【佳學(xué)基因檢測(cè)】用于未加分類的原發(fā)性癌癥診斷和治療的新基因檢測(cè)技術(shù)

不能明確根據(jù)組織起源分類的癌癥基因檢測(cè)導(dǎo)讀：

NGS 和其他分子技術(shù)為有效治療 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者創(chuàng)造了巨大希望，并選擇他們進(jìn)行分子靶向療法（不可知療法）和免疫療法。診斷技術(shù)和生物靶向療法的發(fā)展可以使 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的患者獲得現(xiàn)代療法并改變他們的結(jié)果。

不能明確根據(jù)組織起源分類的癌癥基因檢測(cè)簡介

未知原發(fā)性癌癥 (CUP) 是一種罕見的異質(zhì)性腫瘤，其中存在一個(gè)或多個(gè)轉(zhuǎn)移，但原發(fā)部位的位置未知。使用免疫組織化學(xué)對(duì)此類轉(zhuǎn)移性材料進(jìn)行病理學(xué)診斷具有一很大的困難，并且通常無法確定起源組織 (ToO)。對(duì)腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥患者進(jìn)行全身治療的方案選擇通?；诮?jīng)驗(yàn)，預(yù)后一般較差。新的分子基因檢不則技術(shù)可以識(shí)別起源組織，并用于在具有特定分子異常的各種惡性腫瘤中選擇曾經(jīng)是未曾得知的療法?？梢允褂酶鞣N分子測(cè)定來鑒定癌細(xì)胞中的可進(jìn)行靶向藥物治療驅(qū)動(dòng)突變或基因重排，其中特別有價(jià)值的是下一代測(cè)序技術(shù)。這些基因檢測(cè)可以識(shí)別腫瘤來源并允許個(gè)性化治療。然而，目前的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 管理指南不建議對(duì)基因表達(dá)和表觀基因因素進(jìn)行常規(guī)檢測(cè)。這主要是由于沒有足夠的證據(jù)支持通過這種方法改善 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的預(yù)后。用于未加分類的原發(fā)性癌癥診斷和治療的新基因檢測(cè)技術(shù)總結(jié)了新基因技術(shù)在 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 診斷中的優(yōu)缺點(diǎn)，并提出了更新 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 管理的建議。

未明確起源組織的腫瘤基因檢測(cè)關(guān)鍵詞

未知起源,原發(fā)性癌癥,分子靶向治療,組織不可知藥物,正確醫(yī)學(xué),二代測(cè)序

1.未明確起源組織的腫瘤的診斷與治療

未知原發(fā)性癌癥（未明確分類的原發(fā)性癌癥；以前定義為來源不明的惡性腫瘤）代表一種異質(zhì)性臨床疾病，其中存在一個(gè)或多個(gè)轉(zhuǎn)移，但原發(fā)部位的位置未知。這可能是由于原發(fā)性腫瘤消退（例如，黑色素瘤）或可用的成像方法無法檢測(cè)到腫瘤（例如，乳腺癌或肺癌）。事實(shí)上，一些惡性腫瘤（例如，乳腺癌、胰腺癌和黑色素瘤）會(huì)產(chǎn)生早期遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移，這些轉(zhuǎn)移可以在原發(fā)腫瘤被診斷之前檢測(cè)到。由于特異性低，轉(zhuǎn)移性物質(zhì)的免疫組織化學(xué)通常提供提示，并且僅在少數(shù)情況下（例如，對(duì)于結(jié)腸樣 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥）顯示明確的診斷。同樣，RNA 的質(zhì)量和數(shù)量較差，經(jīng)常妨礙使用基于 RNA 的分子技術(shù)確定組織起源 (ToO)。賊常診斷的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 包括腺癌和低分化或未分化腫瘤，以及較少見的鱗狀細(xì)胞癌和神經(jīng)內(nèi)分泌癌。在尸檢系列中，賊常見的未明確分類的原發(fā)性癌癥起源器官是肺癌和胰腺癌，而基于分子的檢測(cè)顯示結(jié)直腸癌的發(fā)生率更高。多年來，所有癌癥診斷的未明確分類的原發(fā)性腫瘤 檢出率一直保持在 3% 左右，這表明自該疾病狀況被注意到以來，檢測(cè)技術(shù)沒有發(fā)生顯著改進(jìn)。

腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的預(yù)后通常是不利的，因?yàn)閻盒阅[瘤根據(jù)定義是轉(zhuǎn)移性的。此外，很難選擇合適的全身治療來匹配特定類型的癌癥。因此，識(shí)別組織起源的分子診斷可以為治療選擇提供信息。首先，此類診斷增加了建立 組織來源 的可能性（基于原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤的分子相似性）。其次，診斷識(shí)別基因變化，這可能會(huì)識(shí)別患者進(jìn)行分子定制的全身治療。然而，目前的 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷和治療指南不建議對(duì)基因表達(dá)和表觀遺傳因素進(jìn)行常規(guī)檢測(cè)，主要是因?yàn)橹С制渑R床益處的證據(jù)不足。事實(shí)上，兩項(xiàng)前瞻性隨機(jī)試驗(yàn)比較了經(jīng)驗(yàn)性化療和由綜合分子基因表達(dá)分析指導(dǎo)的定制治療，未能顯示后一種方法改善了臨床結(jié)果。此外，基因檢測(cè)可能僅識(shí)別出攻擊性 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 行為，但不允許選擇適當(dāng)?shù)闹委煼椒?。常見的遺傳、表觀遺傳和免疫因素可能通過增強(qiáng)免疫系統(tǒng)來抑制原發(fā)性腫瘤增殖，但同時(shí)有助于刺激轉(zhuǎn)移性生長 發(fā)生組織。未明確分類的原發(fā)性腫瘤 細(xì)胞的特征包括磷酸肌醇 3-激酶和絲裂原活化蛋白激酶信號(hào)通路的激活、顯著的 DNA 損傷和 DNA 修復(fù)酶的低表達(dá)。

使用轉(zhuǎn)移性腫瘤活檢材料或液體活檢（通常涉及外周血）進(jìn)行 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的分子檢測(cè)。液體活檢材料似乎是研究 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的起源和分子譜的理想選擇，特別是當(dāng)轉(zhuǎn)移性腫瘤位于難以到達(dá)的區(qū)域時(shí)。此外，液體活檢代表了所有腫瘤病灶的分子特征，從而有助于識(shí)別發(fā)生癌癥的器官。然而，液體活檢的局限性在于其敏感性不足，特別是在患有寡轉(zhuǎn)移性疾病的患者中。在這些情況下，循環(huán)腫瘤 DNA (ctDNA) 和 mRNA 的量可能太低，無法進(jìn)行高效的基因檢測(cè)。研究游離循環(huán)腫瘤細(xì)胞 (CTC) 的基因物質(zhì)更具挑戰(zhàn)性 。

2. 用于建立 組織來源 的分子測(cè)試

目前，有關(guān)癌癥治療的決定是基于病理診斷，否則治療策略會(huì)受到很大限制，并且通常不可能獲得創(chuàng)新療法。然而，隨著靶向治療的快速發(fā)展，基于分子腫瘤特征的治療可能更可取。腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中使用多種基因方法來定義 組織來源。這些包括通過微陣列或逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng) (RT-PCR) 確定 mRNA 水平的多基因表達(dá)和 microRNA 表達(dá)，以及通過甲基化特異性 PCR (MS-PCR) 進(jìn)行 DNA 甲基化測(cè)試。此外，PCR、RT-PCR 和熒光原位雜交可用于確定癌細(xì)胞或 ctDNA 中是否存在驅(qū)動(dòng)突變和基因重排。所有這些異常都可以通過下一代測(cè)序 (NGS) 技術(shù)同時(shí)研究。用于識(shí)別 未明確分類的原發(fā)性癌癥 中 組織來源 的分子檢測(cè)方法及其與臨床和（免疫）組織學(xué)診斷的一致性總結(jié)在表1發(fā)生組織。然而，應(yīng)謹(jǐn)慎考慮呈現(xiàn)的百分比，因?yàn)樗鼈內(nèi)狈?duì)組織來源預(yù)測(cè)的交叉驗(yàn)證以及通過臨床和免疫組織學(xué)合理性進(jìn)行的復(fù)核。盡管 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 的分子診斷是有希望的，但目前在缺乏免疫組織化學(xué)檢測(cè)材料的情況下，尚無強(qiáng)有力的證據(jù)表明通過液體活檢進(jìn)行組織來源鑒定。此外，還沒有臨床試驗(yàn)證明個(gè)性化治療比經(jīng)驗(yàn)性化療對(duì) 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的療效更高 發(fā)生組織。

表格1：用于識(shí)別 未明確分類的原發(fā)性癌癥 中起源組織 (ToO) 的分子檢測(cè)方法 發(fā)生組織

識(shí)別發(fā)生組織位置的早期基因方法具有 60-95% 的正確度。分子圖譜可以高概率區(qū)分幾種腫瘤類型，包括非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC)、結(jié)直腸癌、卵巢癌、胰腺癌、乳腺癌、腎癌、尿路癌、鱗狀細(xì)胞癌頭頸部、胸膜間皮瘤、膽道癌、膽管癌和肝細(xì)胞癌。然而，如果沒有對(duì)原發(fā)病變進(jìn)行病理學(xué)確認(rèn)，這些診斷就無法確定。在確定低分化癌癥和需要多重抗原染色的癌癥的原發(fā)灶位置方面，基因表達(dá)譜顯示比免疫組織化學(xué)更高的正確性。對(duì) ctDNA 中選定基因的啟動(dòng)子區(qū)域進(jìn)行甲基化測(cè)試可以將肺癌和結(jié)直腸癌患者與健康個(gè)體區(qū)分開來——敏感性分別為 83% 和 89%——但對(duì)胰腺癌的敏感性較低（低于 50%）。目前的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 診斷和治療指南不推薦常規(guī)基因表達(dá)和甲基化檢測(cè)，因?yàn)闆]有證據(jù)表明建立組織起源可以改善 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的預(yù)后。

將 NGS 技術(shù)引入癌癥診斷為個(gè)性化靶向治療和免疫治療提供了先進(jìn)的檢測(cè)目標(biāo)。用于確定組織來源的 NGS 技術(shù)的前身是 CancerSEEK 測(cè)試，該測(cè)試使用多重 PCR 和液體活檢 。在一項(xiàng)涉及 626 名患有各種癌癥（卵巢癌、肺癌、肝癌、胃癌、胰腺癌、乳腺癌和結(jié)腸直腸癌）的患者和 812 名健康個(gè)體的研究中，CancerSEEK 以 69% 和 98% 之間的敏感性區(qū)分癌癥受試者和健康受試者，具體取決于關(guān)于癌癥的類型。這些結(jié)果在前瞻性 DETECT A 研究中得到驗(yàn)證，該研究包括 10,000 多名以前不知道患有癌癥的女性 發(fā)生組織。CancerSEEK 以低敏感性 (27%) 識(shí)別出無癥狀的早期癌癥，但特異性高達(dá) 99%。作者得出結(jié)論，通過同時(shí)使用基因檢測(cè)和影像學(xué)研究（在本例中為 PET-CT），可以在早期無癥狀階段檢測(cè)癌癥。

使用 NGS 測(cè)試多個(gè)基因、microRNA 和 DNA 突變的表達(dá)比使用 RT-PCR、微陣列或多重 PCR 技術(shù)測(cè)試更有效、更正確和更靈敏。然而，用于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷的 NGS 的主要優(yōu)勢(shì)是可以同時(shí)檢查（在單個(gè)反應(yīng)中）循環(huán)游離 DNA (cfDNA) 和 mRNA 或腫瘤細(xì)胞中的多個(gè)基因突變和基因重排 發(fā)生組織。使用 NGS 技術(shù)的三組主要測(cè)試包括全基因組測(cè)序 (WGS)、所有編碼序列的全外顯子組測(cè)序，以及基因組中選定熱點(diǎn)的測(cè)序——即具有關(guān)鍵和賊常見基因突變的位點(diǎn)。綜合基因組分析 [CGP]) 。CGP 越來越多地用于臨床實(shí)踐。

分子靶向治療的患者選擇需要識(shí)別潛在的可操作體細(xì)胞突變或基因重排（賊常見于癌基因）。評(píng)估腫瘤突變負(fù)荷 (TMB) 和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 (MSI) 水平也很重要。在大多數(shù)情況下，通常同時(shí)檢測(cè) 300 多個(gè)基因的 NGS panel 滿足這些要求。首批評(píng)估 NGS 在區(qū)分癌癥患者和健康個(gè)體方面正確性的研究之一使用了 cfDNA 和白細(xì)胞中 507 個(gè)基因的配對(duì)測(cè)序、用于拷貝數(shù)變異的 WGS 和用于甲基化的 cfDNA WGS，涉及 749 名健康人和 878 名患者在各種癌癥的早期（I-III）。NGS 的敏感性在 60% 到 90% 之間變化，具體取決于癌癥類型 發(fā)生組織。

NGS 檢測(cè)到的一些基因異常僅適用于一種癌癥。其他的發(fā)生在多種腫瘤類型中，但頻率不同。賊常見的基因異常是KRAS基因突變，它發(fā)生在約50% 的結(jié)直腸癌和30 % 的非小細(xì)胞肺癌、胰腺癌和甲狀腺癌中。BRAF基因的突變?cè)诤谏亓觯?0%）中相對(duì)常見，但在結(jié)直腸癌（5%）和非小細(xì)胞肺癌（1.5%）中很少見。因此，測(cè)試KRAS和BRAF基因在識(shí)別組織起源方面的價(jià)值有限。其他基因異常很少見，但發(fā)生在兒童和成人的幾種惡性腫瘤中 。此類疾病的例子是NTRK1、NTRK2和NTRK3基因重排——可能存在于各種癌癥類型中，包括 NSCLC、結(jié)腸癌和直腸癌。

研究NTRK基因重排對(duì)于識(shí)別罕見的癌癥特別重要，這些癌癥更常見的是這種異常。例如，超過 75% 的分泌性唾液腺癌和分泌性乳腺癌攜帶這些異常。NTRK基因重排在胃腸道間質(zhì)瘤、甲狀腺癌和一些罕見的兒童和青少年惡性腫瘤中也相對(duì)常見，例如纖維肉瘤（>75%）、斯皮茨痣（5-75%）和先天性中胚層腎瘤（5-75%） ) 。賊后一組基因異常是僅針對(duì)一種癌癥的變化。例如，在 cfDNA 或來自轉(zhuǎn)移部位的腫瘤細(xì)胞中檢測(cè)到 18-21 外顯子的 EGFR 基因突變以與病理檢查相同的概率確認(rèn) NSCLC 診斷（表 2) 。

表 2：對(duì)具有明確基因異常的成年癌癥患者（NSCLC、非小細(xì)胞肺癌；GIST、胃腸道間質(zhì)瘤）賊重要的個(gè)性化治療。

3. 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者治療選擇的分子檢測(cè)

3.1 化療方案的選擇

先進(jìn)個(gè)使用基因組分析的實(shí)驗(yàn)（主要通過微陣列技術(shù)評(píng)估 mRNA 表達(dá)和通過 MS-PCR 評(píng)估 DNA 甲基化）旨在識(shí)別涉及化學(xué)敏感和化學(xué)抗性腫瘤的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 患者 發(fā)生組織。在實(shí)驗(yàn)之前，2013 年，Hainsworth 等人。確定了 252 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者中 92 個(gè)基因的表達(dá)，這使得治療個(gè)性化成為可能。在實(shí)驗(yàn)中根據(jù)基因檢測(cè)選擇接受治療（主要是化療）的患者的中位總生存期 (OS) 為 12.5 個(gè)月，而未進(jìn)行分子診斷的患者為 9-10 個(gè)月 發(fā)生組織。使用分子譜確定的化療敏感組和化療耐藥組的中位 OS 分別為 13.4 個(gè)月和 7.6 個(gè)月。Yoon 等人的第 2 階段研究。評(píng)估了使用基于 2000 個(gè)基因表達(dá)微陣列的檢測(cè)的基因表達(dá)譜是否可以識(shí)別腫瘤起源并預(yù)測(cè)對(duì) mTORC1 抑制劑的反應(yīng)——依維莫司聯(lián)合卡鉑和依托泊苷，這是一種常規(guī)用于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的廣譜化療方案。表達(dá)譜鑒定了常規(guī)使用鉑/紫杉烷方案的腫瘤（NSCLC、膀胱癌、乳腺癌和卵巢癌）和鉑耐藥的腫瘤（肝細(xì)胞癌、結(jié)直腸癌和胰腺癌）。先進(jìn)組的中位無進(jìn)展生存期和 OS 分別為 6.4 和 17.8 個(gè)月，第二組分別為 3.5 和 8.3 個(gè)月。另一項(xiàng)研究表明，具有結(jié)直腸亞型癌癥分子特征的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者在接受該惡性腫瘤治療后的中位 OS 為 24 個(gè)月，與組織病理學(xué)證實(shí)的晚期結(jié)直腸癌患者相似。這反映在 2015 年歐洲腫瘤內(nèi)科學(xué)會(huì)關(guān)于具有結(jié)直腸癌分子亞型的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的治療建議中 發(fā)生組織。這些研究中賊大的一項(xiàng)表明，不同基因的啟動(dòng)子區(qū)域的甲基化允許組織起源識(shí)別，靈敏度為 99.6%，特異性為 97.7% 發(fā)生組織。值得注意的是，與腫瘤類型相匹配的治療導(dǎo)致中位 OS 為 13.6 個(gè)月，而接受經(jīng)驗(yàn)性治療的患者為 6.0 個(gè)月 發(fā)生組織。然而，在這項(xiàng)研究中，具有不同甲基化基因狀態(tài)的患者并未被隨機(jī)分配到研究組，觀察結(jié)果可能并不有效高效。

3.2. 靶向治療和免疫治療的選擇

NGS 技術(shù)的引入有效改變了個(gè)性化癌癥治療的可能性。無論癌癥類型如何，特定基因異常的存在決定了分子靶向治療的有效性。組織不可知論療法的概念假定治療是根據(jù)其分子和免疫學(xué)特征選擇抗癌藥物，而不管它們的類型和來源。此類療法可以使用相同的藥物來治療所有類型的癌癥，并使用相同的生物標(biāo)志物來進(jìn)行治療選擇。與組織無關(guān)的藥物越來越多地用于各種惡性腫瘤。癌基因中驅(qū)動(dòng)突變的發(fā)生導(dǎo)致異常的蛋白質(zhì)信號(hào)通路——現(xiàn)在可以用小分子化合物阻斷，賊常見的是酪氨酸和絲氨酸/蘇氨酸激酶抑制劑。反過來，與致癌物活性和 DNA 修復(fù)缺陷（例如，由于高 MSI）相關(guān)的高 TMB 水平導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞的免疫原性增加。針對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制劑的免疫療法對(duì)此類患者特別有效。

NGS 技術(shù)和不可知療法的使用為 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的有效治療創(chuàng)造了巨大希望。然而，在許多國家，基于已識(shí)別的基因異常而非病理診斷，使用靶向化合物治療癌癥患者，這種選擇是不允許的。只有兩種NTRK抑制劑（larotrectinib 和 entrectinib）在歐盟使用基因檢測(cè)進(jìn)行注冊(cè)。反過來，在美國，與組織無關(guān)的藥物已經(jīng)獲得了針對(duì)各種實(shí)體瘤的多項(xiàng)注冊(cè) 發(fā)生組織。2020 年，美國食品藥品監(jiān)督管理局 (FDA) 批準(zhǔn)了進(jìn)步 NGS 檢測(cè)來選擇患者進(jìn)行分子靶向治療 。這是 FoundationOne 伴隨診斷 CDx 分析，評(píng)估 324 個(gè)基因，包括剪接 MET 突變（對(duì)于 MET 抑制劑——tepotinib 和 capmatinib）、NTRK 重排（對(duì)于NTRK抑制劑——larotrectinib 和 entrectinib）和RET重排（對(duì)于RET抑制劑——selpercatinib 和 pralsetinib） ，以及液體活檢材料和癌組織中的 TMB、MSI 和 DNA 錯(cuò)配修復(fù)缺陷。Pembrolizumab 是 FDA 注冊(cè)的先進(jìn)個(gè)免疫治療藥物，用于治療具有高 TMB 的實(shí)體瘤，無論病理診斷如何。在 28% 的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 病例中報(bào)告了高 TMB、MSI 或 PD-L1 表達(dá)，并且由于派姆單抗 [ 55 , 56 ,57 ]。對(duì)于具有明確基因突變的患者，賊重要的個(gè)性化治療方案列于表 2。

一項(xiàng)薈萃分析評(píng)估了 15 篇出版物，其中包括 11 項(xiàng) NGS 基因組分析研究，1806 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者中有 85% 有至少一個(gè)分子改變，賊常見于TP53 (42%)、KRAS (19%)、PIK3CA (9.3 %) 和CDKN2A (8.8%) 基因。47% 的患者有基因突變，這可能成為在美國或歐盟注冊(cè)的分子療法的目標(biāo)或在臨床試驗(yàn)中進(jìn)行調(diào)查。然而，這個(gè)值可能被高估了，因?yàn)樵谂R床試驗(yàn)中某些分子異常的存在與靶向治療的有效性之間沒有明確的關(guān)系。包含在薈萃分析中的賊大研究之一在 442 名 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者中使用了 ctDNA 中的熱點(diǎn)測(cè)序（超過 70 個(gè)基因）發(fā)生組織。66%的患者發(fā)現(xiàn)基因異常，其中賊常受影響的是TP53（37%）、KRAS（19%）、PIK3CA（15%）、BRAF（7.5%）和MYC(7.5%) 基因。尚未針對(duì)TP53抑制基因中賊常見的癌癥突變開發(fā)靶向治療。

一項(xiàng)正在進(jìn)行的 II 期試驗(yàn)——腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥ISCO ( NCT03498521 )——正在比較分子靶向治療和免疫治療（由使用 NGS 的綜合基因組分析指導(dǎo)）與標(biāo)準(zhǔn)鉑類化療對(duì)先前接受過三個(gè)誘導(dǎo)周期的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的療效和安全性鉑類化療 。該研究預(yù)計(jì)將于 2022 年結(jié)束，將包括 790 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者。組織和/或液體活檢材料經(jīng)過 FoundationOne CGP 測(cè)試。對(duì)誘導(dǎo)化療有反應(yīng)的患者以 3:1 的比例隨機(jī)分配到接受基于分子譜的治療組和繼續(xù)化療組。誘導(dǎo)化療后病情進(jìn)展的患者并非隨機(jī)分組，可能直接符合個(gè)性化治療的條件 。選擇用于分子靶向治療和免疫治療的基因突變包括EGFR、BRCA1/2、HER2、PTCH1和BRAF基因；ALK、ROS1、NTRK1/2/3和RET基因重排；PIK3CA、PTEN和AKT1/2/3基因缺失；TMB；和MSI 。主要終點(diǎn)是無進(jìn)展生存期，次要終點(diǎn)是 OS、對(duì)治療的反應(yīng)和臨床獲益的持續(xù)時(shí)間。對(duì)于每位患者，個(gè)性化治療的資格由一個(gè)由醫(yī)生和診斷專家組成的多專業(yè)團(tuán)隊(duì)組成的分子腫瘤委員會(huì)確定。此類團(tuán)隊(duì)現(xiàn)已在許多臨床中心實(shí)施，以指導(dǎo)正確醫(yī)療 。未明確分類的原發(fā)性癌癥ISCO 試驗(yàn)計(jì)劃于 2023 年 6 月發(fā)布。

相反，不同類型癌癥的相同基因異?？赡軟Q定分子靶向治療的不同療效。例如，BRAF基因 V600 突變的黑色素瘤對(duì)所有已注冊(cè)的BRAF抑制劑（威羅非尼、達(dá)拉非尼和恩科拉非尼）和 MEK（曲美替尼、考比替尼和比美替尼）都有反應(yīng)。只有達(dá)拉非尼和曲美替尼用于BRAF突變的NSCLC 和恩科拉非尼聯(lián)合西妥昔單抗（一種抗 EGFR 抗體）用于BRAF突變的結(jié)直腸癌。因此，不可知療法的使用可能會(huì)受到個(gè)體藥物對(duì)攜帶相同基因異常的不同腫瘤類型患者療效差異的限制。

3.3. 分子檢測(cè)在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷中的局限性

由于缺乏大型隨機(jī)臨床試驗(yàn)的高效結(jié)果，臨床上 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 分子診斷的實(shí)施受到限制。因此，關(guān)于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的診斷和治療管理的國際建議很少。此外，歐洲醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)會(huì)的建議可以追溯到 2015 年，西班牙的建議可以追溯到 2018 年；只有國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò) (NCCN) 的建議是相對(duì)較新的。這是由于幾個(gè)原因。首先，原發(fā)腫瘤的有效緩解、延長的生存期和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的生長表明 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的臨床和分子異質(zhì)性很高。在這種情況下，制定統(tǒng)一的診斷和治療標(biāo)準(zhǔn)具有挑戰(zhàn)性。另一個(gè)問題是從轉(zhuǎn)移病灶進(jìn)入腫瘤組織的途徑有限。它可能非常稀缺（例如，當(dāng)需要細(xì)針活檢時(shí)）或有效不可用。此外，含有少量腫瘤細(xì)胞的材料可能只能識(shí)別出單個(gè)腫瘤細(xì)胞克隆，不能代表剩余的轉(zhuǎn)移性病變和原發(fā)性腫瘤 。

這些問題的解決方案可能是在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的分子診斷中使用液體活檢。外周血可能含有 ctDNA、microRNA、mRNA和CTC 。這種材料來源于原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤；因此，它代表了所有腫瘤部位并反映了腫瘤內(nèi)發(fā)生的過程（例如，強(qiáng)烈的增殖、擴(kuò)散和壞死）。它也很容易以非侵入性方式獲得。液體活檢中進(jìn)行的基因檢測(cè)可以重復(fù)多次，可用于診斷、治療選擇、治療效果監(jiān)測(cè)和預(yù)后預(yù)測(cè)。不幸的是，來自 CTC 的材料通常極為稀缺。如果沒有用于分析的富集程序（例如，F(xiàn)DA 批準(zhǔn)的用于 EpCAM 陽性細(xì)胞捕獲的 CellSearch 平臺(tái)），幾乎不可能在外周血中找到 CTC 發(fā)生組織。然而，由于這種情況下 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的侵襲性過程（早期存在遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移），外周血中 CTC 的數(shù)量可能更高，從而增加了 NGS 檢測(cè)的可能性。此外，正在開發(fā)對(duì)來自單個(gè)腫瘤細(xì)胞的遺傳物質(zhì)進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序的先進(jìn)技術(shù)，使用獨(dú)特的方法從液體活檢和組織材料中分離和分離腫瘤細(xì)胞。

外周血中循環(huán)核酸的分析也產(chǎn)生了幾個(gè)問題。很難區(qū)分正常的 cfDNA 和 ctDNA。cfDNA 中缺乏基因突變可能表明它們確實(shí)不存在，但也可能是由于缺乏 ctDNA （假陰性結(jié)果）。另一方面，健康個(gè)體的 cfDNA 中可能存在一些基因突變（假陽性結(jié)果）。此外，尋找基因重排的循環(huán)mRNA可能不穩(wěn)定。因此，他們使用 NGS 進(jìn)行的測(cè)試可能不高效，并且可能提供非診斷結(jié)果。因此，涉及液體活檢的測(cè)試程序通常需要重復(fù)使用新的血液樣本，這會(huì)導(dǎo)致診斷延遲和更高的成本。盡管存在這些困難，但使用 NGS 檢測(cè)cfDNA和 mRNA 似乎在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷中具有巨大潛力，既可以識(shí)別 ToO，也可以選擇患者進(jìn)行個(gè)性化治療。

與 NGS 技術(shù)相反，在常規(guī)癌癥診斷中試圖證明異常 mRNA 和 microRNA 表達(dá)或在液體活檢中發(fā)現(xiàn)的癌基因啟動(dòng)子區(qū)域甲基化似乎是一個(gè)盲區(qū) ?；虮磉_(dá)的變化和影響這種表達(dá)的機(jī)制（例如，microRNAs 和 mRNAs 的相互作用）是令人難以置信的動(dòng)態(tài)過程，并且對(duì)個(gè)別類型的癌癥沒有特異性。此外，一個(gè) microRNA 分子可以阻斷更多的 mRNA 分子，使這一過程更加非特異性。有幾種表觀遺傳測(cè)試，通?；诤唵蔚?MS-PCR 方法（實(shí)時(shí) PCR）和體外診斷認(rèn)證 (CE-IVD)，用于各種癌癥中 DNA 甲基化的診斷。然而，它們的敏感性較低，特別是在疾病的早期階段（經(jīng)常出現(xiàn)假陰性結(jié)果），并且有效不足以識(shí)別ToO。例如，SEPT9的制造商甲基化測(cè)試建議在測(cè)試結(jié)果為陰性以及胃腸道癥狀類似于結(jié)腸癌和直腸癌癥狀的情況下進(jìn)行結(jié)腸鏡檢查（測(cè)試靈敏度：70–80%）。此外，液體活檢中SEPT9甲基化的存在也已在其他類型的癌癥中發(fā)現(xiàn)，例如 NSCLC。另一項(xiàng)登記用于結(jié)腸直腸癌診斷但靈敏度相對(duì)較低的基因檢測(cè)是使用液體活檢的SDC2基因甲基化檢測(cè)。該測(cè)試可以檢測(cè)出大腸癌，靈敏度約為 85%（與健康個(gè)體的區(qū)別）。在疑似肺癌患者中，SOX2基因啟動(dòng)子的甲基化可以在來自支氣管肺泡灌洗液的材料中進(jìn)行。_ 該測(cè)試對(duì)診斷 NSCLC 具有相對(duì)較高的敏感性，通?？梢源_定病理類型，但需要進(jìn)行侵入性支氣管鏡檢查。cfDNA中PITX2、宮頸剝脫細(xì)胞學(xué)中ZTNF582 、cfDNA中MGMT和cfDNA中PSGFR4和SOX2基因甲基化檢測(cè)分別用于乳腺癌、宮頸癌、膠質(zhì)瘤和NSCLC的診斷，敏感性低于80% . 這些測(cè)試在確定 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中腫瘤過程的起源方面也具有相對(duì)較低的特異性 。

4. 起源組織未明原發(fā)性腫瘤診斷與治療共識(shí)

盡管建立組織來源可能會(huì)為 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的合理管理提供信息，但不應(yīng)因長期不成功的目標(biāo)搜索而影響及時(shí)引入治療。在病理檢查結(jié)果不確定或缺乏這些檢查材料的情況下，分子檢測(cè)可能有助于確定癌癥的類型。然而，分子檢測(cè)在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中賊重要的作用似乎是為分子靶向治療和免疫治療的個(gè)性化治療提供信息。這是可能的，因?yàn)樵S多不可知療法的發(fā)展可用于具有不同腫瘤類型的患者，具有一種分子預(yù)測(cè)因子。盡管目前分子 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷的臨床益處不大，但由于潛在治療靶點(diǎn)數(shù)量的增加、高通量診斷技術(shù)的更廣泛使用以及生物靶向治療的快速發(fā)展，它們的作用將越來越大。

評(píng)估腫瘤細(xì)胞或液體活檢材料中 mRNA 表達(dá)或 DNA 甲基化的分子測(cè)試（微陣列、RT-PCR）已變得不那么重要。由于敏感性不足和器官特異性低，用于檢查 ctDNA 中各種基因啟動(dòng)子區(qū)域甲基化的體外診斷測(cè)試（例如，用于結(jié)腸直腸癌的SEPT9或用于識(shí)別 NSCLC 的SOX2 ）在 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷中的用途有限。然而，對(duì)于符合全身治療條件的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者，應(yīng)始終在從轉(zhuǎn)移性腫瘤或液體活檢收集的材料中考慮 NGS。液體活檢材料（如果提供，它包含足夠的 ctDNA、mRNA 或 CTC）似乎是賊有用的診斷材料，因?yàn)樗砹怂挟愘|(zhì)腫瘤病變的遺傳圖譜。在臨床實(shí)踐中，CGP 賊常用于檢測(cè)選定的基因突變。這種方法也可以診斷ToO，但賊重要的是，它可以指導(dǎo)治療。大約 80% 的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者有一種或多種主要的基因突變。在這些患者中，近 50% 可能受益于注冊(cè)或研究中的不可知療法（例如，被診斷為NTRK和RET重排）、高 TMB 或高 MSI）。還可以檢測(cè)對(duì)原發(fā)性腫瘤具有潛在作用的激活性基因異常（例如，NSCLC 患者中的EGFR基因突變或ALK和ROS 1 基因重排）。

目前，對(duì)于具有已確定基因突變但沒有病理診斷和確定組織起源的 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的不可知療法并未得到廣泛實(shí)施和報(bào)銷。對(duì) 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 患者的 NGS 檢測(cè)也很有限，這使得患者獲得現(xiàn)代療法具有挑戰(zhàn)性。診斷技術(shù)和生物靶向療法的快速發(fā)展可能會(huì)在未來改變這一格局。

不能明確根據(jù)組織起源分類的癌癥基因檢測(cè)導(dǎo)讀：

NGS 和其他分子技術(shù)為有效治療 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者創(chuàng)造了巨大希望，并選擇他們進(jìn)行分子靶向療法（不可知療法）和免疫療法。診斷技術(shù)和生物靶向療法的發(fā)展可以使 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的患者獲得現(xiàn)代療法并改變他們的結(jié)果。

不能明確根據(jù)組織起源分類的癌癥基因檢測(cè)簡介

未知原發(fā)性癌癥 (CUP) 是一種罕見的異質(zhì)性腫瘤，其中存在一個(gè)或多個(gè)轉(zhuǎn)移，但原發(fā)部位的位置未知。使用免疫組織化學(xué)對(duì)此類轉(zhuǎn)移性材料進(jìn)行病理學(xué)診斷具有一很大的困難，并且通常無法確定起源組織 (ToO)。對(duì)腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥患者進(jìn)行全身治療的方案選擇通?；诮?jīng)驗(yàn)，預(yù)后一般較差。新的分子基因檢不則技術(shù)可以識(shí)別起源組織，并用于在具有特定分子異常的各種惡性腫瘤中選擇曾經(jīng)是未曾得知的療法。可以使用各種分子測(cè)定來鑒定癌細(xì)胞中的可進(jìn)行靶向藥物治療驅(qū)動(dòng)突變或基因重排，其中特別有價(jià)值的是下一代測(cè)序技術(shù)。這些基因檢測(cè)可以識(shí)別腫瘤來源并允許個(gè)性化治療。然而，目前的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 管理指南不建議對(duì)基因表達(dá)和表觀基因因素進(jìn)行常規(guī)檢測(cè)。這主要是由于沒有足夠的證據(jù)支持通過這種方法改善 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的預(yù)后。用于未加分類的原發(fā)性癌癥診斷和治療的新基因檢測(cè)技術(shù)總結(jié)了新基因技術(shù)在 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 診斷中的優(yōu)缺點(diǎn)，并提出了更新 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 管理的建議。

未明確起源組織的腫瘤基因檢測(cè)關(guān)鍵詞

未知起源,原發(fā)性癌癥,分子靶向治療,組織不可知藥物,正確醫(yī)學(xué),二代測(cè)序

1.未明確起源組織的腫瘤的診斷與治療

未知原發(fā)性癌癥（未明確分類的原發(fā)性癌癥；以前定義為來源不明的惡性腫瘤）代表一種異質(zhì)性臨床疾病，其中存在一個(gè)或多個(gè)轉(zhuǎn)移，但原發(fā)部位的位置未知。這可能是由于原發(fā)性腫瘤消退（例如，黑色素瘤）或可用的成像方法無法檢測(cè)到腫瘤（例如，乳腺癌或肺癌）。事實(shí)上，一些惡性腫瘤（例如，乳腺癌、胰腺癌和黑色素瘤）會(huì)產(chǎn)生早期遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移，這些轉(zhuǎn)移可以在原發(fā)腫瘤被診斷之前檢測(cè)到。由于特異性低，轉(zhuǎn)移性物質(zhì)的免疫組織化學(xué)通常提供提示，并且僅在少數(shù)情況下（例如，對(duì)于結(jié)腸樣 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥）顯示明確的診斷。同樣，RNA 的質(zhì)量和數(shù)量較差，經(jīng)常妨礙使用基于 RNA 的分子技術(shù)確定組織起源 (ToO)。賊常診斷的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 包括腺癌和低分化或未分化腫瘤，以及較少見的鱗狀細(xì)胞癌和神經(jīng)內(nèi)分泌癌。在尸檢系列中，賊常見的未明確分類的原發(fā)性癌癥起源器官是肺癌和胰腺癌，而基于分子的檢測(cè)顯示結(jié)直腸癌的發(fā)生率更高。多年來，所有癌癥診斷的未明確分類的原發(fā)性腫瘤 檢出率一直保持在 3% 左右，這表明自該疾病狀況被注意到以來，檢測(cè)技術(shù)沒有發(fā)生顯著改進(jìn)。

腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的預(yù)后通常是不利的，因?yàn)閻盒阅[瘤根據(jù)定義是轉(zhuǎn)移性的。此外，很難選擇合適的全身治療來匹配特定類型的癌癥。因此，識(shí)別組織起源的分子診斷可以為治療選擇提供信息。首先，此類診斷增加了建立 組織來源 的可能性（基于原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤的分子相似性）。其次，診斷識(shí)別基因變化，這可能會(huì)識(shí)別患者進(jìn)行分子定制的全身治療。然而，目前的 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷和治療指南不建議對(duì)基因表達(dá)和表觀遺傳因素進(jìn)行常規(guī)檢測(cè)，主要是因?yàn)橹С制渑R床益處的證據(jù)不足。事實(shí)上，兩項(xiàng)前瞻性隨機(jī)試驗(yàn)比較了經(jīng)驗(yàn)性化療和由綜合分子基因表達(dá)分析指導(dǎo)的定制治療，未能顯示后一種方法改善了臨床結(jié)果。此外，基因檢測(cè)可能僅識(shí)別出攻擊性 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 行為，但不允許選擇適當(dāng)?shù)闹委煼椒ā３Ｒ姷倪z傳、表觀遺傳和免疫因素可能通過增強(qiáng)免疫系統(tǒng)來抑制原發(fā)性腫瘤增殖，但同時(shí)有助于刺激轉(zhuǎn)移性生長 發(fā)生組織。未明確分類的原發(fā)性腫瘤 細(xì)胞的特征包括磷酸肌醇 3-激酶和絲裂原活化蛋白激酶信號(hào)通路的激活、顯著的 DNA 損傷和 DNA 修復(fù)酶的低表達(dá)。

使用轉(zhuǎn)移性腫瘤活檢材料或液體活檢（通常涉及外周血）進(jìn)行 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的分子檢測(cè)。液體活檢材料似乎是研究 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的起源和分子譜的理想選擇，特別是當(dāng)轉(zhuǎn)移性腫瘤位于難以到達(dá)的區(qū)域時(shí)。此外，液體活檢代表了所有腫瘤病灶的分子特征，從而有助于識(shí)別發(fā)生癌癥的器官。然而，液體活檢的局限性在于其敏感性不足，特別是在患有寡轉(zhuǎn)移性疾病的患者中。在這些情況下，循環(huán)腫瘤 DNA (ctDNA) 和 mRNA 的量可能太低，無法進(jìn)行高效的基因檢測(cè)。研究游離循環(huán)腫瘤細(xì)胞 (CTC) 的基因物質(zhì)更具挑戰(zhàn)性 。

2. 用于建立 組織來源 的分子測(cè)試

目前，有關(guān)癌癥治療的決定是基于病理診斷，否則治療策略會(huì)受到很大限制，并且通常不可能獲得創(chuàng)新療法。然而，隨著靶向治療的快速發(fā)展，基于分子腫瘤特征的治療可能更可取。腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中使用多種基因方法來定義 組織來源。這些包括通過微陣列或逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng) (RT-PCR) 確定 mRNA 水平的多基因表達(dá)和 microRNA 表達(dá)，以及通過甲基化特異性 PCR (MS-PCR) 進(jìn)行 DNA 甲基化測(cè)試。此外，PCR、RT-PCR 和熒光原位雜交可用于確定癌細(xì)胞或 ctDNA 中是否存在驅(qū)動(dòng)突變和基因重排。所有這些異常都可以通過下一代測(cè)序 (NGS) 技術(shù)同時(shí)研究。用于識(shí)別 未明確分類的原發(fā)性癌癥 中 組織來源 的分子檢測(cè)方法及其與臨床和（免疫）組織學(xué)診斷的一致性總結(jié)在表1發(fā)生組織。然而，應(yīng)謹(jǐn)慎考慮呈現(xiàn)的百分比，因?yàn)樗鼈內(nèi)狈?duì)組織來源預(yù)測(cè)的交叉驗(yàn)證以及通過臨床和免疫組織學(xué)合理性進(jìn)行的復(fù)核。盡管 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 的分子診斷是有希望的，但目前在缺乏免疫組織化學(xué)檢測(cè)材料的情況下，尚無強(qiáng)有力的證據(jù)表明通過液體活檢進(jìn)行組織來源鑒定。此外，還沒有臨床試驗(yàn)證明個(gè)性化治療比經(jīng)驗(yàn)性化療對(duì) 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的療效更高 發(fā)生組織。

表格1：用于識(shí)別 未明確分類的原發(fā)性癌癥 中起源組織 (ToO) 的分子檢測(cè)方法 發(fā)生組織

識(shí)別發(fā)生組織位置的早期基因方法具有 60-95% 的正確度。分子圖譜可以高概率區(qū)分幾種腫瘤類型，包括非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC)、結(jié)直腸癌、卵巢癌、胰腺癌、乳腺癌、腎癌、尿路癌、鱗狀細(xì)胞癌頭頸部、胸膜間皮瘤、膽道癌、膽管癌和肝細(xì)胞癌。然而，如果沒有對(duì)原發(fā)病變進(jìn)行病理學(xué)確認(rèn)，這些診斷就無法確定。在確定低分化癌癥和需要多重抗原染色的癌癥的原發(fā)灶位置方面，基因表達(dá)譜顯示比免疫組織化學(xué)更高的正確性。對(duì) ctDNA 中選定基因的啟動(dòng)子區(qū)域進(jìn)行甲基化測(cè)試可以將肺癌和結(jié)直腸癌患者與健康個(gè)體區(qū)分開來——敏感性分別為 83% 和 89%——但對(duì)胰腺癌的敏感性較低（低于 50%）。目前的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 診斷和治療指南不推薦常規(guī)基因表達(dá)和甲基化檢測(cè)，因?yàn)闆]有證據(jù)表明建立組織起源可以改善 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的預(yù)后。

將 NGS 技術(shù)引入癌癥診斷為個(gè)性化靶向治療和免疫治療提供了先進(jìn)的檢測(cè)目標(biāo)。用于確定組織來源的 NGS 技術(shù)的前身是 CancerSEEK 測(cè)試，該測(cè)試使用多重 PCR 和液體活檢 。在一項(xiàng)涉及 626 名患有各種癌癥（卵巢癌、肺癌、肝癌、胃癌、胰腺癌、乳腺癌和結(jié)腸直腸癌）的患者和 812 名健康個(gè)體的研究中，CancerSEEK 以 69% 和 98% 之間的敏感性區(qū)分癌癥受試者和健康受試者，具體取決于關(guān)于癌癥的類型。這些結(jié)果在前瞻性 DETECT A 研究中得到驗(yàn)證，該研究包括 10,000 多名以前不知道患有癌癥的女性 發(fā)生組織。CancerSEEK 以低敏感性 (27%) 識(shí)別出無癥狀的早期癌癥，但特異性高達(dá) 99%。作者得出結(jié)論，通過同時(shí)使用基因檢測(cè)和影像學(xué)研究（在本例中為 PET-CT），可以在早期無癥狀階段檢測(cè)癌癥。

使用 NGS 測(cè)試多個(gè)基因、microRNA 和 DNA 突變的表達(dá)比使用 RT-PCR、微陣列或多重 PCR 技術(shù)測(cè)試更有效、更正確和更靈敏。然而，用于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷的 NGS 的主要優(yōu)勢(shì)是可以同時(shí)檢查（在單個(gè)反應(yīng)中）循環(huán)游離 DNA (cfDNA) 和 mRNA 或腫瘤細(xì)胞中的多個(gè)基因突變和基因重排 發(fā)生組織。使用 NGS 技術(shù)的三組主要測(cè)試包括全基因組測(cè)序 (WGS)、所有編碼序列的全外顯子組測(cè)序，以及基因組中選定熱點(diǎn)的測(cè)序——即具有關(guān)鍵和賊常見基因突變的位點(diǎn)。綜合基因組分析 [CGP]) 。CGP 越來越多地用于臨床實(shí)踐。

分子靶向治療的患者選擇需要識(shí)別潛在的可操作體細(xì)胞突變或基因重排（賊常見于癌基因）。評(píng)估腫瘤突變負(fù)荷 (TMB) 和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 (MSI) 水平也很重要。在大多數(shù)情況下，通常同時(shí)檢測(cè) 300 多個(gè)基因的 NGS panel 滿足這些要求。首批評(píng)估 NGS 在區(qū)分癌癥患者和健康個(gè)體方面正確性的研究之一使用了 cfDNA 和白細(xì)胞中 507 個(gè)基因的配對(duì)測(cè)序、用于拷貝數(shù)變異的 WGS 和用于甲基化的 cfDNA WGS，涉及 749 名健康人和 878 名患者在各種癌癥的早期（I-III）。NGS 的敏感性在 60% 到 90% 之間變化，具體取決于癌癥類型 發(fā)生組織。

NGS 檢測(cè)到的一些基因異常僅適用于一種癌癥。其他的發(fā)生在多種腫瘤類型中，但頻率不同。賊常見的基因異常是KRAS基因突變，它發(fā)生在約50% 的結(jié)直腸癌和30 % 的非小細(xì)胞肺癌、胰腺癌和甲狀腺癌中。BRAF基因的突變?cè)诤谏亓觯?0%）中相對(duì)常見，但在結(jié)直腸癌（5%）和非小細(xì)胞肺癌（1.5%）中很少見。因此，測(cè)試KRAS和BRAF基因在識(shí)別組織起源方面的價(jià)值有限。其他基因異常很少見，但發(fā)生在兒童和成人的幾種惡性腫瘤中 。此類疾病的例子是NTRK1、NTRK2和NTRK3基因重排——可能存在于各種癌癥類型中，包括 NSCLC、結(jié)腸癌和直腸癌。

研究NTRK基因重排對(duì)于識(shí)別罕見的癌癥特別重要，這些癌癥更常見的是這種異常。例如，超過 75% 的分泌性唾液腺癌和分泌性乳腺癌攜帶這些異常。NTRK基因重排在胃腸道間質(zhì)瘤、甲狀腺癌和一些罕見的兒童和青少年惡性腫瘤中也相對(duì)常見，例如纖維肉瘤（>75%）、斯皮茨痣（5-75%）和先天性中胚層腎瘤（5-75%） ) 。賊后一組基因異常是僅針對(duì)一種癌癥的變化。例如，在 cfDNA 或來自轉(zhuǎn)移部位的腫瘤細(xì)胞中檢測(cè)到 18-21 外顯子的 EGFR 基因突變以與病理檢查相同的概率確認(rèn) NSCLC 診斷（表 2) 。

表 2：對(duì)具有明確基因異常的成年癌癥患者（NSCLC、非小細(xì)胞肺癌；GIST、胃腸道間質(zhì)瘤）賊重要的個(gè)性化治療

3. 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者治療選擇的分子檢測(cè)

3.1 化療方案的選擇

先進(jìn)個(gè)使用基因組分析的實(shí)驗(yàn)（主要通過微陣列技術(shù)評(píng)估 mRNA 表達(dá)和通過 MS-PCR 評(píng)估 DNA 甲基化）旨在識(shí)別涉及化學(xué)敏感和化學(xué)抗性腫瘤的 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 患者 發(fā)生組織。在實(shí)驗(yàn)之前，2013 年，Hainsworth 等人。確定了 252 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者中 92 個(gè)基因的表達(dá)，這使得治療個(gè)性化成為可能。在實(shí)驗(yàn)中根據(jù)基因檢測(cè)選擇接受治療（主要是化療）的患者的中位總生存期 (OS) 為 12.5 個(gè)月，而未進(jìn)行分子診斷的患者為 9-10 個(gè)月 發(fā)生組織。使用分子譜確定的化療敏感組和化療耐藥組的中位 OS 分別為 13.4 個(gè)月和 7.6 個(gè)月。Yoon 等人的第 2 階段研究。評(píng)估了使用基于 2000 個(gè)基因表達(dá)微陣列的檢測(cè)的基因表達(dá)譜是否可以識(shí)別腫瘤起源并預(yù)測(cè)對(duì) mTORC1 抑制劑的反應(yīng)——依維莫司聯(lián)合卡鉑和依托泊苷，這是一種常規(guī)用于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的廣譜化療方案。表達(dá)譜鑒定了常規(guī)使用鉑/紫杉烷方案的腫瘤（NSCLC、膀胱癌、乳腺癌和卵巢癌）和鉑耐藥的腫瘤（肝細(xì)胞癌、結(jié)直腸癌和胰腺癌）。先進(jìn)組的中位無進(jìn)展生存期和 OS 分別為 6.4 和 17.8 個(gè)月，第二組分別為 3.5 和 8.3 個(gè)月。另一項(xiàng)研究表明，具有結(jié)直腸亞型癌癥分子特征的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者在接受該惡性腫瘤治療后的中位 OS 為 24 個(gè)月，與組織病理學(xué)證實(shí)的晚期結(jié)直腸癌患者相似。這反映在 2015 年歐洲腫瘤內(nèi)科學(xué)會(huì)關(guān)于具有結(jié)直腸癌分子亞型的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的治療建議中 發(fā)生組織。這些研究中賊大的一項(xiàng)表明，不同基因的啟動(dòng)子區(qū)域的甲基化允許組織起源識(shí)別，靈敏度為 99.6%，特異性為 97.7% 發(fā)生組織。值得注意的是，與腫瘤類型相匹配的治療導(dǎo)致中位 OS 為 13.6 個(gè)月，而接受經(jīng)驗(yàn)性治療的患者為 6.0 個(gè)月 發(fā)生組織。然而，在這項(xiàng)研究中，具有不同甲基化基因狀態(tài)的患者并未被隨機(jī)分配到研究組，觀察結(jié)果可能并不有效高效。

3.2. 靶向治療和免疫治療的選擇

NGS 技術(shù)的引入有效改變了個(gè)性化癌癥治療的可能性。無論癌癥類型如何，特定基因異常的存在決定了分子靶向治療的有效性。組織不可知論療法的概念假定治療是根據(jù)其分子和免疫學(xué)特征選擇抗癌藥物，而不管它們的類型和來源。此類療法可以使用相同的藥物來治療所有類型的癌癥，并使用相同的生物標(biāo)志物來進(jìn)行治療選擇。與組織無關(guān)的藥物越來越多地用于各種惡性腫瘤。癌基因中驅(qū)動(dòng)突變的發(fā)生導(dǎo)致異常的蛋白質(zhì)信號(hào)通路——現(xiàn)在可以用小分子化合物阻斷，賊常見的是酪氨酸和絲氨酸/蘇氨酸激酶抑制劑。反過來，與致癌物活性和 DNA 修復(fù)缺陷（例如，由于高 MSI）相關(guān)的高 TMB 水平導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞的免疫原性增加。針對(duì)免疫檢查點(diǎn)抑制劑的免疫療法對(duì)此類患者特別有效。

NGS 技術(shù)和不可知療法的使用為 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的有效治療創(chuàng)造了巨大希望。然而，在許多國家，基于已識(shí)別的基因異常而非病理診斷，使用靶向化合物治療癌癥患者，這種選擇是不允許的。只有兩種NTRK抑制劑（larotrectinib 和 entrectinib）在歐盟使用基因檢測(cè)進(jìn)行注冊(cè)。反過來，在美國，與組織無關(guān)的藥物已經(jīng)獲得了針對(duì)各種實(shí)體瘤的多項(xiàng)注冊(cè) 發(fā)生組織。2020 年，美國食品藥品監(jiān)督管理局 (FDA) 批準(zhǔn)了進(jìn)步 NGS 檢測(cè)來選擇患者進(jìn)行分子靶向治療 。這是 FoundationOne 伴隨診斷 CDx 分析，評(píng)估 324 個(gè)基因，包括剪接 MET 突變（對(duì)于 MET 抑制劑——tepotinib 和 capmatinib）、NTRK 重排（對(duì)于NTRK抑制劑——larotrectinib 和 entrectinib）和RET重排（對(duì)于RET抑制劑——selpercatinib 和 pralsetinib） ，以及液體活檢材料和癌組織中的 TMB、MSI 和 DNA 錯(cuò)配修復(fù)缺陷。Pembrolizumab 是 FDA 注冊(cè)的先進(jìn)個(gè)免疫治療藥物，用于治療具有高 TMB 的實(shí)體瘤，無論病理診斷如何。在 28% 的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 病例中報(bào)告了高 TMB、MSI 或 PD-L1 表達(dá)，并且由于派姆單抗。對(duì)于具有明確基因突變的患者，賊重要的個(gè)性化治療方案列于表 2。

一項(xiàng)薈萃分析評(píng)估了 15 篇出版物，其中包括 11 項(xiàng) NGS 基因組分析研究，1806 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者中有 85% 有至少一個(gè)分子改變，賊常見于TP53 (42%)、KRAS (19%)、PIK3CA (9.3 %) 和CDKN2A (8.8%) 基因。47% 的患者有基因突變，這可能成為在美國或歐盟注冊(cè)的分子療法的目標(biāo)或在臨床試驗(yàn)中進(jìn)行調(diào)查。然而，這個(gè)值可能被高估了，因?yàn)樵谂R床試驗(yàn)中某些分子異常的存在與靶向治療的有效性之間沒有明確的關(guān)系。包含在薈萃分析中的賊大研究之一在 442 名 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者中使用了 ctDNA 中的熱點(diǎn)測(cè)序（超過 70 個(gè)基因）發(fā)生組織。66%的患者發(fā)現(xiàn)基因異常，其中賊常受影響的是TP53（37%）、KRAS（19%）、PIK3CA（15%）、BRAF（7.5%）和MYC(7.5%) 基因。尚未針對(duì)TP53抑制基因中賊常見的癌癥突變開發(fā)靶向治療。

一項(xiàng)正在進(jìn)行的 II 期試驗(yàn)——腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥ISCO ( NCT03498521 )——正在比較分子靶向治療和免疫治療（由使用 NGS 的綜合基因組分析指導(dǎo)）與標(biāo)準(zhǔn)鉑類化療對(duì)先前接受過三個(gè)誘導(dǎo)周期的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的療效和安全性鉑類化療 。該研究預(yù)計(jì)將于 2022 年結(jié)束，將包括 790 名 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者。組織和/或液體活檢材料經(jīng)過 FoundationOne CGP 測(cè)試。對(duì)誘導(dǎo)化療有反應(yīng)的患者以 3:1 的比例隨機(jī)分配到接受基于分子譜的治療組和繼續(xù)化療組。誘導(dǎo)化療后病情進(jìn)展的患者并非隨機(jī)分組，可能直接符合個(gè)性化治療的條件 。選擇用于分子靶向治療和免疫治療的基因突變包括EGFR、BRCA1/2、HER2、PTCH1和BRAF基因；ALK、ROS1、NTRK1/2/3和RET基因重排；PIK3CA、PTEN和AKT1/2/3基因缺失；TMB；和MSI 。主要終點(diǎn)是無進(jìn)展生存期，次要終點(diǎn)是 OS、對(duì)治療的反應(yīng)和臨床獲益的持續(xù)時(shí)間。對(duì)于每位患者，個(gè)性化治療的資格由一個(gè)由醫(yī)生和診斷專家組成的多專業(yè)團(tuán)隊(duì)組成的分子腫瘤委員會(huì)確定。此類團(tuán)隊(duì)現(xiàn)已在許多臨床中心實(shí)施，以指導(dǎo)正確醫(yī)療 。未明確分類的原發(fā)性癌癥ISCO 試驗(yàn)計(jì)劃于 2023 年 6 月發(fā)布。

相反，不同類型癌癥的相同基因異?？赡軟Q定分子靶向治療的不同療效。例如，BRAF基因 V600 突變的黑色素瘤對(duì)所有已注冊(cè)的BRAF抑制劑（威羅非尼、達(dá)拉非尼和恩科拉非尼）和 MEK（曲美替尼、考比替尼和比美替尼）都有反應(yīng)。只有達(dá)拉非尼和曲美替尼用于BRAF突變的NSCLC 和恩科拉非尼聯(lián)合西妥昔單抗（一種抗 EGFR 抗體）用于BRAF突變的結(jié)直腸癌。因此，不可知療法的使用可能會(huì)受到個(gè)體藥物對(duì)攜帶相同基因異常的不同腫瘤類型患者療效差異的限制。

3.3. 分子檢測(cè)在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷中的局限性

由于缺乏大型隨機(jī)臨床試驗(yàn)的高效結(jié)果，臨床上 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 分子診斷的實(shí)施受到限制。因此，關(guān)于 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的診斷和治療管理的國際建議很少。此外，歐洲醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)會(huì)的建議可以追溯到 2015 年，西班牙的建議可以追溯到 2018 年；只有國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò) (NCCN) 的建議是相對(duì)較新的。這是由于幾個(gè)原因。首先，原發(fā)腫瘤的有效緩解、延長的生存期和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的生長表明 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 的臨床和分子異質(zhì)性很高。在這種情況下，制定統(tǒng)一的診斷和治療標(biāo)準(zhǔn)具有挑戰(zhàn)性。另一個(gè)問題是從轉(zhuǎn)移病灶進(jìn)入腫瘤組織的途徑有限。它可能非常稀缺（例如，當(dāng)需要細(xì)針活檢時(shí)）或有效不可用。此外，含有少量腫瘤細(xì)胞的材料可能只能識(shí)別出單個(gè)腫瘤細(xì)胞克隆，不能代表剩余的轉(zhuǎn)移性病變和原發(fā)性腫瘤 。

這些問題的解決方案可能是在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者的分子診斷中使用液體活檢。外周血可能含有 ctDNA、microRNA、mRNA和CTC 。這種材料來源于原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性腫瘤；因此，它代表了所有腫瘤部位并反映了腫瘤內(nèi)發(fā)生的過程（例如，強(qiáng)烈的增殖、擴(kuò)散和壞死）。它也很容易以非侵入性方式獲得。液體活檢中進(jìn)行的基因檢測(cè)可以重復(fù)多次，可用于診斷、治療選擇、治療效果監(jiān)測(cè)和預(yù)后預(yù)測(cè)。不幸的是，來自 CTC 的材料通常極為稀缺。如果沒有用于分析的富集程序（例如，F(xiàn)DA 批準(zhǔn)的用于 EpCAM 陽性細(xì)胞捕獲的 CellSearch 平臺(tái)），幾乎不可能在外周血中找到 CTC 發(fā)生組織。然而，由于這種情況下 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的侵襲性過程（早期存在遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移），外周血中 CTC 的數(shù)量可能更高，從而增加了 NGS 檢測(cè)的可能性。此外，正在開發(fā)對(duì)來自單個(gè)腫瘤細(xì)胞的遺傳物質(zhì)進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序的先進(jìn)技術(shù)，使用獨(dú)特的方法從液體活檢和組織材料中分離和分離腫瘤細(xì)胞。

外周血中循環(huán)核酸的分析也產(chǎn)生了幾個(gè)問題。很難區(qū)分正常的 cfDNA 和 ctDNA。cfDNA 中缺乏基因突變可能表明它們確實(shí)不存在，但也可能是由于缺乏 ctDNA （假陰性結(jié)果）。另一方面，健康個(gè)體的 cfDNA 中可能存在一些基因突變（假陽性結(jié)果）。此外，尋找基因重排的循環(huán)mRNA可能不穩(wěn)定。因此，他們使用 NGS 進(jìn)行的測(cè)試可能不高效，并且可能提供非診斷結(jié)果。因此，涉及液體活檢的測(cè)試程序通常需要重復(fù)使用新的血液樣本，這會(huì)導(dǎo)致診斷延遲和更高的成本。盡管存在這些困難，但使用 NGS 檢測(cè)cfDNA和 mRNA 似乎在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷中具有巨大潛力，既可以識(shí)別 ToO，也可以選擇患者進(jìn)行個(gè)性化治療。

與 NGS 技術(shù)相反，在常規(guī)癌癥診斷中試圖證明異常 mRNA 和 microRNA 表達(dá)或在液體活檢中發(fā)現(xiàn)的癌基因啟動(dòng)子區(qū)域甲基化似乎是一個(gè)盲區(qū) 。基因表達(dá)的變化和影響這種表達(dá)的機(jī)制（例如，microRNAs 和 mRNAs 的相互作用）是令人難以置信的動(dòng)態(tài)過程，并且對(duì)個(gè)別類型的癌癥沒有特異性。此外，一個(gè) microRNA 分子可以阻斷更多的 mRNA 分子，使這一過程更加非特異性。有幾種表觀遺傳測(cè)試，通?；诤唵蔚?MS-PCR 方法（實(shí)時(shí) PCR）和體外診斷認(rèn)證 (CE-IVD)，用于各種癌癥中 DNA 甲基化的診斷。然而，它們的敏感性較低，特別是在疾病的早期階段（經(jīng)常出現(xiàn)假陰性結(jié)果），并且有效不足以識(shí)別ToO。例如，SEPT9的制造商甲基化測(cè)試建議在測(cè)試結(jié)果為陰性以及胃腸道癥狀類似于結(jié)腸癌和直腸癌癥狀的情況下進(jìn)行結(jié)腸鏡檢查（測(cè)試靈敏度：70–80%）。此外，液體活檢中SEPT9甲基化的存在也已在其他類型的癌癥中發(fā)現(xiàn)，例如 NSCLC。另一項(xiàng)登記用于結(jié)腸直腸癌診斷但靈敏度相對(duì)較低的基因檢測(cè)是使用液體活檢的SDC2基因甲基化檢測(cè)。該測(cè)試可以檢測(cè)出大腸癌，靈敏度約為 85%（與健康個(gè)體的區(qū)別）。在疑似肺癌患者中，SOX2基因啟動(dòng)子的甲基化可以在來自支氣管肺泡灌洗液的材料中進(jìn)行。_ 該測(cè)試對(duì)診斷 NSCLC 具有相對(duì)較高的敏感性，通常可以確定病理類型，但需要進(jìn)行侵入性支氣管鏡檢查。cfDNA中PITX2、宮頸剝脫細(xì)胞學(xué)中ZTNF582 、cfDNA中MGMT和cfDNA中PSGFR4和SOX2基因甲基化檢測(cè)分別用于乳腺癌、宮頸癌、膠質(zhì)瘤和NSCLC的診斷，敏感性低于80% . 這些測(cè)試在確定 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中腫瘤過程的起源方面也具有相對(duì)較低的特異性 。

4. 起源組織未明原發(fā)性腫瘤診斷與治療共識(shí)

盡管建立組織來源可能會(huì)為 未明確分類的原發(fā)性癌癥 的合理管理提供信息，但不應(yīng)因長期不成功的目標(biāo)搜索而影響及時(shí)引入治療。在病理檢查結(jié)果不確定或缺乏這些檢查材料的情況下，分子檢測(cè)可能有助于確定癌癥的類型。然而，分子檢測(cè)在 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 中賊重要的作用似乎是為分子靶向治療和免疫治療的個(gè)性化治療提供信息。這是可能的，因?yàn)樵S多不可知療法的發(fā)展可用于具有不同腫瘤類型的患者，具有一種分子預(yù)測(cè)因子。盡管目前分子 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 診斷的臨床益處不大，但由于潛在治療靶點(diǎn)數(shù)量的增加、高通量診斷技術(shù)的更廣泛使用以及生物靶向治療的快速發(fā)展，它們的作用將越來越大。

評(píng)估腫瘤細(xì)胞或液體活檢材料中 mRNA 表達(dá)或 DNA 甲基化的分子測(cè)試（微陣列、RT-PCR）已變得不那么重要。由于敏感性不足和器官特異性低，用于檢查 ctDNA 中各種基因啟動(dòng)子區(qū)域甲基化的體外診斷測(cè)試（例如，用于結(jié)腸直腸癌的SEPT9或用于識(shí)別 NSCLC 的SOX2 ）在 未明確分類的原發(fā)性癌癥 診斷中的用途有限。然而，對(duì)于符合全身治療條件的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者，應(yīng)始終在從轉(zhuǎn)移性腫瘤或液體活檢收集的材料中考慮 NGS。液體活檢材料（如果提供，它包含足夠的 ctDNA、mRNA 或 CTC）似乎是賊有用的診斷材料，因?yàn)樗砹怂挟愘|(zhì)腫瘤病變的遺傳圖譜。在臨床實(shí)踐中，CGP 賊常用于檢測(cè)選定的基因突變。這種方法也可以診斷ToO，但賊重要的是，它可以指導(dǎo)治療。大約 80% 的 腫瘤類型未知的原發(fā)性癌癥 患者有一種或多種主要的基因突變。在這些患者中，近 50% 可能受益于注冊(cè)或研究中的不可知療法（例如，被診斷為NTRK和RET重排）、高 TMB 或高 MSI）。還可以檢測(cè)對(duì)原發(fā)性腫瘤具有潛在作用的激活性基因異常（例如，NSCLC 患者中的EGFR基因突變或ALK和ROS 1 基因重排）。

目前，對(duì)于具有已確定基因突變但沒有病理診斷和確定組織起源的 未明確分類的原發(fā)性癌癥 患者的不可知療法并未得到廣泛實(shí)施和報(bào)銷。對(duì) 未明確分類的原發(fā)性腫瘤 患者的 NGS 檢測(cè)也很有限，這使得患者獲得現(xiàn)代療法具有挑戰(zhàn)性。診斷技術(shù)和生物靶向療法的快速發(fā)展可能會(huì)在未來改變這一格局。