【佳學(xué)基因檢測(cè)】胃癌靶向藥物治療基因解碼與基因檢測(cè)

胃癌靶向藥物治療基因解碼與基因檢測(cè)導(dǎo)讀

胃癌 (GC) 是許多國(guó)家的主要健康問題。胃癌是一種按組織病理學(xué)差異分層的異質(zhì)性疾病。但是，這些變化不用于確定胃癌管理。新一代測(cè)序 (NGS) 技術(shù)已得到廣泛應(yīng)用，癌癥基因組分析賊近揭示了各種惡性腫瘤與基因組信息之間的關(guān)系。2014 年，使用全外顯子組測(cè)序 (WES) 和全基因組測(cè)序 (WGS) 進(jìn)行胃癌的研究揭示了胃癌基因組學(xué)的整個(gè)結(jié)構(gòu)。新一代測(cè)序技術(shù)基因檢測(cè) 的基因組學(xué)已被用于識(shí)別胃癌的新治療靶點(diǎn)。此外，基于腫瘤組織的多重基因組測(cè)試為靶點(diǎn)提供特定治療的個(gè)性化醫(yī)療已成為臨床應(yīng)用。賊近，免疫檢查點(diǎn)抑制劑 (ICI) 已被用于胃癌治療。然而，他們的回應(yīng)率是有限的。為了預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑對(duì)胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點(diǎn)不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對(duì)化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測(cè)原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)?；蚪M學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進(jìn)一步發(fā)展。他們的回應(yīng)率是有限的。為了預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑對(duì)胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點(diǎn)不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對(duì)化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測(cè)原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)?；蚪M學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進(jìn)一步發(fā)展。他們的回應(yīng)率是有限的。為了預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑對(duì)胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點(diǎn)不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對(duì)化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測(cè)原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)?；蚪M學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進(jìn)一步發(fā)展。為了預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑對(duì)胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點(diǎn)不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對(duì)化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測(cè)原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)?；蚪M學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進(jìn)一步發(fā)展。為了預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑對(duì)胃癌的抗腫瘤作用并選擇適合免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療的患者，基因組學(xué)不僅提供腫瘤信息，還提供腫瘤微環(huán)境（如腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞）的信息數(shù)據(jù)。在不可切除或反復(fù)性惡性腫瘤的治療策略中，靶點(diǎn)不僅是原發(fā)灶，而且是轉(zhuǎn)移灶，而轉(zhuǎn)移灶往往對(duì)化療耐藥。與結(jié)直腸癌不同，胃癌中的原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變之間存在遺傳變異的異質(zhì)狀態(tài)。液體活檢分析也有助于預(yù)測(cè)原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的基因組狀態(tài)?；蚪M學(xué)已經(jīng)成為胃癌治療不可或缺的工具，未來有望得到進(jìn)一步發(fā)展。

關(guān)鍵詞： 胃癌，基因組學(xué)，下一代序列，液體活檢，正確醫(yī)學(xué)

胃癌正確治療的基本信息

胃癌 (GC) 在全球每年的發(fā)病率超過 100 萬，是許多國(guó)家的主要健康問題，在亞洲、非洲、南美和東歐的發(fā)病率很高。全世界有超過 700,000 名胃癌患者死亡。

胃癌是一種按組織病理學(xué)變異分層的異質(zhì)性疾病。Lauren 提出的組織病理學(xué)分類，將胃癌分為“腸”和“彌漫”亞型，應(yīng)用賊廣泛。腸型胃癌與主要由幽門螺桿菌感染引起的腸化生有關(guān)，具有管狀或腺體結(jié)構(gòu)，而彌漫型胃癌通常由分化差的腫瘤細(xì)胞組成，這些細(xì)胞缺乏粘附并以單個(gè)細(xì)胞或小亞群浸潤(rùn)基質(zhì)。盡管這些組織病理學(xué)差異與胃癌預(yù)后相關(guān)，但組織病理學(xué)變化并未常規(guī)用作確定胃癌治療和管理的基礎(chǔ)。

新一代序列（新一代測(cè)序技術(shù)基因檢測(cè)）技術(shù)已廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)、表觀基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等領(lǐng)域。揭示整個(gè)外顯子組或整個(gè)基因組中的拷貝數(shù)變異、單核苷酸變異 (SNV) 和基因融合事件 。RNA測(cè)序（RNA-seq）是轉(zhuǎn)錄組學(xué)的一種，不僅可以從大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中讀取RNA片段或互補(bǔ)DNA（cDNA）的每一個(gè)堿基，還可以對(duì)幾種亞型進(jìn)行分類，包括外顯子reads、junction reads、poly (A) 末端讀取和非編碼 RNA；組裝有或沒有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組；并評(píng)估基因表達(dá)譜。在表觀基因組學(xué)中，染色質(zhì)免疫沉淀 (ChIP) 測(cè)序用??于分析與這些轉(zhuǎn)錄因子、其他染色質(zhì)相關(guān)蛋白（即非組蛋白 ChIP）或與修飾核小體相對(duì)應(yīng)的位點(diǎn)（即組蛋白 ChIP）結(jié)合的 DNA 片段) 特別選擇使用抗體 。使用測(cè)序 (ATAC-seq) 進(jìn)行轉(zhuǎn)座酶可接近染色質(zhì)的測(cè)定是一種表觀基因組學(xué)技術(shù)，它使用轉(zhuǎn)座酶捕獲開放染色質(zhì)位點(diǎn)，該轉(zhuǎn)座酶只能插入開放染色質(zhì)區(qū)域，揭示開放染色質(zhì)基因組位置、DNA 結(jié)合之間的相互作用核苷酸分辨率下的蛋白質(zhì)、單個(gè)核小體和染色質(zhì)壓實(shí) （圖 2））。使用 新一代測(cè)序技術(shù)基因檢測(cè) 進(jìn)行癌癥基因組、表觀基因組和轉(zhuǎn)錄組分析的發(fā)展賊近揭示了各種惡性腫瘤和基因組信息之間的關(guān)系。2014 年，WES 和 WGS 對(duì)胃癌的一些研究也有報(bào)道，揭示了胃癌基因組學(xué)的整個(gè)結(jié)構(gòu)。這些研究將有助于確定惡性疾病的新治療靶點(diǎn)。此外，一些現(xiàn)有的治療藥物，包括化療、分子靶向治療和免疫檢查點(diǎn)抑制劑 (ICIs)，已被選擇用于適當(dāng)?shù)幕颊呷后w。在臨床實(shí)踐中，基于對(duì)從個(gè)體患者獲得的腫瘤組織進(jìn)行多重基因組檢測(cè)的個(gè)性化醫(yī)療已經(jīng)投入實(shí)際應(yīng)用。這些基因組數(shù)據(jù)將為確定胃癌治療提供信息，并被視為與臨床分期一樣具有指導(dǎo)意義，包括原發(fā)性腫瘤侵襲的程度、區(qū)域淋巴結(jié)受累和轉(zhuǎn)移擴(kuò)散的存在。

圖1：具有下一代測(cè)序的基因組學(xué)、表觀基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)。在基因組學(xué)中，全外顯子組序列和全基因組序列，系統(tǒng)地讀取 DNA 的每一個(gè)堿基，可以揭示整個(gè)外顯子組或全基因組中的拷貝數(shù)變異、單核苷酸變異和基因融合事件。在表觀基因組學(xué)中，染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序用于分析與這些轉(zhuǎn)錄因子、其他染色質(zhì)相關(guān)蛋白或與使用抗體專門選擇的修飾核小體相對(duì)應(yīng)的位點(diǎn)結(jié)合的 DNA 片段。使用測(cè)序?qū)D(zhuǎn)座酶可接近的染色質(zhì)進(jìn)行測(cè)定是一種表觀基因組學(xué)技術(shù)，它使用轉(zhuǎn)座酶捕獲開放染色質(zhì)位點(diǎn)，該轉(zhuǎn)座酶只能插入開放染色質(zhì)區(qū)域，揭示開放染色質(zhì)基因組位置之間的相互作用，核苷酸分辨率下的 DNA 結(jié)合蛋白、單個(gè)核小體和染色質(zhì)壓實(shí)。RNA測(cè)序（RNA-seq）是一種轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)，不僅可以從大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中讀取RNA片段或互補(bǔ)DNA的每一個(gè)堿基，還可以分為三種類型，包括外顯子讀取、連接讀取和多聚(A) end-reads，在有或沒有參考基因組的情況下組裝轉(zhuǎn)錄組，并評(píng)估基因表達(dá)譜

在這篇綜述中，我們重點(diǎn)介紹了胃癌基因組學(xué)的基礎(chǔ)和臨床進(jìn)展，并重點(diǎn)關(guān)注基因組靶點(diǎn)和治療政策的直接臨床可操作性。

胃癌的分子分類

癌癥基因組圖譜 (TCGA) 和亞洲癌癥研究小組將胃癌分為 4 種分子亞型：染色體不穩(wěn)定性 (CIN)、基因組穩(wěn)定性 (GS)、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性 (MSI) 和 Epstein-Barr 病毒 (EBV) 陽性作為 DNA-基于更改 (圖. 2）。已經(jīng)闡明了四種亞型中每一種的一些特征性基因組異常，這將有助于確定胃癌中的新治療靶點(diǎn)。CIN的大多數(shù)亞型對(duì)應(yīng)于腸型，而大多數(shù)亞型GS對(duì)應(yīng)于GC組織病理學(xué)分類中的彌漫型。酪氨酸激酶受體擴(kuò)增通常在亞型 CIN 中發(fā)現(xiàn)，并且磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸 3-激酶催化亞基 α (PIK3CA)和富含 AT 的相互作用結(jié)構(gòu)域 1A (ARID1A)基因突變?cè)?MSI 和 EBV 亞型中富集。針對(duì)這些激酶的研究和臨床試驗(yàn)正在取得進(jìn)展，未來可能會(huì)出現(xiàn)新的治療方法。此外，程序性細(xì)胞死亡配體 1/2 (PD-L1/2)通常通過基因擴(kuò)增和 EBV 陽性亞組中的結(jié)構(gòu)變異過度表達(dá)，ICIs 可能是有效的。在 MSI 亞型中，具有高頻基因突變和新抗原表達(dá)，ICIs 也有效 。同時(shí)，與其他亞型相比，GS亞型中很少發(fā)現(xiàn)基因組異常，包括染色體擴(kuò)增和缺失。因此，ICIs 被認(rèn)為對(duì) GS 亞型無效。事實(shí)上，在 61 名轉(zhuǎn)移性胃癌患者中，ICIs 對(duì) GS 亞型的療效僅為 12%，而對(duì) MSI 亞型和 EBV 陽性的療效分別為 85.7% 和 100.0% 。此外，人表皮生長(zhǎng)因子受體 2 (HER2)的表達(dá)可以作為治療靶點(diǎn)，在 GS 亞型中較低。因此，需要先進(jìn)的方法來改善 GS 亞型的預(yù)后。

圖 2

通過基因組學(xué)分類的胃癌分子亞型。胃癌分為四種分子亞型：染色體不穩(wěn)定性（CIN）、基因組穩(wěn)定性（GS）、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）和愛潑斯坦-巴爾病毒（EBV）陽性。CIN的大多數(shù)亞型對(duì)應(yīng)于腸型，并伴有TP53突變和酪氨酸激酶受體-RAS信號(hào)放大。根據(jù)胃癌的組織病理學(xué)分類，大多數(shù) GS 亞型對(duì)應(yīng)于彌漫型。在 MSI 和 EBV 陽性亞型中，磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸 3-激酶催化亞基 α ( PIK3CA ) 和富含 AT 的相互作用結(jié)構(gòu)域 1A (ARID1A)基因突變豐富。此外，程序性細(xì)胞死亡配體 1/2 (PD-L1/2) 通常通過 EBV 陽性亞組中的基因擴(kuò)增和結(jié)構(gòu)變異過表達(dá)

胃癌的風(fēng)險(xiǎn)，包括種系突變和體細(xì)胞變異

1998 年描述的遺傳性彌漫型胃癌(HDGC) 是一種癌癥綜合征，其特點(diǎn)是彌漫型胃癌和常染色體顯性遺傳乳腺癌的高發(fā)病率 。大多數(shù)確診的 HD胃癌病例是由編碼 E-cadherin 的cadherin 1 (CDH1)的失活種系突變引起的，而少數(shù) HD胃癌病例是由α-catenin (CTNNA1)的突變引起的。此外，沒有CDH1變體的 HD胃癌患者的 WES揭示了一些種系突變，例如BRCA1/2、BRCA2 的伙伴和定位子 (PALB2)和RAD51突變。然而，HD胃癌只是整個(gè)胃癌的一小部分，遺傳的遺傳變異對(duì)胃癌的貢獻(xiàn) < 3% 。一般來說，GC的發(fā)展不僅是由于遺傳因素，還有環(huán)境因素，如幽門螺桿菌感染。因此，很難正確估計(jì)GC與各種遺傳因素之間的關(guān)聯(lián)。

2020 年，針對(duì) 243 名日本胃癌參與者的 WES 報(bào)告并揭示了生殖系CDH1變異，其中大部分表現(xiàn)為彌漫型胃癌，并歸因于日本和韓國(guó)人共有的少數(shù)反復(fù)性 SNV 。這種變異在彌漫型胃癌的 13.3%（14/105 參與者）中顯示，由 5 個(gè) SNV 組成，其中 4 個(gè)包含在與 HD胃癌相關(guān)的種系變異中。然而，該變異不一定與胃癌家族史有關(guān)，一半的參與者被認(rèn)為是散發(fā)病例。雖然罕見種系CDH1的頻率變異為 3.4%，這可能是檢測(cè)高危胃癌人群的重要信息。該研究還進(jìn)行了 WES 以比較 319 名亞洲患者和 212 名非亞洲患者的胃癌外顯子組譜，并揭示了具有酒精相關(guān)突變特征和亞洲特異性缺陷醛脫氫酶 2 家族成員等位基因的不同胃癌亞類 ?；蚪M學(xué)也可用于檢測(cè)有胃癌風(fēng)險(xiǎn)的人群。

彌漫型胃癌的基因組學(xué)和體細(xì)胞突變的可能治療靶點(diǎn)

大多數(shù)彌漫型GC，被稱為預(yù)后不良的GC的組織病理學(xué)分類，通過基因組分析與分子亞型中的GS亞組相對(duì)應(yīng)，具有低頻結(jié)構(gòu)染色體畸變和基因突變，可以作為治療的靶點(diǎn)。因此，已經(jīng)使用各種基因組學(xué)方法進(jìn)行了許多關(guān)于澄清彌漫型胃癌的研究。一些特征性遺傳變異，例如CDH1種系突變和Ras 同源家族成員 A (RHOA)驅(qū)動(dòng)基因突變，已知是 GS 亞型的一部分。CDH1的種系突變，cording E-鈣粘蛋白（細(xì)胞粘附分子之一）似乎不是治療的目標(biāo)，因?yàn)槟鞘枪δ軉适蛔?。同時(shí)，新發(fā)現(xiàn)的作為 GS 亞型驅(qū)動(dòng)基因的RHOA信號(hào)突變有望成為治療靶點(diǎn)，因?yàn)榇嬖谝恍狳c(diǎn)的RHOA基因突變，如 Y42C、R5W、G17E、L57V 和 L69R，被稱為功能獲得性突變。因此，它有可能成為治療的靶點(diǎn)，盡管RHOA的下游仍存在爭(zhēng)議。然而，RHOA是一種鳥苷三磷酸 (GTP) 結(jié)合蛋白；因此，很難開發(fā)出KRAS等抑制劑。

此外，結(jié)構(gòu)異常，如融合基因，可以通過全基因組或全轉(zhuǎn)錄組分析來檢測(cè)。在彌漫型胃癌中，已報(bào)道了多個(gè)claudin 18 (CLDN18)-rho GTPase 激活蛋白 (ARHGAPs)融合基因，由于 ARHGAP 與RHOA存在于同一通路中，它可能與 RHOA 的變體和基因異常有關(guān)。RHOA信號(hào)通路 。在一份分析 32 例胃印戒細(xì)胞癌的報(bào)告中，在 8 例（25%）中發(fā)現(xiàn)了CLDN18-ARGAP26/6融合基因 。在另外 797 名患有胃印戒細(xì)胞癌的參與者中，具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的患者比沒有CLDN18-ARGAP26 /6 融合基因的患者年輕（平均 51.3 歲對(duì) 60.7 歲），并且這種融合是女性比男性更常見（18.5% 對(duì) 4.6%）。不幸的是，在具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的胃癌患者中，接受化療的患者和未接受化療的患者的預(yù)后沒有顯著差異。對(duì)彌漫型胃癌參與者的另一項(xiàng)遺傳分析也表明，與沒有CLDN18-ARGAP融合?？紤]到這些事實(shí)，目前的化學(xué)療法可能對(duì)具有CLDN18-ARGAP26/6融合基因的胃癌無效。CLDN18.2 是一種上皮緊密連接蛋白，嚴(yán)格局限于胃黏膜的緊密連接。然而，在胃癌中，細(xì)胞極性的擾動(dòng)導(dǎo)致 CLDN18.2 暴露在癌細(xì)胞表面并被抗體靶向。AMG 910 是一種抗體構(gòu)建體，旨在使 CD3 陽性 T 細(xì)胞與表達(dá) CLDN18.2 的胃癌細(xì)胞結(jié)合，目前正在研究其對(duì) CLDN18.2 陽性胃癌或胃食管交界處 (GEJ) 腺癌的抗腫瘤作用，預(yù)計(jì)將有效 。

熊谷等人。報(bào)道了具有RHOA異常的胃癌的腫瘤微環(huán)境 (TME) 。腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞 (TIL) 的基因組分析和流式細(xì)胞術(shù)揭示了一個(gè)與免疫反應(yīng)相關(guān)的基因低表達(dá)和調(diào)節(jié)性 T 淋巴細(xì)胞 (Treg) 高頻浸潤(rùn)的子集，幾乎一半的子集具有RHOA Y42C 突變。癌細(xì)胞中的RHOA突變激活了磷酸肌醇 3 激酶 (PI3K)-AKT -哺乳動(dòng)物雷帕霉素靶蛋白 (mTOR)信號(hào)通路，并減少了 C-X-C 基序趨化因子配體 (CXCL)10/CXCL11，募集 CD8 + 的效應(yīng)子T淋巴細(xì)胞。此外，脂肪酸合酶基因在RHOA中上調(diào)與RHOA野生型胃癌細(xì)胞相比，Y42C 突變的胃癌細(xì)胞表明通過 Tregs 合成的脂肪酸的攝入量上調(diào)。他們還展示了抗程序性細(xì)胞死亡 1 (PD-1) 抗體和 PI3K 抑制劑在新植入RHOA Y42C 突變胃癌株的小鼠異種移植模型中的功效，表明抗 PD-1 抗體和 PI3K 抑制劑的組合比單獨(dú)使用抗 PD-1 抗體更有效。因此，在RHOA Y42C 突變的胃癌中，Treg 細(xì)胞的高頻浸潤(rùn)和對(duì)胃癌的免疫反應(yīng)被下調(diào)。未來的一種可能性是，抗 PD-1 抗體和 PI3K 抑制劑的聯(lián)合治療可能會(huì)提高RHOA的治療效果Y42C突變的GC患者。賊近，多組學(xué)對(duì)胃癌惡性腹水的研究顯示，播散性胃癌分為 2 組，其中 1 組根據(jù)表達(dá)譜具有活躍的 EMT，通過 SMAD3 SE 激活轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-β通路激活和高表達(dá)轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)因子 TEF-1 。TEAD通路的抑制可以避免對(duì)治療的抵抗，這表明了一種潛在的分子指導(dǎo)治療策略。在 TCGA 報(bào)告中，已知 GS 亞型與彌漫型胃癌重疊，但并不完整，TCGA 隊(duì)列中有 29 例（42.0%）彌漫型胃癌不是 GS 亞型 [ 12]。盡管在 Tanaka 等人中審查了所有案例。有腹腔內(nèi)轉(zhuǎn)移和惡性腹水，晚期彌漫型GC的特征，CDH1變異50例（52.1%），RHOA變異15例（15.3%）。然而，它們有幾個(gè)不是 GS 亞型的典型特征。與 TCGA胃癌隊(duì)列相比，該隊(duì)列的腫瘤突變負(fù)荷高于 GS 亞型。此外，在 45% 的病例中觀察到RTK-Ras通路基因高度擴(kuò)增，包括KRAS (19.4%)、FGFR2 (11.2%)、MET (7.1%)、HER2 (5.1%) 和表皮生長(zhǎng)因子受體（EGFR, 4.1%)，擴(kuò)增頻率高于 TCGA 隊(duì)列中彌漫型胃癌(32.4%) 和亞型 GS (17.5%)。這些結(jié)果表明，該隊(duì)列可能具有遺傳變異的獨(dú)特特征。這種新方法不僅使我們能夠了解胃癌的顯著基因組特征，而且還展示了治療靶點(diǎn)。

胃癌免疫檢查點(diǎn)抑制劑

賊近，重新激活腫瘤相關(guān) T 淋巴細(xì)胞的免疫檢查點(diǎn)抑制劑已被證明對(duì)各種類型的惡性腫瘤有效。GC也用ICI治療；但是，響應(yīng)率是有限的。因此，預(yù)測(cè)ICI對(duì)GC的抗腫瘤作用并選擇適合ICI治療的患者具有重要意義。為此，在臨床實(shí)踐中，PD-L1 表達(dá)通常通過基于腫瘤比例評(píng)分 (TPS) 和聯(lián)合陽性評(píng)分 (CPS) 的免疫組織化學(xué) (IHC) 進(jìn)行評(píng)估。

在本例中，不可切除或反復(fù)的胃癌成為惡性疾病，這是免疫檢查點(diǎn)抑制劑的指征。ATTRACTION-2 研究報(bào)告了 nivolumab 作為三線藥物的抗腫瘤作用或增加化療的作用。KEYNOTE-158 和 KEYNOTE-061 研究也報(bào)道了派姆單抗作為 MSI 高胃癌的二線或更高級(jí)別化療的效用。對(duì)于各種惡性腫瘤，包括 MSI 高的胃癌，派姆單抗的反應(yīng)率和無進(jìn)展生存期 (PFS) 在 KEYNOTE-158 中是有利的。在 KEYNOTE-061 中，派姆單抗在 MSI 高亞組中顯著優(yōu)于紫杉醇單藥治療。胃癌中 MSI-high 的頻率有限（6.3-21.9%），尤其是在亞洲人中。然而，必須選擇化療來治療胃癌。需要更多的研究來確定 MSI-high 的臨床意義。

還評(píng)估了免疫檢查點(diǎn)抑制劑作為一線化療的效用。KEYNOTE-062 研究旨在評(píng)估派姆單抗、派姆單抗聯(lián)合化療（順鉑加氟尿嘧啶或卡培他濱）或單獨(dú)化療在 PD-L1 CPS 為 1 或更高的未治療胃癌和 GEJ 腺癌患者中的抗腫瘤活性。派姆單抗不劣于化療，不良事件較少 。盡管 PD-L1 抑制劑聯(lián)合化療并不優(yōu)于單獨(dú)化療，但派姆單抗可作為 PD-L1 CPS ≥ 1 的胃癌患者的一線化療。為了進(jìn)一步提高抗腫瘤作用，可能需要用于提取更有效治療靶點(diǎn)的生物標(biāo)志物。

CheckMate 649 試驗(yàn)評(píng)估了基于 PD-1 抑制劑的一線化療。將腫瘤不可切除、PD-L1 CPS≥5、非HER2陽性GC、GEJ或食管腺癌的參與者分為3組，分別接受納武利尤單抗+化療（奧沙利鉑+卡培他濱或氟尿嘧啶、亞葉酸）、納武利尤單抗+易普利姆瑪或化療分別單獨(dú)。賊少隨訪 24 個(gè)月后，PD-1 抑制劑加化療在總生存期（OS、中位 OS，14.4 個(gè)月 vs 11.1 個(gè)月）和 PFS（中位 PFS，7.7 個(gè)月 vs 6.0 個(gè)月）方面優(yōu)于單獨(dú)化療。結(jié)果揭示了 PD-1 在胃癌中對(duì)非 HER2 陽性、PD-L1 CPS ≥ 5 的效用。此外，在所有隨機(jī)分組的患者中，納武利尤單抗聯(lián)合化療對(duì) OS 的改善明顯優(yōu)于單獨(dú)化療（中位 OS，13.8 個(gè)月 vs 11.6 個(gè)月）。目前，納武利尤單抗加細(xì)胞毒化療是不可切除或反復(fù)性胃癌的標(biāo)準(zhǔn)一線治療。同時(shí)，與單獨(dú)的化療相比，納武利尤單抗加易普利姆瑪對(duì) OS 的抗腫瘤作用并不優(yōu)于單獨(dú)的化療，盡管雙重檢查點(diǎn)抑制已被證明對(duì)多個(gè)實(shí)體瘤有效。在接受納武單抗加易普利姆瑪治療的胃癌參與者中也觀察到早期死亡率增加，這是一種已知與免疫腫瘤治療相關(guān)的現(xiàn)象。同時(shí)，PD-L1 和 CTLA-4 聯(lián)合治療傾向于延長(zhǎng)無進(jìn)展生存期。需要進(jìn)一步的研究來評(píng)估腫瘤生物學(xué)、分子異質(zhì)性、TME 和其他患者因素如何影響聯(lián)合 PD-L1 和 CTLA-4 阻斷的療效?；蚪M學(xué)可能有助于發(fā)現(xiàn)更詳細(xì)的因素來預(yù)測(cè)胃癌的治療效果。

在 III 期 KEYNOTE-811 試驗(yàn)中，評(píng)估了派姆單抗對(duì)不可切除的 HER2 陽性胃癌或 GEJ 腺癌的抗腫瘤作用。在曲妥珠單抗和細(xì)胞毒化療中添加派姆單抗在一些參與者中誘導(dǎo)有效緩解，并且與僅使用曲妥珠單抗和細(xì)胞毒化療相比顯著提高了緩解率（74.4% vs 51.9%）。在 KEYNOTE-811 中，盡管已知意向治療人群中有 0.7% 的參與者患有 MSI 高腫瘤，但 84.1% 的參與者的 PD-L1 CPS 為一個(gè)或多個(gè)。有趣的是，確定派姆單抗加曲妥珠單抗和化療對(duì) OS 的相對(duì)益處是否主要與 PD-L1 表達(dá)相關(guān)。同時(shí)，在 KEYNOTE-062 中，對(duì)于 PD-L1 CPS 為 1 或更高的胃癌患者，派姆單抗和細(xì)胞毒性化療的組合并不優(yōu)于單獨(dú)的化療。由于派姆單抗加曲妥珠單抗提高了反應(yīng)率，聯(lián)合治療可能是合理的。在之前使用患者衍生的胃癌類器官的研究中，PD-L1 表達(dá)在HER2敲低時(shí)降低，導(dǎo)致PD-L1/HER2 陽性胃癌細(xì)胞中AKT-mTOR通路的抑制，并與細(xì)胞毒性 T 淋巴細(xì)胞的增加相關(guān)增殖。這些結(jié)果表明HER2和PD-L1的共表達(dá)可能有助于腫瘤細(xì)胞免疫逃逸。這可以解釋為什么 pembrolizumab 和曲妥珠單抗的組合有利于胃癌治療。

基因組學(xué)預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑對(duì)胃癌的影響

MSI-high 是眾所周知的預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑對(duì)惡性腫瘤的抗腫瘤作用的標(biāo)志物，也已通過基因組測(cè)序發(fā)現(xiàn)。此外，基因組學(xué)揭示了一些與免疫檢查點(diǎn)抑制劑對(duì)惡性腫瘤的反應(yīng)率相關(guān)的替代標(biāo)志物，例如 TME 和腸道菌群中高度活化的免疫細(xì)胞 。還評(píng)估了表觀基因組變化，并且還顯示了預(yù)測(cè)對(duì)胃癌的免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療反應(yīng)的潛力。使用 ATAC-seq 評(píng)估患者外周血中循環(huán) CD8 + T 淋巴細(xì)胞的全基因組染色質(zhì)可及性。循環(huán) CD8 陽性 T 淋巴細(xì)胞特定基因組位置的高染色質(zhì)開放性表明比封閉染色質(zhì)顯著更好的存活率。。

除了常規(guī)的癌細(xì)胞基因組序列外，還可以分析 TILs 的抗原受體庫，這使得更全面地了解對(duì)腫瘤的獲得性免疫的概況成為可能。在亞型之間的 TME 中觀察到顯著的異質(zhì)性 。MSI-high 和 EBV 陽性胃癌含有許多強(qiáng)烈的 T 細(xì)胞浸潤(rùn)，這是 GS 的一種亞型，其中一半具有富含 CD4 + T 細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和 B 細(xì)胞的三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu) (TLS)。相反，大多數(shù) CIN胃癌表現(xiàn)出 T 細(xì)胞排斥和浸潤(rùn)巨噬細(xì)胞。此外，免疫差的 CIN胃癌與MYC活性和CCNE1擴(kuò)增相關(guān)，這些特征對(duì)于預(yù)測(cè)免疫檢查點(diǎn)抑制劑的抗腫瘤作用可能是必不可少的。

賊近，通常認(rèn)為在抗腫瘤免疫中起主要作用的T細(xì)胞以及負(fù)責(zé)體液免疫的B細(xì)胞由于它們?cè)谀[瘤免疫中起重要作用而受到關(guān)注。在一份關(guān)于彌漫性胃癌組織中 TILs 的抗原受體庫分析的報(bào)告中，單克隆 B 細(xì)胞在許多情況下增殖，其抗體的主要抗原是硫酸化糖胺聚糖 。ICI 和 B 細(xì)胞之間的關(guān)系也有報(bào)道。在惡性黑色素瘤和腎細(xì)胞癌中，與B細(xì)胞相關(guān)的基因在免疫檢查點(diǎn)抑制劑反應(yīng)組中更富集和表達(dá)，B細(xì)胞浸潤(rùn)??癌組織并在癌組織中形成TLS。有趣的是，成熟的 TLS 可能與腫瘤組織中 T 淋巴細(xì)胞的激活有關(guān)。

胃癌正確醫(yī)療

WGS 顯示，胃癌可根據(jù)分子病理學(xué)分為 4 種亞型 ，而每個(gè)病例都具有癌癥基因組的異質(zhì)性和不同的基因變異模式。需要評(píng)估胃癌亞型和治療效果組合的臨床研究，以評(píng)估根據(jù)遺傳變異模式分類的罕見胃癌亞型的治療效果。因此，建立了一項(xiàng)稱為主方案的指定研究，以評(píng)估對(duì)按遺傳特征分層的每個(gè)亞組的治療效果。傘式研究是在單一疾病背景下研究多種靶向治療的主要方案。在 715 名轉(zhuǎn)移性胃癌參與者中，VIKTORY 傘式試驗(yàn)是一項(xiàng)指定的臨床研究，旨在根據(jù)胃癌中的遺傳變異和分子標(biāo)志物表達(dá)評(píng)估每個(gè)亞組的標(biāo)準(zhǔn)化療和特異性分子靶向治療 （表1）。在生物標(biāo)志物特異性試驗(yàn)中，105 名參與者被分為 8 個(gè)亞組，包括RAS（突變或擴(kuò)增）/ MEK特征（高或低）、TP53（突變）、PIK3CA（突變或擴(kuò)增）、MET（擴(kuò)增）、MET（ 3 + 由 IHC）、TSC2（空）、RICTOR（放大）和所有負(fù)面的；選擇性聯(lián)合治療的效率分別由每個(gè)信號(hào)通路的抑制劑和抗微管劑組成。結(jié)果，在所有亞組中，與接受標(biāo)準(zhǔn)治療的另一組相比，接受選擇性治療組的 OS 顯著延長(zhǎng)（中位數(shù) 9.8 個(gè)月 vs 6.9 個(gè)月，P值 < 0.0001）。特別是，與其他亞組相比，在使用 MET 抑制劑 savolitinib 治療的MET擴(kuò)增亞組中觀察到賊大的腫瘤減少效果。此外，沃利替尼在腫瘤組織中經(jīng)常出現(xiàn)MET擴(kuò)增的參與者中更有效。MET的游離 DNA (cfDNA)不僅與抗腫瘤作用有關(guān)，而且與化療相關(guān)的腫瘤進(jìn)展和反復(fù)有關(guān)。結(jié)果表明，液體活檢也可能在正確醫(yī)學(xué)中有用。2021 年，針對(duì)胃食管腺癌的個(gè)體化抗體（一項(xiàng) II 期傘形研究）也有報(bào)道 （表???1）。參與者分為 8 個(gè)亞組，包括免疫腫瘤學(xué)（PD-L1 CPS > 10、高微衛(wèi)星不穩(wěn)定性、腫瘤突變負(fù)荷 > 15 個(gè)突變/兆堿基和/或 EBV 陽性）、HER2擴(kuò)增、EGFR擴(kuò)增、FGFR2擴(kuò)增、MET擴(kuò)增, MAPK/PIK3CA異常、EGFR 過表達(dá)、全部陰性，并且針對(duì)每個(gè)信號(hào)通路接受了額外的選擇性抑制劑，即納武單抗、曲妥珠單抗、ABT-806（EGFR 抑制劑）、貝馬妥珠單抗（FGFR2 抑制劑），無可用（兩名參與者被排除在意向治療之外（ ITT）分別接受了克唑替尼（一種 MET 抑制劑）、雷莫蘆單抗（VEGFR2 抑制劑）、ABT-806 和雷莫蘆單抗。每個(gè)歷史對(duì)照組的參與者僅接受細(xì)胞毒治療。通過 ITT 分析的 68 名參與者中，1 年生存率為 66%，中位 OS 為 15.7 個(gè)月。一線反應(yīng)率 (74%)、疾病控制率 (99%) 和中位 PFS (8.2 個(gè)月) 優(yōu)于歷史對(duì)照。

表格1

使用主要方案評(píng)估胃癌化療的臨床研究

MSI-H微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高，CPS聯(lián)合陽性評(píng)分，EBV愛潑斯坦-巴爾病毒，TMB腫瘤突變負(fù)荷，mFOLFOX改良 FOLFOX

液體活檢在胃癌中的應(yīng)用

一些研究還揭示了液體活檢在預(yù)測(cè)治療對(duì)胃癌的影響方面的效用。各種分子靶向療法也已嘗試用于不可切除或反復(fù)的胃癌?？?HER2 抗體曲妥珠單抗僅被指示為 HER2 陽性胃癌的一線治療 。

將拉帕替尼（一種表皮生長(zhǎng)因子受體和 HER2 的酪氨酸激酶抑制劑）添加到卡培他濱加奧沙利鉑中并沒有增加 HER2 擴(kuò)增的胃癌和 GEJ 參與者的 OS 。然而，HER2陽性胃癌對(duì)曲妥珠單抗的反應(yīng)率有限。因此，為了預(yù)測(cè)曲妥珠單抗對(duì) HER2 陽性胃癌的影響，使用了基于液體活檢的循環(huán)腫瘤 DNA (ctDNA)，一種 cfDNA 。因此，HER2基因的體細(xì)胞拷貝數(shù)改變 (SCNA) 與熒光原位雜交 (FISH) 數(shù)據(jù)高度一致，與基線和 PD 水平相比，治療期間HER2拷貝數(shù)下降，因?yàn)?/em>HER2通過曲妥珠單抗的抗腫瘤作用減少了擴(kuò)增克隆。此外，與基線相比，先天性曲妥珠單抗耐藥患者在進(jìn)展期間表現(xiàn)出較高的HER2 SCNA 水平，而獲得性耐藥患者的HER2 SCNA 水平下降。耐藥相關(guān)的腫瘤進(jìn)展似乎與血液中HER2擴(kuò)增拷貝的持續(xù)或反復(fù)相互關(guān)聯(lián)。此外，NF1、PIK3CA/R1/C3和HER2/ERBB4突變對(duì)耐藥性有很大貢獻(xiàn)，而ERBB4 S774G 突變?cè)黾恿藢?duì)曲妥珠單抗治療的敏感性。此外，檢測(cè)到的HER2SCNA水平在預(yù)測(cè)腫瘤縮小和進(jìn)展方面優(yōu)于血漿癌胚抗原水平。這些結(jié)果表明，ctDNA 分析可能有助于監(jiān)測(cè)曲妥珠單抗耐藥的發(fā)生和分析潛在的分子機(jī)制?？紤]到患者組織獲取的侵入性，惡性病變的臨床和基因評(píng)估不能重復(fù)。液體活檢可以提供可以重復(fù)獲得的信息數(shù)據(jù)，而不是腫瘤組織分析。