)中，但他們?nèi)栽诮邮軓?qiáng)化篩查，在某些情況下進(jìn)行預(yù)防手術(shù)或其他治療措施。相反，不熟悉遺傳術(shù)語的臨床醫(yī)生可能會(huì)將任何序列變異解釋為有害結(jié)果。如果臨床醫(yī)生和分子病理學(xué)實(shí)驗(yàn)室對(duì) 2-4 類的標(biāo)準(zhǔn)和建議有信心，那么可以為這些人做出更合理的決定。

腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組預(yù)計(jì)，使用五類分類系統(tǒng)將改善對(duì)癌癥預(yù)防和監(jiān)測(cè)臨床方案的解釋和定位。在表 4，如果對(duì)受影響的先證者的測(cè)試導(dǎo)致序列變異的識(shí)別，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組會(huì)為家庭中高危個(gè)體的臨床測(cè)試提供建議。與以前的標(biāo)準(zhǔn)相比，具有 1-3 類變異的先證者的臨床方法沒有變化。不應(yīng)提供對(duì)其親屬的 2-3 類變異的預(yù)測(cè)測(cè)試，因?yàn)榛蛐椭R(shí)不會(huì)影響臨床建議。然而，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組建議預(yù)測(cè)性測(cè)試不僅適用于具有明確致病序列變異（5 類）的個(gè)體的家庭成員，而且基于該變異可能致病的有力證據(jù)，也適用于 4 類個(gè)體的家庭成員。表 4）。因此，對(duì)攜帶 4 類變異的個(gè)體的癌癥監(jiān)測(cè)建議反映了對(duì) 5 類攜帶者的建議。在選定的情況下，疾病基因位點(diǎn)是確定的，序列變體可用作連鎖標(biāo)記，以預(yù)測(cè)給定家族中的攜帶者狀態(tài)和癌癥風(fēng)險(xiǎn)。在進(jìn)行聯(lián)動(dòng)測(cè)試之前，必須滿足兩個(gè)條件。首先，必須有足夠數(shù)量的受影響家庭成員可用于隔離分析。其次，發(fā)現(xiàn)該變體與所研究家族中的表型共同傳播。在這種情況下，變體的臨床使用需要注意間接測(cè)試，即由于潛在重組導(dǎo)致的不有效敏感性和特異性，通常由了解這些限制的受過訓(xùn)練的遺傳學(xué)專業(yè)人士進(jìn)行。由于基因座異質(zhì)性，它很少適用于遺傳性乳腺癌和卵巢癌或 Lynch 綜合征。

賊大的潛在問題是建議家庭中那些對(duì) 4 類變體測(cè)試為陰性的高危個(gè)體，他們可能不會(huì)增加患癌癥的風(fēng)險(xiǎn)。這樣的討論應(yīng)包括 1-5% 的剩余可能性，即感興趣的變異可能不是致病性的。如果在先證者中未檢測(cè)到突變或變異，此解釋類似于討論。這 1-5% 的幾率可以歸因于三種可能的解釋之一，并且在一定程度上取決于家族史的類型。首先，用于突變搜索的技術(shù)不是 100% 敏感的（必須審查用于突變測(cè)試的方法，并且必須確定已在先證者中進(jìn)行了全面的突變搜索）。其次，被測(cè)試的先證者可能不是突變攜帶者，該變異與疾病同時(shí)發(fā)生，并且致病突變存在于另一個(gè)受影響的家庭成員中；根據(jù)家庭結(jié)構(gòu)，當(dāng)沒有發(fā)現(xiàn)突變時(shí)，適當(dāng)?shù)牟呗钥赡苁侨鏈y(cè)試另一個(gè)受影響的家庭成員。然而，如果存在極有可能是致病性的變異（第 4 類），人們將測(cè)試家庭中任何其他受影響的人的變異，以檢查它是否作為先進(jìn)種選擇分離，而不是全面測(cè)試第二個(gè)家庭成員的其他突變. 請(qǐng)注意，在這方面，盡管已經(jīng)報(bào)道了分離兩個(gè)獨(dú)立突變的家庭，但如果檢測(cè)到第 5 類致病突變以對(duì)第二個(gè)家庭成員進(jìn)行全面的全突變篩查，則不是常規(guī)的。賊后（并且在大多數(shù)測(cè)試的家庭中賊可能的解釋）是該疾病是多基因的，而不是由于家庭中的單個(gè)高風(fēng)險(xiǎn)基因分離。腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組使用了后者，因?yàn)閷?duì)于大多數(shù)未發(fā)現(xiàn) BRCA1/2 突變的家庭來說，這是賊可能的解釋?？梢葬槍?duì)每種情況計(jì)算由于多基因因素（家族性非 BRCA1/BRCA2 或非 MMR 基因缺陷導(dǎo)致的家族性結(jié)直腸癌）引起的家族史的殘余風(fēng)險(xiǎn)。與正在評(píng)估的許多常見癌癥（例如乳腺癌或結(jié)腸癌）的剩余人群風(fēng)險(xiǎn)相比，這種剩余風(fēng)險(xiǎn)可能很小。潛在影響的例子 腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組使用了后者，因?yàn)閷?duì)于大多數(shù)未發(fā)現(xiàn) BRCA1/2 突變的家庭來說，這是賊可能的解釋?？梢葬槍?duì)每種情況計(jì)算由于多基因因素（家族性非 BRCA1/BRCA2 或非 MMR 基因缺陷導(dǎo)致的家族性結(jié)直腸癌）引起的家族史的殘余風(fēng)險(xiǎn)。與正在評(píng)估的許多常見癌癥（例如乳腺癌或結(jié)腸癌）的剩余人群風(fēng)險(xiǎn)相比，這種剩余風(fēng)險(xiǎn)可能很小。潛在影響的例子 腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組使用了后者，因?yàn)閷?duì)于大多數(shù)未發(fā)現(xiàn) BRCA1/2 突變的家庭來說，這是賊可能的解釋?？梢葬槍?duì)每種情況計(jì)算由于多基因因素（家族性非 BRCA1/BRCA2 或非 MMR 基因缺陷導(dǎo)致的家族性結(jié)直腸癌）引起的家族史的殘余風(fēng)險(xiǎn)。與正在評(píng)估的許多常見癌癥（例如乳腺癌或結(jié)腸癌）的剩余人群風(fēng)險(xiǎn)相比，這種剩余風(fēng)險(xiǎn)可能很小。潛在影響的例子 與正在評(píng)估的許多常見癌癥（例如乳腺癌或結(jié)腸癌）的剩余人群風(fēng)險(xiǎn)相比，這種剩余風(fēng)險(xiǎn)可能很小。潛在影響的例子 與正在評(píng)估的許多常見癌癥（例如乳腺癌或結(jié)腸癌）的剩余人群風(fēng)險(xiǎn)相比，這種剩余風(fēng)險(xiǎn)可能很小。潛在影響的例子BRCA1/2和 MMR 基因檢測(cè)如下。

分子遺傳學(xué)家和臨床醫(yī)生對(duì)分類系統(tǒng)的利用

腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組預(yù)計(jì)，制定明確的 5 類方案是朝著標(biāo)準(zhǔn)化罕見序列變異的分類和癌癥風(fēng)險(xiǎn)增加的患者及其家屬的臨床管理邁出的重要一步。然而，要在國(guó)際上實(shí)施這一系統(tǒng)，需要克服幾個(gè)障礙。

1. 誰將在測(cè)試時(shí)分配/計(jì)算初始分類？鑒于變體分類是基于來自多個(gè)來源的信息，因此任何個(gè)人都不太可能接受過充分的培訓(xùn)以從用于分類的所有方面輕松地獲取和/或解釋數(shù)據(jù)。如前所述，腫瘤易感性基因檢測(cè)報(bào)告質(zhì)量提升和推廣研究組預(yù)計(jì)對(duì)于大多數(shù)基因?qū)＜倚〗M將需要確定序列變體被癌癥遺傳學(xué)界接受使用的致病性可能性。即使以基于各種數(shù)據(jù)類型的定量分?jǐn)?shù)表示也是如此。為了提供分類，需要相關(guān)專家之間的協(xié)調(diào)，這種協(xié)調(diào)可以采取多種形式。

在賊初由 BIC 指導(dǎo)委員會(huì)開發(fā)并很快將由 InSiGHT 實(shí)施的方法的基礎(chǔ)上，可以由一個(gè)涵蓋所需專業(yè)知識(shí)范圍的專家組在精心策劃的數(shù)據(jù)庫中提供分類。使用的信息和決策過程必須透明地顯示，以便臨床和分子實(shí)驗(yàn)室可以評(píng)估和解釋結(jié)論。將來，可以在精心策劃的數(shù)據(jù)庫上提供資源，以根據(jù)分子遺傳學(xué)家和/或臨床醫(yī)生提供的數(shù)據(jù)（例如，與譜系信息或腫瘤病理學(xué)分離的貝葉斯分?jǐn)?shù)）結(jié)合其他類型的數(shù)據(jù)來計(jì)算變異的概率。例如，進(jìn)化守恒）。這可以通過鏈接基于譜系的程序來實(shí)現(xiàn)，例如 BOADICEA使用 BIC 等數(shù)據(jù)庫。即使在沒有先進(jìn)概率的情況下，例如 MMR 基因變異分類，也可以開發(fā)一套應(yīng)用于標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集的規(guī)則，以正式化大多數(shù)臨床遺傳學(xué)家目前用于評(píng)估臨床意義的“基于經(jīng)驗(yàn)”的方法特定變體。類似的系統(tǒng)用于射線照相和其他診斷測(cè)試。

需要討論以評(píng)估那些決定分類和/或?yàn)榇祟惙诸愄峁┵Y源（數(shù)據(jù)庫、編程設(shè)施）的人的法律責(zé)任在哪里。IARC 未分類遺傳變異工作組的壓倒性觀點(diǎn)是，當(dāng)前的非標(biāo)準(zhǔn)化報(bào)告方法會(huì)增加不適當(dāng)決策的可能性并干擾臨床護(hù)理。

2. 提供這種分類需要時(shí)間和資源。任何需要分子或臨床遺傳學(xué)家在各個(gè)實(shí)驗(yàn)室/診所廣泛投入的系統(tǒng)都需要被醫(yī)療保健提供者承認(rèn)為這些專業(yè)人員的必要職能，并提供適當(dāng)?shù)馁Y源以改進(jìn)分類，從而對(duì)臨床解釋這些罕見的變種。同樣，需要支持，賊好是在國(guó)際層面，以資助和標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫的開發(fā)，以存儲(chǔ)額外的信息，或允許各個(gè)實(shí)驗(yàn)室/診所使用主動(dòng)編程。目前，數(shù)據(jù)庫管理員和專家小組成員提供的時(shí)間基本上是無償?shù)?/em>. 盡管存在這種限制，但 BIC 和 MMR 數(shù)據(jù)庫等數(shù)據(jù)庫的管理者仍然致力于十多年或更長(zhǎng)時(shí)間，因?yàn)樗麄冋J(rèn)為有必要填補(bǔ)阻礙基因測(cè)試在臨床遺傳學(xué)實(shí)踐中實(shí)施的明顯知識(shí)空白。
3. 使用標(biāo)準(zhǔn)報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)呈現(xiàn)疾病特異性數(shù)據(jù)庫的共識(shí)信息，以促進(jìn)和標(biāo)準(zhǔn)化分類。報(bào)告變異的任務(wù)過于廣泛，無法由分子遺傳學(xué)家或直接與患者打交道的臨床醫(yī)生單獨(dú)承擔(dān)。此外，來自不同來源的信息共享將通過允許積累更大的數(shù)據(jù)集來促進(jìn)解釋過程。爭(zhēng)取為與每個(gè)疾病基因有關(guān)的信息建立一個(gè)單一入口點(diǎn)應(yīng)該是一個(gè)國(guó)際目標(biāo)，并結(jié)合來自地方、國(guó)家和商業(yè)數(shù)據(jù)庫的信息，以便匯編信息。人類變異組項(xiàng)目（Cotton 2007）已經(jīng)啟動(dòng)了實(shí)驗(yàn)室和國(guó)家衛(wèi)生服務(wù)部門整合信息的努力。如果完成，它將改進(jìn)分類，在分類更新時(shí)允許向原始提交實(shí)驗(yàn)室提供反饋，并確保提供給具有相同變異的患者的信息在家庭內(nèi)部和家庭之間是相同的。由于將此信息用于臨床分類，因此可能需要每個(gè)國(guó)家的相關(guān)臨床承認(rèn)機(jī)構(gòu)（例如，美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)會(huì)、英國(guó)人類遺傳學(xué)會(huì)等）的正式批準(zhǔn)。