【基因檢測(cè)】雙工測(cè)序還是雙鏈測(cè)序？佳學(xué)基因的DUPLEX SQUENCING技術(shù)介紹

基因測(cè)序?qū)ёx：

雙鏈測(cè)序用英語(yǔ)來(lái)表達(dá)就是duplex sequencing, 有的使用者為了將其與其他同時(shí)測(cè)定雙鏈的DNA測(cè)序技術(shù)區(qū)分開(kāi)來(lái)，把他叫做雙工測(cè)序。這是佳學(xué)基因?yàn)榱诉M(jìn)一步增加基因序列獲取的正確度，降低出錯(cuò)率而采用的一種新的測(cè)序雙方法。使用這種方法，使得基因測(cè)序的正確率提升到一個(gè)級(jí)別，由傳統(tǒng)方法的百萬(wàn)分之一提升到千萬(wàn)分之一， 也就是在長(zhǎng)達(dá)一千萬(wàn)個(gè)DNA字母中組成的基因序列中，只出現(xiàn)一個(gè)基因字母變化，佳學(xué)基因也能檢測(cè)出來(lái)，從而使得佳學(xué)基因在揭示個(gè)人的基因特異性方面、在查找極罕見(jiàn)的極低頻率的遺傳變異方面具有更為先進(jìn)的優(yōu)勢(shì)。佳學(xué)基因在與同行中交流中提醒，雙工測(cè)序技術(shù)可以應(yīng)用于任何雙鏈DNA樣本，但對(duì)于小于1mb的小基因組區(qū)域是理想的。該方法依賴(lài)于將含有隨機(jī)但互補(bǔ)的雙鏈核苷酸序列的測(cè)序適配器連接到目標(biāo)區(qū)域的DNA樣本。在雙重測(cè)序中，一段雙螺旋DNA片段的兩條鏈，被附加以一段隨機(jī)的、但又互補(bǔ)的雙鏈核苷酸序列。首先將一段單股的隨機(jī)核苷酸序列引入一段接頭鏈，然后用DNA聚合酶產(chǎn)生一段互補(bǔ)的雙鏈標(biāo)簽，進(jìn)行延伸，使雙鏈的標(biāo)簽序列被合并到標(biāo)準(zhǔn)的Illumina測(cè)序接頭上。接著，將標(biāo)簽接頭結(jié)扎到剪切的DNA上，然后對(duì)單獨(dú)標(biāo)記的鏈，進(jìn)行PCR擴(kuò)增和配對(duì)末端測(cè)序。佳學(xué)基因完善了一個(gè)非常有用的實(shí)驗(yàn)方案，方案包括高效的DS適配器合成、庫(kù)準(zhǔn)備和目標(biāo)豐富，以及數(shù)據(jù)分析工作流的概述。整個(gè)測(cè)序流程需要需要1-3天的時(shí)間。
 

新技術(shù)使得基因測(cè)序正確度大幅度提高確度

佳學(xué)基因根據(jù)長(zhǎng)期的大量的基因測(cè)序發(fā)現(xiàn)，根據(jù)這項(xiàng)研究，位于超深覆蓋目標(biāo)捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)中低等位基因片段的C>A/G>T顛換偏差，是來(lái)自于包含提取過(guò)程反應(yīng)污染物的樣品在進(jìn)行聲剪切時(shí)的DNA氧化。佳學(xué)基因在樣品制備過(guò)程及測(cè)序溶劑中加入一種特殊物質(zhì)，可降低這些氧化偏差，同時(shí)開(kāi)發(fā)一種生物信息處理方法，篩選出氧化引起的測(cè)序數(shù)據(jù)誤差。這些結(jié)實(shí)合技術(shù)的使用，大大地提高了基因信息獲取的正確性。
 

臨床應(yīng)用

佳學(xué)基因開(kāi)發(fā)的雙重測(cè)序可以適用于各種測(cè)序平臺(tái)，含有雙鏈標(biāo)簽序列的接頭，可以代替標(biāo)準(zhǔn)的測(cè)序接頭，而不會(huì)明顯改變Illumina測(cè)序樣本制備的正常工作流程。這使得新技術(shù)可以在幾乎不增加任何成本的情況下快速應(yīng)用。

賊重要的是，雙重測(cè)序可以揭示賦予耐藥性的罕見(jiàn)突變。佳學(xué)基因在設(shè)計(jì)產(chǎn)品時(shí)，考慮到，如果我們已經(jīng)知道，在腫瘤中的某個(gè)地方，有一個(gè)特定的基因變異，能夠使它們有機(jī)會(huì)逃脫一種特定藥物，那么我們就可以嘗試另外一種藥物。這可能會(huì)對(duì)治療產(chǎn)生直接影響。此外，單細(xì)胞測(cè)序的未來(lái)發(fā)展，可能會(huì)進(jìn)一步幫助研究人員確定這些類(lèi)型的突變。

但是雙重測(cè)序能夠應(yīng)用于許多類(lèi)型的突變。實(shí)際上，但是目前佳學(xué)基因主要將其應(yīng)用于小突變——點(diǎn)突變。