【佳學(xué)基因檢測(cè)】如何為晚期實(shí)體瘤成年患者選擇和解釋正確治療基因檢測(cè)

腫瘤基因檢測(cè)項(xiàng)目導(dǎo)讀：

只有在確定可用于改善反應(yīng)和賊小化毒性的基因改變時(shí)，才能實(shí)現(xiàn)正確腫瘤學(xué)的承諾。識(shí)別這些變化需要知識(shí)來(lái)訂購(gòu)正確的測(cè)試并正確解釋結(jié)果。本入門(mén)指南旨在幫助臨床醫(yī)生為患有特定惡性腫瘤的患者安排適當(dāng)?shù)臋z測(cè)，并為他們提供知情的解釋方法。

論述論據(jù)所基于的觀察

種系 DNA 通常從轉(zhuǎn)移性惡性腫瘤患者的外周血、口腔拭子或唾液采集中獲得，并且可以提供其他無(wú)法獲得的治療選擇。然而，種系檢測(cè)并不表明僅在腫瘤組織中出現(xiàn)的變化。當(dāng)改變?cè)谀[瘤發(fā)展時(shí)存在并且預(yù)計(jì)將通過(guò)腫瘤的進(jìn)化進(jìn)行時(shí)，可以對(duì)原發(fā)性腫瘤、轉(zhuǎn)移性活檢或循環(huán)腫瘤 DNA 進(jìn)行體細(xì)胞檢測(cè)。

關(guān)于晚期實(shí)體瘤成年腫瘤患者基因檢測(cè)及其解t釋的結(jié)論

技術(shù)的快速發(fā)展和增強(qiáng)對(duì)相關(guān)腫瘤生物學(xué)理解的能力繼續(xù)改善處理惡性腫瘤的個(gè)體的治療前景，以及腫瘤正確治療價(jià)格與益處分析團(tuán)隊(duì)找到具有潛在臨床益處的可靶向遺傳改變的能力。

在晚期癌癥的 DNA 中發(fā)現(xiàn)和靶向特定生物標(biāo)志物的能力正在迅速改變局部晚期和轉(zhuǎn)移性實(shí)體瘤患者的選擇和結(jié)果。該策略是正確腫瘤學(xué)的基礎(chǔ)，此處定義為使用來(lái)自腫瘤和/或生殖系測(cè)序的預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物來(lái)指導(dǎo)治療。本文特別關(guān)注使用 DNA 測(cè)序來(lái)尋找這些生物標(biāo)志物，并提供有關(guān)在特定情況下哪種測(cè)試是賊佳的指導(dǎo)，以及對(duì)結(jié)果的解釋。腫瘤正確治療價(jià)格與益處分析團(tuán)隊(duì)強(qiáng)調(diào)識(shí)別生物標(biāo)志物，為患有晚期實(shí)體瘤的成年患者提供治療方法，這些治療方法在未進(jìn)行測(cè)序的情況下將不是一種選擇，并且有可能帶來(lái)顯著的臨床益處。

要做什么基因要檢測(cè)項(xiàng)目？

確定可使用的檢測(cè)陣列中的哪些測(cè)試以及要測(cè)試的組織可能是壓倒性的，不確定性可能會(huì)阻止腫瘤學(xué)從業(yè)者訂購(gòu)生殖細(xì)胞或體細(xì)胞測(cè)序。就本文而言，腫瘤正確治療價(jià)格與益處分析團(tuán)隊(duì)將重點(diǎn)關(guān)注遺傳/種系改變（包括突變、拷貝數(shù)改變或融合）的 DNA 測(cè)序，這些改變可能為治療提供信息，或在致癌和腫瘤進(jìn)化過(guò)程中出現(xiàn)的改變（體細(xì)胞改變）在腫瘤 DNA 中）。這一重點(diǎn)并不意味著排除任何特定的測(cè)試，而是專(zhuān)注于局部晚期或轉(zhuǎn)移性惡性腫瘤患者的基于 DNA 的測(cè)試。

胚系基因突變檢測(cè)

種系檢測(cè)是對(duì)非癌細(xì)胞中的遺傳 DNA 進(jìn)行測(cè)序，以發(fā)現(xiàn)可能在癌癥發(fā)展中發(fā)揮作用并且在某些情況下可行的改變。種系改變可以為治療決策提供信息，預(yù)測(cè)未來(lái)的癌癥風(fēng)險(xiǎn)，并提供可以幫助家庭成員更好地管理其惡性腫瘤風(fēng)險(xiǎn)的信息。詳細(xì)討論生殖系檢測(cè)對(duì)癌癥監(jiān)測(cè)的重要性、降低風(fēng)險(xiǎn)的干預(yù)措施以及對(duì)親屬進(jìn)行檢測(cè)以確定誰(shuí)攜帶遺傳改變（級(jí)聯(lián)檢測(cè)）非常重要，具有幾個(gè)優(yōu)點(diǎn)，并且在其他地方的許多出色評(píng)論中都有介紹。對(duì)轉(zhuǎn)移性惡性腫瘤患者進(jìn)行生殖系 DNA 檢測(cè)可以提供其他患者無(wú)法獲得的治療選擇，特別是對(duì)于BRCA1/2和 Lynch 綜合征相關(guān)癌癥。賊近的研究表明，10% 至 15% 的多種晚期惡性腫瘤患者具有致病性生殖系改變。種系 DNA 通常從外周血、口腔拭子或唾液采集中獲得，因此很容易獲得。這是有利的，因?yàn)樗恍枰顧z來(lái)識(shí)別相關(guān)的改變。生殖系測(cè)試也不太容易受到福爾馬林固定組織中出現(xiàn)偽影和模糊相關(guān)改變的罕見(jiàn)情況的影響。

種系檢測(cè)的成本各不相同，但大多數(shù)用于種系檢測(cè)的商業(yè)供應(yīng)商檢測(cè)比體細(xì)胞檢測(cè)的成本要便宜得多。缺點(diǎn)包括種系測(cè)試無(wú)法發(fā)現(xiàn)僅在腫瘤組織中出現(xiàn)的任何改變，并且與體細(xì)胞測(cè)試組相比，種系測(cè)試中包含的基因組更小。其他考慮因素與致病性種系變異的遺傳性質(zhì)及其對(duì)可能影響患者心理社會(huì)健康并可能改變家庭動(dòng)態(tài)的家庭成員的影響有關(guān)。

決定誰(shuí)適合進(jìn)行種系檢測(cè)以及何時(shí)進(jìn)行檢測(cè)應(yīng)根據(jù)患者的意愿和疾病狀態(tài)進(jìn)行個(gè)體化。如果已經(jīng)進(jìn)行了測(cè)試并且已知生殖系狀態(tài)，則治療計(jì)劃可能不那么復(fù)雜。在某些情況下，需要進(jìn)行緊急生殖系檢測(cè)以告知未決程序和/或降低風(fēng)險(xiǎn)的手術(shù)決定，包括更廣泛的組織切除術(shù)，例如切除額外的器官或?qū)?cè)組織。關(guān)于生殖系檢測(cè)的一個(gè)小問(wèn)題是，血液系統(tǒng)惡性腫瘤患者的 DNA 可能由于循環(huán)惡性腫瘤的樣本污染而難以測(cè)序。出于這個(gè)原因，大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室不接受外周血或唾液樣本用于活動(dòng)性血液系統(tǒng)惡性腫瘤患者的生殖系檢測(cè)；它們通常需要來(lái)自其他來(lái)源的 DNA，例如來(lái)自皮膚活檢的成纖維細(xì)胞或來(lái)自肌肉活檢的細(xì)胞。建議對(duì)所有轉(zhuǎn)移性前列腺癌患者、任何階段的胰腺癌或卵巢癌患者以及診斷為年齡≤45 歲的乳腺癌患者進(jìn)行種系檢測(cè)。更詳細(xì)的標(biāo)準(zhǔn)可以在適當(dāng)?shù)膰?guó)家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò) (NCCN) 指南中找到適合這些群體之外的生殖系檢測(cè)的人。在患有某些惡性腫瘤（例如前列腺癌和胰腺癌）的患者中，大約一半患有BRCA相關(guān)癌癥的患者由于生殖系BRCA改變而發(fā)展為惡性腫瘤。因此，通過(guò)美國(guó)食品和藥物管理局 (FDA) 批準(zhǔn)的治療方法，檢測(cè)種系 DNA 是一種簡(jiǎn)單的方法，可以快速找到幾乎一半的可靶向改變，而且還可以為患有以下疾病的家庭提供關(guān)鍵信息?？赡懿恢莱蓡T攜帶相關(guān)的致病性種系改變。在這些家庭中，級(jí)聯(lián)測(cè)試可以提供可以挽救生命的監(jiān)測(cè)和干預(yù)策略。

一個(gè)相關(guān)且特別相關(guān)的問(wèn)題是，何時(shí)應(yīng)該在體細(xì)胞檢測(cè)面板上發(fā)現(xiàn)結(jié)果提示后續(xù)種系檢測(cè)？一些機(jī)構(gòu)已經(jīng)制定了算法，可以根據(jù)特定的遺傳標(biāo)準(zhǔn)自動(dòng)轉(zhuǎn)診進(jìn)行種系檢測(cè)。出色的評(píng)論更詳細(xì)地概述了以下注意事項(xiàng)。通常，會(huì)觸發(fā)后續(xù)種系檢測(cè)的體細(xì)胞檢測(cè)結(jié)果會(huì)截?cái)嗯c高外顯性常染色體顯性遺傳疾病相關(guān)的高風(fēng)險(xiǎn)基因（BRCA1、BRCA2、PALB2、MLH1、MSH2和MSH6)，選定的中等風(fēng)險(xiǎn)基因（BRIP1、RAD51C和RAD51D)，以及很可能是種系的特定變體，因?yàn)樗鼈兪浅Ｒ?jiàn)的種系創(chuàng)始人突變。盡管特定基因的可操作性和重要性仍有待討論，但通常在美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)會(huì) (ACMG) 指南的 59 基因列表中找到體細(xì)胞致病性測(cè)序結(jié)果將是生殖系檢測(cè)的一個(gè)指標(biāo)。種系檢測(cè)的另一個(gè)指征是尋找具有 NCCN 有特定管理指南的種系突變的基因，或存在與已知?jiǎng)?chuàng)始人突變一致的改變。當(dāng)患者的腫瘤具有微衛(wèi)星不穩(wěn)定性或超突變（定義為每兆堿基 > 10 個(gè)突變）時(shí)，有必要尋找種系改變，因?yàn)檫@些腫瘤患者中約有 15% 攜帶 Lynch 綜合征基因。通常僅作為體細(xì)胞改變發(fā)現(xiàn)的基因（例如TP53或APC）通常不是生殖系檢測(cè)的指征，除非家族史令人信服。

盡管一些臨床醫(yī)生使用體細(xì)胞測(cè)序報(bào)告中的變異等位基因分?jǐn)?shù)來(lái)決定是否進(jìn)行種系檢測(cè)，但這種方法并不理想，因?yàn)榈任换蚍謹(jǐn)?shù)可能會(huì)被檢測(cè)條件混淆，并且在雜合性缺失的純腫瘤中可能會(huì)發(fā)現(xiàn)高等位基因分?jǐn)?shù)(LOH) 的另一個(gè)等位基因。還有證據(jù)表明，由于各種原因，體細(xì)胞測(cè)序面板并不總能檢測(cè)到體細(xì)胞組織中的種系改變。造成這種情況的原因可能包括在生殖系與體細(xì)胞組中測(cè)試的基因之間的不一致，技術(shù)差異，例如福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 人工制品對(duì)生殖系變異檢測(cè)的干擾，實(shí)驗(yàn)室之間缺乏生殖系變異解釋方面的專(zhuān)業(yè)知識(shí)進(jìn)行僅腫瘤測(cè)序，并且在極少數(shù)情況下，腫瘤組織中的大量缺失掩蓋了種系點(diǎn)突變。

種系測(cè)試的基因突變解釋

對(duì)用于種系變異解釋的術(shù)語(yǔ)的一般理解允許訂購(gòu)醫(yī)療保健從業(yè)人員 (HCP) 提供賊優(yōu)質(zhì)的護(hù)理，并了解當(dāng)前分子檢測(cè)的局限性。并非所有變異都與疾病有關(guān)；遺傳變異的臨床意義屬于一個(gè)范圍。確定致病性的標(biāo)準(zhǔn)在分子實(shí)驗(yàn)室之間有所不同，但大多數(shù)都受到 ACMG 制定的標(biāo)準(zhǔn)和指南的影響。臨床分子實(shí)驗(yàn)室確定變異分類(lèi)，詳細(xì)討論超出了本入門(mén)書(shū)的范圍。簡(jiǎn)而言之，變異分類(lèi)基于不同類(lèi)別中不同強(qiáng)度的證據(jù)，包括人口數(shù)據(jù)、計(jì)算和預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)、功能數(shù)據(jù)、分離數(shù)據(jù)、從頭數(shù)據(jù)、等位基因數(shù)據(jù)和來(lái)自各種數(shù)據(jù)庫(kù)的信息。ACMG 提出了一個(gè) 5 級(jí)分類(lèi)系統(tǒng)，大多數(shù)分子實(shí)驗(yàn)室在其基因檢測(cè)報(bào)告中都遵循該系統(tǒng)（表1）。表格1

美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)院變異分類(lèi)

致病性和可能的??致病性變異在臨床上是可行的，而不確定意義的變異 (VUS) 在做出臨床決定之前需要額外的數(shù)據(jù)和/或功能研究。根據(jù)臨床背景和現(xiàn)有的支持證據(jù)，繼續(xù)監(jiān)測(cè)患有一種或多種 VUS 患者的疾病惡化或新跡象可能是謹(jǐn)慎的，同時(shí)正在努力了解該變異的重要性。

在某些情況下，變異會(huì)被重新分類(lèi)，這可能會(huì)改變患者的管理和治療。VUS 可能會(huì)發(fā)生重新分類(lèi)，在極少數(shù)情況下，以前分類(lèi)為致病/可能致病或良性/可能良性的變異也可能發(fā)生。在這種情況下，報(bào)告實(shí)驗(yàn)室通常會(huì)齊心協(xié)力提醒訂購(gòu)的 HCP。然而，變異重新分類(lèi)并不總是傳達(dá)給護(hù)理團(tuán)隊(duì)。因此，定期聯(lián)系感興趣的分子實(shí)驗(yàn)室以獲得更新的測(cè)試解釋非常重要。

體細(xì)胞測(cè)試

體細(xì)胞（腫瘤）組織的檢測(cè)至關(guān)重要，并且是醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)中賊常用的方法（表 2）?？梢詫?duì)原發(fā)性腫瘤、轉(zhuǎn)移性活檢或循環(huán)腫瘤 DNA（ctDNA，也稱(chēng)為無(wú)細(xì)胞 DNA [cfDNA]）進(jìn)行體細(xì)胞檢測(cè)，每種檢測(cè)都有其優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)。當(dāng)改變通常是軀干時(shí)，原發(fā)性腫瘤組織適合測(cè)試，即在腫瘤發(fā)展時(shí)存在，并且由于在癌發(fā)生和維持惡性腫瘤中的關(guān)鍵作用，預(yù)計(jì)將通過(guò)腫瘤的演變進(jìn)行表型。例子包括BRCA1/2和許多酪氨酸激酶突變。診斷時(shí)的體細(xì)胞檢測(cè)是許多惡性腫瘤護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)的一部分，包括肺腺癌、結(jié)腸癌、黑色素瘤等。檢測(cè)特定基因或全面基因組分析將取決于腫瘤組織學(xué)、分期和付款人覆蓋范圍。

表 2：針對(duì) FDA 批準(zhǔn)的適應(yīng)癥經(jīng)常進(jìn)行的體細(xì)胞檢測(cè)

縮寫(xiě)：FDA，美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局；LOH，雜合性丟失；MSI，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性；MSI-H，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高。

原發(fā)性腫瘤的優(yōu)勢(shì)在于它通常作為診斷活檢，采集是護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)，并且?guī)讉€(gè)可靶向的改變是軀干的，定義為腫瘤發(fā)展時(shí)存在的驅(qū)動(dòng)突變。此外，如上所述，通過(guò)對(duì)原發(fā)性腫瘤進(jìn)行測(cè)序，可以提示腫瘤在易感生殖系改變的背景下出現(xiàn)的可能性。此外，可以隨時(shí)對(duì)原發(fā)腫瘤進(jìn)行測(cè)序，除非活檢樣本被認(rèn)為太舊或退化（根據(jù)特定平臺(tái)要求）。獲得的信息可用于預(yù)測(cè)患者經(jīng)歷疾病進(jìn)展時(shí)相關(guān)的其他治療選擇。缺點(diǎn)包括原始標(biāo)本可能陳舊或腫瘤含量有限的問(wèn)題，

由于治療壓力或克隆進(jìn)化而產(chǎn)生的可靶向性改變被認(rèn)為是進(jìn)化性的。如果進(jìn)化改變是測(cè)序的主要焦點(diǎn)，那么轉(zhuǎn)移活檢或 ctDNA 是更好的選擇。轉(zhuǎn)移活檢的優(yōu)點(diǎn)是組織是當(dāng)代的，腫瘤含量可能高于原發(fā)腫瘤，并且可以檢測(cè)到軀干和進(jìn)化的改變。

對(duì)于特定的腫瘤，持續(xù)分析不斷發(fā)展的基因組改變可以在管理中發(fā)揮關(guān)鍵作用。在非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC) 中，在重復(fù)活檢進(jìn)展時(shí)再次進(jìn)行體細(xì)胞檢測(cè)，以評(píng)估新出現(xiàn)的耐藥突變。在表皮生長(zhǎng)因子受體 ( EGFR ) 突變的肺癌中，耐藥性突變，外顯子 20 p.T790M（點(diǎn)突變），可在使用先進(jìn)代或第二代EGFR酪氨酸激酶抑制劑 (TKI) 治療的患者中出現(xiàn)。即使在接受可治療 T790M 突變肺癌的第三代EGFR TKI 奧希替尼治療的患者中，在進(jìn)展過(guò)程中也可能發(fā)生多種可能的進(jìn)化突變，包括其他EGFR突變，MET/HER2擴(kuò)增和BRAF V600E等等。由于治療選擇壓力和在肺癌中觀察到的分子異質(zhì)性，會(huì)產(chǎn)生耐藥機(jī)制。

轉(zhuǎn)移活檢的缺點(diǎn)包括無(wú)法安全地進(jìn)入轉(zhuǎn)移部位、預(yù)授權(quán)和安排活檢的時(shí)間考慮，以及從骨等部位成功測(cè)序的可能性低于平均水平。此外，由于多種原因，包括腫瘤異質(zhì)性，單個(gè)轉(zhuǎn)移部位可能無(wú)法捕獲所有相關(guān)改變。

過(guò)去十年的重大進(jìn)展極大地提高了使用 ctDNA 指導(dǎo)治療的能力。優(yōu)點(diǎn)包括易于采集，因?yàn)椴杉瘶颖局恍枰檠⑶?ctDNA 池可能更好地反映相關(guān)生物學(xué)，因?yàn)樗赡芊从乘修D(zhuǎn)移組織。缺點(diǎn)是，如果樣本是在腫瘤處于靜止?fàn)顟B(tài)或腫瘤負(fù)荷非常低以至于只有有限量的 DNA 脫落時(shí)采集的，那么測(cè)序嘗試可能不會(huì)有成效。在腫瘤沒(méi)有進(jìn)展時(shí)進(jìn)行 ctDNA 分析不太可能對(duì)多種腫瘤類(lèi)型產(chǎn)生效果。測(cè)序 ctDNA 也比測(cè)序腫瘤活檢更容易檢測(cè)到不是來(lái)自感興趣的腫瘤而是來(lái)自不確定潛能的克隆性造血 (CHIP) 或其他克隆性造血障礙的改變（參見(jiàn)下面的混雜因素部分）。

選擇組織

決定要分析的組織是決策過(guò)程的關(guān)鍵部分（表3）。如果原發(fā)性腫瘤組織較老，則生產(chǎn)性測(cè)序的可能性較低，盡管年齡本身并不是少有的考慮因素，固定方法可能同樣重要。

表3：體細(xì)胞和/或種系測(cè)序的潛在組織

縮寫(xiě)：CHIP，不確定潛能的克隆性造血；ctDNA，循環(huán)腫瘤DNA。

特別是對(duì)于前列腺癌，成功測(cè)序原發(fā)性腫瘤組織的能力隨著低容量活檢（如前列腺針活檢）中腫瘤數(shù)量的減少而降低。一般來(lái)說(shuō)，如果腫瘤含量小于活檢標(biāo)本的 10%，那么測(cè)序不太可能產(chǎn)生效果。此外，如果不知道感興趣的改變是 truncal 的，那么對(duì)不反映當(dāng)前生物學(xué)的組織進(jìn)行測(cè)序可能會(huì)錯(cuò)過(guò)相關(guān)目標(biāo)。轉(zhuǎn)移活檢可能是賊合適的組織，特別是如果該標(biāo)本已經(jīng)獲得。如上所述，轉(zhuǎn)移活檢可能具有較高的腫瘤含量，如果是賊近的，它應(yīng)該反映相關(guān)的生物學(xué)。然而，骨活檢對(duì)于成功測(cè)序的產(chǎn)量相對(duì)較低，因此通常先進(jìn)軟組織病變（例如，肝或淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移）。

無(wú)法安全地進(jìn)入組織通常是一個(gè)考慮因素?？拷匾Y(jié)構(gòu)（例如大血管）或在發(fā)生并發(fā)癥（肝或肺活檢，特別是在服用抗凝藥物的患者中）可能導(dǎo)致嚴(yán)重并發(fā)癥的情況下，可能會(huì)使風(fēng)險(xiǎn)/收益比過(guò)高。據(jù)報(bào)道，無(wú)法進(jìn)行體細(xì)胞測(cè)試通常是由于組織取樣不足。ctDNA 是一種有吸引力的替代方案，但通常應(yīng)在腫瘤進(jìn)展且腫瘤負(fù)荷合理且更有可能脫落 DNA 時(shí)提取。在沒(méi)有明顯放射影像學(xué)轉(zhuǎn)移的患者或腫瘤得到良好控制的患者中進(jìn)行 ctDNA 分析不太可能產(chǎn)生可解釋的結(jié)果。

解釋結(jié)果

對(duì)腫瘤組織進(jìn)行測(cè)序的目的是確定生物學(xué)上重要的改變，并可能提供治療杠桿點(diǎn)。然而，決定哪些改變是相關(guān)的并不總是直截了當(dāng)?shù)摹＠?，任何正常的個(gè)體基因組都包含大約 10,000 個(gè)錯(cuò)義變體、數(shù)百個(gè)插入/缺失變體和數(shù)十個(gè)蛋白質(zhì)截?cái)嘧凅w。在沒(méi)有對(duì)正常和組織樣本進(jìn)行配對(duì)測(cè)序的情況下，將這些作為個(gè)體一部分的改變與腫瘤特異性和具有功能意義的改變區(qū)分開(kāi)來(lái)可能很困難。

具體改動(dòng)

盡管大多數(shù)商業(yè)供應(yīng)商在測(cè)序報(bào)告中提供了重要信息，以幫助腫瘤 HCP 決定哪些改變是相關(guān)的，但報(bào)告并不總是清楚的。在許多情況下，該報(bào)告將具體說(shuō)明這種改變以前是否被報(bào)告為致病性或良性。然而，一些平臺(tái)將報(bào)告不知道是腫瘤生物學(xué)驅(qū)動(dòng)因素的改變。重要的是要意識(shí)到，如果變異沒(méi)有被報(bào)告為致病性，則不應(yīng)僅僅因?yàn)樗鼈儽话趫?bào)告中就認(rèn)為它們是致病性的。更有可能成為相關(guān)生物學(xué)驅(qū)動(dòng)因素的改變是那些改變基因和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的改變，包括移碼 (fs*)、無(wú)意義（由以“X”或“*”結(jié)尾的序列表示）、

對(duì)于某些基因，只有特定的改變是可靶向的，并不是所有的改變對(duì)蛋白質(zhì)功能都有相同的影響。盡管某些基因和蛋白質(zhì)的過(guò)表達(dá)是可操作的（例如，HER2），但基因的擴(kuò)增并不一定表明它是可靶向的。在 NSCLC 中，特定的改變傳達(dá)了對(duì)靶向治療的敏感性。例如，在EGFR突變的 NSCLC 中，對(duì)EGFR TKI 的敏感突變是外顯子 19 缺失和外顯子 21 L858R 點(diǎn)突變（賊常見(jiàn)的突變），以及在外顯子 18-21 中發(fā)現(xiàn)的不太常見(jiàn)的突變。然而，除了少數(shù)例外，外顯子 20 突變對(duì)EGFR TKI 沒(méi)有反應(yīng)。患有不具有致敏性的腫瘤的患者不應(yīng)使用EGFR TKI治療EGFR突變。在多種實(shí)體瘤中，NTRK 1/2/3 的基因融合充當(dāng)致癌驅(qū)動(dòng)因素。涉及 TRK 的羧基末端激酶結(jié)構(gòu)域和上游氨基末端伴侶的染色體融合事件導(dǎo)致嵌合蛋白原肌球蛋白受體激酶 (TRK) A/B/C 的過(guò)表達(dá)，從而產(chǎn)生組成型活性、不依賴(lài)配體的下游信號(hào)傳導(dǎo)。在 NTRK 1/2/3 基因融合的患者中，拉羅替尼和恩替替尼，TRK 的小分子抑制劑，已顯示出抗腫瘤活性。除了這些融合之外，沒(méi)有已知的改變是可靶向的。

等位基因分?jǐn)?shù)

了解測(cè)序組織中感興趣的改變相對(duì)于估計(jì)的腫瘤含量的分?jǐn)?shù)（或比例）可以幫助做出決策。并非所有平臺(tái)都會(huì)提供此信息，稱(chēng)為突變等位基因分?jǐn)?shù) (MAF) 或變異等位基因分?jǐn)?shù) (VAF)，但有時(shí)會(huì)根據(jù)要求提供。如果來(lái)自活檢，平臺(tái)通常會(huì)提供對(duì)被采樣組織中腫瘤百分比的估計(jì)。如果 MAF 在測(cè)序組織（包括 ctDNA）中的含量約為 50%，那么它很有可能是種系變異。然而，一些基因的種系改變存在細(xì)微差別，例如BRCA1/2, 可伴隨基因的另一個(gè)等位基因 (LOH) 的丟失。在這種情況下，如果大部分循環(huán) DNA 來(lái)自腫瘤，則 MAF 可能 > 50%。

如果同一基因有 2 個(gè)改變，其中 MAF 百分比各占腫瘤總百分比的一半，則雙等位基因改變的可能性很高。這些類(lèi)型的配對(duì)改變或一個(gè)具有明顯 LOH 或拷貝丟失的突變將再次表明該改變很可能實(shí)際上是致病性的并且是相關(guān)的驅(qū)動(dòng)因素。并非所有致病性改變都必須是雙等位基因才能成為驅(qū)動(dòng)突變，但在BRCA1/2或錯(cuò)配修復(fù)缺陷基因中，雙等位基因改變的存在增加了它們致病的可能性。

超突變的腫瘤——有時(shí)每兆字節(jié) DNA 包含數(shù)百個(gè)突變——解釋起來(lái)可能特別復(fù)雜，因?yàn)樵S多改變是超突變的函數(shù)而不是驅(qū)動(dòng)突變的可能性增加了。當(dāng)錯(cuò)配修復(fù)基因和基因（例如BRCA1/2 ）同時(shí)發(fā)生突變時(shí)，這一點(diǎn)尤為重要。如果腫瘤是微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高或超突變，則同時(shí)發(fā)生BRCA1/2改變通常是乘客，因?yàn)槟[瘤很少有共存的“特征”，表明它們?cè)谕粗亟M方面存在真正的缺陷。BRCA1/2等30個(gè)大基因具有由于微衛(wèi)星不穩(wěn)定性而容易發(fā)生移碼突變的微衛(wèi)星束，在這種情況下，這種突變通常是亞克隆的，而不是驅(qū)動(dòng)因素。在超突變腫瘤中，除了錯(cuò)配修復(fù)缺陷或聚合酶基因之外的任何突變都是可靶向驅(qū)動(dòng)的可能性顯著降低。

混雜因素

在某些情況下，解釋可能特別具有挑戰(zhàn)性。例如，可以在 ctDNA 中檢測(cè)到可能不是由于腫瘤而是由于 CHIP 引起的FDA 標(biāo)簽指示（例如ATM或BRCA2 ）的幾種改變。CHIP 代表由于暴露于 DNA 損傷劑（例如鉑化療）或老化的結(jié)果而發(fā)育不良的造血克隆，并且當(dāng)造血干細(xì)胞的突變提供競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)時(shí)出現(xiàn)。可以檢測(cè)到的賊常見(jiàn)的 CHIP 克隆是DNMT3A、ASXL1或TET2; 因?yàn)檫@些改變是不可靶向的，所以它們的重要性主要在于患者是否有血液學(xué)異常的證據(jù)，這可能代表了一種不斷發(fā)展的造血障礙。由于 CHIP 改變可能與 FDA 批準(zhǔn)的藥物存在的體細(xì)胞改變重疊，例如ATM或CHEK2（用于前列腺癌的奧拉帕尼）和BRCA2（在一系列適應(yīng)癥中的聚-ADP-核糖聚合酶抑制劑），因此人們擔(dān)心 CHIP 可能導(dǎo)致患者因 CHIP 而不是腫瘤的不當(dāng)治療而受到傷害，治療不可能影響腫瘤，從而導(dǎo)致治療延誤。決定一個(gè)改變是否代表 CHIP 的一般考慮因素包括排除其中 VAF < 1% 以及感興趣的改變中的 VAF < 20% 的樣本中估計(jì)的腫瘤分?jǐn)?shù)的改變。在患有真正的骨髓增生異?；蚵粤馨图?xì)胞白血病的患者中發(fā)現(xiàn)了例外情況，由于循環(huán)腫瘤負(fù)荷，這些患者的 VAF 可能遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò) 50%。確定在 ctDNA 上檢測(cè)到的改變反映腫瘤而非 CHIP 的少有方法是使用具有匹配的腫瘤正常測(cè)序的測(cè)定。

其他資源

對(duì)于腫瘤學(xué) HCP，幫助選擇和解釋適當(dāng)測(cè)試的賊佳資源可能是通過(guò)專(zhuān)門(mén)的分子腫瘤學(xué)腫瘤委員會(huì)和為這些腫瘤委員會(huì)做出貢獻(xiàn)的主題專(zhuān)家。在美國(guó)退伍軍人事務(wù)部，所有 HCP 都可以輕松訪問(wèn)國(guó)家正確腫瘤學(xué)計(jì)劃及其附屬臨床服務(wù)，例如訂購(gòu)全國(guó)咨詢(xún)和分子腫瘤委員會(huì)教育的選項(xiàng) ( www.cancer.va.gov )。許多商業(yè)供應(yīng)商提供支持以協(xié)助解決解釋問(wèn)題并為臨床決策提供信息?？梢詭椭_定改變是否致病的其他資源包括廣泛的精選數(shù)據(jù)庫(kù)，例如 ClinVar ( www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar) 和人類(lèi)基因突變數(shù)據(jù)庫(kù) ( www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php ) 用于生殖系改變或 COSMIC (cancer.sanger.ac.uk/cosmic) 用于體細(xì)胞改變。OncoKB ( www.oncokb.org ) 是一個(gè)資源，可幫助確定使用藥劑針對(duì)特定改變的證據(jù)級(jí)別，并協(xié)助將致病性分配給特定改變。用于基因組學(xué)和遺傳學(xué)培訓(xùn)的其他教育資源也包含在附錄.

其他資源

技術(shù)的快速發(fā)展和增強(qiáng)對(duì)相關(guān)腫瘤生物學(xué)理解的能力繼續(xù)改善男性和女性治療惡性腫瘤的治療前景，以及腫瘤正確治療價(jià)格與益處分析團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)具有潛在臨床益處的靶向基因改變的能力。

Fed Pract. 2022 May; 39(Suppl 2): S16–S24.

Published online 2022 May 13. doi: 10.12788/fp.0270